ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48185

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N1 A 0, -0.001, 0.007, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, -0.001, 0.008, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.009
N4 A 0, -0.001, 0.017, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.003, 0.024, 0.045, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.024 std_dev=0.021
C5' B 0, -0.037, 0.155, 0.348, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.155 std_dev=0.193
O3' A 0, -0.051, 0.185, 0.421, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.185 std_dev=0.236
C2' B 0, -0.055, 0.181, 0.418, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.181 std_dev=0.236
C4' B 0, -0.115, 0.319, 0.752, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.319 std_dev=0.434
O5' B 0, -0.113, 0.352, 0.816, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.352 std_dev=0.464
C1' B 0, -0.160, 0.419, 0.998, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.419 std_dev=0.579
O4' B 0, -0.181, 0.468, 1.117, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.468 std_dev=0.649
O2' B 0, -0.171, 0.483, 1.137, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.483 std_dev=0.654
C3' B 0, -0.194, 0.519, 1.233, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.519 std_dev=0.713
C3' A 0, -0.208, 0.539, 1.286, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.539 std_dev=0.747
O4' A 0, -0.244, 0.609, 1.462, 1.815 max_d=1.815 avg_d=0.609 std_dev=0.853
N9 B 0, -0.235, 0.631, 1.497, 1.856 max_d=1.856 avg_d=0.631 std_dev=0.866
C2' A 0, -0.246, 0.628, 1.501, 1.863 max_d=1.863 avg_d=0.628 std_dev=0.873
P B 0, -0.279, 0.719, 1.718, 2.131 max_d=2.131 avg_d=0.719 std_dev=0.998
C4' A 0, -0.310, 0.766, 1.843, 2.289 max_d=2.289 avg_d=0.766 std_dev=1.076
C8 B 0, -0.309, 0.836, 1.981, 2.455 max_d=2.455 avg_d=0.836 std_dev=1.145
C4 B 0, -0.366, 0.948, 2.262, 2.806 max_d=2.806 avg_d=0.948 std_dev=1.314
O2' A 0, -0.400, 1.074, 2.548, 3.158 max_d=3.158 avg_d=1.074 std_dev=1.474
N3 B 0, -0.448, 1.140, 2.728, 3.385 max_d=3.385 avg_d=1.140 std_dev=1.588
OP1 B 0, -0.454, 1.162, 2.779, 3.448 max_d=3.448 avg_d=1.162 std_dev=1.617
N7 B 0, -0.454, 1.195, 2.843, 3.526 max_d=3.526 avg_d=1.195 std_dev=1.649
C5 B 0, -0.468, 1.208, 2.884, 3.578 max_d=3.578 avg_d=1.208 std_dev=1.676
O3' B 0, -0.486, 1.231, 2.948, 3.659 max_d=3.659 avg_d=1.231 std_dev=1.717
C5' A 0, -0.564, 1.410, 3.384, 4.201 max_d=4.201 avg_d=1.410 std_dev=1.974
OP2 B 0, -0.581, 1.439, 3.459, 4.295 max_d=4.295 avg_d=1.439 std_dev=2.020
C2 B 0, -0.576, 1.452, 3.480, 4.320 max_d=4.320 avg_d=1.452 std_dev=2.028
O5' A 0, -0.603, 1.519, 3.642, 4.521 max_d=4.521 avg_d=1.519 std_dev=2.123
C6 B 0, -0.609, 1.550, 3.708, 4.602 max_d=4.602 avg_d=1.550 std_dev=2.158
N1 B 0, -0.643, 1.626, 3.896, 4.836 max_d=4.836 avg_d=1.626 std_dev=2.269
N6 B 0, -0.745, 1.883, 4.512, 5.601 max_d=5.601 avg_d=1.883 std_dev=2.629
P A 0, -0.808, 2.043, 4.895, 6.075 max_d=6.075 avg_d=2.043 std_dev=2.851
OP2 A 0, -0.861, 2.170, 5.200, 6.455 max_d=6.455 avg_d=2.170 std_dev=3.030
OP1 A 0, -0.913, 2.306, 5.526, 6.859 max_d=6.859 avg_d=2.306 std_dev=3.219

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.00 0.12 0.10 0.28 0.14
C2 0.00 0.00 0.24 0.07 0.00 0.15 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.39 0.06 0.26 0.19 0.18 0.69 0.37
C2' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.04 0.01 0.14 0.03 0.22 0.02 0.19 0.04 0.39 0.00 0.04 0.02 0.06 0.33 0.12 0.17
C3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.06 0.08 0.00 0.01 0.00 0.11 0.52 0.27 0.31
C4 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.06 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.01 0.46 0.64 1.14 0.79
C4' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.06 0.00 0.22 0.00 0.25 0.03 0.09 0.06 0.32 0.01 0.02 0.00 0.00 0.27 0.02 0.06
C5 0.01 0.00 0.14 0.02 0.00 0.22 0.00 0.39 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.39 0.14 0.23 0.59 0.75 1.20 0.93
C5' 0.02 0.12 0.03 0.01 0.17 0.00 0.39 0.00 0.40 0.10 0.04 0.18 0.35 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01
C6 0.00 0.00 0.22 0.01 0.00 0.25 0.00 0.40 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.46 0.15 0.30 0.54 0.55 0.94 0.76
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.01 0.29 0.22 0.65 0.43
N3 0.00 0.00 0.19 0.07 0.00 0.09 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.28 0.07 0.18 0.30 0.39 0.93 0.56
N4 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.06 0.01 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.11 0.01 0.49 0.77 1.28 0.89
O2 0.01 0.00 0.39 0.08 0.00 0.32 0.00 0.35 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.77 0.02 0.48 0.02 0.06 0.50 0.14
O2' 0.01 0.39 0.00 0.00 0.05 0.01 0.39 0.03 0.46 0.03 0.28 0.05 0.77 0.00 0.01 0.01 0.11 0.49 0.27 0.29
O3' 0.12 0.06 0.04 0.01 0.11 0.02 0.14 0.01 0.15 0.11 0.07 0.11 0.02 0.01 0.00 0.06 0.11 0.64 0.31 0.35
O4' 0.00 0.26 0.02 0.00 0.01 0.00 0.23 0.02 0.30 0.01 0.18 0.01 0.48 0.01 0.06 0.00 0.14 0.03 0.34 0.20
O5' 0.12 0.19 0.06 0.11 0.46 0.00 0.59 0.00 0.54 0.29 0.30 0.49 0.02 0.11 0.11 0.14 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.10 0.18 0.33 0.52 0.64 0.27 0.75 0.05 0.55 0.22 0.39 0.77 0.06 0.49 0.64 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.28 0.69 0.12 0.27 1.14 0.02 1.20 0.04 0.94 0.65 0.93 1.28 0.50 0.27 0.31 0.34 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.37 0.17 0.31 0.79 0.06 0.93 0.01 0.76 0.43 0.56 0.89 0.14 0.29 0.35 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.80 0.17 0.42 0.80 0.34 1.44 0.01 1.82 1.04 1.53 0.38 2.32 1.51 0.58 0.45 1.24 0.14 0.04 0.91 0.57 0.05
C2 0.11 1.36 0.13 0.49 1.07 0.28 1.54 0.02 1.90 1.03 1.83 0.88 2.15 1.45 0.73 0.38 1.37 0.01 0.07 0.88 0.24 0.04
C2' 0.14 0.96 0.02 0.28 1.05 0.22 1.81 0.21 2.20 1.41 1.77 0.55 2.83 1.97 0.84 0.35 1.16 0.01 0.27 0.67 0.83 0.29
C3' 0.03 0.81 0.06 0.33 0.89 0.35 1.63 0.02 2.04 1.24 1.63 0.40 2.71 1.78 0.69 0.35 1.16 0.16 0.04 0.94 0.68 0.06
C4 0.13 1.04 0.16 0.50 1.02 0.29 1.37 0.03 1.52 0.99 1.37 0.78 1.66 1.32 0.74 0.33 1.32 0.04 0.06 0.84 0.12 0.07
C4' 0.11 0.68 0.12 0.39 0.69 0.51 1.36 0.25 1.80 0.96 1.48 0.27 2.42 1.46 0.48 0.34 1.14 0.37 0.26 1.28 0.43 0.26
C5 0.03 0.58 0.18 0.41 0.78 0.35 1.32 0.02 1.43 1.05 1.09 0.32 1.68 1.42 0.62 0.37 1.14 0.14 0.04 0.86 0.44 0.03
C5' 0.15 0.68 0.08 0.39 0.68 0.66 1.40 0.47 1.88 0.96 1.52 0.26 2.59 1.49 0.46 0.26 1.09 0.54 0.49 1.56 0.25 0.53
C6 0.06 0.57 0.18 0.39 0.74 0.35 1.39 0.02 1.62 1.06 1.22 0.24 1.99 1.50 0.57 0.41 1.14 0.18 0.03 0.88 0.59 0.06
N1 0.01 0.94 0.16 0.43 0.90 0.32 1.49 0.02 1.84 1.06 1.59 0.51 2.20 1.51 0.64 0.42 1.26 0.10 0.05 0.90 0.47 0.03
N3 0.18 1.41 0.13 0.52 1.14 0.26 1.47 0.03 1.74 0.98 1.72 1.04 1.89 1.34 0.77 0.34 1.41 0.09 0.07 0.85 0.07 0.08
N4 0.24 0.97 0.15 0.56 0.97 0.26 1.16 0.03 1.24 0.87 1.16 0.83 1.32 1.09 0.75 0.25 1.39 0.18 0.06 0.77 0.14 0.13
O2 0.14 1.52 0.12 0.50 1.11 0.26 1.56 0.02 1.97 1.01 1.99 0.99 2.25 1.44 0.74 0.37 1.41 0.05 0.07 0.89 0.18 0.06
O2' 0.24 0.93 0.01 0.22 1.10 0.01 1.84 0.51 2.16 1.52 1.70 0.57 2.77 2.05 0.94 0.39 1.15 0.25 0.59 0.25 1.10 0.66
O3' 0.08 0.76 0.04 0.27 0.85 0.21 1.53 0.17 1.88 1.20 1.50 0.40 2.50 1.69 0.69 0.34 1.12 0.02 0.18 0.79 0.81 0.22
O4' 0.13 0.71 0.16 0.42 0.65 0.48 1.27 0.24 1.70 0.85 1.46 0.27 2.21 1.32 0.43 0.37 1.16 0.35 0.24 1.24 0.38 0.25
O5' 0.31 0.60 0.25 0.56 0.64 0.87 1.46 0.62 1.97 0.99 1.51 0.15 2.82 1.61 0.40 0.45 1.28 0.72 0.60 1.65 0.13 0.64
OP1 0.69 0.25 0.62 0.97 0.24 1.36 1.02 1.18 1.50 0.56 1.08 0.19 2.33 1.18 0.01 0.76 1.63 1.18 1.24 2.34 0.44 1.31
OP2 1.04 0.09 0.95 1.26 0.05 1.70 0.85 1.45 1.33 0.40 0.80 0.54 2.28 1.10 0.28 1.12 1.89 1.55 1.42 2.37 0.57 1.43
P 0.77 0.12 0.67 0.98 0.15 1.39 0.98 1.20 1.46 0.53 0.99 0.31 2.36 1.16 0.08 0.83 1.62 1.26 1.21 2.23 0.36 1.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.23 0.00 0.12 0.28 0.15 0.07
C2 0.02 0.00 0.10 0.05 0.01 0.11 0.00 0.25 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.27 0.16 0.18 0.73 0.60 0.03
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.18 0.02 0.16 0.05 0.11 0.06 0.13 0.05 0.00 0.05 0.01 0.20 0.02 0.10 0.06
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.09 0.00 0.12 0.02 0.10 0.15 0.08 0.04 0.12 0.15 0.10 0.01 0.01 0.01 0.41 0.19 0.33 0.11
C4 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.06 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.16 0.09 0.00 0.33 0.76 0.21
C4' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.10 0.09 0.08 0.02 0.02 0.22 0.01 0.00 0.01 0.33 0.60 0.24
C5 0.01 0.00 0.04 0.12 0.00 0.06 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.07 0.05 0.07 0.05 1.20 0.45
C5' 0.09 0.25 0.18 0.02 0.21 0.01 0.23 0.00 0.27 0.17 0.27 0.22 0.28 0.21 0.17 0.04 0.24 0.01 0.00 0.09 0.36 0.01
C6 0.02 0.00 0.02 0.10 0.01 0.08 0.01 0.27 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.16 0.11 0.09 0.03 0.21 1.21 0.36
C8 0.00 0.01 0.16 0.15 0.00 0.01 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.28 0.06 0.06 0.34 0.42 1.26 0.71
N1 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01 0.10 0.01 0.27 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.20 0.13 0.13 0.53 0.92 0.14
N3 0.01 0.00 0.11 0.04 0.00 0.09 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.28 0.15 0.13 0.69 0.45 0.05
N6 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.08 0.01 0.28 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.22 0.06 0.07 0.00 0.02 1.47 0.50
N7 0.00 0.01 0.13 0.15 0.00 0.02 0.00 0.21 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.28 0.05 0.03 0.25 0.41 1.52 0.75
N9 0.00 0.02 0.05 0.10 0.01 0.02 0.00 0.17 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.14 0.10 0.01 0.15 0.08 0.72 0.32
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.08 0.22 0.18 0.04 0.16 0.28 0.06 0.06 0.22 0.28 0.14 0.00 0.10 0.14 0.28 0.02 0.16 0.10
O3' 0.23 0.27 0.05 0.01 0.16 0.01 0.07 0.24 0.11 0.06 0.20 0.28 0.06 0.05 0.10 0.10 0.00 0.19 0.46 0.17 0.64 0.04
O4' 0.00 0.16 0.01 0.01 0.09 0.00 0.05 0.01 0.09 0.06 0.13 0.15 0.07 0.03 0.01 0.14 0.19 0.00 0.03 0.52 0.09 0.11
O5' 0.12 0.18 0.20 0.41 0.00 0.01 0.07 0.00 0.03 0.34 0.13 0.13 0.00 0.25 0.15 0.28 0.46 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.28 0.73 0.02 0.19 0.33 0.33 0.05 0.09 0.21 0.42 0.53 0.69 0.02 0.41 0.08 0.02 0.17 0.52 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.60 0.10 0.33 0.76 0.60 1.20 0.36 1.21 1.26 0.92 0.45 1.47 1.52 0.72 0.16 0.64 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.03 0.06 0.11 0.21 0.24 0.45 0.01 0.36 0.71 0.14 0.05 0.50 0.75 0.32 0.10 0.04 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00