ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48174

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.024 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.010, 0.023, 0.037, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.012, 0.025, 0.039, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.012, 0.026, 0.039, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.026 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.028, 0.064, 0.101, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.064 std_dev=0.037
N4 A 0, 0.039, 0.077, 0.115, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.077 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.242, 0.528, 0.814, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.528 std_dev=0.286
O4' A 0, 0.243, 0.540, 0.837, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.540 std_dev=0.297
P A 0, 0.315, 0.673, 1.032, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.673 std_dev=0.359
O2' A 0, 0.319, 0.678, 1.037, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.678 std_dev=0.359
O4' B 0, 0.333, 0.746, 1.159, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.746 std_dev=0.413
OP1 A 0, 0.229, 0.643, 1.058, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.643 std_dev=0.414
C4' B 0, 0.322, 0.748, 1.173, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.748 std_dev=0.426
OP2 A 0, 0.405, 0.831, 1.256, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.831 std_dev=0.426
C4' A 0, 0.360, 0.801, 1.242, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.801 std_dev=0.441
C1' B 0, 0.405, 0.853, 1.302, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.853 std_dev=0.448
N3 B 0, 0.363, 0.822, 1.281, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.822 std_dev=0.459
O3' B 0, 0.419, 0.882, 1.345, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.882 std_dev=0.463
C3' A 0, 0.389, 0.854, 1.319, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.854 std_dev=0.465
C5' B 0, 0.263, 0.729, 1.194, 1.661 max_d=1.661 avg_d=0.729 std_dev=0.466
C4 B 0, 0.400, 0.880, 1.360, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.880 std_dev=0.480
C3' B 0, 0.443, 0.950, 1.458, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.950 std_dev=0.508
N9 B 0, 0.457, 0.967, 1.477, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.967 std_dev=0.510
C2' B 0, 0.475, 1.006, 1.536, 1.531 max_d=1.531 avg_d=1.006 std_dev=0.530
O2' B 0, 0.498, 1.043, 1.589, 1.508 max_d=1.508 avg_d=1.043 std_dev=0.545
O5' A 0, 0.500, 1.046, 1.591, 1.434 max_d=1.434 avg_d=1.046 std_dev=0.546
C2 B 0, 0.434, 0.985, 1.536, 1.939 max_d=1.939 avg_d=0.985 std_dev=0.551
C5 B 0, 0.507, 1.094, 1.682, 1.862 max_d=1.862 avg_d=1.094 std_dev=0.588
N1 B 0, 0.461, 1.068, 1.674, 2.138 max_d=2.138 avg_d=1.068 std_dev=0.607
O3' A 0, 0.508, 1.124, 1.740, 1.739 max_d=1.739 avg_d=1.124 std_dev=0.616
C6 B 0, 0.518, 1.139, 1.760, 2.069 max_d=2.069 avg_d=1.139 std_dev=0.621
O5' B 0, 0.525, 1.169, 1.812, 2.089 max_d=2.089 avg_d=1.169 std_dev=0.643
C8 B 0, 0.592, 1.273, 1.955, 1.965 max_d=1.965 avg_d=1.273 std_dev=0.682
N7 B 0, 0.620, 1.352, 2.084, 2.073 max_d=2.073 avg_d=1.352 std_dev=0.732
N6 B 0, 0.636, 1.374, 2.112, 2.331 max_d=2.331 avg_d=1.374 std_dev=0.738
OP1 B 0, 0.593, 1.370, 2.147, 2.676 max_d=2.676 avg_d=1.370 std_dev=0.777
P B 0, 0.610, 1.391, 2.173, 2.614 max_d=2.614 avg_d=1.391 std_dev=0.782
C5' A 0, 0.656, 1.442, 2.227, 2.215 max_d=2.215 avg_d=1.442 std_dev=0.785
OP2 B 0, 0.741, 1.687, 2.634, 3.166 max_d=3.166 avg_d=1.687 std_dev=0.947

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.30 0.07
C2 0.03 0.00 0.11 0.12 0.01 0.07 0.01 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.03 0.21 0.10 0.25 0.06
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.10 0.05 0.18 0.00 0.02 0.01 0.17 0.23 0.15 0.10
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.10 0.03 0.12 0.06 0.19 0.03 0.01 0.01 0.24 0.31 0.08 0.19
C4 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.03 0.32 0.10 0.16 0.09
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.04 0.10 0.05 0.02 0.01 0.02 0.12 0.27 0.04
C5 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.03 0.35 0.11 0.16 0.10
C5' 0.01 0.08 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.02 0.09 0.05 0.11 0.04 0.06 0.01 0.01 0.11 0.28 0.02
C6 0.02 0.03 0.06 0.10 0.02 0.06 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.11 0.03 0.30 0.11 0.23 0.07
N1 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.20 0.10 0.26 0.05
N3 0.03 0.01 0.10 0.12 0.01 0.07 0.02 0.09 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.13 0.03 0.26 0.10 0.21 0.07
N4 0.03 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.04 0.35 0.11 0.13 0.12
O2 0.05 0.01 0.18 0.19 0.01 0.10 0.02 0.11 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.16 0.21 0.05 0.17 0.13 0.26 0.09
O2' 0.01 0.10 0.00 0.03 0.05 0.05 0.02 0.04 0.04 0.02 0.10 0.06 0.16 0.00 0.05 0.03 0.09 0.25 0.16 0.07
O3' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.07 0.02 0.08 0.06 0.11 0.03 0.13 0.08 0.21 0.05 0.00 0.02 0.19 0.39 0.08 0.23
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.00 0.09 0.09 0.41 0.18
O5' 0.08 0.21 0.17 0.24 0.32 0.02 0.35 0.01 0.30 0.20 0.26 0.35 0.17 0.09 0.19 0.09 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.09 0.10 0.23 0.31 0.10 0.12 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.13 0.25 0.39 0.09 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.30 0.25 0.15 0.08 0.16 0.27 0.16 0.28 0.23 0.26 0.21 0.13 0.26 0.16 0.08 0.41 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.06 0.10 0.19 0.09 0.04 0.10 0.02 0.07 0.05 0.07 0.12 0.09 0.07 0.23 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.16 0.09 0.11 0.05 0.05 0.06 0.14 0.04 0.12 0.09 0.15 0.08 0.13 0.06 0.16 0.20 0.08 0.16 0.23 0.16 0.17
C2 0.11 0.18 0.11 0.11 0.06 0.08 0.10 0.10 0.06 0.19 0.09 0.15 0.11 0.18 0.11 0.13 0.17 0.09 0.17 0.14 0.14 0.13
C2' 0.08 0.12 0.10 0.08 0.05 0.06 0.05 0.15 0.03 0.11 0.07 0.11 0.06 0.11 0.07 0.17 0.16 0.06 0.16 0.19 0.16 0.15
C3' 0.03 0.14 0.07 0.06 0.07 0.09 0.08 0.21 0.10 0.08 0.12 0.12 0.11 0.08 0.05 0.15 0.13 0.08 0.20 0.22 0.20 0.19
C4 0.11 0.23 0.13 0.15 0.04 0.13 0.09 0.13 0.10 0.18 0.16 0.19 0.13 0.17 0.09 0.13 0.19 0.11 0.19 0.14 0.18 0.16
C4' 0.13 0.20 0.14 0.13 0.15 0.10 0.14 0.20 0.15 0.14 0.17 0.19 0.15 0.14 0.13 0.22 0.20 0.13 0.19 0.25 0.21 0.20
C5 0.06 0.22 0.08 0.10 0.10 0.03 0.11 0.12 0.13 0.14 0.17 0.20 0.14 0.15 0.08 0.12 0.19 0.08 0.15 0.14 0.14 0.13
C5' 0.23 0.31 0.22 0.18 0.27 0.13 0.26 0.23 0.28 0.23 0.30 0.30 0.28 0.24 0.24 0.31 0.26 0.19 0.20 0.26 0.22 0.21
C6 0.08 0.19 0.09 0.11 0.09 0.05 0.09 0.14 0.10 0.13 0.13 0.17 0.11 0.14 0.08 0.15 0.19 0.10 0.16 0.19 0.15 0.15
N1 0.07 0.17 0.08 0.09 0.05 0.03 0.06 0.12 0.05 0.14 0.10 0.15 0.09 0.14 0.06 0.13 0.18 0.07 0.15 0.18 0.13 0.13
N3 0.14 0.20 0.14 0.15 0.05 0.14 0.11 0.13 0.07 0.22 0.11 0.16 0.13 0.21 0.13 0.15 0.18 0.13 0.20 0.14 0.19 0.16
N4 0.15 0.30 0.18 0.22 0.06 0.23 0.12 0.21 0.15 0.22 0.23 0.24 0.17 0.19 0.11 0.16 0.22 0.17 0.26 0.22 0.26 0.24
O2 0.13 0.17 0.12 0.11 0.10 0.09 0.14 0.10 0.10 0.22 0.10 0.15 0.15 0.22 0.14 0.15 0.16 0.11 0.18 0.14 0.15 0.13
O2' 0.08 0.15 0.10 0.08 0.08 0.04 0.07 0.14 0.06 0.12 0.09 0.14 0.07 0.12 0.08 0.18 0.16 0.06 0.15 0.21 0.15 0.16
O3' 0.02 0.09 0.07 0.07 0.05 0.12 0.06 0.23 0.08 0.06 0.09 0.07 0.09 0.07 0.03 0.15 0.11 0.09 0.21 0.23 0.22 0.20
O4' 0.14 0.21 0.17 0.18 0.14 0.12 0.12 0.19 0.12 0.14 0.16 0.20 0.13 0.14 0.13 0.24 0.26 0.14 0.20 0.28 0.21 0.21
O5' 0.19 0.20 0.17 0.16 0.20 0.28 0.22 0.41 0.22 0.23 0.21 0.19 0.23 0.23 0.20 0.15 0.13 0.26 0.35 0.33 0.34 0.32
OP1 0.20 0.12 0.24 0.23 0.17 0.18 0.18 0.23 0.16 0.21 0.13 0.13 0.18 0.21 0.20 0.32 0.27 0.19 0.20 0.30 0.28 0.25
OP2 0.15 0.18 0.12 0.12 0.18 0.16 0.18 0.20 0.18 0.15 0.19 0.18 0.19 0.17 0.16 0.16 0.12 0.19 0.15 0.19 0.20 0.17
P 0.10 0.10 0.11 0.12 0.10 0.15 0.10 0.25 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.18 0.14 0.14 0.19 0.26 0.24 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.14 0.06
C2 0.05 0.00 0.07 0.05 0.01 0.11 0.02 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.15 0.05 0.12 0.10 0.10 0.12 0.10
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.09 0.14 0.09
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.06 0.11 0.03
C4 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.04 0.06 0.05 0.05 0.15 0.07
C4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.07 0.08 0.11 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02
C5 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.10 0.09 0.19 0.13
C5' 0.02 0.15 0.05 0.02 0.07 0.00 0.07 0.00 0.07 0.15 0.11 0.15 0.08 0.13 0.05 0.04 0.04 0.01 0.00 0.08 0.01 0.01
C6 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.04 0.08 0.07 0.18 0.11
C8 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.05 0.07 0.20 0.16 0.27 0.22
N1 0.04 0.01 0.06 0.04 0.02 0.08 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.12 0.05 0.08 0.07 0.07 0.14 0.08
N3 0.04 0.01 0.07 0.04 0.01 0.11 0.02 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.14 0.05 0.12 0.09 0.09 0.13 0.09
N6 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.05 0.03 0.11 0.11 0.21 0.15
N7 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.05 0.04 0.18 0.16 0.27 0.22
N9 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.07 0.18 0.11
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.07 0.02 0.04 0.04 0.07 0.08 0.12 0.14 0.05 0.06 0.01 0.00 0.06 0.01 0.12 0.13 0.16 0.11
O3' 0.04 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.00 0.04 0.07 0.06 0.09 0.02
O4' 0.00 0.12 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.08 0.12 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.06 0.13 0.08
O5' 0.04 0.10 0.11 0.07 0.05 0.01 0.10 0.00 0.08 0.20 0.07 0.09 0.11 0.18 0.08 0.12 0.07 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.10 0.09 0.06 0.05 0.05 0.09 0.08 0.07 0.16 0.07 0.09 0.11 0.16 0.07 0.13 0.06 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.14 0.12 0.14 0.11 0.15 0.07 0.19 0.01 0.18 0.27 0.14 0.13 0.21 0.27 0.18 0.16 0.09 0.13 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.10 0.09 0.03 0.07 0.02 0.13 0.01 0.11 0.22 0.08 0.09 0.15 0.22 0.11 0.11 0.02 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00