ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48172

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 5, 7, 7, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.005, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.009, 0.018, 0.026, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.025, 0.048, 0.071, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.048 std_dev=0.023
N4 A 0, 0.028, 0.054, 0.081, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.054 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.011, 0.117, 0.222, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.117 std_dev=0.106
C2' A 0, 0.045, 0.165, 0.286, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.165 std_dev=0.121
C4' A 0, 0.025, 0.171, 0.318, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.171 std_dev=0.147
O2' A 0, 0.130, 0.280, 0.429, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.280 std_dev=0.150
O2' B 0, 0.166, 0.319, 0.472, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.319 std_dev=0.153
C8 B 0, 0.252, 0.411, 0.570, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.411 std_dev=0.159
N9 B 0, 0.240, 0.401, 0.561, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.401 std_dev=0.161
C1' B 0, 0.322, 0.485, 0.648, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.485 std_dev=0.163
C2' B 0, 0.260, 0.427, 0.594, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.427 std_dev=0.167
C3' A 0, 0.080, 0.248, 0.416, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.248 std_dev=0.168
N3 B 0, 0.224, 0.394, 0.564, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.394 std_dev=0.170
C4 B 0, 0.188, 0.363, 0.537, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.363 std_dev=0.175
N7 B 0, 0.189, 0.377, 0.564, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.377 std_dev=0.188
C2 B 0, 0.205, 0.396, 0.588, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.396 std_dev=0.192
C5 B 0, 0.138, 0.339, 0.541, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.339 std_dev=0.201
N1 B 0, 0.149, 0.370, 0.591, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.370 std_dev=0.221
C6 B 0, 0.104, 0.335, 0.566, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.335 std_dev=0.231
O3' A 0, 0.131, 0.366, 0.601, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.366 std_dev=0.235
O4' B 0, 0.411, 0.647, 0.884, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.647 std_dev=0.236
C4' B 0, 0.464, 0.708, 0.953, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.708 std_dev=0.244
C3' B 0, 0.349, 0.612, 0.875, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.612 std_dev=0.263
C5' A 0, 0.096, 0.366, 0.636, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.366 std_dev=0.270
N6 B 0, 0.073, 0.352, 0.631, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.352 std_dev=0.279
O5' A 0, 0.162, 0.480, 0.798, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.480 std_dev=0.318
O5' B 0, 0.470, 0.796, 1.122, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.796 std_dev=0.326
P B 0, 0.461, 0.796, 1.130, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.796 std_dev=0.334
C5' B 0, 0.455, 0.797, 1.140, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.797 std_dev=0.343
OP1 B 0, 0.483, 0.863, 1.244, 1.838 max_d=1.838 avg_d=0.863 std_dev=0.380
OP2 B 0, 0.437, 0.840, 1.243, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.840 std_dev=0.403
P A 0, 0.515, 1.030, 1.544, 2.180 max_d=2.180 avg_d=1.030 std_dev=0.514
O3' B 0, 0.156, 0.752, 1.347, 2.469 max_d=2.469 avg_d=0.752 std_dev=0.596
OP2 A 0, 0.713, 1.957, 3.201, 3.508 max_d=3.508 avg_d=1.957 std_dev=1.244
OP1 A 0, 0.819, 2.273, 3.727, 4.251 max_d=4.251 avg_d=2.273 std_dev=1.454

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.10 0.33 0.29 0.11
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.03 0.16 0.58 0.65 0.20
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.02 0.07 0.01 0.08 0.02 0.03 0.04 0.11 0.00 0.03 0.01 0.05 0.18 0.39 0.11
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.11 0.02 0.11 0.04 0.03 0.07 0.09 0.01 0.00 0.01 0.06 0.33 0.35 0.17
C4 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.15 0.79 0.85 0.26
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.17 0.18 0.05
C5 0.01 0.00 0.07 0.11 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.03 0.14 0.79 0.79 0.25
C5' 0.03 0.07 0.01 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.10 0.07 0.08 0.11 0.06 0.06 0.06 0.02 0.01 0.20 0.37 0.02
C6 0.01 0.00 0.08 0.11 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.04 0.14 0.65 0.61 0.21
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.14 0.53 0.53 0.18
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.16 0.71 0.79 0.24
N4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.02 0.15 0.87 0.93 0.27
O2 0.02 0.00 0.11 0.09 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.12 0.05 0.16 0.49 0.60 0.18
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.03 0.06 0.05 0.06 0.05 0.02 0.04 0.03 0.11 0.00 0.07 0.03 0.02 0.26 0.29 0.13
O3' 0.02 0.05 0.03 0.00 0.08 0.01 0.13 0.06 0.12 0.03 0.04 0.10 0.12 0.07 0.00 0.02 0.11 0.68 0.43 0.29
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.00 0.12 0.39 0.16 0.17
O5' 0.10 0.16 0.05 0.06 0.15 0.01 0.14 0.01 0.14 0.14 0.16 0.15 0.16 0.02 0.11 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.33 0.58 0.18 0.33 0.79 0.17 0.79 0.20 0.65 0.53 0.71 0.87 0.49 0.26 0.68 0.39 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.65 0.39 0.35 0.85 0.18 0.79 0.37 0.61 0.53 0.79 0.93 0.60 0.29 0.43 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.20 0.11 0.17 0.26 0.05 0.25 0.02 0.21 0.18 0.24 0.27 0.18 0.13 0.29 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.15 0.10 0.11 0.12 0.12 0.16 0.14 0.17 0.16 0.13 0.14 0.24 0.19 0.12 0.14 0.40 0.15 0.19 0.49 0.30 0.26
C2 0.10 0.20 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.11 0.08 0.14 0.16 0.16 0.12 0.16 0.10 0.12 0.32 0.12 0.15 0.50 0.28 0.25
C2' 0.10 0.15 0.08 0.11 0.10 0.09 0.15 0.10 0.16 0.16 0.12 0.13 0.25 0.20 0.11 0.15 0.43 0.13 0.15 0.50 0.30 0.25
C3' 0.13 0.16 0.13 0.19 0.11 0.15 0.13 0.10 0.14 0.13 0.12 0.16 0.23 0.17 0.10 0.21 0.53 0.14 0.09 0.43 0.22 0.18
C4 0.09 0.13 0.08 0.08 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.13 0.09 0.11 0.11 0.14 0.09 0.11 0.30 0.09 0.10 0.49 0.21 0.21
C4' 0.13 0.16 0.15 0.19 0.11 0.15 0.13 0.13 0.16 0.12 0.13 0.15 0.23 0.15 0.11 0.22 0.52 0.15 0.15 0.44 0.24 0.21
C5 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.07 0.14 0.07 0.14 0.14 0.09 0.07 0.17 0.17 0.10 0.14 0.38 0.10 0.09 0.47 0.20 0.20
C5' 0.18 0.17 0.23 0.26 0.14 0.21 0.13 0.19 0.15 0.12 0.14 0.19 0.21 0.13 0.14 0.29 0.56 0.19 0.19 0.45 0.24 0.23
C6 0.09 0.09 0.09 0.11 0.10 0.09 0.15 0.09 0.16 0.15 0.10 0.09 0.21 0.18 0.11 0.15 0.41 0.12 0.12 0.47 0.23 0.22
N1 0.10 0.14 0.09 0.10 0.09 0.10 0.13 0.11 0.13 0.15 0.09 0.12 0.20 0.18 0.10 0.14 0.38 0.12 0.15 0.49 0.27 0.24
N3 0.10 0.21 0.08 0.08 0.11 0.08 0.09 0.09 0.08 0.14 0.18 0.17 0.08 0.14 0.10 0.11 0.27 0.11 0.13 0.50 0.25 0.24
N4 0.09 0.12 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.13 0.11 0.11 0.10 0.12 0.09 0.10 0.23 0.09 0.07 0.50 0.17 0.20
O2 0.11 0.24 0.09 0.09 0.13 0.10 0.12 0.13 0.13 0.14 0.22 0.19 0.12 0.16 0.12 0.11 0.30 0.13 0.18 0.50 0.30 0.26
O2' 0.12 0.16 0.09 0.09 0.14 0.12 0.21 0.17 0.22 0.21 0.17 0.14 0.32 0.25 0.15 0.13 0.39 0.16 0.23 0.55 0.38 0.33
O3' 0.14 0.15 0.14 0.22 0.10 0.16 0.13 0.10 0.14 0.13 0.11 0.16 0.24 0.17 0.11 0.23 0.57 0.15 0.08 0.42 0.22 0.18
O4' 0.13 0.15 0.12 0.14 0.13 0.14 0.15 0.15 0.17 0.14 0.14 0.15 0.23 0.17 0.12 0.17 0.46 0.16 0.18 0.46 0.27 0.23
O5' 0.19 0.26 0.17 0.21 0.22 0.21 0.25 0.19 0.28 0.22 0.27 0.23 0.33 0.26 0.20 0.20 0.52 0.23 0.19 0.50 0.28 0.26
OP1 1.31 1.31 1.15 1.28 1.29 1.39 1.21 1.36 1.15 1.23 1.18 1.35 1.05 1.18 1.28 1.00 1.50 1.41 1.27 1.16 1.15 1.21
OP2 0.66 0.41 0.77 0.64 0.58 0.58 0.61 0.61 0.53 0.72 0.43 0.48 0.54 0.69 0.66 0.86 0.52 0.60 0.70 1.13 0.88 0.84
P 0.38 0.45 0.24 0.31 0.42 0.39 0.43 0.37 0.45 0.41 0.45 0.43 0.46 0.43 0.40 0.15 0.59 0.44 0.33 0.56 0.36 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.24 0.00 0.04 0.31 0.07 0.08
C2 0.03 0.00 0.08 0.08 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.16 0.43 0.09 0.12 0.33 0.17 0.14
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.05 0.03 0.00 0.09 0.02 0.10 0.40 0.08 0.12
C3' 0.02 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.09 0.05 0.08 0.05 0.08 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.43 0.10 0.18
C4 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.31 0.05 0.12 0.34 0.15 0.14
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.07 0.05 0.06 0.03 0.06 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.21 0.03 0.06
C5 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.25 0.03 0.17 0.36 0.21 0.18
C5' 0.02 0.08 0.06 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.10 0.11 0.09 0.07 0.11 0.12 0.06 0.05 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.29 0.05 0.18 0.36 0.23 0.19
C8 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.10 0.04 0.16 0.37 0.18 0.18
N1 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.38 0.07 0.16 0.35 0.21 0.16
N3 0.03 0.00 0.07 0.08 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.15 0.43 0.08 0.10 0.31 0.14 0.12
N6 0.02 0.01 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.26 0.04 0.20 0.37 0.26 0.21
N7 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.14 0.02 0.19 0.37 0.23 0.21
N9 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.22 0.01 0.10 0.34 0.12 0.13
O2' 0.02 0.16 0.00 0.03 0.09 0.02 0.06 0.05 0.09 0.06 0.14 0.15 0.08 0.04 0.03 0.00 0.11 0.02 0.12 0.45 0.12 0.14
O3' 0.24 0.43 0.09 0.01 0.31 0.05 0.25 0.04 0.29 0.10 0.38 0.43 0.26 0.14 0.22 0.11 0.00 0.18 0.03 0.59 0.15 0.26
O4' 0.00 0.09 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.07 0.08 0.04 0.02 0.01 0.02 0.18 0.00 0.03 0.18 0.05 0.04
O5' 0.04 0.12 0.10 0.03 0.12 0.01 0.17 0.01 0.18 0.16 0.16 0.10 0.20 0.19 0.10 0.12 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.31 0.33 0.40 0.43 0.34 0.21 0.36 0.07 0.36 0.37 0.35 0.31 0.37 0.37 0.34 0.45 0.59 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.17 0.08 0.10 0.15 0.03 0.21 0.01 0.23 0.18 0.21 0.14 0.26 0.23 0.12 0.12 0.15 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.14 0.12 0.18 0.14 0.06 0.18 0.01 0.19 0.18 0.16 0.12 0.21 0.21 0.13 0.14 0.26 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00