ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48180

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.007, 0.021, 0.034, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.014, 0.039, 0.064, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.039 std_dev=0.025
N4 A 0, 0.027, 0.068, 0.109, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.068 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.015, 0.186, 0.357, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.186 std_dev=0.171
C2' A 0, 0.093, 0.363, 0.633, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.363 std_dev=0.270
C4' A 0, 0.086, 0.373, 0.660, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.373 std_dev=0.287
O2' B 0, 0.280, 0.696, 1.113, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.696 std_dev=0.417
C3' A 0, 0.157, 0.586, 1.014, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.586 std_dev=0.429
O2' A 0, 0.150, 0.588, 1.026, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.588 std_dev=0.438
C2' B 0, 0.145, 0.594, 1.043, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.594 std_dev=0.449
O5' A 0, 0.195, 0.680, 1.166, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.680 std_dev=0.485
P A 0, 0.315, 0.827, 1.338, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.827 std_dev=0.511
C5' A 0, 0.142, 0.673, 1.205, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.673 std_dev=0.532
OP1 A 0, 0.352, 0.912, 1.473, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.912 std_dev=0.560
O3' B 0, 0.389, 1.051, 1.714, 1.769 max_d=1.769 avg_d=1.051 std_dev=0.663
OP2 A 0, 0.419, 1.104, 1.788, 1.675 max_d=1.675 avg_d=1.104 std_dev=0.684
O3' A 0, 0.248, 0.967, 1.686, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.967 std_dev=0.719
C1' B 0, 0.406, 1.130, 1.854, 2.017 max_d=2.017 avg_d=1.130 std_dev=0.724
N9 B 0, 0.545, 1.343, 2.142, 2.043 max_d=2.043 avg_d=1.343 std_dev=0.799
C3' B 0, 0.082, 1.004, 1.926, 2.448 max_d=2.448 avg_d=1.004 std_dev=0.922
C8 B 0, 0.644, 1.611, 2.577, 2.530 max_d=2.530 avg_d=1.611 std_dev=0.967
O4' B 0, 0.400, 1.583, 2.766, 3.332 max_d=3.332 avg_d=1.583 std_dev=1.183
N7 B 0, 0.753, 2.078, 3.404, 3.502 max_d=3.502 avg_d=2.078 std_dev=1.325
C4 B 0, 0.599, 2.032, 3.465, 3.819 max_d=3.819 avg_d=2.032 std_dev=1.433
C4' B 0, 0.035, 1.490, 2.946, 3.894 max_d=3.894 avg_d=1.490 std_dev=1.455
C5 B 0, 0.750, 2.305, 3.860, 3.757 max_d=3.757 avg_d=2.305 std_dev=1.555
C6 B 0, 0.793, 3.076, 5.359, 5.796 max_d=5.796 avg_d=3.076 std_dev=2.283
N3 B 0, 0.271, 2.555, 4.839, 6.124 max_d=6.124 avg_d=2.555 std_dev=2.284
C5' B 0, -0.330, 2.027, 4.384, 6.037 max_d=6.037 avg_d=2.027 std_dev=2.357
N6 B 0, 0.933, 3.499, 6.065, 6.317 max_d=6.317 avg_d=3.499 std_dev=2.566
O5' B 0, 0.111, 2.791, 5.472, 7.159 max_d=7.159 avg_d=2.791 std_dev=2.681
N1 B 0, 0.565, 3.529, 6.494, 7.779 max_d=7.779 avg_d=3.529 std_dev=2.965
C2 B 0, 0.275, 3.263, 6.250, 7.899 max_d=7.899 avg_d=3.263 std_dev=2.987
OP2 B 0, 0.416, 3.485, 6.554, 8.241 max_d=8.241 avg_d=3.485 std_dev=3.069
P B 0, 0.173, 3.615, 7.057, 9.173 max_d=9.173 avg_d=3.615 std_dev=3.442
OP1 B 0, -0.201, 4.121, 8.443, 11.340 max_d=11.340 avg_d=4.121 std_dev=4.322

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.07 0.14 0.47 0.19
C2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.04 0.02 0.16 0.26 0.58 0.29
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.02 0.09 0.01 0.10 0.02 0.03 0.05 0.13 0.01 0.02 0.01 0.07 0.12 0.46 0.15
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.15 0.01 0.22 0.01 0.21 0.08 0.08 0.17 0.10 0.02 0.01 0.02 0.15 0.11 0.35 0.10
C4 0.01 0.00 0.04 0.15 0.00 0.11 0.00 0.19 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.18 0.04 0.29 0.35 0.56 0.38
C4' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.11 0.00 0.15 0.00 0.14 0.05 0.06 0.13 0.05 0.06 0.02 0.01 0.00 0.05 0.28 0.05
C5 0.02 0.01 0.09 0.22 0.00 0.15 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.27 0.03 0.31 0.34 0.49 0.36
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.19 0.00 0.23 0.00 0.18 0.08 0.13 0.22 0.03 0.07 0.03 0.01 0.01 0.02 0.15 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.21 0.02 0.14 0.01 0.18 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.07 0.24 0.02 0.23 0.24 0.45 0.27
N1 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.14 0.22 0.52 0.25
N3 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.03 0.23 0.32 0.59 0.35
N4 0.01 0.01 0.05 0.17 0.00 0.13 0.01 0.22 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.21 0.04 0.32 0.40 0.55 0.42
O2 0.03 0.00 0.13 0.10 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.19 0.14 0.04 0.11 0.24 0.60 0.27
O2' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.02 0.06 0.05 0.07 0.07 0.02 0.08 0.02 0.19 0.00 0.06 0.04 0.07 0.08 0.39 0.07
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.18 0.02 0.27 0.03 0.24 0.08 0.08 0.21 0.14 0.06 0.00 0.02 0.21 0.15 0.21 0.11
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.11 0.11 0.39 0.16
O5' 0.07 0.16 0.07 0.15 0.29 0.00 0.31 0.01 0.23 0.14 0.23 0.32 0.11 0.07 0.21 0.11 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.14 0.26 0.12 0.11 0.35 0.05 0.34 0.02 0.24 0.22 0.32 0.40 0.24 0.08 0.15 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.47 0.58 0.46 0.35 0.56 0.28 0.49 0.15 0.45 0.52 0.59 0.55 0.60 0.39 0.21 0.39 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.29 0.15 0.10 0.38 0.05 0.36 0.02 0.27 0.25 0.35 0.42 0.27 0.07 0.11 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.42 1.22 0.26 0.47 0.44 0.22 0.41 0.50 0.33 1.02 0.78 1.12 0.48 1.04 0.38 0.10 0.44 0.56 1.11 2.22 1.97 1.72
C2 0.59 1.05 0.21 0.19 0.61 0.45 0.79 0.23 0.74 1.15 0.75 1.05 1.01 1.29 0.58 0.05 0.33 0.80 0.80 1.55 1.59 1.28
C2' 0.34 1.42 0.30 0.58 0.46 0.18 0.34 0.70 0.33 1.05 0.95 1.27 0.42 1.06 0.31 0.09 0.53 0.44 1.31 2.56 2.32 2.02
C3' 0.15 1.54 0.48 0.88 0.39 0.51 0.14 1.15 0.30 1.08 1.09 1.29 0.11 1.00 0.25 0.24 0.79 0.27 1.72 3.14 2.70 2.48
C4 0.58 0.98 0.20 0.12 0.62 0.43 0.79 0.18 0.74 1.14 0.73 1.00 0.96 1.25 0.59 0.02 0.31 0.74 0.71 1.37 1.38 1.12
C4' 0.23 1.43 0.47 0.90 0.35 0.55 0.11 1.12 0.30 1.02 1.03 1.18 0.03 0.91 0.28 0.24 0.79 0.37 1.66 3.08 2.51 2.38
C5 0.41 1.08 0.24 0.38 0.44 0.18 0.44 0.43 0.37 1.00 0.69 1.04 0.50 0.99 0.39 0.05 0.36 0.49 1.02 1.92 1.67 1.50
C5' 0.33 1.47 0.63 1.16 0.32 0.89 0.09 1.49 0.42 1.04 1.14 1.14 0.21 0.86 0.34 0.37 1.02 0.55 1.99 3.51 2.71 2.71
C6 0.38 1.19 0.25 0.48 0.41 0.20 0.33 0.55 0.29 0.97 0.76 1.10 0.37 0.94 0.34 0.08 0.42 0.47 1.14 2.19 1.87 1.69
N1 0.47 1.14 0.24 0.37 0.47 0.25 0.51 0.38 0.43 1.04 0.72 1.08 0.62 1.09 0.43 0.07 0.38 0.61 0.99 1.98 1.80 1.55
N3 0.65 1.01 0.21 0.07 0.70 0.56 0.93 0.29 0.92 1.20 0.82 1.02 1.19 1.39 0.66 0.04 0.33 0.87 0.69 1.26 1.40 1.10
N4 0.66 0.93 0.19 0.08 0.75 0.59 0.98 0.29 0.96 1.20 0.84 0.97 1.18 1.37 0.70 0.10 0.35 0.83 0.54 0.97 1.11 0.86
O2 0.64 1.06 0.22 0.15 0.67 0.53 0.90 0.29 0.87 1.20 0.80 1.05 1.18 1.39 0.64 0.06 0.32 0.88 0.80 1.47 1.59 1.27
O2' 0.41 1.42 0.27 0.53 0.49 0.21 0.37 0.63 0.35 1.03 0.94 1.27 0.46 1.06 0.34 0.06 0.49 0.55 1.25 2.51 2.28 1.98
O3' 0.11 1.64 0.58 1.03 0.39 0.69 0.15 1.40 0.34 1.15 1.19 1.33 0.07 1.05 0.28 0.33 0.91 0.29 1.96 3.49 3.03 2.80
O4' 0.32 1.26 0.32 0.64 0.37 0.28 0.21 0.70 0.23 0.94 0.85 1.10 0.19 0.88 0.29 0.15 0.57 0.43 1.26 2.50 2.04 1.89
O5' 0.39 1.40 0.68 1.21 0.30 0.97 0.23 1.56 0.45 1.09 1.09 1.07 0.31 0.89 0.41 0.42 1.03 0.62 2.06 3.53 2.71 2.75
OP1 0.55 1.76 0.78 1.49 0.46 1.47 0.25 2.19 0.83 0.94 1.55 1.28 0.69 0.61 0.34 0.51 1.29 0.98 2.62 4.33 3.10 3.37
OP2 0.53 1.67 0.79 1.48 0.43 1.42 0.23 2.11 0.74 0.97 1.42 1.25 0.59 0.65 0.35 0.49 1.26 0.95 2.57 4.08 2.94 3.20
P 0.54 1.58 0.76 1.42 0.39 1.33 0.17 1.96 0.67 0.97 1.34 1.17 0.52 0.67 0.38 0.52 1.22 0.90 2.41 3.96 2.84 3.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.06 0.04 0.02 0.09 0.09 0.02 0.01 0.01 0.02 0.31 0.00 0.17 0.24 0.38 0.08
C2 0.10 0.00 0.38 0.28 0.02 0.22 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.24 0.12 0.40 0.34 0.06 0.59 0.14
C2' 0.01 0.38 0.00 0.00 0.21 0.01 0.12 0.17 0.20 0.19 0.31 0.37 0.16 0.08 0.02 0.00 0.06 0.02 0.55 0.82 0.21 0.49
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.30 0.01 0.40 0.01 0.42 0.35 0.36 0.22 0.47 0.42 0.25 0.02 0.01 0.02 0.26 0.63 0.26 0.25
C4 0.04 0.02 0.21 0.30 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.21 0.24 0.05 0.61 0.22
C4' 0.00 0.22 0.01 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.10 0.32 0.14 0.22 0.15 0.28 0.13 0.29 0.01 0.00 0.02 0.24 0.41 0.06
C5 0.02 0.01 0.12 0.40 0.00 0.14 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.21 0.17 0.08 0.19 0.27 0.74 0.37
C5' 0.06 0.31 0.17 0.01 0.17 0.01 0.20 0.00 0.19 0.39 0.24 0.30 0.21 0.37 0.16 0.10 0.23 0.01 0.01 0.15 0.36 0.02
C6 0.04 0.01 0.20 0.42 0.01 0.10 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.12 0.18 0.17 0.22 0.29 0.75 0.36
C8 0.02 0.01 0.19 0.35 0.01 0.32 0.01 0.39 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.50 0.20 0.23 0.14 0.31 0.73 0.45
N1 0.09 0.00 0.31 0.36 0.03 0.14 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.08 0.10 0.32 0.30 0.13 0.67 0.24
N3 0.09 0.01 0.37 0.22 0.00 0.22 0.02 0.30 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.27 0.18 0.40 0.33 0.14 0.54 0.12
N6 0.02 0.01 0.16 0.47 0.01 0.15 0.02 0.21 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.21 0.28 0.09 0.22 0.48 0.83 0.49
N7 0.01 0.01 0.08 0.42 0.01 0.28 0.01 0.37 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.00 0.45 0.27 0.12 0.16 0.44 0.81 0.51
N9 0.01 0.04 0.02 0.25 0.01 0.13 0.01 0.16 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.20 0.08 0.01 0.16 0.04 0.57 0.23
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.02 0.29 0.21 0.10 0.12 0.50 0.08 0.27 0.21 0.45 0.20 0.00 0.10 0.22 0.30 0.75 0.27 0.39
O3' 0.31 0.12 0.06 0.01 0.07 0.01 0.17 0.23 0.18 0.20 0.10 0.18 0.28 0.27 0.08 0.10 0.00 0.20 0.03 0.41 0.43 0.15
O4' 0.00 0.40 0.02 0.02 0.21 0.00 0.08 0.01 0.17 0.23 0.32 0.40 0.09 0.12 0.01 0.22 0.20 0.00 0.10 0.06 0.61 0.31
O5' 0.17 0.34 0.55 0.26 0.24 0.02 0.19 0.01 0.22 0.14 0.30 0.33 0.22 0.16 0.16 0.30 0.03 0.10 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.24 0.06 0.82 0.63 0.05 0.24 0.27 0.15 0.29 0.31 0.13 0.14 0.48 0.44 0.04 0.75 0.41 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.38 0.59 0.21 0.26 0.61 0.41 0.74 0.36 0.75 0.73 0.67 0.54 0.83 0.81 0.57 0.27 0.43 0.61 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.14 0.49 0.25 0.22 0.06 0.37 0.02 0.36 0.45 0.24 0.12 0.49 0.51 0.23 0.39 0.15 0.31 0.01 0.00 0.00 0.00