ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48171

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 5, 10, 4, 4, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N3 A 0, -0.001, 0.010, 0.020, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.010 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.020, 0.032, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.021 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.019, 0.054, 0.090, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.054 std_dev=0.035
N4 A 0, 0.029, 0.065, 0.100, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.065 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.037, 0.107, 0.177, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.107 std_dev=0.070
C2' A 0, 0.030, 0.110, 0.191, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.110 std_dev=0.081
O2' A 0, 0.089, 0.194, 0.299, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.194 std_dev=0.105
C8 B 0, 0.105, 0.219, 0.333, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.219 std_dev=0.114
N9 B 0, 0.104, 0.221, 0.339, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.221 std_dev=0.117
C3' A 0, 0.027, 0.151, 0.275, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.151 std_dev=0.124
C1' B 0, 0.113, 0.240, 0.366, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.240 std_dev=0.127
C4' A 0, 0.010, 0.140, 0.269, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.140 std_dev=0.130
N7 B 0, 0.106, 0.237, 0.368, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.237 std_dev=0.131
O3' A 0, 0.064, 0.196, 0.328, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.196 std_dev=0.132
C4 B 0, 0.107, 0.240, 0.372, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.240 std_dev=0.133
C5 B 0, 0.100, 0.239, 0.378, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.239 std_dev=0.139
O4' B 0, 0.100, 0.241, 0.381, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.241 std_dev=0.141
C2' B 0, 0.123, 0.272, 0.422, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.272 std_dev=0.150
N3 B 0, 0.121, 0.275, 0.428, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.275 std_dev=0.154
O5' A 0, 0.115, 0.273, 0.430, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.273 std_dev=0.158
C6 B 0, 0.102, 0.264, 0.426, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.264 std_dev=0.162
C3' B 0, 0.116, 0.289, 0.462, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.289 std_dev=0.173
C2 B 0, 0.118, 0.292, 0.467, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.292 std_dev=0.175
N1 B 0, 0.110, 0.285, 0.461, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.285 std_dev=0.176
N6 B 0, 0.116, 0.292, 0.467, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.292 std_dev=0.176
O3' B 0, 0.153, 0.341, 0.529, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.341 std_dev=0.188
C4' B 0, 0.127, 0.315, 0.503, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.315 std_dev=0.188
O2' B 0, 0.148, 0.343, 0.537, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.343 std_dev=0.195
P A 0, 0.082, 0.286, 0.491, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.286 std_dev=0.204
OP1 A 0, 0.104, 0.339, 0.575, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.339 std_dev=0.235
OP2 A 0, 0.100, 0.346, 0.592, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.346 std_dev=0.246
C5' A 0, -0.011, 0.266, 0.544, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.266 std_dev=0.278
P B 0, 0.059, 0.354, 0.649, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.354 std_dev=0.295
O5' B 0, 0.096, 0.408, 0.721, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.408 std_dev=0.313
C5' B 0, 0.102, 0.420, 0.739, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.420 std_dev=0.318
OP2 B 0, 0.106, 0.497, 0.888, 2.091 max_d=2.091 avg_d=0.497 std_dev=0.391
OP1 B 0, -0.098, 0.454, 1.005, 3.087 max_d=3.087 avg_d=0.454 std_dev=0.552

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.07 0.13 0.09 0.05
C2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.03 0.11 0.11 0.08 0.06
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.10 0.01 0.02 0.01 0.10 0.13 0.11 0.06
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.06 0.04 0.05 0.06 0.07 0.02 0.01 0.01 0.12 0.13 0.15 0.07
C4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.15 0.09 0.09 0.06
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.02 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.14 0.12 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.05 0.16 0.13 0.12 0.08
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.11 0.01 0.15 0.00 0.14 0.07 0.06 0.12 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.16 0.17 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.05 0.13 0.16 0.10 0.07
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.10 0.12 0.07 0.04
N3 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.05 0.03 0.13 0.08 0.08 0.06
N4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.06 0.04 0.16 0.10 0.11 0.09
O2 0.03 0.01 0.10 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.09 0.08 0.06 0.10 0.14 0.12 0.10
O2' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.05 0.05 0.09 0.00 0.04 0.03 0.05 0.13 0.12 0.05
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.05 0.04 0.05 0.06 0.08 0.04 0.00 0.02 0.07 0.13 0.15 0.05
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.06 0.03 0.02 0.00 0.05 0.12 0.09 0.05
O5' 0.07 0.11 0.10 0.12 0.15 0.01 0.16 0.01 0.13 0.10 0.13 0.16 0.10 0.05 0.07 0.05 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.13 0.11 0.13 0.13 0.09 0.14 0.13 0.16 0.16 0.12 0.08 0.10 0.14 0.13 0.13 0.12 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.08 0.11 0.15 0.09 0.12 0.12 0.17 0.10 0.07 0.08 0.11 0.12 0.12 0.15 0.09 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.03 0.08 0.02 0.07 0.04 0.06 0.09 0.10 0.05 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.10 0.09 0.06 0.13 0.07 0.19 0.08 0.07 0.07 0.09 0.12 0.08 0.06 0.10 0.10 0.10 0.26 0.22 0.37 0.14
C2 0.06 0.09 0.09 0.09 0.05 0.13 0.06 0.22 0.06 0.07 0.06 0.09 0.11 0.08 0.05 0.11 0.09 0.10 0.24 0.38 0.35 0.20
C2' 0.09 0.11 0.10 0.09 0.08 0.12 0.07 0.15 0.07 0.07 0.08 0.10 0.09 0.07 0.08 0.09 0.10 0.10 0.26 0.20 0.36 0.13
C3' 0.11 0.13 0.11 0.10 0.10 0.11 0.08 0.13 0.08 0.08 0.10 0.13 0.08 0.08 0.10 0.12 0.11 0.11 0.27 0.16 0.34 0.09
C4 0.07 0.09 0.10 0.09 0.07 0.14 0.09 0.22 0.09 0.08 0.08 0.09 0.11 0.10 0.06 0.11 0.09 0.11 0.23 0.43 0.29 0.19
C4' 0.12 0.14 0.12 0.12 0.10 0.16 0.07 0.19 0.07 0.07 0.09 0.14 0.09 0.07 0.09 0.12 0.14 0.13 0.30 0.13 0.31 0.06
C5 0.09 0.12 0.12 0.10 0.11 0.14 0.13 0.19 0.14 0.10 0.13 0.12 0.15 0.12 0.09 0.11 0.11 0.11 0.25 0.31 0.31 0.14
C5' 0.21 0.22 0.20 0.21 0.17 0.25 0.12 0.25 0.11 0.12 0.15 0.23 0.09 0.10 0.17 0.21 0.24 0.22 0.37 0.22 0.24 0.11
C6 0.08 0.11 0.11 0.10 0.09 0.13 0.11 0.18 0.14 0.09 0.12 0.10 0.16 0.12 0.08 0.10 0.10 0.11 0.26 0.23 0.34 0.12
N1 0.07 0.09 0.10 0.09 0.06 0.13 0.07 0.20 0.08 0.07 0.07 0.09 0.13 0.09 0.06 0.10 0.10 0.11 0.26 0.27 0.36 0.16
N3 0.06 0.09 0.09 0.09 0.05 0.13 0.05 0.23 0.06 0.06 0.06 0.08 0.09 0.08 0.04 0.11 0.09 0.10 0.23 0.45 0.32 0.22
N4 0.08 0.11 0.11 0.10 0.11 0.15 0.12 0.25 0.11 0.10 0.10 0.11 0.12 0.13 0.09 0.14 0.10 0.12 0.21 0.48 0.22 0.20
O2 0.06 0.12 0.08 0.08 0.07 0.12 0.08 0.21 0.09 0.08 0.10 0.10 0.12 0.10 0.06 0.11 0.08 0.09 0.24 0.40 0.37 0.23
O2' 0.10 0.12 0.11 0.10 0.10 0.12 0.10 0.17 0.11 0.09 0.12 0.11 0.13 0.10 0.09 0.11 0.11 0.11 0.26 0.21 0.37 0.14
O3' 0.10 0.12 0.11 0.09 0.10 0.11 0.08 0.12 0.07 0.08 0.09 0.13 0.07 0.07 0.10 0.11 0.11 0.10 0.27 0.15 0.33 0.08
O4' 0.08 0.10 0.10 0.09 0.06 0.13 0.07 0.18 0.07 0.07 0.07 0.10 0.12 0.08 0.06 0.10 0.10 0.10 0.25 0.17 0.37 0.11
O5' 0.13 0.13 0.16 0.13 0.15 0.11 0.18 0.10 0.18 0.18 0.15 0.13 0.21 0.19 0.16 0.15 0.11 0.12 0.19 0.23 0.46 0.19
OP1 0.11 0.18 0.10 0.10 0.11 0.14 0.09 0.16 0.11 0.08 0.15 0.16 0.12 0.09 0.09 0.10 0.12 0.12 0.24 0.21 0.36 0.11
OP2 0.10 0.08 0.11 0.14 0.06 0.18 0.08 0.23 0.10 0.07 0.08 0.09 0.15 0.10 0.06 0.11 0.18 0.12 0.31 0.23 0.26 0.10
P 0.06 0.09 0.08 0.07 0.06 0.11 0.07 0.14 0.09 0.07 0.08 0.09 0.13 0.09 0.05 0.07 0.10 0.08 0.24 0.21 0.34 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.07 0.29 0.08 0.10
C2 0.03 0.00 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.07 0.21 0.19 0.27 0.12
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.10 0.36 0.08 0.14
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.13 0.28 0.10 0.10
C4 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.16 0.33 0.21 0.15
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.06 0.07 0.05 0.03 0.01 0.07 0.03 0.00 0.01 0.17 0.09 0.05
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.04 0.17 0.39 0.24 0.19
C5' 0.01 0.10 0.03 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.08 0.05 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.05 0.19 0.36 0.29 0.19
C8 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.04 0.02 0.13 0.45 0.16 0.19
N1 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.06 0.21 0.26 0.30 0.15
N3 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.06 0.18 0.21 0.21 0.11
N6 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.05 0.20 0.40 0.32 0.22
N7 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.04 0.03 0.15 0.46 0.22 0.21
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.12 0.37 0.15 0.16
O2' 0.03 0.05 0.00 0.02 0.03 0.07 0.05 0.06 0.04 0.09 0.03 0.05 0.06 0.09 0.04 0.00 0.04 0.04 0.08 0.30 0.12 0.09
O3' 0.04 0.05 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.00 0.02 0.11 0.18 0.24 0.08
O4' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.06 0.05 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.09 0.27 0.10 0.11
O5' 0.07 0.21 0.10 0.13 0.16 0.01 0.17 0.01 0.19 0.13 0.21 0.18 0.20 0.15 0.12 0.08 0.11 0.09 0.00 0.04 0.02 0.00
OP1 0.29 0.19 0.36 0.28 0.33 0.17 0.39 0.08 0.36 0.45 0.26 0.21 0.40 0.46 0.37 0.30 0.18 0.27 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.27 0.08 0.10 0.21 0.09 0.24 0.05 0.29 0.16 0.30 0.21 0.32 0.22 0.15 0.12 0.24 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.12 0.14 0.10 0.15 0.05 0.19 0.01 0.19 0.19 0.15 0.11 0.22 0.21 0.16 0.09 0.08 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00