ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48175

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.007, 0.013, 0.018, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.014 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.025 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.385, 0.685, 0.984, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.685 std_dev=0.299
C2' B 0, 0.328, 0.639, 0.949, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.639 std_dev=0.310
C2' A 0, 0.411, 0.732, 1.052, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.732 std_dev=0.321
O2' A 0, 0.477, 0.858, 1.239, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.858 std_dev=0.381
O5' A 0, 0.463, 0.877, 1.290, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.877 std_dev=0.413
C4' A 0, 0.553, 0.979, 1.405, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.979 std_dev=0.426
O2' B 0, 0.439, 0.867, 1.295, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.867 std_dev=0.428
C3' A 0, 0.622, 1.104, 1.587, 1.557 max_d=1.557 avg_d=1.104 std_dev=0.482
O3' A 0, 0.779, 1.387, 1.995, 1.987 max_d=1.987 avg_d=1.387 std_dev=0.608
P A 0, 0.843, 1.544, 2.245, 2.098 max_d=2.098 avg_d=1.544 std_dev=0.701
C3' B 0, 0.970, 1.700, 2.429, 2.300 max_d=2.300 avg_d=1.700 std_dev=0.730
C1' B 0, 1.031, 1.789, 2.546, 2.433 max_d=2.433 avg_d=1.789 std_dev=0.757
C5' A 0, 1.087, 1.921, 2.755, 2.589 max_d=2.589 avg_d=1.921 std_dev=0.834
OP2 A 0, 1.146, 2.017, 2.888, 2.658 max_d=2.658 avg_d=2.017 std_dev=0.871
OP1 A 0, 1.146, 2.060, 2.973, 2.789 max_d=2.789 avg_d=2.060 std_dev=0.914
N9 B 0, 1.245, 2.168, 3.090, 3.046 max_d=3.046 avg_d=2.168 std_dev=0.923
O4' B 0, 1.530, 2.611, 3.693, 3.349 max_d=3.349 avg_d=2.611 std_dev=1.081
C4' B 0, 1.589, 2.708, 3.826, 3.518 max_d=3.518 avg_d=2.708 std_dev=1.119
O3' B 0, 1.701, 2.907, 4.113, 3.731 max_d=3.731 avg_d=2.907 std_dev=1.206
C4 B 0, 1.767, 3.041, 4.314, 3.835 max_d=3.835 avg_d=3.041 std_dev=1.273
C8 B 0, 1.847, 3.227, 4.607, 4.467 max_d=4.467 avg_d=3.227 std_dev=1.380
C5 B 0, 2.021, 3.491, 4.962, 4.578 max_d=4.578 avg_d=3.491 std_dev=1.471
C5' B 0, 2.107, 3.580, 5.053, 4.447 max_d=4.447 avg_d=3.580 std_dev=1.473
N7 B 0, 1.967, 3.452, 4.936, 4.846 max_d=4.846 avg_d=3.452 std_dev=1.485
N3 B 0, 2.588, 4.404, 6.221, 5.384 max_d=5.384 avg_d=4.404 std_dev=1.816
O5' B 0, 2.531, 4.366, 6.201, 5.449 max_d=5.449 avg_d=4.366 std_dev=1.835
C6 B 0, 2.895, 4.958, 7.020, 6.113 max_d=6.113 avg_d=4.958 std_dev=2.063
N6 B 0, 3.216, 5.516, 7.815, 6.945 max_d=6.945 avg_d=5.516 std_dev=2.299
P B 0, 2.763, 5.145, 7.528, 6.834 max_d=6.834 avg_d=5.145 std_dev=2.382
C2 B 0, 3.584, 6.087, 8.590, 7.383 max_d=7.383 avg_d=6.087 std_dev=2.503
OP2 B 0, 2.709, 5.310, 7.911, 7.349 max_d=7.349 avg_d=5.310 std_dev=2.601
N1 B 0, 3.721, 6.333, 8.944, 7.707 max_d=7.707 avg_d=6.333 std_dev=2.611
OP1 B 0, 3.500, 7.085, 10.669, 9.481 max_d=9.481 avg_d=7.085 std_dev=3.584

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.06 0.27 0.15
C2 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.13 0.21 0.43 0.27
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.01 0.03 0.02 0.11 0.00 0.01 0.00 0.07 0.11 0.15 0.07
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.02 0.08 0.02 0.06 0.04 0.12 0.02 0.00 0.00 0.10 0.17 0.08 0.07
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.19 0.36 0.53 0.36
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.12 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.04 0.19 0.36 0.51 0.36
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.12 0.00 0.12 0.00 0.10 0.06 0.10 0.13 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.10 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.08 0.05 0.15 0.26 0.42 0.29
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.11 0.17 0.37 0.24
N3 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.17 0.29 0.49 0.33
N4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.20 0.42 0.56 0.39
O2 0.02 0.01 0.11 0.12 0.01 0.04 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.12 0.02 0.11 0.15 0.40 0.23
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.09 0.00 0.02 0.03 0.03 0.13 0.14 0.04
O3' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.08 0.02 0.08 0.02 0.05 0.04 0.12 0.02 0.00 0.01 0.09 0.28 0.14 0.13
O4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.06 0.06 0.26 0.15
O5' 0.06 0.13 0.07 0.10 0.19 0.01 0.19 0.01 0.15 0.11 0.17 0.20 0.11 0.03 0.09 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.06 0.21 0.11 0.17 0.36 0.09 0.36 0.08 0.26 0.17 0.29 0.42 0.15 0.13 0.28 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.27 0.43 0.15 0.08 0.53 0.12 0.51 0.10 0.42 0.37 0.49 0.56 0.40 0.14 0.14 0.26 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.15 0.27 0.07 0.07 0.36 0.03 0.36 0.01 0.29 0.24 0.33 0.39 0.23 0.04 0.13 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.43 0.08 0.13 0.28 0.17 0.26 0.25 0.32 0.17 0.40 0.38 0.31 0.20 0.19 0.08 0.25 0.14 0.51 0.63 1.65 0.97
C2 0.21 0.40 0.11 0.15 0.31 0.15 0.31 0.25 0.35 0.22 0.39 0.37 0.35 0.26 0.25 0.14 0.31 0.18 0.53 0.62 1.78 1.02
C2' 0.13 0.46 0.07 0.18 0.27 0.22 0.26 0.31 0.34 0.18 0.43 0.39 0.33 0.21 0.17 0.05 0.31 0.12 0.61 0.92 1.83 1.15
C3' 0.11 0.51 0.06 0.16 0.28 0.20 0.26 0.28 0.35 0.18 0.47 0.43 0.34 0.20 0.15 0.05 0.28 0.09 0.54 0.84 1.61 1.01
C4 0.23 0.32 0.12 0.15 0.28 0.15 0.28 0.24 0.30 0.23 0.31 0.31 0.29 0.25 0.25 0.16 0.32 0.20 0.43 0.34 1.45 0.77
C4' 0.13 0.51 0.08 0.09 0.29 0.13 0.25 0.20 0.34 0.13 0.46 0.44 0.32 0.17 0.16 0.06 0.20 0.10 0.42 0.58 1.40 0.82
C5 0.19 0.31 0.09 0.13 0.24 0.17 0.22 0.23 0.25 0.18 0.28 0.29 0.24 0.19 0.20 0.10 0.26 0.17 0.39 0.27 1.23 0.65
C5' 0.17 0.59 0.14 0.06 0.34 0.07 0.28 0.11 0.38 0.09 0.52 0.52 0.34 0.14 0.19 0.11 0.11 0.14 0.26 0.38 1.07 0.57
C6 0.17 0.35 0.09 0.13 0.25 0.18 0.23 0.24 0.27 0.17 0.32 0.33 0.25 0.19 0.19 0.09 0.24 0.16 0.43 0.38 1.35 0.74
N1 0.18 0.40 0.09 0.13 0.28 0.16 0.26 0.25 0.31 0.18 0.37 0.36 0.30 0.21 0.21 0.09 0.27 0.16 0.49 0.55 1.60 0.91
N3 0.24 0.37 0.13 0.17 0.32 0.15 0.32 0.25 0.35 0.26 0.37 0.34 0.35 0.29 0.28 0.17 0.34 0.20 0.50 0.53 1.73 0.97
N4 0.27 0.26 0.15 0.17 0.29 0.14 0.30 0.22 0.29 0.29 0.28 0.27 0.30 0.30 0.29 0.22 0.37 0.23 0.38 0.21 1.32 0.66
O2 0.22 0.43 0.12 0.16 0.34 0.15 0.34 0.26 0.39 0.24 0.43 0.39 0.39 0.28 0.27 0.16 0.33 0.18 0.56 0.75 1.94 1.13
O2' 0.15 0.45 0.09 0.19 0.27 0.24 0.26 0.35 0.34 0.20 0.43 0.38 0.33 0.22 0.19 0.05 0.31 0.14 0.68 1.03 1.97 1.26
O3' 0.10 0.54 0.08 0.19 0.27 0.24 0.25 0.31 0.36 0.22 0.50 0.43 0.35 0.22 0.15 0.08 0.30 0.11 0.59 1.01 1.69 1.11
O4' 0.17 0.45 0.10 0.09 0.29 0.14 0.25 0.20 0.32 0.15 0.41 0.40 0.30 0.18 0.19 0.10 0.19 0.14 0.41 0.45 1.40 0.78
O5' 0.12 0.44 0.12 0.08 0.20 0.07 0.12 0.09 0.20 0.10 0.35 0.38 0.16 0.07 0.10 0.10 0.11 0.12 0.19 0.36 0.93 0.48
OP1 0.46 0.85 0.49 0.42 0.58 0.34 0.47 0.32 0.56 0.31 0.75 0.79 0.47 0.30 0.45 0.40 0.32 0.43 0.26 0.38 0.35 0.18
OP2 0.35 0.67 0.41 0.39 0.42 0.34 0.27 0.33 0.35 0.15 0.53 0.64 0.25 0.12 0.30 0.36 0.35 0.36 0.29 0.48 0.28 0.23
P 0.30 0.63 0.34 0.29 0.39 0.24 0.27 0.22 0.35 0.14 0.52 0.59 0.27 0.12 0.28 0.28 0.22 0.30 0.16 0.34 0.45 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.18 0.35 0.36 0.29
C2 0.04 0.00 0.07 0.21 0.00 0.19 0.02 0.30 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.25 0.15 0.64 1.53 1.86 1.33
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.07 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.20 0.65 0.30 0.36
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.13 0.00 0.12 0.01 0.12 0.18 0.16 0.21 0.13 0.17 0.10 0.01 0.01 0.00 0.21 0.83 0.22 0.39
C4 0.02 0.00 0.04 0.13 0.00 0.10 0.00 0.17 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.14 0.07 0.58 1.05 1.53 1.07
C4' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.10 0.00 0.12 0.00 0.12 0.18 0.15 0.19 0.14 0.17 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.30 0.28 0.05
C5 0.01 0.02 0.01 0.12 0.00 0.12 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.14 0.04 0.71 1.08 1.88 1.27
C5' 0.02 0.30 0.01 0.01 0.17 0.00 0.23 0.00 0.24 0.31 0.25 0.27 0.28 0.32 0.14 0.03 0.02 0.01 0.01 0.34 0.26 0.01
C6 0.02 0.01 0.02 0.12 0.01 0.12 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.15 0.06 0.76 1.34 2.17 1.46
C8 0.03 0.02 0.04 0.18 0.01 0.18 0.01 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.16 0.12 0.57 0.55 1.24 0.84
N1 0.04 0.00 0.05 0.16 0.02 0.15 0.00 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.20 0.11 0.72 1.54 2.14 1.48
N3 0.04 0.00 0.07 0.21 0.00 0.19 0.01 0.27 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.23 0.15 0.54 1.29 1.50 1.10
N6 0.02 0.01 0.02 0.13 0.01 0.14 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.15 0.05 0.82 1.34 2.29 1.54
N7 0.02 0.02 0.03 0.17 0.01 0.17 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.16 0.09 0.70 0.79 1.68 1.12
N9 0.00 0.00 0.02 0.10 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.44 0.64 1.04 0.73
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.02 0.00 0.04 0.07 0.08 0.43 0.20 0.12
O3' 0.01 0.25 0.01 0.01 0.14 0.02 0.14 0.02 0.15 0.16 0.20 0.23 0.15 0.16 0.09 0.04 0.00 0.01 0.13 0.89 0.24 0.26
O4' 0.00 0.15 0.01 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.06 0.12 0.11 0.15 0.05 0.09 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.12 0.05 0.06
O5' 0.18 0.64 0.20 0.21 0.58 0.01 0.71 0.01 0.76 0.57 0.72 0.54 0.82 0.70 0.44 0.08 0.13 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.35 1.53 0.65 0.83 1.05 0.30 1.08 0.34 1.34 0.55 1.54 1.29 1.34 0.79 0.64 0.43 0.89 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.36 1.86 0.30 0.22 1.53 0.28 1.88 0.26 2.17 1.24 2.14 1.50 2.29 1.68 1.04 0.20 0.24 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.29 1.33 0.36 0.39 1.07 0.05 1.27 0.01 1.46 0.84 1.48 1.10 1.54 1.12 0.73 0.12 0.26 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00