ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48193

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 8, 2, 1, 2, 3, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.006, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.003, 0.005, 0.007, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.008 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.010, 0.037, 0.064, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.037 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.020, 0.107, 0.194, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.107 std_dev=0.087
O4' A 0, 0.005, 0.096, 0.187, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.096 std_dev=0.091
O2' A 0, 0.039, 0.143, 0.247, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.143 std_dev=0.104
C4' A 0, 0.036, 0.164, 0.292, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.164 std_dev=0.128
C5' B 0, 0.111, 0.240, 0.368, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.240 std_dev=0.129
P B 0, 0.146, 0.284, 0.423, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.284 std_dev=0.139
C3' A 0, 0.029, 0.169, 0.309, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.169 std_dev=0.140
O5' B 0, 0.127, 0.273, 0.418, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.273 std_dev=0.145
O4' B 0, 0.117, 0.271, 0.425, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.271 std_dev=0.154
C4' B 0, 0.108, 0.262, 0.416, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.262 std_dev=0.154
OP2 B 0, 0.166, 0.335, 0.505, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.335 std_dev=0.169
OP1 B 0, 0.178, 0.360, 0.542, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.360 std_dev=0.182
O3' A 0, 0.039, 0.240, 0.441, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.240 std_dev=0.201
C1' B 0, 0.130, 0.332, 0.533, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.332 std_dev=0.202
C3' B 0, 0.126, 0.329, 0.532, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.329 std_dev=0.203
O3' B 0, 0.143, 0.362, 0.581, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.362 std_dev=0.219
C5' A 0, 0.068, 0.292, 0.516, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.292 std_dev=0.224
C2' B 0, 0.137, 0.364, 0.590, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.364 std_dev=0.227
C6 B 0, 0.139, 0.367, 0.595, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.367 std_dev=0.228
O5' A 0, 0.081, 0.314, 0.548, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.314 std_dev=0.233
N1 B 0, 0.134, 0.371, 0.608, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.371 std_dev=0.237
O2' B 0, 0.139, 0.386, 0.634, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.386 std_dev=0.248
P A 0, 0.104, 0.378, 0.652, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.378 std_dev=0.274
C5 B 0, 0.145, 0.448, 0.751, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.448 std_dev=0.303
OP2 A 0, 0.114, 0.417, 0.721, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.417 std_dev=0.303
C2 B 0, 0.124, 0.435, 0.745, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.435 std_dev=0.310
O2 B 0, 0.123, 0.444, 0.766, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.444 std_dev=0.322
OP1 A 0, 0.095, 0.444, 0.793, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.444 std_dev=0.349
N3 B 0, 0.132, 0.513, 0.895, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.513 std_dev=0.382
C4 B 0, 0.150, 0.533, 0.916, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.533 std_dev=0.383
N4 B 0, 0.176, 0.658, 1.141, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.658 std_dev=0.482

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.06 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.07 0.07 0.09 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.08 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.07 0.04
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.06 0.07 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.10 0.10 0.11 0.10
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.11 0.10 0.10 0.09
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.07 0.04 0.06 0.08 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.02 0.09 0.07 0.08 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.06 0.07 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.09 0.08 0.11 0.08
N4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.11 0.11 0.13 0.11
O2 0.01 0.00 0.08 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.09 0.02 0.07 0.06 0.09 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.08 0.00 0.02 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.06 0.07 0.09 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.08 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.07 0.07 0.08
O5' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.10 0.01 0.11 0.00 0.09 0.06 0.09 0.11 0.07 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.07 0.04 0.04 0.10 0.04 0.10 0.03 0.07 0.06 0.08 0.11 0.06 0.05 0.07 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.09 0.07 0.06 0.11 0.03 0.10 0.01 0.08 0.07 0.11 0.13 0.09 0.05 0.08 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.07 0.04 0.04 0.10 0.03 0.09 0.01 0.07 0.06 0.08 0.11 0.07 0.03 0.05 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.12 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.12 0.11 0.14 0.10 0.10 0.11 0.11 0.16 0.10 0.11
C2 0.07 0.09 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.10 0.07 0.08 0.09 0.08 0.12 0.08 0.06 0.08 0.10 0.15 0.10 0.11
C2' 0.10 0.12 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.12 0.09 0.10 0.12 0.11 0.15 0.10 0.10 0.10 0.12 0.17 0.10 0.12
C3' 0.10 0.14 0.09 0.09 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.13 0.11 0.18 0.09 0.09 0.10 0.12 0.16 0.09 0.11
C4 0.05 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.11 0.06 0.05 0.06 0.06 0.10 0.10 0.09 0.06 0.11 0.16 0.10 0.11
C4' 0.10 0.13 0.08 0.08 0.11 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.13 0.12 0.17 0.08 0.09 0.10 0.11 0.15 0.08 0.10
C5 0.09 0.09 0.12 0.13 0.08 0.13 0.08 0.14 0.08 0.08 0.09 0.08 0.12 0.14 0.15 0.10 0.14 0.17 0.11 0.12
C5' 0.11 0.15 0.10 0.10 0.12 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.15 0.12 0.19 0.10 0.11 0.11 0.11 0.15 0.08 0.11
C6 0.10 0.11 0.12 0.12 0.10 0.13 0.10 0.13 0.10 0.10 0.11 0.10 0.13 0.14 0.14 0.11 0.13 0.17 0.11 0.12
N1 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.09 0.10 0.10 0.13 0.10 0.09 0.10 0.11 0.16 0.10 0.11
N3 0.05 0.07 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.09 0.06 0.06 0.07 0.06 0.10 0.08 0.06 0.06 0.10 0.15 0.09 0.11
N4 0.06 0.06 0.08 0.09 0.05 0.09 0.06 0.11 0.05 0.05 0.06 0.06 0.09 0.12 0.10 0.05 0.11 0.16 0.10 0.11
O2 0.08 0.10 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.09 0.08 0.12 0.10 0.08 0.08 0.09 0.15 0.10 0.10
O2' 0.10 0.12 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.12 0.10 0.10 0.12 0.11 0.15 0.10 0.10 0.10 0.12 0.17 0.11 0.12
O3' 0.10 0.15 0.09 0.09 0.12 0.10 0.10 0.12 0.10 0.11 0.14 0.12 0.19 0.09 0.09 0.11 0.12 0.17 0.09 0.12
O4' 0.11 0.14 0.09 0.09 0.13 0.10 0.12 0.11 0.11 0.12 0.14 0.13 0.16 0.10 0.09 0.11 0.11 0.15 0.10 0.11
O5' 0.12 0.16 0.11 0.10 0.13 0.11 0.12 0.11 0.12 0.13 0.15 0.13 0.20 0.10 0.11 0.12 0.12 0.15 0.09 0.11
OP1 0.06 0.13 0.04 0.04 0.13 0.06 0.10 0.06 0.09 0.09 0.14 0.13 0.17 0.05 0.05 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06
OP2 0.10 0.16 0.08 0.07 0.15 0.08 0.13 0.08 0.12 0.13 0.16 0.15 0.21 0.08 0.07 0.09 0.10 0.11 0.09 0.10
P 0.08 0.15 0.06 0.05 0.12 0.06 0.10 0.07 0.10 0.11 0.15 0.12 0.19 0.06 0.06 0.08 0.08 0.10 0.06 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.07 0.08 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.06 0.06 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.09 0.09 0.10 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.09 0.09 0.10 0.10
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.04 0.04 0.06 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.08 0.08 0.07 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.06 0.06 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.08 0.10 0.08
N4 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.01 0.09 0.10 0.12 0.11
O2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.08 0.02 0.05 0.06 0.07 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.06 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.06 0.03 0.03 0.07 0.08 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.06 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
O5' 0.03 0.06 0.02 0.03 0.09 0.01 0.09 0.00 0.08 0.06 0.08 0.09 0.05 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.07 0.05 0.06 0.09 0.04 0.09 0.04 0.08 0.06 0.08 0.10 0.06 0.05 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.08 0.03 0.04 0.10 0.02 0.10 0.01 0.07 0.06 0.10 0.12 0.07 0.02 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.02 0.03 0.09 0.01 0.10 0.01 0.07 0.05 0.08 0.11 0.05 0.02 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00