ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48182

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N4 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.016
O4' B 0, 0.035, 0.100, 0.165, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.100 std_dev=0.065
O3' A 0, 0.028, 0.101, 0.173, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.101 std_dev=0.072
C4' B 0, 0.059, 0.164, 0.269, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.164 std_dev=0.105
O5' B 0, 0.061, 0.212, 0.362, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.212 std_dev=0.151
C1' B 0, 0.069, 0.244, 0.419, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.244 std_dev=0.175
O3' B 0, 0.081, 0.261, 0.440, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.261 std_dev=0.180
C5' B 0, 0.077, 0.272, 0.468, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.272 std_dev=0.196
C3' B 0, 0.081, 0.278, 0.476, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.278 std_dev=0.198
N9 B 0, 0.064, 0.283, 0.501, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.283 std_dev=0.218
C4 B 0, 0.051, 0.279, 0.508, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.279 std_dev=0.229
N3 B 0, 0.050, 0.281, 0.513, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.281 std_dev=0.231
P B 0, 0.071, 0.317, 0.562, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.317 std_dev=0.246
O5' A 0, 0.033, 0.283, 0.533, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.283 std_dev=0.250
C2 B 0, 0.034, 0.291, 0.549, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.291 std_dev=0.257
N1 B 0, 0.021, 0.287, 0.553, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.287 std_dev=0.266
C5 B 0, 0.039, 0.313, 0.588, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.313 std_dev=0.275
C2' B 0, 0.080, 0.358, 0.635, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.358 std_dev=0.278
OP1 B 0, 0.078, 0.359, 0.639, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.359 std_dev=0.280
C6 B 0, 0.020, 0.301, 0.582, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.301 std_dev=0.281
C8 B 0, 0.060, 0.346, 0.632, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.346 std_dev=0.286
OP2 B 0, 0.067, 0.368, 0.670, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.368 std_dev=0.302
N6 B 0, 0.003, 0.319, 0.636, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.319 std_dev=0.316
C3' A 0, 0.021, 0.340, 0.660, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.340 std_dev=0.319
N7 B 0, 0.049, 0.370, 0.691, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.370 std_dev=0.321
O4' A 0, 0.012, 0.350, 0.688, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.350 std_dev=0.338
OP2 A 0, 0.040, 0.401, 0.763, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.401 std_dev=0.362
C2' A 0, 0.013, 0.388, 0.763, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.388 std_dev=0.375
P A 0, 0.036, 0.433, 0.829, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.433 std_dev=0.396
O2' B 0, 0.084, 0.496, 0.907, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.496 std_dev=0.412
C4' A 0, 0.025, 0.536, 1.046, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.536 std_dev=0.510
OP1 A 0, 0.032, 0.574, 1.116, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.574 std_dev=0.542
O2' A 0, 0.019, 0.672, 1.325, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.672 std_dev=0.653
C5' A 0, 0.037, 1.040, 2.042, 2.058 max_d=2.058 avg_d=1.040 std_dev=1.003

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.12 0.02 0.10
C2 0.00 0.00 0.11 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.01 0.09 0.15 0.12 0.01 0.11
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.06 0.10 0.00 0.09 0.02 0.18 0.00 0.01 0.01 0.37 0.35 0.29 0.34
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.27 0.29 0.18 0.26
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.13 0.05 0.04 0.06
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.11 0.01 0.13 0.02 0.04 0.03 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.14 0.03
C5 0.01 0.00 0.06 0.02 0.01 0.11 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.17 0.04 0.07 0.10 0.01 0.07 0.03
C5' 0.05 0.02 0.06 0.02 0.16 0.01 0.28 0.00 0.29 0.12 0.06 0.17 0.10 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.24 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.01 0.01 0.13 0.00 0.29 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.04 0.10 0.10 0.03 0.05 0.04
N1 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.13 0.09 0.01 0.08
N3 0.00 0.00 0.09 0.04 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.01 0.07 0.15 0.09 0.01 0.10
N4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.13 0.04 0.05 0.06
O2 0.01 0.00 0.18 0.04 0.01 0.14 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.32 0.02 0.16 0.16 0.15 0.03 0.13
O2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.03 0.01 0.17 0.05 0.20 0.03 0.11 0.03 0.32 0.00 0.01 0.00 0.35 0.39 0.35 0.37
O3' 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.11 0.17 0.09 0.13
O4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.02 0.10 0.00 0.07 0.02 0.16 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.14 0.03
O5' 0.13 0.15 0.37 0.27 0.13 0.02 0.10 0.01 0.10 0.13 0.15 0.13 0.16 0.35 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.12 0.12 0.35 0.29 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.09 0.09 0.04 0.15 0.39 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.01 0.29 0.18 0.04 0.14 0.07 0.24 0.05 0.01 0.01 0.05 0.03 0.35 0.09 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.11 0.34 0.26 0.06 0.03 0.03 0.01 0.04 0.08 0.10 0.06 0.13 0.37 0.13 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.05 0.05 0.04 0.06 0.01 0.06 0.05 0.05 0.07 0.04 0.06 0.03 0.06 0.07 0.08 0.05 0.04 0.05 0.09 0.13 0.09
C2 0.10 0.11 0.08 0.05 0.11 0.02 0.10 0.06 0.09 0.09 0.09 0.12 0.06 0.09 0.10 0.12 0.07 0.05 0.05 0.07 0.11 0.07
C2' 0.11 0.09 0.10 0.06 0.13 0.02 0.16 0.04 0.16 0.16 0.12 0.09 0.19 0.19 0.13 0.14 0.06 0.06 0.10 0.16 0.23 0.16
C3' 0.06 0.11 0.04 0.00 0.08 0.03 0.09 0.12 0.12 0.07 0.12 0.09 0.13 0.08 0.07 0.08 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.02
C4 0.08 0.03 0.06 0.03 0.07 0.01 0.06 0.06 0.03 0.07 0.02 0.06 0.01 0.07 0.08 0.08 0.04 0.04 0.05 0.06 0.11 0.07
C4' 0.00 0.13 0.03 0.05 0.03 0.08 0.01 0.19 0.04 0.05 0.12 0.09 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.13 0.12 0.13
C5 0.03 0.06 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.07 0.04 0.08 0.03 0.07 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.05 0.09 0.14 0.10
C5' 0.14 0.12 0.19 0.22 0.06 0.27 0.10 0.41 0.01 0.21 0.13 0.04 0.03 0.21 0.14 0.11 0.15 0.20 0.38 0.40 0.42 0.42
C6 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.06 0.04 0.07 0.02 0.07 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.05 0.10 0.14 0.10
N1 0.07 0.04 0.05 0.03 0.06 0.01 0.06 0.05 0.04 0.07 0.03 0.06 0.02 0.07 0.07 0.08 0.04 0.04 0.05 0.09 0.13 0.09
N3 0.11 0.11 0.09 0.05 0.12 0.02 0.10 0.06 0.08 0.10 0.08 0.13 0.05 0.09 0.11 0.13 0.07 0.05 0.05 0.06 0.10 0.06
N4 0.09 0.02 0.07 0.04 0.07 0.01 0.05 0.06 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.06 0.09 0.09 0.05 0.04 0.05 0.05 0.10 0.06
O2 0.11 0.15 0.10 0.06 0.13 0.02 0.12 0.06 0.12 0.10 0.14 0.15 0.09 0.10 0.12 0.14 0.09 0.05 0.05 0.06 0.11 0.07
O2' 0.16 0.04 0.18 0.14 0.15 0.11 0.20 0.09 0.16 0.25 0.07 0.08 0.19 0.26 0.19 0.19 0.11 0.14 0.26 0.35 0.44 0.36
O3' 0.08 0.07 0.07 0.05 0.08 0.03 0.07 0.04 0.07 0.08 0.07 0.08 0.05 0.08 0.08 0.09 0.06 0.06 0.07 0.12 0.15 0.12
O4' 0.04 0.12 0.02 0.01 0.06 0.02 0.03 0.11 0.04 0.01 0.10 0.10 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04 0.01 0.05 0.03 0.02 0.04
O5' 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.04 0.09 0.10 0.09 0.11 0.07 0.09 0.11 0.10 0.10 0.11 0.09 0.13 0.15 0.13
OP1 0.01 0.06 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.10 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.03 0.04
OP2 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.13 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.07 0.10 0.04 0.02 0.05
P 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.03
C2 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.05 0.04 0.01 0.02
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.12 0.08 0.11
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.11 0.07 0.09
C4 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.03
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.04 0.01 0.04
C5' 0.02 0.10 0.03 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.10 0.05 0.10 0.09 0.09 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01 0.03
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.03 0.05
N1 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.04 0.01 0.03
N3 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.05 0.05 0.01 0.03
N6 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.02 0.03
N7 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.03 0.05
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.17 0.12 0.14
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.12 0.06 0.08
O4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.07 0.05
O5' 0.03 0.05 0.10 0.07 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.11 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.04 0.12 0.11 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.04 0.17 0.12 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.01 0.08 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.12 0.06 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.02 0.11 0.09 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.14 0.08 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00