ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48179

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.011, 0.029, 0.048, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.029 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.010, 0.028, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.028 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.015, 0.039, 0.063, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.039 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.003, 0.031, 0.059, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.028
C2' A 0, 0.015, 0.048, 0.081, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.048 std_dev=0.033
N3 A 0, 0.019, 0.052, 0.086, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.052 std_dev=0.034
O2 A 0, 0.027, 0.066, 0.105, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.066 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.032, 0.086, 0.140, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.086 std_dev=0.054
C3' A 0, 0.041, 0.116, 0.191, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.116 std_dev=0.075
N4 A 0, 0.066, 0.170, 0.274, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.170 std_dev=0.104
O3' A 0, 0.054, 0.171, 0.288, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.171 std_dev=0.117
OP2 B 0, 0.094, 0.227, 0.360, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.227 std_dev=0.133
C4' A 0, 0.024, 0.159, 0.295, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.159 std_dev=0.136
C5' A 0, 0.098, 0.235, 0.373, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.235 std_dev=0.137
OP2 A 0, 0.025, 0.163, 0.301, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.163 std_dev=0.138
P B 0, 0.006, 0.145, 0.283, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.145 std_dev=0.139
O5' A 0, 0.056, 0.206, 0.356, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.206 std_dev=0.150
P A 0, 0.020, 0.178, 0.336, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.178 std_dev=0.158
O2' A 0, 0.011, 0.173, 0.335, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.173 std_dev=0.162
C8 B 0, 0.091, 0.262, 0.433, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.262 std_dev=0.171
N7 B 0, 0.077, 0.264, 0.451, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.264 std_dev=0.187
OP1 A 0, 0.082, 0.276, 0.471, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.276 std_dev=0.195
C4' B 0, 0.136, 0.332, 0.529, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.332 std_dev=0.196
O4' B 0, 0.089, 0.300, 0.511, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.300 std_dev=0.211
O3' B 0, 0.149, 0.360, 0.571, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.360 std_dev=0.211
N9 B 0, 0.133, 0.345, 0.556, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.345 std_dev=0.212
C1' B 0, 0.139, 0.353, 0.567, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.353 std_dev=0.214
C3' B 0, 0.164, 0.390, 0.617, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.390 std_dev=0.226
C5 B 0, 0.094, 0.324, 0.554, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.324 std_dev=0.230
C4 B 0, 0.122, 0.363, 0.604, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.363 std_dev=0.241
C6 B 0, 0.083, 0.356, 0.630, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.356 std_dev=0.274
C2' B 0, 0.195, 0.476, 0.756, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.476 std_dev=0.281
N6 B 0, 0.113, 0.399, 0.685, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.399 std_dev=0.286
N3 B 0, 0.143, 0.438, 0.733, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.438 std_dev=0.295
C2 B 0, 0.128, 0.440, 0.752, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.440 std_dev=0.312
N1 B 0, 0.076, 0.407, 0.737, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.407 std_dev=0.331
O5' B 0, 0.048, 0.416, 0.784, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.416 std_dev=0.368
OP1 B 0, 0.056, 0.432, 0.808, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.432 std_dev=0.376
O2' B 0, 0.203, 0.615, 1.026, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.615 std_dev=0.412
C5' B 0, 0.152, 0.755, 1.358, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.755 std_dev=0.603

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01 0.02 0.03 0.07 0.02 0.03 0.01 0.05 0.04 0.12 0.05
C2 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.16 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.03 0.02 0.04 0.07 0.10 0.08
C2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.04 0.03 0.06 0.01 0.00 0.02 0.03 0.06 0.06 0.10 0.06
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.01 0.07 0.07 0.06 0.04 0.06 0.07 0.06 0.03 0.02 0.03 0.10 0.08 0.08 0.08
C4 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.08 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.05 0.06 0.02 0.05 0.07 0.05
C4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.06 0.08 0.06 0.11 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03
C5 0.03 0.01 0.05 0.07 0.00 0.09 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.06 0.08 0.03 0.05 0.07 0.05
C5' 0.06 0.16 0.06 0.07 0.19 0.01 0.21 0.00 0.19 0.16 0.18 0.19 0.16 0.11 0.10 0.01 0.03 0.06 0.04 0.03
C6 0.03 0.02 0.05 0.06 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.08 0.02 0.06 0.09 0.06
N1 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03 0.02 0.03 0.07 0.10 0.07
N3 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.04 0.03 0.03 0.06 0.09 0.06
N4 0.03 0.02 0.06 0.07 0.01 0.08 0.02 0.19 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.10 0.06 0.08 0.03 0.03 0.06 0.03
O2 0.07 0.01 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.16 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.12 0.02 0.07 0.06 0.09 0.11 0.10
O2' 0.02 0.10 0.00 0.03 0.09 0.11 0.05 0.11 0.04 0.06 0.10 0.10 0.12 0.00 0.03 0.12 0.14 0.16 0.06 0.13
O3' 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.06 0.10 0.05 0.03 0.04 0.06 0.02 0.03 0.00 0.02 0.18 0.15 0.09 0.14
O4' 0.01 0.02 0.03 0.03 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.02 0.03 0.08 0.07 0.12 0.02 0.00 0.10 0.05 0.15 0.07
O5' 0.05 0.04 0.06 0.10 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.06 0.14 0.18 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.04 0.07 0.06 0.08 0.05 0.03 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.03 0.09 0.16 0.15 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.10 0.10 0.08 0.07 0.05 0.07 0.04 0.09 0.10 0.09 0.06 0.11 0.06 0.09 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.08 0.06 0.08 0.05 0.03 0.05 0.03 0.06 0.07 0.06 0.03 0.10 0.13 0.14 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.11 0.03 0.10 0.10 0.23 0.12 0.50 0.13 0.11 0.13 0.09 0.16 0.12 0.10 0.19 0.10 0.05 0.37 0.34 0.15 0.10
C2 0.13 0.05 0.10 0.17 0.07 0.28 0.08 0.51 0.09 0.09 0.08 0.08 0.12 0.09 0.10 0.14 0.05 0.10 0.39 0.31 0.14 0.11
C2' 0.10 0.14 0.06 0.09 0.12 0.23 0.14 0.48 0.17 0.13 0.17 0.11 0.20 0.14 0.11 0.24 0.11 0.07 0.33 0.32 0.15 0.07
C3' 0.05 0.10 0.04 0.12 0.05 0.29 0.07 0.50 0.11 0.04 0.13 0.06 0.13 0.05 0.04 0.22 0.08 0.12 0.28 0.40 0.21 0.12
C4 0.13 0.06 0.11 0.17 0.07 0.28 0.08 0.44 0.09 0.09 0.09 0.08 0.13 0.10 0.10 0.13 0.06 0.12 0.29 0.34 0.16 0.10
C4' 0.03 0.15 0.04 0.14 0.09 0.29 0.11 0.52 0.14 0.05 0.17 0.11 0.16 0.08 0.04 0.18 0.11 0.13 0.26 0.39 0.22 0.11
C5 0.11 0.11 0.06 0.13 0.10 0.26 0.11 0.43 0.13 0.11 0.13 0.09 0.15 0.11 0.10 0.17 0.05 0.06 0.25 0.39 0.18 0.09
C5' 0.11 0.11 0.08 0.21 0.10 0.38 0.10 0.59 0.10 0.11 0.12 0.10 0.11 0.10 0.11 0.12 0.10 0.20 0.28 0.53 0.33 0.25
C6 0.11 0.13 0.05 0.11 0.11 0.25 0.12 0.46 0.14 0.11 0.15 0.10 0.16 0.12 0.10 0.19 0.06 0.05 0.30 0.40 0.17 0.10
N1 0.11 0.09 0.05 0.13 0.09 0.26 0.10 0.51 0.12 0.10 0.12 0.08 0.15 0.11 0.10 0.17 0.05 0.06 0.36 0.35 0.15 0.10
N3 0.13 0.05 0.11 0.18 0.07 0.28 0.07 0.48 0.08 0.08 0.06 0.09 0.12 0.09 0.09 0.12 0.05 0.12 0.34 0.28 0.14 0.10
N4 0.14 0.06 0.13 0.18 0.08 0.25 0.07 0.37 0.07 0.09 0.06 0.11 0.11 0.09 0.10 0.12 0.07 0.15 0.21 0.31 0.15 0.09
O2 0.14 0.04 0.11 0.19 0.07 0.29 0.07 0.53 0.07 0.09 0.05 0.09 0.12 0.09 0.11 0.14 0.05 0.12 0.43 0.28 0.12 0.12
O2' 0.10 0.17 0.04 0.11 0.14 0.24 0.17 0.50 0.20 0.14 0.21 0.13 0.24 0.17 0.12 0.22 0.08 0.06 0.35 0.30 0.13 0.06
O3' 0.06 0.10 0.07 0.11 0.04 0.28 0.06 0.48 0.11 0.04 0.13 0.06 0.14 0.05 0.04 0.26 0.09 0.12 0.27 0.40 0.21 0.11
O4' 0.12 0.19 0.10 0.10 0.16 0.19 0.18 0.46 0.20 0.16 0.20 0.16 0.22 0.17 0.14 0.25 0.18 0.10 0.30 0.32 0.17 0.05
O5' 0.07 0.11 0.10 0.08 0.08 0.17 0.08 0.37 0.10 0.07 0.11 0.10 0.11 0.07 0.07 0.24 0.15 0.11 0.18 0.40 0.19 0.03
OP1 0.16 0.20 0.21 0.10 0.16 0.06 0.15 0.25 0.17 0.14 0.19 0.19 0.17 0.14 0.15 0.36 0.20 0.14 0.15 0.46 0.15 0.07
OP2 0.14 0.21 0.17 0.06 0.16 0.09 0.15 0.25 0.17 0.12 0.20 0.19 0.17 0.13 0.13 0.31 0.15 0.13 0.13 0.47 0.15 0.07
P 0.12 0.16 0.15 0.07 0.13 0.10 0.12 0.29 0.14 0.11 0.16 0.15 0.14 0.11 0.12 0.30 0.17 0.11 0.16 0.45 0.16 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.07 0.04 0.02 0.06 0.06 0.05 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.15 0.52 0.24 0.19
C2 0.06 0.00 0.08 0.08 0.02 0.14 0.02 0.20 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.16 0.12 0.16 0.10 0.28 0.20 0.13
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.10 0.04 0.11 0.06 0.08 0.04 0.09 0.03 0.00 0.02 0.02 0.44 0.59 0.40 0.36
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.02 0.06 0.05 0.07 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.35 0.57 0.35 0.27
C4 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.06 0.00 0.17 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.05 0.09 0.17 0.30 0.16 0.11
C4' 0.03 0.14 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.02 0.07 0.13 0.11 0.13 0.08 0.10 0.04 0.03 0.04 0.01 0.08 0.50 0.23 0.10
C5 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.23 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.04 0.06 0.23 0.19 0.11 0.07
C5' 0.07 0.20 0.10 0.07 0.17 0.02 0.23 0.00 0.21 0.34 0.20 0.17 0.25 0.32 0.19 0.09 0.07 0.03 0.03 0.44 0.32 0.04
C6 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.01 0.21 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.05 0.09 0.20 0.16 0.12 0.08
C8 0.02 0.04 0.11 0.06 0.02 0.13 0.02 0.34 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.24 0.08 0.07 0.31 0.22 0.07 0.03
N1 0.06 0.01 0.06 0.05 0.02 0.11 0.02 0.20 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.12 0.09 0.14 0.15 0.20 0.16 0.10
N3 0.06 0.01 0.08 0.07 0.00 0.13 0.00 0.17 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.12 0.15 0.08 0.35 0.22 0.15
N6 0.05 0.02 0.04 0.03 0.02 0.08 0.02 0.25 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.10 0.05 0.09 0.24 0.10 0.11 0.09
N7 0.01 0.02 0.09 0.05 0.01 0.10 0.01 0.32 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.21 0.07 0.04 0.30 0.12 0.06 0.05
N9 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.19 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.08 0.03 0.02 0.20 0.37 0.16 0.11
O2' 0.02 0.16 0.00 0.03 0.06 0.03 0.10 0.09 0.09 0.24 0.12 0.14 0.10 0.21 0.08 0.00 0.04 0.00 0.46 0.60 0.39 0.38
O3' 0.04 0.12 0.02 0.01 0.05 0.04 0.04 0.07 0.05 0.08 0.09 0.12 0.05 0.07 0.03 0.04 0.00 0.08 0.23 0.54 0.25 0.16
O4' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.09 0.01 0.06 0.03 0.09 0.07 0.14 0.15 0.09 0.04 0.02 0.00 0.08 0.00 0.09 0.57 0.22 0.21
O5' 0.15 0.10 0.44 0.35 0.17 0.08 0.23 0.03 0.20 0.31 0.15 0.08 0.24 0.30 0.20 0.46 0.23 0.09 0.00 0.06 0.06 0.01
OP1 0.52 0.28 0.59 0.57 0.30 0.50 0.19 0.44 0.16 0.22 0.20 0.35 0.10 0.12 0.37 0.60 0.54 0.57 0.06 0.00 0.02 0.01
OP2 0.24 0.20 0.40 0.35 0.16 0.23 0.11 0.32 0.12 0.07 0.16 0.22 0.11 0.06 0.16 0.39 0.25 0.22 0.06 0.02 0.00 0.00
P 0.19 0.13 0.36 0.27 0.11 0.10 0.07 0.04 0.08 0.03 0.10 0.15 0.09 0.05 0.11 0.38 0.16 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00