ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48192

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 10, 7, 4, 4, 3, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.011, 0.035, 0.059, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.035 std_dev=0.024
O2 A 0, 0.002, 0.037, 0.072, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.037 std_dev=0.035
O4' A 0, -0.046, 0.128, 0.302, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.128 std_dev=0.174
C2' A 0, -0.047, 0.151, 0.350, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.151 std_dev=0.198
O2' B 0, 0.303, 0.519, 0.734, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.519 std_dev=0.215
C4' A 0, -0.042, 0.202, 0.447, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.202 std_dev=0.245
C3' A 0, -0.009, 0.238, 0.485, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.238 std_dev=0.247
C2' B 0, 0.214, 0.515, 0.815, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.515 std_dev=0.300
O2' A 0, -0.063, 0.248, 0.560, 1.932 max_d=1.932 avg_d=0.248 std_dev=0.311
O5' A 0, 0.056, 0.385, 0.713, 1.749 max_d=1.749 avg_d=0.385 std_dev=0.329
O3' A 0, -0.001, 0.329, 0.659, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.329 std_dev=0.330
C5' A 0, -0.029, 0.366, 0.761, 1.980 max_d=1.980 avg_d=0.366 std_dev=0.395
C1' B 0, 0.112, 0.524, 0.937, 2.406 max_d=2.406 avg_d=0.524 std_dev=0.413
P A 0, 0.160, 0.578, 0.997, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.578 std_dev=0.418
C3' B 0, 0.124, 0.591, 1.058, 2.539 max_d=2.539 avg_d=0.591 std_dev=0.467
O4' B 0, 0.124, 0.613, 1.103, 2.565 max_d=2.565 avg_d=0.613 std_dev=0.489
O3' B 0, 0.097, 0.644, 1.190, 3.257 max_d=3.257 avg_d=0.644 std_dev=0.546
OP2 A 0, 0.109, 0.669, 1.229, 2.551 max_d=2.551 avg_d=0.669 std_dev=0.560
C4' B 0, 0.082, 0.705, 1.327, 3.595 max_d=3.595 avg_d=0.705 std_dev=0.622
OP1 A 0, 0.192, 0.918, 1.644, 3.376 max_d=3.376 avg_d=0.918 std_dev=0.726
N1 B 0, -0.191, 0.571, 1.332, 4.844 max_d=4.844 avg_d=0.571 std_dev=0.761
C5' B 0, -0.132, 0.891, 1.913, 6.119 max_d=6.119 avg_d=0.891 std_dev=1.022
O5' B 0, -0.139, 0.891, 1.920, 6.366 max_d=6.366 avg_d=0.891 std_dev=1.029
C2 B 0, -0.392, 0.731, 1.855, 6.346 max_d=6.346 avg_d=0.731 std_dev=1.123
C6 B 0, -0.299, 0.895, 2.088, 6.335 max_d=6.335 avg_d=0.895 std_dev=1.194
N3 B 0, -0.634, 0.789, 2.212, 8.545 max_d=8.545 avg_d=0.789 std_dev=1.423
P B 0, -0.455, 0.998, 2.452, 9.090 max_d=9.090 avg_d=0.998 std_dev=1.454
C4 B 0, -0.793, 0.699, 2.191, 9.403 max_d=9.403 avg_d=0.699 std_dev=1.492
C5 B 0, -0.556, 0.960, 2.475, 8.509 max_d=8.509 avg_d=0.960 std_dev=1.515
O2 B 0, -0.591, 0.951, 2.494, 6.259 max_d=6.259 avg_d=0.951 std_dev=1.543
OP2 B 0, -0.613, 0.961, 2.534, 9.846 max_d=9.846 avg_d=0.961 std_dev=1.574
OP1 B 0, -0.554, 1.110, 2.775, 10.459 max_d=10.459 avg_d=1.110 std_dev=1.664
N4 B 0, -1.071, 0.785, 2.641, 11.661 max_d=11.661 avg_d=0.785 std_dev=1.856

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.14 0.24 0.39 0.17
C2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.05 0.21 0.42 0.50 0.25
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.08 0.09 0.03 0.07 0.05 0.15 0.00 0.01 0.01 0.27 0.30 0.28 0.24
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.09 0.00 0.09 0.02 0.08 0.06 0.10 0.10 0.11 0.02 0.01 0.02 0.16 0.13 0.19 0.11
C4 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.05 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.06 0.03 0.29 0.60 0.57 0.36
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.04 0.06 0.06 0.11 0.02 0.00 0.01 0.08 0.22 0.06
C5 0.01 0.01 0.08 0.09 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.08 0.02 0.31 0.62 0.57 0.38
C5' 0.04 0.09 0.08 0.02 0.16 0.00 0.18 0.00 0.16 0.10 0.12 0.17 0.07 0.05 0.08 0.01 0.01 0.09 0.14 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.08 0.01 0.07 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.08 0.03 0.28 0.51 0.54 0.33
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.05 0.01 0.22 0.39 0.49 0.25
N3 0.02 0.01 0.07 0.10 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.06 0.04 0.26 0.52 0.54 0.31
N4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.06 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.13 0.07 0.03 0.31 0.66 0.58 0.40
O2 0.05 0.01 0.15 0.11 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.13 0.12 0.07 0.17 0.34 0.45 0.18
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.12 0.11 0.14 0.05 0.13 0.07 0.10 0.13 0.13 0.00 0.03 0.07 0.16 0.22 0.28 0.18
O3' 0.09 0.07 0.01 0.01 0.06 0.02 0.08 0.08 0.08 0.05 0.06 0.07 0.12 0.03 0.00 0.07 0.05 0.15 0.12 0.04
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.07 0.07 0.07 0.00 0.07 0.14 0.40 0.18
O5' 0.14 0.21 0.27 0.16 0.29 0.01 0.31 0.01 0.28 0.22 0.26 0.31 0.17 0.16 0.05 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.24 0.42 0.30 0.13 0.60 0.08 0.62 0.09 0.51 0.39 0.52 0.66 0.34 0.22 0.15 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.50 0.28 0.19 0.57 0.22 0.57 0.14 0.54 0.49 0.54 0.58 0.45 0.28 0.12 0.40 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.25 0.24 0.11 0.36 0.06 0.38 0.01 0.33 0.25 0.31 0.40 0.18 0.18 0.04 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.68 0.18 0.11 1.26 0.14 1.19 0.48 0.89 0.63 1.01 1.54 0.41 0.11 0.14 0.22 0.49 0.50 0.95 0.63
C2 0.28 0.78 0.15 0.06 1.21 0.09 1.14 0.34 0.86 0.63 1.07 1.43 0.68 0.07 0.17 0.16 0.36 0.27 0.70 0.40
C2' 0.23 0.66 0.13 0.09 1.26 0.11 1.18 0.45 0.86 0.59 1.01 1.58 0.41 0.13 0.14 0.18 0.48 0.47 0.90 0.60
C3' 0.39 0.76 0.26 0.23 1.42 0.29 1.37 0.67 1.04 0.74 1.11 1.75 0.44 0.12 0.10 0.37 0.64 0.71 1.16 0.84
C4 0.27 0.73 0.15 0.06 1.05 0.09 1.02 0.33 0.80 0.59 0.95 1.17 0.64 0.07 0.15 0.14 0.33 0.24 0.62 0.36
C4' 0.30 0.60 0.19 0.17 1.26 0.26 1.27 0.65 0.96 0.63 0.93 1.56 0.29 0.12 0.12 0.30 0.60 0.71 1.15 0.83
C5 0.27 0.62 0.18 0.12 1.08 0.13 1.05 0.46 0.82 0.60 0.87 1.21 0.34 0.12 0.11 0.20 0.45 0.43 0.82 0.55
C5' 0.29 0.46 0.20 0.22 1.14 0.33 1.27 0.72 0.97 0.56 0.76 1.43 0.27 0.18 0.21 0.32 0.61 0.78 1.19 0.88
C6 0.27 0.62 0.19 0.14 1.17 0.16 1.13 0.51 0.87 0.61 0.92 1.37 0.32 0.13 0.12 0.22 0.51 0.52 0.93 0.64
N1 0.28 0.70 0.17 0.10 1.23 0.12 1.15 0.44 0.87 0.63 1.01 1.46 0.46 0.10 0.14 0.20 0.46 0.43 0.86 0.56
N3 0.28 0.80 0.14 0.05 1.12 0.11 1.09 0.30 0.84 0.61 1.05 1.29 0.79 0.06 0.18 0.13 0.31 0.20 0.57 0.31
N4 0.26 0.72 0.14 0.07 0.88 0.13 0.91 0.26 0.76 0.55 0.86 0.96 0.76 0.06 0.17 0.12 0.28 0.18 0.45 0.24
O2 0.28 0.82 0.15 0.05 1.24 0.10 1.17 0.32 0.88 0.64 1.12 1.48 0.77 0.06 0.19 0.15 0.34 0.23 0.66 0.36
O2' 0.13 0.59 0.08 0.10 1.17 0.14 1.09 0.36 0.76 0.49 0.94 1.49 0.39 0.18 0.24 0.08 0.39 0.33 0.77 0.46
O3' 0.39 0.80 0.25 0.20 1.47 0.28 1.40 0.65 1.06 0.76 1.16 1.82 0.48 0.11 0.09 0.37 0.64 0.70 1.17 0.84
O4' 0.29 0.62 0.20 0.15 1.24 0.21 1.23 0.58 0.93 0.63 0.94 1.51 0.32 0.13 0.14 0.27 0.58 0.64 1.09 0.77
O5' 0.18 0.22 0.15 0.16 0.82 0.22 1.03 0.55 0.77 0.31 0.46 1.08 0.44 0.31 0.29 0.15 0.45 0.66 1.05 0.72
OP1 0.66 0.33 0.64 0.65 0.65 0.69 1.18 0.88 1.06 0.59 0.12 0.76 0.72 0.71 0.73 0.59 0.43 0.75 1.01 0.75
OP2 0.62 0.43 0.57 0.61 1.14 0.70 1.58 1.09 1.38 0.81 0.63 1.26 0.29 0.42 0.49 0.61 0.91 1.19 1.52 1.23
P 0.40 0.07 0.35 0.37 0.77 0.45 1.20 0.77 1.01 0.47 0.26 0.94 0.47 0.35 0.38 0.35 0.50 0.82 1.15 0.84

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.13 0.00 0.25 0.22 0.09 0.16
C2 0.02 0.00 0.19 0.20 0.01 0.22 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.09 0.19 0.80 0.76 0.66 0.76
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.04 0.01 0.12 0.15 0.17 0.01 0.15 0.04 0.36 0.00 0.02 0.02 0.27 0.24 0.23 0.20
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.12 0.00 0.21 0.01 0.23 0.07 0.17 0.13 0.39 0.02 0.01 0.02 0.08 0.16 0.14 0.06
C4 0.01 0.01 0.04 0.12 0.00 0.09 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.07 0.03 0.31 0.20 0.13 0.18
C4' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.09 0.00 0.30 0.01 0.35 0.07 0.15 0.09 0.50 0.12 0.03 0.00 0.01 0.14 0.20 0.02
C5 0.01 0.01 0.12 0.21 0.00 0.30 0.00 0.73 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.18 0.08 0.13 0.35 0.52 0.74 0.55
C5' 0.15 0.29 0.15 0.01 0.37 0.01 0.73 0.00 0.79 0.30 0.23 0.37 0.73 0.09 0.10 0.03 0.00 0.25 0.32 0.02
C6 0.01 0.01 0.17 0.23 0.01 0.35 0.00 0.79 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.15 0.07 0.18 0.42 0.55 0.80 0.60
N1 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.30 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.01 0.26 0.18 0.11 0.14
N3 0.02 0.00 0.15 0.17 0.01 0.15 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.07 0.14 0.72 0.68 0.61 0.69
N4 0.01 0.02 0.04 0.13 0.00 0.09 0.02 0.37 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.17 0.08 0.04 0.34 0.21 0.15 0.20
O2 0.04 0.00 0.36 0.39 0.01 0.50 0.01 0.73 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.15 0.35 1.35 1.37 1.32 1.40
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.16 0.12 0.18 0.09 0.15 0.09 0.13 0.17 0.10 0.00 0.05 0.08 0.27 0.25 0.25 0.22
O3' 0.13 0.09 0.02 0.01 0.07 0.03 0.08 0.10 0.07 0.07 0.07 0.08 0.15 0.05 0.00 0.15 0.10 0.23 0.15 0.12
O4' 0.00 0.19 0.02 0.02 0.03 0.00 0.13 0.03 0.18 0.01 0.14 0.04 0.35 0.08 0.15 0.00 0.26 0.28 0.09 0.21
O5' 0.25 0.80 0.27 0.08 0.31 0.01 0.35 0.00 0.42 0.26 0.72 0.34 1.35 0.27 0.10 0.26 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.22 0.76 0.24 0.16 0.20 0.14 0.52 0.25 0.55 0.18 0.68 0.21 1.37 0.25 0.23 0.28 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.66 0.23 0.14 0.13 0.20 0.74 0.32 0.80 0.11 0.61 0.15 1.32 0.25 0.15 0.09 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.76 0.20 0.06 0.18 0.02 0.55 0.02 0.60 0.14 0.69 0.20 1.40 0.22 0.12 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00