ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48163

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N6 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C3' A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O3' A 0, 0.000, 0.069, 0.137, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.069 std_dev=0.069
C4' A 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
C2' A 0, 0.000, 0.084, 0.167, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.084 std_dev=0.084
O4' A 0, 0.000, 0.088, 0.175, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.088 std_dev=0.088
C5' A 0, 0.000, 0.131, 0.262, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.131 std_dev=0.131
O5' A 0, 0.000, 0.154, 0.309, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.154 std_dev=0.154
O2' A 0, 0.000, 0.170, 0.339, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.170 std_dev=0.170
P A 0, 0.000, 0.194, 0.389, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.194 std_dev=0.194
OP1 A 0, 0.000, 0.212, 0.425, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.212 std_dev=0.212
O3' B 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
OP2 A 0, 0.000, 0.261, 0.522, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.261 std_dev=0.261
C3' B 0, 0.000, 0.268, 0.536, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.268 std_dev=0.268
OP2 B 0, 0.000, 0.283, 0.566, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.283 std_dev=0.283
P B 0, 0.000, 0.291, 0.582, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.291 std_dev=0.291
C5' B 0, 0.000, 0.301, 0.602, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.301 std_dev=0.301
O5' B 0, 0.000, 0.304, 0.607, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.304 std_dev=0.304
C4' B 0, 0.000, 0.307, 0.615, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.307 std_dev=0.307
OP1 B 0, 0.000, 0.321, 0.643, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.321 std_dev=0.321
C2' B 0, 0.000, 0.340, 0.680, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.340 std_dev=0.340
O2' B 0, 0.000, 0.362, 0.724, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.362 std_dev=0.362
C1' B 0, 0.000, 0.380, 0.759, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.380 std_dev=0.380
O4' B 0, 0.000, 0.382, 0.764, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.382 std_dev=0.382
N1 B 0, 0.000, 0.487, 0.975, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.487 std_dev=0.487
C4 B 0, 0.000, 0.633, 1.265, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.633 std_dev=0.633
O4 B 0, 0.000, 0.655, 1.309, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.655 std_dev=0.655
N3 B 0, 0.000, 1.059, 2.118, 2.118 max_d=2.118 avg_d=1.059 std_dev=1.059
C2 B 0, 0.000, 1.104, 2.208, 2.208 max_d=2.208 avg_d=1.104 std_dev=1.104
C6 B 0, 0.000, 1.481, 2.962, 2.962 max_d=2.962 avg_d=1.481 std_dev=1.481
C5 B 0, 0.000, 1.539, 3.078, 3.078 max_d=3.078 avg_d=1.539 std_dev=1.539
O2 B 0, 0.000, 2.155, 4.309, 4.309 max_d=4.309 avg_d=2.155 std_dev=2.155

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.09 0.00 0.03
C2 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.02 0.05 0.08 0.05 0.01 0.02
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.05
C3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.01 0.03
C4 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.02 0.03 0.09 0.01 0.02
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02
C5 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.09 0.02 0.02
C5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.06 0.07 0.00 0.00
C8 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.10 0.02 0.03
N1 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.05 0.08 0.05 0.01 0.02
N3 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.03 0.05 0.06 0.07 0.00 0.00
N6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.06 0.06 0.01 0.00
N7 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.10 0.03 0.03
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.10 0.01 0.03
O2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.07 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.14 0.02 0.07
O3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.02 0.05 0.07 0.03 0.03
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.00 0.01
O5' 0.01 0.08 0.04 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.08 0.06 0.06 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.09 0.05 0.12 0.08 0.09 0.05 0.09 0.04 0.07 0.10 0.05 0.07 0.06 0.10 0.10 0.14 0.07 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.69 0.03 0.01 0.13 0.01 0.90 0.01 0.91 0.10 0.61 1.45 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.07 0.01
C2 0.00 0.75 0.00 0.02 0.09 0.04 0.91 0.04 0.90 0.07 0.69 1.52 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.10 0.04 0.04
C2' 0.07 0.64 0.07 0.05 0.14 0.04 0.88 0.04 0.90 0.13 0.56 1.37 0.08 0.05 0.06 0.03 0.03 0.02 0.08 0.01
C3' 0.06 0.62 0.06 0.04 0.15 0.04 0.86 0.05 0.88 0.13 0.53 1.34 0.06 0.03 0.07 0.04 0.04 0.01 0.08 0.01
C4 0.00 0.75 0.01 0.02 0.09 0.04 0.90 0.04 0.90 0.07 0.68 1.51 0.03 0.01 0.00 0.05 0.05 0.11 0.05 0.04
C4' 0.04 0.66 0.04 0.01 0.15 0.00 0.89 0.01 0.90 0.11 0.57 1.41 0.04 0.01 0.07 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01
C5 0.02 0.76 0.01 0.03 0.07 0.07 0.87 0.07 0.86 0.05 0.71 1.52 0.02 0.03 0.03 0.08 0.06 0.13 0.03 0.06
C5' 0.03 0.68 0.03 0.00 0.14 0.00 0.90 0.01 0.90 0.10 0.60 1.43 0.03 0.01 0.06 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00
C6 0.02 0.77 0.02 0.04 0.05 0.07 0.86 0.07 0.85 0.03 0.72 1.51 0.00 0.03 0.04 0.08 0.06 0.13 0.02 0.06
C8 0.01 0.76 0.00 0.03 0.07 0.07 0.86 0.08 0.86 0.05 0.69 1.52 0.03 0.02 0.02 0.08 0.06 0.15 0.04 0.07
N1 0.01 0.76 0.01 0.03 0.07 0.05 0.89 0.05 0.87 0.05 0.71 1.52 0.01 0.02 0.03 0.06 0.05 0.11 0.03 0.05
N3 0.02 0.73 0.02 0.01 0.11 0.02 0.92 0.02 0.91 0.08 0.66 1.50 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.08 0.05 0.03
N6 0.04 0.77 0.03 0.05 0.02 0.09 0.81 0.09 0.80 0.01 0.73 1.49 0.01 0.04 0.08 0.10 0.06 0.14 0.00 0.07
N7 0.03 0.77 0.01 0.04 0.05 0.09 0.84 0.10 0.84 0.03 0.71 1.51 0.02 0.03 0.05 0.10 0.06 0.15 0.01 0.08
N9 0.01 0.73 0.02 0.01 0.10 0.04 0.89 0.04 0.90 0.08 0.66 1.50 0.03 0.01 0.01 0.05 0.05 0.11 0.06 0.04
O2' 0.10 0.57 0.11 0.10 0.16 0.09 0.85 0.09 0.88 0.16 0.50 1.27 0.11 0.10 0.07 0.08 0.00 0.01 0.09 0.02
O3' 0.07 0.57 0.06 0.05 0.16 0.06 0.82 0.07 0.85 0.13 0.49 1.26 0.05 0.03 0.08 0.06 0.04 0.03 0.07 0.02
O4' 0.01 0.72 0.01 0.02 0.13 0.04 0.91 0.03 0.91 0.09 0.63 1.49 0.02 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04 0.07 0.01
O5' 0.02 0.69 0.02 0.01 0.14 0.01 0.90 0.00 0.90 0.10 0.60 1.44 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.03 0.07 0.01
OP1 0.04 0.78 0.04 0.06 0.06 0.07 0.86 0.06 0.86 0.03 0.71 1.55 0.04 0.07 0.03 0.07 0.12 0.10 0.01 0.08
OP2 0.06 0.65 0.06 0.05 0.15 0.04 0.91 0.05 0.91 0.12 0.58 1.39 0.06 0.03 0.07 0.03 0.03 0.02 0.08 0.02
P 0.02 0.70 0.02 0.00 0.12 0.01 0.89 0.00 0.89 0.09 0.63 1.46 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.03 0.05 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.02 0.09 0.01 0.02 0.00 0.00 0.09 0.08 0.03 0.04
C2 0.04 0.00 0.21 0.25 0.04 0.35 0.05 0.54 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.26 0.48 0.61 0.73 0.65
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00 0.16 0.01 0.22 0.01 0.14 0.40 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.06 0.04 0.02
C3' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.01 0.25 0.00 0.18 0.49 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01
C4 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.14 0.06 0.14
C4' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.00 0.00 0.28 0.00 0.36 0.01 0.26 0.69 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01
C5 0.02 0.05 0.16 0.19 0.02 0.28 0.00 0.51 0.02 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.06 0.17 0.74 0.82 0.77 0.83
C5' 0.00 0.54 0.01 0.01 0.03 0.00 0.51 0.00 0.62 0.04 0.42 1.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.06 0.01
C6 0.05 0.00 0.22 0.25 0.06 0.36 0.02 0.62 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.08 0.25 0.83 0.88 0.81 0.89
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.14 0.03 0.12
N3 0.02 0.01 0.14 0.18 0.02 0.26 0.00 0.42 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.18 0.34 0.51 0.63 0.52
O2 0.09 0.01 0.40 0.49 0.06 0.69 0.06 1.11 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.08 0.10 0.48 1.13 1.34 1.46 1.40
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03 0.02
O3' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.05 0.01
O4 0.00 0.06 0.01 0.02 0.00 0.03 0.06 0.02 0.08 0.01 0.05 0.10 0.00 0.02 0.00 0.03 0.13 0.05 0.02 0.06
O4' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.01 0.25 0.01 0.18 0.48 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.07 0.08 0.00
O5' 0.09 0.48 0.07 0.01 0.19 0.00 0.74 0.00 0.83 0.17 0.34 1.13 0.06 0.02 0.13 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.61 0.06 0.05 0.14 0.07 0.82 0.09 0.88 0.14 0.51 1.34 0.05 0.05 0.05 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.03 0.73 0.04 0.06 0.06 0.07 0.77 0.06 0.81 0.03 0.63 1.46 0.03 0.05 0.02 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.04 0.65 0.02 0.01 0.14 0.01 0.83 0.01 0.89 0.12 0.52 1.40 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00