ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48169

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 10, 16, 13, 11, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.016 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.020, 0.043, 0.067, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.043 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.020, 0.044, 0.069, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.044 std_dev=0.024
C2' A 0, 0.034, 0.093, 0.152, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.093 std_dev=0.059
O4' A 0, 0.024, 0.084, 0.144, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.084 std_dev=0.060
O2' A 0, 0.060, 0.131, 0.203, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.131 std_dev=0.072
C4' A 0, 0.047, 0.136, 0.225, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.136 std_dev=0.089
C3' A 0, 0.046, 0.138, 0.230, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.138 std_dev=0.092
O4' B 0, 0.169, 0.294, 0.418, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.294 std_dev=0.125
C1' B 0, 0.182, 0.307, 0.432, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.307 std_dev=0.125
C2' B 0, 0.233, 0.361, 0.488, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.361 std_dev=0.127
O3' A 0, 0.086, 0.218, 0.350, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.218 std_dev=0.132
O3' B 0, 0.202, 0.336, 0.469, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.336 std_dev=0.134
C4' B 0, 0.150, 0.287, 0.424, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.287 std_dev=0.137
C3' B 0, 0.180, 0.320, 0.461, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.320 std_dev=0.140
C5' A 0, 0.075, 0.215, 0.356, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.215 std_dev=0.141
N9 B 0, 0.192, 0.336, 0.480, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.336 std_dev=0.144
O5' A 0, 0.089, 0.238, 0.387, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.238 std_dev=0.149
O2' B 0, 0.276, 0.428, 0.579, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.428 std_dev=0.152
C5' B 0, 0.157, 0.311, 0.464, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.311 std_dev=0.153
C8 B 0, 0.216, 0.379, 0.543, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.379 std_dev=0.164
C4 B 0, 0.193, 0.361, 0.529, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.361 std_dev=0.168
P A 0, 0.121, 0.295, 0.470, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.295 std_dev=0.174
OP2 A 0, 0.172, 0.347, 0.522, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.347 std_dev=0.175
N3 B 0, 0.199, 0.379, 0.559, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.379 std_dev=0.180
N7 B 0, 0.228, 0.414, 0.599, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.414 std_dev=0.185
C5 B 0, 0.221, 0.407, 0.593, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.407 std_dev=0.186
C6 B 0, 0.255, 0.467, 0.678, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.467 std_dev=0.212
C2 B 0, 0.229, 0.441, 0.653, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.441 std_dev=0.212
OP1 A 0, 0.122, 0.343, 0.564, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.343 std_dev=0.221
N1 B 0, 0.258, 0.487, 0.716, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.487 std_dev=0.229
N6 B 0, 0.300, 0.531, 0.761, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.531 std_dev=0.231
P B 0, 0.092, 0.388, 0.683, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.388 std_dev=0.295
OP2 B 0, 0.131, 0.449, 0.768, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.449 std_dev=0.319
O5' B 0, 0.020, 0.348, 0.676, 1.845 max_d=1.845 avg_d=0.348 std_dev=0.328
OP1 B 0, 0.068, 0.407, 0.747, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.407 std_dev=0.340

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.07 0.05
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.06 0.07 0.08 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.09 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.07 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.08 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.08 0.10 0.13 0.10
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.07 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.10 0.12 0.15 0.12
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.10 0.11 0.13 0.10
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.08 0.09 0.07
N3 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.06 0.08 0.10 0.08
N4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05 0.02 0.09 0.12 0.15 0.11
O2 0.04 0.01 0.06 0.07 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.08 0.08 0.04 0.06 0.08 0.08 0.06
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.06 0.05 0.08 0.00 0.03 0.03 0.03 0.08 0.08 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.05 0.08 0.03 0.00 0.02 0.06 0.10 0.10 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.06 0.07 0.07 0.05
O5' 0.05 0.06 0.04 0.04 0.08 0.02 0.10 0.01 0.10 0.07 0.06 0.09 0.06 0.03 0.06 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.07 0.07 0.08 0.08 0.10 0.07 0.12 0.06 0.11 0.08 0.08 0.12 0.08 0.08 0.10 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.08 0.09 0.08 0.13 0.04 0.15 0.02 0.13 0.09 0.10 0.15 0.08 0.08 0.10 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.06 0.05 0.05 0.10 0.02 0.12 0.01 0.10 0.07 0.08 0.11 0.06 0.04 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.08 0.10 0.10 0.05 0.07 0.06 0.12 0.07 0.08 0.09 0.06 0.07 0.07 0.07 0.17 0.16 0.08 0.15 0.12 0.14 0.12
C2 0.08 0.11 0.10 0.08 0.06 0.07 0.06 0.13 0.08 0.07 0.11 0.08 0.09 0.06 0.06 0.17 0.14 0.06 0.10 0.09 0.12 0.07
C2' 0.09 0.07 0.11 0.10 0.05 0.07 0.06 0.12 0.07 0.08 0.08 0.05 0.07 0.07 0.07 0.18 0.15 0.08 0.14 0.11 0.13 0.11
C3' 0.08 0.07 0.10 0.09 0.05 0.06 0.05 0.11 0.06 0.07 0.08 0.05 0.07 0.06 0.06 0.18 0.13 0.08 0.15 0.11 0.13 0.11
C4 0.10 0.10 0.11 0.10 0.07 0.08 0.07 0.13 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08 0.07 0.08 0.17 0.15 0.07 0.10 0.11 0.12 0.07
C4' 0.08 0.08 0.10 0.09 0.06 0.06 0.06 0.12 0.07 0.08 0.09 0.06 0.07 0.07 0.07 0.18 0.14 0.08 0.18 0.13 0.15 0.13
C5 0.09 0.09 0.11 0.10 0.07 0.06 0.08 0.12 0.08 0.09 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.16 0.16 0.08 0.11 0.10 0.12 0.07
C5' 0.07 0.09 0.10 0.09 0.07 0.07 0.07 0.13 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.17 0.13 0.08 0.20 0.12 0.15 0.13
C6 0.09 0.09 0.10 0.10 0.07 0.07 0.07 0.12 0.08 0.09 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.17 0.16 0.08 0.14 0.11 0.13 0.10
N1 0.08 0.09 0.10 0.09 0.06 0.06 0.06 0.12 0.07 0.08 0.09 0.06 0.08 0.07 0.07 0.17 0.15 0.07 0.13 0.10 0.13 0.10
N3 0.09 0.11 0.10 0.09 0.07 0.08 0.07 0.14 0.08 0.07 0.11 0.09 0.08 0.06 0.07 0.17 0.14 0.07 0.10 0.11 0.12 0.07
N4 0.13 0.11 0.13 0.12 0.09 0.10 0.08 0.14 0.09 0.09 0.10 0.11 0.09 0.08 0.10 0.18 0.16 0.08 0.12 0.15 0.14 0.10
O2 0.08 0.12 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.14 0.10 0.07 0.13 0.09 0.10 0.07 0.07 0.17 0.14 0.06 0.10 0.10 0.12 0.08
O2' 0.09 0.08 0.11 0.09 0.06 0.07 0.07 0.12 0.08 0.08 0.09 0.06 0.08 0.08 0.08 0.18 0.15 0.09 0.14 0.12 0.14 0.11
O3' 0.08 0.08 0.10 0.09 0.06 0.06 0.06 0.11 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.19 0.13 0.08 0.15 0.12 0.13 0.10
O4' 0.10 0.09 0.12 0.11 0.07 0.07 0.07 0.12 0.08 0.09 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.19 0.17 0.09 0.18 0.14 0.16 0.14
O5' 0.07 0.08 0.09 0.07 0.06 0.09 0.06 0.15 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.17 0.11 0.08 0.17 0.11 0.12 0.10
OP1 0.08 0.09 0.10 0.09 0.08 0.10 0.08 0.16 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.17 0.10 0.09 0.20 0.09 0.12 0.09
OP2 0.09 0.09 0.11 0.11 0.08 0.13 0.08 0.16 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.16 0.12 0.12 0.22 0.12 0.17 0.13
P 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.15 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.16 0.09 0.09 0.20 0.08 0.12 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.12 0.20 0.12 0.11
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.06 0.05 0.17 0.19 0.14 0.13
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.23 0.14 0.13
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.22 0.10 0.09
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.17 0.19 0.14 0.13
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.04 0.05 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.15 0.10 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.19 0.19 0.13 0.13
C5' 0.02 0.06 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.05 0.12 0.04 0.06 0.07 0.12 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.13 0.16 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.19 0.19 0.14 0.13
C8 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.04 0.19 0.19 0.13 0.13
N1 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.04 0.19 0.20 0.14 0.14
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.05 0.15 0.19 0.14 0.12
N6 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.20 0.18 0.13 0.13
N7 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.03 0.20 0.18 0.13 0.13
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.17 0.20 0.13 0.12
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.07 0.06 0.08 0.05 0.06 0.03 0.00 0.05 0.01 0.10 0.24 0.16 0.13
O3' 0.04 0.06 0.02 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04 0.04 0.05 0.00 0.04 0.06 0.19 0.08 0.06
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.12 0.17 0.09 0.09
O5' 0.12 0.17 0.12 0.04 0.17 0.01 0.19 0.01 0.19 0.19 0.19 0.15 0.20 0.20 0.17 0.10 0.06 0.12 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.20 0.19 0.23 0.22 0.19 0.15 0.19 0.13 0.19 0.19 0.20 0.19 0.18 0.18 0.20 0.24 0.19 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.14 0.14 0.10 0.14 0.10 0.13 0.16 0.14 0.13 0.14 0.14 0.13 0.13 0.13 0.16 0.08 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.13 0.13 0.09 0.13 0.03 0.13 0.01 0.13 0.13 0.14 0.12 0.13 0.13 0.12 0.13 0.06 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00