ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48168

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 11, 13, 10, 7, 5, 3, 0, 3, 1, 1, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.001, 0.008, 0.016, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, -0.001, 0.008, 0.016, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.024 std_dev=0.018
O2' B 0, 0.228, 0.452, 0.676, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.452 std_dev=0.224
O4' A 0, -0.081, 0.145, 0.371, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.145 std_dev=0.226
C2' A 0, -0.069, 0.165, 0.398, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.165 std_dev=0.234
O2' A 0, -0.065, 0.277, 0.620, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.277 std_dev=0.343
C4' A 0, -0.119, 0.236, 0.592, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.236 std_dev=0.356
C3' A 0, -0.104, 0.266, 0.636, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.266 std_dev=0.370
C2' B 0, 0.163, 0.546, 0.929, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.546 std_dev=0.383
C5' A 0, -0.130, 0.383, 0.896, 2.104 max_d=2.104 avg_d=0.383 std_dev=0.513
C1' B 0, 0.066, 0.586, 1.106, 2.488 max_d=2.488 avg_d=0.586 std_dev=0.520
O5' A 0, -0.091, 0.436, 0.964, 3.639 max_d=3.639 avg_d=0.436 std_dev=0.527
O3' A 0, -0.113, 0.423, 0.959, 2.579 max_d=2.579 avg_d=0.423 std_dev=0.536
P A 0, -0.007, 0.589, 1.185, 3.907 max_d=3.907 avg_d=0.589 std_dev=0.596
OP2 A 0, -0.072, 0.656, 1.383, 4.268 max_d=4.268 avg_d=0.656 std_dev=0.728
OP1 A 0, -0.070, 0.701, 1.473, 4.720 max_d=4.720 avg_d=0.701 std_dev=0.771
N9 B 0, -0.071, 0.784, 1.639, 3.129 max_d=3.129 avg_d=0.784 std_dev=0.855
O4' B 0, -0.047, 0.823, 1.694, 4.121 max_d=4.121 avg_d=0.823 std_dev=0.870
C3' B 0, -0.099, 0.846, 1.792, 3.734 max_d=3.734 avg_d=0.846 std_dev=0.945
C4' B 0, -0.122, 0.962, 2.047, 4.601 max_d=4.601 avg_d=0.962 std_dev=1.085
C8 B 0, -0.215, 0.971, 2.157, 4.477 max_d=4.477 avg_d=0.971 std_dev=1.186
C4 B 0, -0.300, 0.946, 2.191, 4.411 max_d=4.411 avg_d=0.946 std_dev=1.245
O3' B 0, -0.405, 0.983, 2.372, 5.433 max_d=5.433 avg_d=0.983 std_dev=1.388
N3 B 0, -0.420, 1.003, 2.427, 5.315 max_d=5.315 avg_d=1.003 std_dev=1.424
C5' B 0, -0.206, 1.226, 2.658, 5.803 max_d=5.803 avg_d=1.226 std_dev=1.432
O5' B 0, -0.291, 1.225, 2.741, 5.978 max_d=5.978 avg_d=1.225 std_dev=1.516
N7 B 0, -0.441, 1.184, 2.809, 6.378 max_d=6.378 avg_d=1.184 std_dev=1.625
C5 B 0, -0.490, 1.164, 2.818, 6.318 max_d=6.318 avg_d=1.164 std_dev=1.654
C2 B 0, -0.703, 1.238, 3.179, 7.505 max_d=7.505 avg_d=1.238 std_dev=1.941
P B 0, -0.715, 1.420, 3.555, 8.285 max_d=8.285 avg_d=1.420 std_dev=2.135
C6 B 0, -0.759, 1.392, 3.544, 8.446 max_d=8.446 avg_d=1.392 std_dev=2.152
N1 B 0, -0.858, 1.411, 3.681, 8.890 max_d=8.890 avg_d=1.411 std_dev=2.270
OP1 B 0, -0.724, 1.565, 3.853, 8.735 max_d=8.735 avg_d=1.565 std_dev=2.289
OP2 B 0, -0.853, 1.579, 4.010, 9.125 max_d=9.125 avg_d=1.579 std_dev=2.431
N6 B 0, -0.958, 1.644, 4.246, 10.467 max_d=10.467 avg_d=1.644 std_dev=2.602

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.12 0.00 0.12 0.13 0.07 0.10
C2 0.01 0.00 0.11 0.14 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.12 0.05 0.25 0.24 0.27 0.25
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.08 0.09 0.01 0.08 0.04 0.19 0.00 0.02 0.01 0.21 0.22 0.28 0.22
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.17 0.00 0.17 0.01 0.16 0.10 0.16 0.18 0.16 0.02 0.01 0.01 0.16 0.19 0.23 0.16
C4 0.02 0.01 0.03 0.17 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.12 0.02 0.38 0.40 0.51 0.42
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.10 0.04 0.05 0.08 0.06 0.14 0.01 0.00 0.01 0.10 0.13 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.17 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.15 0.04 0.42 0.44 0.52 0.45
C5' 0.03 0.06 0.08 0.01 0.11 0.00 0.14 0.00 0.12 0.06 0.08 0.12 0.07 0.07 0.09 0.01 0.01 0.12 0.14 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.16 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.13 0.06 0.37 0.35 0.35 0.35
N1 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.06 0.01 0.25 0.24 0.22 0.23
N3 0.01 0.00 0.08 0.16 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.12 0.04 0.31 0.32 0.40 0.33
N4 0.02 0.01 0.04 0.18 0.00 0.08 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.17 0.14 0.03 0.41 0.45 0.60 0.47
O2 0.02 0.00 0.19 0.16 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.21 0.08 0.18 0.17 0.19 0.17
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.15 0.14 0.18 0.07 0.16 0.09 0.11 0.17 0.11 0.00 0.04 0.10 0.15 0.17 0.34 0.19
O3' 0.12 0.12 0.02 0.01 0.12 0.01 0.15 0.09 0.13 0.06 0.12 0.14 0.21 0.04 0.00 0.08 0.19 0.24 0.33 0.23
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.04 0.03 0.08 0.10 0.08 0.00 0.12 0.13 0.15 0.13
O5' 0.12 0.25 0.21 0.16 0.38 0.01 0.42 0.01 0.37 0.25 0.31 0.41 0.18 0.15 0.19 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.24 0.22 0.19 0.40 0.10 0.44 0.12 0.35 0.24 0.32 0.45 0.17 0.17 0.24 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.27 0.28 0.23 0.51 0.13 0.52 0.14 0.35 0.22 0.40 0.60 0.19 0.34 0.33 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.25 0.22 0.16 0.42 0.03 0.45 0.01 0.35 0.23 0.33 0.47 0.17 0.19 0.23 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 1.36 0.15 0.31 1.03 0.21 1.37 0.16 1.68 0.96 1.66 1.05 1.96 1.32 0.74 0.17 0.68 0.27 0.30 0.44 0.81 0.53
C2 0.40 1.24 0.18 0.20 1.00 0.19 1.32 0.25 1.54 1.03 1.46 1.01 1.78 1.35 0.77 0.17 0.48 0.31 0.42 0.61 0.82 0.61
C2' 0.37 1.35 0.17 0.27 1.02 0.21 1.33 0.20 1.63 0.94 1.62 1.04 1.89 1.28 0.74 0.16 0.59 0.27 0.33 0.48 0.87 0.59
C3' 0.31 1.37 0.19 0.46 0.97 0.31 1.28 0.24 1.63 0.81 1.66 1.02 1.90 1.18 0.65 0.26 0.82 0.21 0.26 0.38 0.89 0.57
C4 0.36 1.01 0.17 0.19 0.86 0.21 1.09 0.24 1.18 0.90 1.12 0.86 1.30 1.12 0.69 0.16 0.41 0.24 0.34 0.52 0.64 0.48
C4' 0.33 1.52 0.16 0.47 1.08 0.27 1.41 0.17 1.79 0.91 1.84 1.13 2.08 1.29 0.73 0.19 0.88 0.25 0.26 0.36 0.92 0.55
C5 0.30 1.03 0.13 0.28 0.86 0.22 1.07 0.19 1.21 0.78 1.18 0.85 1.32 1.02 0.63 0.16 0.58 0.20 0.22 0.35 0.59 0.40
C5' 0.34 1.61 0.22 0.57 1.11 0.32 1.41 0.22 1.80 0.86 1.90 1.20 2.06 1.24 0.73 0.20 0.99 0.25 0.27 0.38 0.98 0.57
C6 0.31 1.22 0.14 0.33 0.94 0.23 1.20 0.18 1.43 0.83 1.42 0.96 1.59 1.13 0.67 0.17 0.68 0.22 0.23 0.35 0.68 0.44
N1 0.35 1.27 0.15 0.27 1.00 0.20 1.31 0.18 1.57 0.95 1.53 1.00 1.79 1.27 0.73 0.17 0.61 0.26 0.31 0.46 0.76 0.51
N3 0.41 1.17 0.21 0.20 0.95 0.21 1.23 0.30 1.38 1.02 1.30 0.98 1.55 1.29 0.76 0.17 0.41 0.31 0.46 0.66 0.80 0.62
N4 0.35 0.91 0.21 0.23 0.75 0.26 0.91 0.30 0.96 0.84 0.94 0.81 1.03 0.97 0.64 0.17 0.36 0.23 0.37 0.58 0.60 0.49
O2 0.43 1.31 0.20 0.20 1.02 0.21 1.37 0.30 1.62 1.08 1.53 1.06 1.92 1.42 0.80 0.18 0.46 0.35 0.50 0.70 0.92 0.70
O2' 0.43 1.35 0.28 0.25 1.06 0.22 1.38 0.25 1.66 1.04 1.63 1.06 1.95 1.37 0.81 0.25 0.53 0.32 0.43 0.61 0.97 0.68
O3' 0.33 1.41 0.20 0.46 1.02 0.32 1.35 0.26 1.72 0.87 1.73 1.05 2.02 1.26 0.69 0.26 0.82 0.23 0.31 0.45 0.99 0.64
O4' 0.35 1.51 0.15 0.41 1.10 0.24 1.44 0.15 1.81 0.96 1.83 1.13 2.09 1.35 0.76 0.18 0.82 0.28 0.28 0.38 0.85 0.52
O5' 0.43 1.44 0.52 0.89 0.93 0.63 1.13 0.54 1.51 0.59 1.64 1.09 1.72 0.93 0.57 0.53 1.31 0.42 0.41 0.44 0.83 0.51
OP1 0.42 1.39 0.68 1.11 0.81 0.82 1.00 0.78 1.41 0.40 1.60 1.01 1.63 0.75 0.43 0.66 1.52 0.49 0.67 0.78 1.11 0.79
OP2 0.58 1.00 0.88 1.29 0.51 1.05 0.64 1.05 1.00 0.23 1.17 0.69 1.18 0.42 0.32 0.86 1.65 0.72 0.97 1.03 1.23 1.04
P 0.45 1.30 0.69 1.12 0.75 0.84 0.93 0.80 1.31 0.36 1.49 0.95 1.51 0.69 0.41 0.66 1.54 0.53 0.66 0.72 0.98 0.72

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.17 0.00 0.28 0.37 0.40 0.30
C2 0.05 0.00 0.23 0.44 0.01 0.23 0.01 0.32 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.35 0.11 0.29 0.39 0.78 0.39
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.11 0.01 0.05 0.12 0.09 0.16 0.17 0.24 0.06 0.11 0.03 0.00 0.03 0.01 0.42 0.51 0.48 0.40
C3' 0.01 0.44 0.00 0.00 0.28 0.00 0.23 0.01 0.30 0.12 0.39 0.41 0.27 0.14 0.12 0.02 0.01 0.01 0.20 0.32 0.15 0.14
C4 0.03 0.01 0.11 0.28 0.00 0.12 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.16 0.06 0.36 0.41 0.84 0.48
C4' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.12 0.00 0.09 0.00 0.13 0.15 0.19 0.22 0.11 0.12 0.05 0.18 0.02 0.00 0.01 0.15 0.14 0.05
C5 0.02 0.01 0.05 0.23 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.15 0.03 0.47 0.52 1.14 0.67
C5' 0.06 0.32 0.12 0.01 0.14 0.00 0.14 0.00 0.17 0.29 0.26 0.28 0.17 0.24 0.11 0.07 0.12 0.01 0.01 0.13 0.16 0.01
C6 0.03 0.01 0.09 0.30 0.01 0.13 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.22 0.05 0.42 0.47 1.16 0.63
C8 0.01 0.01 0.16 0.12 0.01 0.15 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.21 0.13 0.08 0.66 0.72 1.19 0.85
N1 0.04 0.00 0.17 0.39 0.01 0.19 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.31 0.09 0.34 0.40 0.98 0.49
N3 0.05 0.00 0.24 0.41 0.01 0.22 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.30 0.11 0.27 0.37 0.67 0.35
N6 0.03 0.01 0.06 0.27 0.01 0.11 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.25 0.21 0.04 0.48 0.54 1.33 0.74
N7 0.01 0.01 0.11 0.14 0.01 0.12 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.23 0.11 0.04 0.63 0.71 1.37 0.89
N9 0.01 0.02 0.03 0.12 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.12 0.07 0.01 0.44 0.48 0.80 0.53
O2' 0.01 0.19 0.00 0.02 0.15 0.18 0.20 0.07 0.22 0.21 0.21 0.17 0.25 0.23 0.12 0.00 0.04 0.13 0.20 0.40 0.27 0.19
O3' 0.17 0.35 0.03 0.01 0.16 0.02 0.15 0.12 0.22 0.13 0.31 0.30 0.21 0.11 0.07 0.04 0.00 0.14 0.09 0.23 0.28 0.23
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.08 0.09 0.11 0.04 0.04 0.01 0.13 0.14 0.00 0.09 0.26 0.14 0.12
O5' 0.28 0.29 0.42 0.20 0.36 0.01 0.47 0.01 0.42 0.66 0.34 0.27 0.48 0.63 0.44 0.20 0.09 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.37 0.39 0.51 0.32 0.41 0.15 0.52 0.13 0.47 0.72 0.40 0.37 0.54 0.71 0.48 0.40 0.23 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.78 0.48 0.15 0.84 0.14 1.14 0.16 1.16 1.19 0.98 0.67 1.33 1.37 0.80 0.27 0.28 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.30 0.39 0.40 0.14 0.48 0.05 0.67 0.01 0.63 0.85 0.49 0.35 0.74 0.89 0.53 0.19 0.23 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00