ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48191

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 10, 11, 12, 7, 5, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.006, 0.012, 0.017, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.007, 0.014, 0.020, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N4 A 0, 0.015, 0.032, 0.050, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.032 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.013, 0.032, 0.052, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.032 std_dev=0.019
C2' A 0, 0.068, 0.134, 0.199, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.134 std_dev=0.066
O4' A 0, 0.069, 0.140, 0.212, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.140 std_dev=0.071
O2' A 0, 0.079, 0.152, 0.225, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.152 std_dev=0.073
C4' A 0, 0.119, 0.229, 0.339, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.229 std_dev=0.110
C3' A 0, 0.119, 0.230, 0.342, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.230 std_dev=0.111
O3' B 0, 0.375, 0.532, 0.689, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.532 std_dev=0.157
O3' A 0, 0.162, 0.324, 0.487, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.324 std_dev=0.163
C5' A 0, 0.188, 0.363, 0.539, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.363 std_dev=0.175
O2' B 0, 0.181, 0.356, 0.532, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.356 std_dev=0.175
C3' B 0, 0.362, 0.541, 0.720, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.541 std_dev=0.179
C2' B 0, 0.270, 0.455, 0.640, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.455 std_dev=0.185
O5' A 0, 0.247, 0.442, 0.637, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.442 std_dev=0.195
C1' B 0, 0.365, 0.562, 0.760, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.562 std_dev=0.197
O2 B 0, 0.356, 0.557, 0.758, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.557 std_dev=0.201
C4' B 0, 0.457, 0.677, 0.897, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.677 std_dev=0.220
N1 B 0, 0.301, 0.538, 0.775, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.538 std_dev=0.237
O4' B 0, 0.458, 0.696, 0.935, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.696 std_dev=0.238
C2 B 0, 0.287, 0.526, 0.766, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.526 std_dev=0.240
P A 0, 0.357, 0.608, 0.858, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.608 std_dev=0.251
OP2 A 0, 0.315, 0.566, 0.817, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.566 std_dev=0.251
C6 B 0, 0.276, 0.556, 0.837, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.556 std_dev=0.280
N3 B 0, 0.244, 0.525, 0.805, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.525 std_dev=0.281
C5' B 0, 0.507, 0.792, 1.077, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.792 std_dev=0.285
OP1 A 0, 0.467, 0.773, 1.078, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.773 std_dev=0.306
O5' B 0, 0.474, 0.784, 1.095, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.784 std_dev=0.311
C5 B 0, 0.220, 0.548, 0.875, 1.787 max_d=1.787 avg_d=0.548 std_dev=0.327
C4 B 0, 0.191, 0.520, 0.849, 1.760 max_d=1.760 avg_d=0.520 std_dev=0.329
OP2 B 0, 0.507, 0.859, 1.212, 1.891 max_d=1.891 avg_d=0.859 std_dev=0.353
N4 B 0, 0.173, 0.541, 0.908, 2.009 max_d=2.009 avg_d=0.541 std_dev=0.368
P B 0, 0.339, 0.708, 1.077, 1.847 max_d=1.847 avg_d=0.708 std_dev=0.369
OP1 B 0, 0.267, 0.657, 1.046, 1.981 max_d=1.981 avg_d=0.657 std_dev=0.390

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.08 0.09 0.12 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.08 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.07 0.04
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.05 0.08 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.10 0.12 0.15 0.12
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.11 0.12 0.14 0.12
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.06 0.07 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.10 0.10 0.11 0.10
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.07 0.09 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.09 0.11 0.14 0.11
N4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.11 0.14 0.17 0.13
O2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.10 0.02 0.08 0.08 0.11 0.08
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.05 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.07 0.07 0.10 0.02 0.00 0.01 0.05 0.10 0.09 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.04
O5' 0.04 0.08 0.03 0.04 0.10 0.01 0.11 0.01 0.10 0.07 0.09 0.11 0.08 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.09 0.06 0.07 0.12 0.04 0.12 0.03 0.10 0.07 0.11 0.14 0.08 0.06 0.10 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.12 0.07 0.07 0.15 0.02 0.14 0.01 0.11 0.09 0.14 0.17 0.11 0.05 0.09 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.04 0.05 0.12 0.01 0.12 0.01 0.10 0.07 0.11 0.13 0.08 0.03 0.07 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.12 0.09 0.09 0.14 0.09 0.12 0.09 0.10 0.09 0.14 0.16 0.13 0.10 0.10 0.10 0.08 0.16 0.11 0.09
C2 0.09 0.13 0.09 0.09 0.15 0.09 0.13 0.09 0.11 0.10 0.16 0.18 0.13 0.11 0.10 0.10 0.09 0.18 0.10 0.10
C2' 0.09 0.12 0.09 0.09 0.15 0.09 0.13 0.09 0.11 0.10 0.16 0.18 0.14 0.10 0.10 0.10 0.08 0.16 0.11 0.09
C3' 0.09 0.11 0.09 0.09 0.14 0.09 0.13 0.10 0.11 0.09 0.14 0.16 0.13 0.09 0.10 0.10 0.08 0.14 0.11 0.08
C4 0.07 0.09 0.08 0.08 0.11 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.11 0.13 0.11 0.11 0.10 0.08 0.08 0.16 0.09 0.09
C4' 0.09 0.11 0.09 0.09 0.12 0.10 0.11 0.10 0.09 0.09 0.13 0.14 0.13 0.09 0.10 0.10 0.09 0.13 0.12 0.08
C5 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.08 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.08 0.14 0.11 0.08
C5' 0.09 0.11 0.08 0.10 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.09 0.12 0.13 0.13 0.08 0.11 0.10 0.09 0.12 0.13 0.08
C6 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.08 0.11 0.12 0.11 0.10 0.11 0.10 0.09 0.14 0.12 0.09
N1 0.09 0.11 0.09 0.09 0.13 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09 0.13 0.15 0.12 0.10 0.10 0.09 0.08 0.16 0.10 0.09
N3 0.09 0.12 0.10 0.09 0.15 0.09 0.14 0.09 0.11 0.10 0.15 0.17 0.13 0.12 0.11 0.10 0.09 0.18 0.10 0.11
N4 0.07 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.08 0.09 0.07 0.10 0.11 0.10 0.12 0.12 0.08 0.09 0.16 0.09 0.10
O2 0.11 0.14 0.10 0.10 0.18 0.10 0.16 0.10 0.13 0.12 0.18 0.21 0.14 0.11 0.11 0.12 0.10 0.19 0.11 0.12
O2' 0.09 0.12 0.09 0.09 0.16 0.09 0.13 0.09 0.10 0.10 0.16 0.18 0.13 0.10 0.10 0.10 0.08 0.16 0.11 0.09
O3' 0.10 0.12 0.09 0.10 0.15 0.10 0.14 0.10 0.12 0.10 0.15 0.18 0.14 0.10 0.10 0.10 0.08 0.15 0.11 0.08
O4' 0.09 0.10 0.10 0.10 0.12 0.10 0.10 0.10 0.09 0.08 0.13 0.14 0.13 0.10 0.10 0.10 0.10 0.14 0.12 0.09
O5' 0.11 0.11 0.09 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.10 0.12 0.13 0.14 0.08 0.13 0.12 0.09 0.13 0.13 0.09
OP1 0.10 0.11 0.09 0.10 0.11 0.10 0.13 0.11 0.13 0.10 0.11 0.12 0.13 0.09 0.12 0.10 0.08 0.11 0.13 0.08
OP2 0.13 0.11 0.11 0.13 0.12 0.13 0.14 0.13 0.15 0.12 0.12 0.12 0.14 0.11 0.15 0.13 0.10 0.13 0.14 0.10
P 0.10 0.10 0.08 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.12 0.10 0.11 0.11 0.13 0.08 0.12 0.10 0.08 0.11 0.13 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.15 0.05 0.07
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.05 0.04 0.09 0.18 0.10 0.11
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.04 0.05
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.11 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.13 0.19 0.15 0.14
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.04 0.04
C5 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.13 0.20 0.16 0.15
C5' 0.02 0.05 0.03 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.05 0.06 0.08 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.04 0.12 0.20 0.13 0.13
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.09 0.17 0.10 0.10
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.03 0.11 0.18 0.12 0.12
N4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.13 0.19 0.16 0.15
O2 0.03 0.00 0.07 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.13 0.07 0.07 0.08 0.17 0.10 0.10
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.07 0.04 0.13 0.00 0.03 0.01 0.06 0.12 0.06 0.06
O3' 0.03 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.07 0.03 0.00 0.02 0.03 0.11 0.05 0.04
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.04 0.16 0.08 0.08
O5' 0.05 0.09 0.05 0.03 0.13 0.01 0.13 0.01 0.12 0.09 0.11 0.13 0.08 0.06 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.15 0.18 0.12 0.11 0.19 0.11 0.20 0.05 0.20 0.17 0.18 0.19 0.17 0.12 0.11 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.10 0.04 0.05 0.15 0.04 0.16 0.05 0.13 0.10 0.12 0.16 0.10 0.06 0.05 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.11 0.05 0.04 0.14 0.04 0.15 0.01 0.13 0.10 0.12 0.15 0.10 0.06 0.04 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00