ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48170

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 8, 8, 12, 6, 6, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.006, 0.010, 0.015, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.009, 0.015, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.009, 0.016, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.012, 0.019, 0.027, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.010, 0.018, 0.027, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.029, 0.048, 0.067, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.048 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.028, 0.049, 0.071, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.049 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.032, 0.077, 0.123, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.077 std_dev=0.045
O3' A 0, 0.055, 0.111, 0.167, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.111 std_dev=0.056
C3' A 0, 0.058, 0.122, 0.186, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.122 std_dev=0.064
C2' A 0, 0.057, 0.122, 0.187, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.122 std_dev=0.065
C4' A 0, 0.059, 0.128, 0.198, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.128 std_dev=0.069
O2' A 0, 0.079, 0.185, 0.292, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.185 std_dev=0.106
C5' A 0, 0.089, 0.221, 0.352, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.221 std_dev=0.132
N3 B 0, 0.229, 0.376, 0.523, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.376 std_dev=0.147
O5' A 0, 0.100, 0.253, 0.406, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.253 std_dev=0.153
O4' B 0, 0.246, 0.399, 0.552, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.399 std_dev=0.153
C4 B 0, 0.208, 0.369, 0.530, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.369 std_dev=0.161
C1' B 0, 0.233, 0.395, 0.557, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.395 std_dev=0.162
C4' B 0, 0.261, 0.426, 0.591, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.426 std_dev=0.165
O2' B 0, 0.246, 0.411, 0.577, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.411 std_dev=0.165
C2 B 0, 0.232, 0.398, 0.564, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.398 std_dev=0.166
N1 B 0, 0.229, 0.403, 0.576, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.403 std_dev=0.174
N9 B 0, 0.209, 0.390, 0.570, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.390 std_dev=0.181
C6 B 0, 0.208, 0.389, 0.571, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.389 std_dev=0.182
C5' B 0, 0.267, 0.451, 0.635, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.451 std_dev=0.184
C2' B 0, 0.229, 0.417, 0.605, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.417 std_dev=0.188
C5 B 0, 0.191, 0.381, 0.571, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.381 std_dev=0.190
O5' B 0, 0.261, 0.460, 0.659, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.460 std_dev=0.199
C3' B 0, 0.247, 0.447, 0.647, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.447 std_dev=0.200
N6 B 0, 0.217, 0.420, 0.624, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.420 std_dev=0.204
O3' B 0, 0.255, 0.477, 0.698, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.477 std_dev=0.222
P A 0, 0.146, 0.370, 0.593, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.370 std_dev=0.223
C8 B 0, 0.194, 0.433, 0.671, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.433 std_dev=0.239
OP1 A 0, 0.156, 0.396, 0.635, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.396 std_dev=0.240
N7 B 0, 0.181, 0.423, 0.665, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.423 std_dev=0.242
P B 0, 0.210, 0.468, 0.725, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.468 std_dev=0.258
OP2 B 0, 0.192, 0.458, 0.723, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.458 std_dev=0.266
OP2 A 0, 0.168, 0.439, 0.710, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.439 std_dev=0.271
OP1 B 0, 0.273, 0.568, 0.862, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.568 std_dev=0.294

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.08 0.09 0.06
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.03 0.08 0.09 0.12 0.09
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.11 0.09 0.08
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.06 0.06
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.10 0.12 0.17 0.12
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.12 0.14 0.19 0.14
C5' 0.02 0.05 0.03 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.08 0.05 0.06 0.07 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.11 0.14 0.17 0.13
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.08 0.10 0.13 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.03 0.09 0.10 0.15 0.10
N4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.11 0.13 0.19 0.13
O2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.05 0.07 0.08 0.10 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.13 0.11 0.09
O3' 0.04 0.05 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.00 0.03 0.03 0.11 0.06 0.06
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.05 0.05 0.08 0.05
O5' 0.05 0.08 0.05 0.03 0.10 0.01 0.12 0.01 0.11 0.08 0.09 0.11 0.07 0.05 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.09 0.11 0.10 0.12 0.06 0.14 0.03 0.14 0.10 0.10 0.13 0.08 0.13 0.11 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.12 0.09 0.06 0.17 0.03 0.19 0.01 0.17 0.13 0.15 0.19 0.10 0.11 0.06 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.09 0.08 0.06 0.12 0.03 0.14 0.01 0.13 0.09 0.10 0.13 0.07 0.09 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.16 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.08 0.14 0.14 0.12 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.11 0.10 0.13 0.10
C2 0.08 0.15 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09 0.12 0.10 0.08 0.12 0.13 0.13 0.10 0.07 0.10 0.09 0.09 0.13 0.11 0.13 0.11
C2' 0.10 0.16 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.14 0.13 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.12 0.09
C3' 0.11 0.16 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.11 0.14 0.14 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.09 0.10 0.12 0.09
C4 0.06 0.11 0.06 0.07 0.06 0.09 0.10 0.12 0.11 0.10 0.10 0.10 0.14 0.12 0.05 0.09 0.08 0.08 0.13 0.12 0.13 0.12
C4' 0.12 0.17 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.10 0.12 0.12 0.15 0.14 0.13 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.10 0.10 0.13 0.10
C5 0.08 0.14 0.07 0.07 0.08 0.09 0.12 0.10 0.14 0.10 0.13 0.12 0.16 0.13 0.06 0.09 0.08 0.09 0.12 0.11 0.13 0.11
C5' 0.15 0.17 0.15 0.15 0.15 0.14 0.16 0.12 0.15 0.16 0.16 0.15 0.17 0.17 0.15 0.15 0.15 0.15 0.11 0.13 0.14 0.12
C6 0.08 0.16 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.12 0.08 0.14 0.13 0.16 0.11 0.07 0.09 0.08 0.10 0.11 0.11 0.13 0.11
N1 0.08 0.15 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.08 0.12 0.13 0.13 0.09 0.06 0.10 0.08 0.09 0.11 0.10 0.13 0.11
N3 0.07 0.13 0.08 0.08 0.08 0.10 0.10 0.12 0.11 0.09 0.11 0.12 0.13 0.11 0.07 0.10 0.09 0.09 0.14 0.12 0.13 0.12
N4 0.05 0.10 0.06 0.07 0.09 0.10 0.12 0.13 0.12 0.12 0.10 0.09 0.14 0.14 0.08 0.08 0.09 0.08 0.15 0.14 0.14 0.13
O2 0.09 0.17 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.12 0.12 0.09 0.14 0.15 0.15 0.11 0.09 0.11 0.10 0.10 0.13 0.12 0.13 0.11
O2' 0.09 0.15 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.11 0.13 0.13 0.11 0.12 0.08 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.13 0.09
O3' 0.10 0.16 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.11 0.14 0.13 0.11 0.11 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.12 0.08
O4' 0.11 0.17 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.12 0.11 0.15 0.14 0.14 0.12 0.10 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.14 0.11
O5' 0.12 0.13 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11 0.15 0.12 0.12 0.12 0.15 0.13 0.12 0.12 0.14 0.09 0.11 0.12 0.09
OP1 0.13 0.13 0.12 0.13 0.11 0.14 0.12 0.13 0.10 0.16 0.12 0.11 0.11 0.16 0.13 0.12 0.13 0.15 0.12 0.13 0.13 0.12
OP2 0.17 0.15 0.16 0.17 0.15 0.17 0.16 0.16 0.15 0.19 0.15 0.14 0.15 0.19 0.17 0.16 0.17 0.17 0.15 0.14 0.13 0.13
P 0.12 0.12 0.12 0.12 0.11 0.13 0.12 0.12 0.11 0.15 0.12 0.11 0.11 0.16 0.13 0.12 0.13 0.14 0.11 0.11 0.11 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.10 0.12 0.15 0.12
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.12 0.06 0.06
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.06 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.05 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.09 0.12 0.13 0.11
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.11 0.15 0.16 0.14
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.08 0.08 0.06 0.09 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.12 0.16 0.18 0.15
C8 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.03 0.10 0.14 0.13 0.12
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.12 0.14 0.17 0.14
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.09 0.11 0.12 0.10
N6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.13 0.18 0.21 0.17
N7 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.12 0.16 0.17 0.15
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.11 0.10 0.09
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.11 0.05 0.04
O3' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.07 0.03 0.02 0.06 0.08 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.13 0.06 0.06
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03
O5' 0.04 0.10 0.03 0.02 0.09 0.01 0.11 0.00 0.12 0.10 0.12 0.09 0.13 0.12 0.08 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.12 0.12 0.11 0.12 0.07 0.15 0.04 0.16 0.14 0.14 0.11 0.18 0.16 0.11 0.11 0.13 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.15 0.06 0.05 0.13 0.01 0.16 0.01 0.18 0.13 0.17 0.12 0.21 0.17 0.10 0.05 0.06 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.12 0.06 0.05 0.11 0.01 0.14 0.00 0.15 0.12 0.14 0.10 0.17 0.15 0.09 0.04 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00