ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48181

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N4 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.002, 0.018, 0.035, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.016
O2' B 0, 0.004, 0.124, 0.244, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.124 std_dev=0.120
O3' A 0, 0.002, 0.186, 0.370, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.186 std_dev=0.184
C3' A 0, 0.002, 0.458, 0.914, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.458 std_dev=0.456
O4' A 0, 0.002, 0.524, 1.046, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.524 std_dev=0.522
O5' A 0, 0.006, 0.558, 1.110, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.558 std_dev=0.552
C2' A 0, 0.003, 0.579, 1.154, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.579 std_dev=0.575
C4' A 0, 0.003, 0.675, 1.348, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.675 std_dev=0.672
C2' B 0, 0.005, 0.803, 1.602, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.803 std_dev=0.799
P A 0, 0.008, 0.943, 1.878, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.943 std_dev=0.935
OP1 A 0, 0.010, 0.987, 1.964, 1.967 max_d=1.967 avg_d=0.987 std_dev=0.977
O2' A 0, 0.006, 1.015, 2.023, 2.028 max_d=2.028 avg_d=1.015 std_dev=1.008
C5' A 0, 0.004, 1.133, 2.263, 2.269 max_d=2.269 avg_d=1.133 std_dev=1.130
C1' B 0, 0.007, 1.317, 2.627, 2.633 max_d=2.633 avg_d=1.317 std_dev=1.310
C3' B 0, 0.009, 1.479, 2.948, 2.958 max_d=2.958 avg_d=1.479 std_dev=1.470
O4' B 0, 0.013, 1.502, 2.992, 3.004 max_d=3.004 avg_d=1.502 std_dev=1.490
C4' B 0, 0.013, 1.527, 3.040, 3.054 max_d=3.054 avg_d=1.527 std_dev=1.513
O3' B 0, 0.011, 1.680, 3.349, 3.352 max_d=3.352 avg_d=1.680 std_dev=1.669
OP1 B 0, 0.025, 1.979, 3.934, 3.950 max_d=3.950 avg_d=1.979 std_dev=1.955
N9 B 0, 0.009, 2.079, 4.149, 4.155 max_d=4.155 avg_d=2.079 std_dev=2.070
OP2 A 0, 0.010, 2.228, 4.447, 4.447 max_d=4.447 avg_d=2.228 std_dev=2.218
C5' B 0, 0.023, 2.291, 4.560, 4.577 max_d=4.577 avg_d=2.291 std_dev=2.268
P B 0, 0.024, 2.304, 4.584, 4.599 max_d=4.599 avg_d=2.304 std_dev=2.280
O5' B 0, 0.025, 2.398, 4.771, 4.789 max_d=4.789 avg_d=2.398 std_dev=2.373
C4 B 0, 0.013, 2.560, 5.106, 5.111 max_d=5.111 avg_d=2.560 std_dev=2.546
N3 B 0, 0.020, 2.593, 5.167, 5.171 max_d=5.171 avg_d=2.593 std_dev=2.574
C8 B 0, 0.007, 2.607, 5.207, 5.214 max_d=5.214 avg_d=2.607 std_dev=2.600
C5 B 0, 0.011, 3.209, 6.407, 6.415 max_d=6.415 avg_d=3.209 std_dev=3.198
N7 B 0, 0.009, 3.234, 6.459, 6.467 max_d=6.467 avg_d=3.234 std_dev=3.225
C2 B 0, 0.021, 3.306, 6.591, 6.595 max_d=6.595 avg_d=3.306 std_dev=3.285
OP2 B 0, 0.023, 3.434, 6.844, 6.859 max_d=6.859 avg_d=3.434 std_dev=3.410
C6 B 0, 0.016, 3.838, 7.661, 7.669 max_d=7.669 avg_d=3.838 std_dev=3.823
N1 B 0, 0.019, 3.864, 7.710, 7.716 max_d=7.716 avg_d=3.864 std_dev=3.845
N6 B 0, 0.019, 4.496, 8.973, 8.982 max_d=8.982 avg_d=4.496 std_dev=4.477

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.13 0.00 0.23 0.49 0.48 0.17
C2 0.02 0.00 0.20 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.25 0.11 0.08 0.23 0.36 1.05 0.41
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.04 0.03 0.10 0.09 0.15 0.03 0.16 0.05 0.33 0.00 0.01 0.02 0.53 0.02 0.62 0.45
C3' 0.03 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.06 0.11 0.00 0.00 0.02 0.26 0.23 0.10 0.05
C4 0.02 0.00 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.03 0.19 0.10 1.53 0.60
C4' 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.09 0.04 0.02 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.50 0.38 0.20
C5 0.01 0.00 0.10 0.00 0.00 0.09 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.11 0.12 0.17 0.03 1.57 0.61
C5' 0.02 0.02 0.09 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.04 0.07 0.00 0.09 0.03 0.01 0.01 0.10 0.38 0.01
C6 0.01 0.00 0.15 0.02 0.00 0.09 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.11 0.15 0.19 0.16 1.27 0.49
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.03 0.22 0.35 0.96 0.37
N3 0.02 0.00 0.16 0.08 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.11 0.05 0.22 0.24 1.32 0.52
N4 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.03 0.18 0.02 1.67 0.65
O2 0.02 0.00 0.33 0.11 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.53 0.10 0.15 0.24 0.46 0.85 0.33
O2' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.02 0.00 0.22 0.09 0.26 0.01 0.18 0.02 0.53 0.00 0.07 0.01 0.57 0.03 0.75 0.50
O3' 0.13 0.11 0.01 0.00 0.11 0.02 0.11 0.03 0.11 0.12 0.11 0.10 0.10 0.07 0.00 0.12 0.15 0.57 0.36 0.16
O4' 0.00 0.08 0.02 0.02 0.03 0.00 0.12 0.01 0.15 0.03 0.05 0.03 0.15 0.01 0.12 0.00 0.04 0.75 0.03 0.13
O5' 0.23 0.23 0.53 0.26 0.19 0.00 0.17 0.01 0.19 0.22 0.22 0.18 0.24 0.57 0.15 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.49 0.36 0.02 0.23 0.10 0.50 0.03 0.10 0.16 0.35 0.24 0.02 0.46 0.03 0.57 0.75 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.48 1.05 0.62 0.10 1.53 0.38 1.57 0.38 1.27 0.96 1.32 1.67 0.85 0.75 0.36 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.41 0.45 0.05 0.60 0.20 0.61 0.01 0.49 0.37 0.52 0.65 0.33 0.50 0.16 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.62 1.35 0.22 0.08 1.16 0.02 1.36 0.05 1.55 1.07 1.54 1.12 1.67 1.30 0.95 0.05 0.51 0.42 0.19 0.80 0.03 0.52
C2 0.42 1.12 0.05 0.38 0.85 0.25 0.93 0.40 1.09 0.64 1.18 0.94 1.14 0.81 0.64 0.06 0.83 0.17 0.13 0.70 0.08 0.39
C2' 1.00 2.14 0.53 0.23 1.78 0.32 2.05 0.28 2.35 1.60 2.39 1.78 2.52 1.93 1.46 0.12 0.29 0.77 0.55 1.08 0.49 0.87
C3' 0.86 1.82 0.45 0.23 1.59 0.28 1.93 0.27 2.21 1.55 2.17 1.48 2.45 1.88 1.32 0.03 0.22 0.67 0.50 0.98 0.32 0.74
C4 0.33 0.86 0.01 0.41 0.66 0.28 0.68 0.39 0.78 0.45 0.87 0.76 0.79 0.56 0.48 0.07 0.81 0.10 0.14 0.75 0.01 0.43
C4' 0.67 1.21 0.36 0.22 1.22 0.24 1.57 0.24 1.74 1.36 1.58 0.99 1.98 1.63 1.08 0.03 0.12 0.52 0.41 0.85 0.03 0.55
C5 0.53 0.98 0.18 0.11 0.89 0.00 0.95 0.05 1.02 0.77 1.03 0.90 1.05 0.88 0.74 0.06 0.48 0.34 0.17 0.87 0.13 0.57
C5' 0.81 1.30 0.57 0.53 1.42 0.48 1.86 0.55 2.03 1.67 1.76 1.07 2.32 1.98 1.30 0.06 0.23 0.69 0.65 0.98 0.22 0.70
C6 0.62 1.19 0.25 0.02 1.08 0.09 1.21 0.04 1.31 0.99 1.30 1.05 1.38 1.15 0.91 0.05 0.41 0.43 0.26 0.88 0.13 0.59
N1 0.55 1.23 0.17 0.17 1.03 0.05 1.17 0.14 1.32 0.90 1.34 1.05 1.39 1.08 0.83 0.05 0.59 0.34 0.11 0.80 0.03 0.50
N3 0.31 0.96 0.04 0.50 0.68 0.37 0.71 0.53 0.85 0.43 0.96 0.82 0.86 0.56 0.48 0.07 0.94 0.05 0.26 0.67 0.09 0.34
N4 0.15 0.64 0.13 0.57 0.41 0.45 0.39 0.56 0.49 0.16 0.60 0.57 0.47 0.24 0.24 0.09 0.93 0.07 0.32 0.71 0.02 0.37
O2 0.39 1.15 0.02 0.44 0.85 0.32 0.93 0.49 1.12 0.62 1.22 0.95 1.17 0.79 0.62 0.06 0.91 0.13 0.21 0.64 0.14 0.33
O2' 1.12 2.49 0.56 0.17 1.97 0.33 2.21 0.26 2.56 1.66 2.70 2.08 2.71 2.00 1.58 0.20 0.43 0.88 0.61 1.19 0.71 1.03
O3' 0.81 1.67 0.41 0.14 1.45 0.23 1.75 0.18 2.00 1.41 1.97 1.36 2.22 1.70 1.22 0.08 0.31 0.63 0.44 0.97 0.24 0.71
O4' 0.48 0.87 0.19 0.00 0.90 0.05 1.16 0.01 1.27 1.01 1.13 0.71 1.44 1.21 0.80 0.10 0.32 0.32 0.18 0.71 0.18 0.38
O5' 0.91 1.24 0.64 0.62 1.43 0.62 1.81 0.69 1.90 1.67 1.63 1.08 2.12 1.92 1.34 0.17 0.33 0.82 0.80 1.09 0.32 0.81
OP1 1.17 1.06 0.82 0.90 1.63 0.96 2.17 1.08 2.17 2.16 1.61 1.01 2.48 2.45 1.66 0.28 0.55 1.17 1.22 1.32 0.43 1.03
OP2 2.67 1.98 2.43 2.46 2.82 2.51 3.02 2.57 2.72 3.26 2.20 2.25 2.74 3.28 2.98 1.93 2.15 2.64 2.67 2.85 1.99 2.56
P 1.48 1.14 1.28 1.33 1.77 1.33 2.14 1.41 2.02 2.24 1.53 1.21 2.19 2.40 1.86 0.79 1.08 1.45 1.49 1.67 0.78 1.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.55 0.10
C2 0.02 0.00 0.26 0.24 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.31 0.14 0.16 0.09 0.63 0.19
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.13 0.02 0.04 0.01 0.11 0.16 0.20 0.26 0.07 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.42 0.62 0.02
C3' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.11 0.00 0.05 0.03 0.11 0.16 0.19 0.22 0.07 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.41 0.74 0.04
C4 0.01 0.00 0.13 0.11 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.13 0.07 0.02 0.29 0.94 0.44
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.03 0.02 0.06 0.00 0.00 0.01 0.52 0.33 0.17
C5 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.09 0.68 1.34 0.79
C5' 0.02 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.10 0.00 0.10 0.14 0.06 0.01 0.13 0.15 0.07 0.05 0.03 0.01 0.00 0.31 0.44 0.00
C6 0.01 0.00 0.11 0.11 0.00 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.14 0.05 0.04 0.69 1.26 0.74
C8 0.01 0.00 0.16 0.16 0.00 0.03 0.00 0.14 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.19 0.10 0.29 0.83 1.65 1.05
N1 0.02 0.00 0.20 0.19 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.25 0.11 0.08 0.40 0.93 0.46
N3 0.02 0.00 0.26 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.24 0.28 0.14 0.16 0.03 0.55 0.11
N6 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.09 0.02 0.11 0.95 1.49 0.95
N7 0.01 0.00 0.09 0.09 0.00 0.03 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.12 0.06 0.26 1.02 1.77 1.14
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.30 1.03 0.52
O2' 0.00 0.24 0.00 0.01 0.11 0.06 0.04 0.05 0.09 0.12 0.18 0.24 0.06 0.08 0.00 0.00 0.03 0.02 0.09 0.80 0.21 0.36
O3' 0.01 0.31 0.02 0.00 0.13 0.00 0.05 0.03 0.14 0.19 0.25 0.28 0.09 0.12 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.69 0.60 0.14
O4' 0.00 0.14 0.01 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.05 0.10 0.11 0.14 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.20 0.31 0.00
O5' 0.00 0.16 0.01 0.02 0.02 0.01 0.09 0.00 0.04 0.29 0.08 0.16 0.11 0.26 0.08 0.09 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.16 0.09 0.42 0.41 0.29 0.52 0.68 0.31 0.69 0.83 0.40 0.03 0.95 1.02 0.30 0.80 0.69 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.55 0.63 0.62 0.74 0.94 0.33 1.34 0.44 1.26 1.65 0.93 0.55 1.49 1.77 1.03 0.21 0.60 0.31 0.00 0.00 0.00 0.01
P 0.10 0.19 0.02 0.04 0.44 0.17 0.79 0.00 0.74 1.05 0.46 0.11 0.95 1.14 0.52 0.36 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00