ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48173

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 2, 2, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.007, 0.012, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.014, 0.022, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.022 std_dev=0.008
N4 A 0, 0.010, 0.018, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N3 A 0, -0.008, 0.014, 0.036, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.014 std_dev=0.022
C6 A 0, -0.005, 0.021, 0.047, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.021 std_dev=0.026
C2 A 0, -0.009, 0.018, 0.045, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.018 std_dev=0.027
C5 A 0, -0.001, 0.029, 0.058, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.029 std_dev=0.030
O2 A 0, 0.005, 0.046, 0.086, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.046 std_dev=0.041
C2' A 0, 0.162, 0.254, 0.346, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.254 std_dev=0.092
O2' A 0, 0.148, 0.247, 0.346, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.247 std_dev=0.099
O4' A 0, 0.176, 0.278, 0.380, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.278 std_dev=0.102
C4' A 0, 0.274, 0.424, 0.574, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.424 std_dev=0.150
C3' A 0, 0.283, 0.437, 0.591, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.437 std_dev=0.154
O2' B 0, 0.206, 0.376, 0.545, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.376 std_dev=0.170
C5 B 0, 0.211, 0.385, 0.560, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.385 std_dev=0.175
N7 B 0, 0.241, 0.416, 0.591, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.416 std_dev=0.175
N6 B 0, 0.192, 0.372, 0.553, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.372 std_dev=0.180
C2' B 0, 0.219, 0.400, 0.581, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.400 std_dev=0.181
N9 B 0, 0.252, 0.436, 0.620, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.436 std_dev=0.184
C4 B 0, 0.216, 0.400, 0.584, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.400 std_dev=0.184
C8 B 0, 0.258, 0.443, 0.627, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.443 std_dev=0.185
C6 B 0, 0.176, 0.362, 0.549, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.362 std_dev=0.186
C1' B 0, 0.268, 0.473, 0.679, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.473 std_dev=0.205
O3' A 0, 0.354, 0.562, 0.770, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.562 std_dev=0.208
N3 B 0, 0.198, 0.410, 0.622, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.410 std_dev=0.212
N1 B 0, 0.149, 0.365, 0.580, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.365 std_dev=0.215
C3' B 0, 0.245, 0.470, 0.695, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.470 std_dev=0.225
C2 B 0, 0.155, 0.385, 0.615, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.385 std_dev=0.230
O5' A 0, 0.305, 0.540, 0.776, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.540 std_dev=0.235
O3' B 0, 0.226, 0.466, 0.706, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.466 std_dev=0.240
C5' B 0, 0.239, 0.484, 0.728, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.484 std_dev=0.245
C4' B 0, 0.267, 0.513, 0.759, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.513 std_dev=0.246
OP2 A 0, 0.433, 0.689, 0.945, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.689 std_dev=0.256
O4' B 0, 0.285, 0.543, 0.801, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.543 std_dev=0.258
C5' A 0, 0.481, 0.751, 1.021, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.751 std_dev=0.270
P A 0, 0.398, 0.674, 0.949, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.674 std_dev=0.276
OP2 B 0, 0.240, 0.523, 0.806, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.523 std_dev=0.283
OP1 B 0, 0.252, 0.545, 0.838, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.545 std_dev=0.293
O5' B 0, 0.275, 0.570, 0.865, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.570 std_dev=0.295
P B 0, 0.233, 0.533, 0.833, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.533 std_dev=0.300
OP1 A 0, 1.199, 1.773, 2.348, 2.498 max_d=2.498 avg_d=1.773 std_dev=0.575

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.08 0.14 0.09 0.04
C2 0.02 0.00 0.03 0.06 0.01 0.04 0.04 0.08 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.18 0.13 0.16 0.13
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.00 0.01 0.01 0.04 0.13 0.11 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.06 0.05 0.07 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.13 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.04 0.11 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.22 0.18 0.19 0.18
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.13 0.10 0.02
C5 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.06 0.03 0.20 0.17 0.17 0.16
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.11 0.00 0.11 0.00 0.09 0.07 0.10 0.12 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.11 0.10 0.01
C6 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.03 0.00 0.09 0.00 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.18 0.14 0.14 0.12
N1 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.15 0.13 0.13 0.09
N3 0.02 0.00 0.03 0.06 0.01 0.04 0.05 0.10 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.21 0.15 0.19 0.16
N4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.03 0.12 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.23 0.20 0.21 0.20
O2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.03 0.16 0.13 0.15 0.10
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.00 0.03 0.04 0.03 0.13 0.12 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.05 0.03 0.06 0.06 0.07 0.03 0.00 0.01 0.09 0.11 0.17 0.08
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.08 0.17 0.08 0.06
O5' 0.08 0.18 0.04 0.05 0.22 0.02 0.20 0.00 0.18 0.15 0.21 0.23 0.16 0.03 0.09 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.14 0.13 0.13 0.12 0.18 0.13 0.17 0.11 0.14 0.13 0.15 0.20 0.13 0.13 0.11 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.16 0.11 0.13 0.19 0.10 0.17 0.10 0.14 0.13 0.19 0.21 0.15 0.12 0.17 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.13 0.04 0.05 0.18 0.02 0.16 0.01 0.12 0.09 0.16 0.20 0.10 0.03 0.08 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.10 0.12 0.11 0.11 0.12 0.10 0.12 0.09 0.11 0.08 0.12 0.12 0.11 0.11 0.11 0.09 0.13 0.11 0.10 0.10 0.05
C2 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.10 0.06 0.07 0.07 0.10 0.08 0.06 0.04 0.08 0.09 0.13 0.12 0.07
C2' 0.13 0.09 0.13 0.12 0.10 0.12 0.10 0.12 0.09 0.11 0.07 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.10 0.13 0.13 0.12 0.09 0.06
C3' 0.11 0.07 0.12 0.10 0.07 0.11 0.08 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.13 0.09 0.08 0.13 0.09 0.11 0.10 0.13 0.11 0.07
C4 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.04 0.09 0.05 0.06 0.05 0.09 0.07 0.06 0.05 0.07 0.12 0.14 0.10 0.08
C4' 0.10 0.08 0.11 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.11 0.08 0.09 0.09 0.15 0.09 0.08 0.13 0.08 0.11 0.10 0.11 0.11 0.06
C5 0.11 0.06 0.11 0.10 0.06 0.10 0.06 0.11 0.07 0.11 0.07 0.05 0.08 0.09 0.10 0.10 0.06 0.11 0.14 0.12 0.08 0.08
C5' 0.06 0.11 0.08 0.06 0.08 0.07 0.11 0.06 0.15 0.08 0.15 0.08 0.18 0.11 0.06 0.13 0.05 0.08 0.07 0.13 0.16 0.09
C6 0.12 0.06 0.12 0.11 0.08 0.12 0.08 0.12 0.08 0.10 0.07 0.07 0.10 0.09 0.11 0.12 0.08 0.12 0.13 0.11 0.09 0.07
N1 0.10 0.07 0.10 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.06 0.10 0.04 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09 0.06 0.11 0.11 0.11 0.10 0.06
N3 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.09 0.06 0.06 0.06 0.10 0.07 0.07 0.06 0.07 0.10 0.14 0.12 0.08
N4 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.09 0.07 0.08 0.05 0.09 0.07 0.11 0.09 0.07 0.13 0.16 0.10 0.09
O2 0.08 0.10 0.07 0.07 0.09 0.08 0.11 0.08 0.11 0.11 0.10 0.09 0.12 0.12 0.09 0.06 0.04 0.10 0.09 0.13 0.14 0.08
O2' 0.13 0.10 0.13 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.09 0.11 0.15 0.13 0.12 0.12 0.10 0.13 0.13 0.11 0.09 0.06
O3' 0.10 0.07 0.12 0.11 0.07 0.11 0.08 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.13 0.09 0.08 0.14 0.09 0.10 0.10 0.14 0.11 0.08
O4' 0.15 0.10 0.15 0.14 0.11 0.15 0.09 0.14 0.10 0.10 0.08 0.13 0.15 0.10 0.12 0.15 0.14 0.15 0.13 0.11 0.10 0.07
O5' 0.10 0.17 0.12 0.10 0.15 0.11 0.18 0.11 0.21 0.15 0.21 0.14 0.23 0.18 0.13 0.15 0.10 0.11 0.14 0.21 0.25 0.18
OP1 0.13 0.20 0.15 0.13 0.18 0.11 0.20 0.12 0.22 0.18 0.22 0.17 0.23 0.20 0.16 0.19 0.14 0.13 0.14 0.17 0.19 0.15
OP2 0.10 0.18 0.09 0.08 0.14 0.10 0.17 0.11 0.20 0.13 0.20 0.14 0.22 0.16 0.12 0.14 0.09 0.12 0.10 0.13 0.16 0.10
P 0.07 0.15 0.09 0.06 0.12 0.07 0.15 0.07 0.18 0.12 0.18 0.12 0.20 0.15 0.10 0.14 0.07 0.09 0.08 0.14 0.18 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.12 0.15 0.09
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.05 0.06 0.09 0.13 0.16 0.11
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.17 0.15 0.13
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.12 0.11 0.07
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.04 0.09 0.13 0.17 0.11
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.09 0.04
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03 0.10 0.14 0.18 0.12
C5' 0.02 0.06 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.07 0.07 0.05 0.08 0.08 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.04 0.10 0.14 0.18 0.12
C8 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.10 0.15 0.18 0.12
N1 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.06 0.10 0.14 0.17 0.12
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.05 0.06 0.08 0.13 0.16 0.10
N6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.04 0.11 0.15 0.19 0.13
N7 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.11 0.15 0.18 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.09 0.14 0.16 0.11
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.03 0.07 0.06 0.08 0.09 0.06 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.12 0.20 0.18 0.15
O3' 0.04 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.00 0.04 0.05 0.09 0.11 0.06
O4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.09 0.15 0.09
O5' 0.06 0.09 0.11 0.06 0.09 0.02 0.10 0.00 0.10 0.10 0.10 0.08 0.11 0.11 0.09 0.12 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.13 0.17 0.12 0.13 0.06 0.14 0.03 0.14 0.15 0.14 0.13 0.15 0.15 0.14 0.20 0.09 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.16 0.15 0.11 0.17 0.09 0.18 0.02 0.18 0.18 0.17 0.16 0.19 0.18 0.16 0.18 0.11 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.11 0.13 0.07 0.11 0.04 0.12 0.01 0.12 0.12 0.12 0.10 0.13 0.13 0.11 0.15 0.06 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00