ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48183

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.007, 0.026, 0.044, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.026 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.011, 0.039, 0.067, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.039 std_dev=0.028
N4 A 0, 0.006, 0.047, 0.089, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.047 std_dev=0.042
C4' B 0, 0.090, 0.391, 0.693, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.391 std_dev=0.301
O2' B 0, 0.115, 0.455, 0.794, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.455 std_dev=0.339
C2' A 0, 0.145, 0.497, 0.848, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.497 std_dev=0.351
C2' B 0, 0.082, 0.438, 0.794, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.438 std_dev=0.356
O4' A 0, 0.152, 0.521, 0.889, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.521 std_dev=0.369
O2' A 0, 0.159, 0.548, 0.938, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.548 std_dev=0.390
C5' B 0, 0.167, 0.617, 1.066, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.617 std_dev=0.450
C3' B 0, 0.074, 0.658, 1.243, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.658 std_dev=0.585
C3' A 0, 0.247, 0.845, 1.443, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.845 std_dev=0.598
C4' A 0, 0.247, 0.867, 1.487, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.867 std_dev=0.620
C1' B 0, 0.119, 0.800, 1.482, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.800 std_dev=0.682
O3' A 0, 0.323, 1.120, 1.916, 1.783 max_d=1.783 avg_d=1.120 std_dev=0.796
O4' B 0, 0.075, 0.886, 1.698, 1.961 max_d=1.961 avg_d=0.886 std_dev=0.812
O5' B 0, 0.257, 1.101, 1.944, 2.050 max_d=2.050 avg_d=1.101 std_dev=0.844
C5' A 0, 0.400, 1.434, 2.468, 2.400 max_d=2.400 avg_d=1.434 std_dev=1.034
P B 0, 0.414, 1.657, 2.900, 2.993 max_d=2.993 avg_d=1.657 std_dev=1.243
N9 B 0, 0.071, 1.429, 2.787, 3.254 max_d=3.254 avg_d=1.429 std_dev=1.358
O3' B 0, 0.014, 1.386, 2.758, 3.255 max_d=3.255 avg_d=1.386 std_dev=1.372
OP1 B 0, 0.496, 2.079, 3.662, 3.836 max_d=3.836 avg_d=2.079 std_dev=1.583
OP2 B 0, 0.412, 1.998, 3.585, 3.882 max_d=3.882 avg_d=1.998 std_dev=1.587
C8 B 0, -0.001, 1.781, 3.564, 4.216 max_d=4.216 avg_d=1.781 std_dev=1.782
O5' A 0, 0.256, 2.173, 4.091, 4.665 max_d=4.665 avg_d=2.173 std_dev=1.918
C4 B 0, 0.037, 2.016, 3.995, 4.705 max_d=4.705 avg_d=2.016 std_dev=1.979
N3 B 0, 0.013, 2.268, 4.522, 5.342 max_d=5.342 avg_d=2.268 std_dev=2.254
P A 0, 0.115, 2.513, 4.912, 5.743 max_d=5.743 avg_d=2.513 std_dev=2.399
N7 B 0, -0.073, 2.386, 4.845, 5.771 max_d=5.771 avg_d=2.386 std_dev=2.459
OP1 A 0, 0.290, 2.761, 5.233, 5.998 max_d=5.998 avg_d=2.761 std_dev=2.472
C5 B 0, -0.047, 2.495, 5.037, 5.984 max_d=5.984 avg_d=2.495 std_dev=2.542
C2 B 0, -0.068, 2.908, 5.885, 6.998 max_d=6.998 avg_d=2.908 std_dev=2.977
C6 B 0, -0.128, 3.122, 6.372, 7.604 max_d=7.604 avg_d=3.122 std_dev=3.250
N1 B 0, -0.124, 3.291, 6.705, 7.997 max_d=7.997 avg_d=3.291 std_dev=3.415
OP2 A 0, -0.371, 3.210, 6.791, 8.207 max_d=8.207 avg_d=3.210 std_dev=3.581
N6 B 0, -0.249, 3.643, 7.536, 9.039 max_d=9.039 avg_d=3.643 std_dev=3.892

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.20 0.82 0.08 0.18
C2 0.01 0.00 0.08 0.16 0.02 0.06 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.17 0.14 0.01 0.54 0.85 0.49 0.09
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.13 0.00 0.02 0.01 0.33 0.37 0.50 0.15
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.19 0.01 0.21 0.02 0.20 0.14 0.19 0.20 0.17 0.02 0.01 0.00 0.40 0.14 0.69 0.35
C4 0.02 0.02 0.04 0.19 0.00 0.14 0.00 0.30 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.16 0.17 0.03 0.88 0.75 0.98 0.41
C4' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.14 0.00 0.21 0.00 0.19 0.09 0.10 0.15 0.06 0.06 0.03 0.01 0.02 0.29 0.05 0.10
C5 0.02 0.01 0.05 0.21 0.00 0.21 0.00 0.37 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.22 0.07 0.98 0.71 1.03 0.48
C5' 0.02 0.15 0.01 0.02 0.30 0.00 0.37 0.00 0.31 0.16 0.23 0.34 0.07 0.06 0.07 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00
C6 0.03 0.01 0.06 0.20 0.02 0.19 0.00 0.31 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.20 0.08 0.84 0.80 0.74 0.29
N1 0.01 0.00 0.01 0.14 0.03 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.10 0.02 0.54 0.86 0.43 0.06
N3 0.01 0.01 0.07 0.19 0.00 0.10 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.19 0.17 0.02 0.72 0.81 0.75 0.26
N4 0.03 0.03 0.05 0.20 0.01 0.15 0.02 0.34 0.02 0.03 0.02 0.00 0.04 0.19 0.20 0.03 0.96 0.69 1.14 0.52
O2 0.02 0.00 0.13 0.17 0.03 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.20 0.18 0.04 0.34 0.87 0.28 0.08
O2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.16 0.06 0.09 0.06 0.06 0.06 0.19 0.19 0.20 0.00 0.10 0.09 0.19 0.29 0.31 0.09
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.17 0.03 0.22 0.07 0.20 0.10 0.17 0.20 0.18 0.10 0.00 0.01 0.35 0.55 0.82 0.53
O4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.04 0.09 0.01 0.00 0.02 0.94 0.28 0.41
O5' 0.20 0.54 0.33 0.40 0.88 0.02 0.98 0.01 0.84 0.54 0.72 0.96 0.34 0.19 0.35 0.02 0.00 0.05 0.02 0.00
OP1 0.82 0.85 0.37 0.14 0.75 0.29 0.71 0.02 0.80 0.86 0.81 0.69 0.87 0.29 0.55 0.94 0.05 0.00 0.04 0.04
OP2 0.08 0.49 0.50 0.69 0.98 0.05 1.03 0.04 0.74 0.43 0.75 1.14 0.28 0.31 0.82 0.28 0.02 0.04 0.00 0.00
P 0.18 0.09 0.15 0.35 0.41 0.10 0.48 0.00 0.29 0.06 0.26 0.52 0.08 0.09 0.53 0.41 0.00 0.04 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 1.67 0.31 0.15 1.38 0.08 1.99 0.42 2.46 1.40 2.32 1.13 2.91 1.95 1.00 0.14 0.83 0.35 1.07 1.73 1.22 1.24
C2 0.26 0.92 0.37 0.15 1.06 0.11 1.74 0.28 2.04 1.38 1.63 0.57 2.51 1.89 0.85 0.21 0.64 0.16 0.88 1.30 0.80 0.87
C2' 0.45 1.90 0.33 0.09 1.53 0.04 2.18 0.46 2.74 1.53 2.65 1.28 3.24 2.12 1.12 0.11 0.85 0.44 1.13 1.87 1.36 1.35
C3' 0.20 1.95 0.06 0.43 1.36 0.19 1.94 0.28 2.54 1.21 2.59 1.25 2.98 1.79 0.87 0.30 1.25 0.25 0.95 1.85 1.35 1.30
C4 0.21 0.63 0.36 0.15 0.89 0.14 1.41 0.21 1.49 1.21 1.13 0.42 1.73 1.57 0.75 0.22 0.54 0.09 0.73 0.97 0.61 0.65
C4' 0.19 1.90 0.10 0.45 1.32 0.21 1.86 0.30 2.43 1.14 2.48 1.25 2.85 1.71 0.84 0.33 1.24 0.25 0.95 1.82 1.33 1.30
C5 0.35 1.26 0.32 0.14 1.20 0.08 1.57 0.40 1.77 1.18 1.63 0.97 1.94 1.54 0.90 0.17 0.67 0.34 0.97 1.32 0.99 1.00
C5' 0.02 1.86 0.34 0.73 1.15 0.39 1.60 0.15 2.18 0.82 2.33 1.20 2.52 1.37 0.61 0.61 1.52 0.11 0.77 1.76 1.31 1.23
C6 0.39 1.61 0.30 0.15 1.35 0.08 1.80 0.46 2.13 1.27 2.06 1.19 2.37 1.71 0.97 0.15 0.77 0.40 1.09 1.62 1.20 1.21
N1 0.34 1.44 0.33 0.14 1.29 0.08 1.87 0.40 2.26 1.36 2.06 0.99 2.63 1.87 0.96 0.17 0.74 0.31 1.03 1.57 1.09 1.13
N3 0.18 0.48 0.39 0.17 0.83 0.15 1.50 0.18 1.64 1.31 1.12 0.25 2.04 1.76 0.74 0.24 0.53 0.04 0.72 1.02 0.57 0.64
N4 0.11 0.11 0.37 0.19 0.48 0.20 0.93 0.11 0.87 1.03 0.48 0.10 1.07 1.24 0.53 0.26 0.36 0.12 0.48 0.60 0.30 0.34
O2 0.24 0.77 0.39 0.16 0.98 0.11 1.72 0.26 2.04 1.41 1.55 0.44 2.64 1.94 0.83 0.23 0.63 0.13 0.87 1.31 0.77 0.85
O2' 0.55 1.90 0.47 0.09 1.63 0.10 2.36 0.49 2.93 1.73 2.73 1.30 3.57 2.36 1.25 0.24 0.76 0.49 1.13 1.82 1.33 1.31
O3' 0.15 1.94 0.11 0.53 1.35 0.25 1.97 0.23 2.62 1.21 2.65 1.22 3.14 1.83 0.85 0.40 1.39 0.21 0.87 1.80 1.31 1.25
O4' 0.33 1.81 0.22 0.25 1.37 0.11 1.89 0.42 2.38 1.26 2.36 1.24 2.77 1.79 0.94 0.18 0.96 0.35 1.08 1.81 1.33 1.33
O5' 0.87 0.95 1.18 1.50 0.26 1.13 0.70 0.48 1.26 0.05 1.40 0.31 1.61 0.49 0.27 1.48 2.30 0.69 0.16 1.25 0.72 0.71
OP1 0.47 2.06 0.16 0.22 1.51 0.36 1.87 1.12 2.32 1.22 2.41 1.55 2.57 1.69 1.04 0.40 1.09 0.82 1.64 2.57 2.15 2.18
OP2 1.66 0.01 1.99 2.16 0.63 1.60 0.23 0.70 0.26 0.90 0.39 0.56 0.57 0.41 1.10 2.45 3.05 1.25 0.17 1.10 0.51 0.60
P 0.70 1.05 1.07 1.33 0.38 0.83 0.76 0.08 1.27 0.04 1.42 0.48 1.55 0.54 0.13 1.45 2.18 0.40 0.50 1.61 1.11 1.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.07 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.14 0.00 0.15 0.40 0.25 0.20
C2 0.02 0.00 0.04 0.06 0.02 0.26 0.03 0.35 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.22 0.20 0.23 1.12 1.91 1.02 1.23
C2' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.02 0.07 0.17 0.08 0.06 0.05 0.02 0.12 0.07 0.02 0.00 0.02 0.00 0.31 0.25 0.25 0.29
C3' 0.03 0.06 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.38 0.38 0.04 0.24
C4 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.12 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.16 0.16 0.14 0.61 1.04 0.36 0.56
C4' 0.02 0.26 0.02 0.01 0.12 0.00 0.06 0.01 0.12 0.12 0.21 0.24 0.07 0.07 0.01 0.08 0.04 0.01 0.00 0.14 0.43 0.16
C5 0.02 0.03 0.07 0.04 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.21 0.14 0.09 0.46 0.82 0.17 0.31
C5' 0.07 0.35 0.17 0.00 0.08 0.01 0.09 0.00 0.09 0.36 0.25 0.31 0.11 0.28 0.14 0.08 0.16 0.01 0.00 0.00 0.10 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.04 0.01 0.12 0.01 0.09 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.25 0.16 0.14 0.69 1.20 0.23 0.57
C8 0.03 0.04 0.06 0.05 0.01 0.12 0.03 0.36 0.05 0.00 0.04 0.03 0.08 0.01 0.00 0.11 0.08 0.06 0.14 0.10 0.69 0.39
N1 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.21 0.02 0.25 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.24 0.18 0.21 1.00 1.70 0.68 1.00
N3 0.03 0.00 0.02 0.06 0.01 0.24 0.01 0.31 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.20 0.23 0.99 1.65 0.97 1.09
N6 0.04 0.01 0.12 0.06 0.02 0.07 0.03 0.11 0.00 0.08 0.02 0.01 0.00 0.08 0.05 0.29 0.17 0.10 0.58 1.03 0.26 0.40
N7 0.02 0.03 0.07 0.05 0.00 0.07 0.01 0.28 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.17 0.09 0.01 0.12 0.26 0.66 0.27
N9 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.14 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.08 0.12 0.01 0.22 0.47 0.10 0.14
O2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.16 0.08 0.21 0.08 0.25 0.11 0.24 0.17 0.29 0.17 0.08 0.00 0.06 0.03 0.28 0.21 0.11 0.20
O3' 0.14 0.20 0.02 0.02 0.16 0.04 0.14 0.16 0.16 0.08 0.18 0.20 0.17 0.09 0.12 0.06 0.00 0.10 0.28 0.26 0.52 0.05
O4' 0.00 0.23 0.00 0.02 0.14 0.01 0.09 0.01 0.14 0.06 0.21 0.23 0.10 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.38 0.59 0.43 0.38
O5' 0.15 1.12 0.31 0.38 0.61 0.00 0.46 0.00 0.69 0.14 1.00 0.99 0.58 0.12 0.22 0.28 0.28 0.38 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.40 1.91 0.25 0.38 1.04 0.14 0.82 0.00 1.20 0.10 1.70 1.65 1.03 0.26 0.47 0.21 0.26 0.59 0.01 0.00 0.05 0.02
OP2 0.25 1.02 0.25 0.04 0.36 0.43 0.17 0.10 0.23 0.69 0.68 0.97 0.26 0.66 0.10 0.11 0.52 0.43 0.03 0.05 0.00 0.04
P 0.20 1.23 0.29 0.24 0.56 0.16 0.31 0.01 0.57 0.39 1.00 1.09 0.40 0.27 0.14 0.20 0.05 0.38 0.00 0.02 0.04 0.00