ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48194

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 3, 5, 3, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, -0.003, 0.010, 0.024, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.010 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C6 A 0, -0.002, 0.012, 0.026, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.012 std_dev=0.014
C4 A 0, -0.003, 0.013, 0.029, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.013 std_dev=0.016
C2 A 0, -0.002, 0.015, 0.032, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.015 std_dev=0.017
O2 A 0, -0.004, 0.035, 0.074, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.035 std_dev=0.039
N4 A 0, -0.010, 0.038, 0.085, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.038 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.021, 0.110, 0.200, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.110 std_dev=0.089
C2' A 0, 0.034, 0.143, 0.252, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.143 std_dev=0.109
C4' A 0, 0.056, 0.209, 0.363, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.209 std_dev=0.154
C3' A 0, 0.073, 0.242, 0.411, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.242 std_dev=0.169
O2' A 0, 0.050, 0.227, 0.404, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.227 std_dev=0.177
C2' B 0, 0.286, 0.476, 0.667, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.476 std_dev=0.190
O3' A 0, 0.098, 0.377, 0.657, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.377 std_dev=0.279
C5' A 0, 0.070, 0.381, 0.692, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.381 std_dev=0.311
O2' B 0, 0.244, 0.607, 0.970, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.607 std_dev=0.363
C3' B 0, 0.310, 1.076, 1.841, 2.344 max_d=2.344 avg_d=1.076 std_dev=0.766
O5' A 0, -0.005, 0.813, 1.632, 2.575 max_d=2.575 avg_d=0.813 std_dev=0.819
P A 0, 0.134, 1.136, 2.138, 2.892 max_d=2.892 avg_d=1.136 std_dev=1.002
C1' B 0, 0.107, 1.159, 2.210, 3.159 max_d=3.159 avg_d=1.159 std_dev=1.051
OP2 A 0, 0.208, 1.301, 2.394, 3.124 max_d=3.124 avg_d=1.301 std_dev=1.093
OP1 A 0, 0.125, 1.283, 2.441, 3.166 max_d=3.166 avg_d=1.283 std_dev=1.158
O3' B 0, 0.164, 1.448, 2.732, 3.963 max_d=3.963 avg_d=1.448 std_dev=1.284
O5' B 0, 0.195, 1.552, 2.909, 4.039 max_d=4.039 avg_d=1.552 std_dev=1.357
C4' B 0, 0.048, 1.469, 2.890, 3.941 max_d=3.941 avg_d=1.469 std_dev=1.421
P B 0, 0.254, 1.709, 3.164, 4.784 max_d=4.784 avg_d=1.709 std_dev=1.455
O4' B 0, -0.037, 1.460, 2.957, 4.134 max_d=4.134 avg_d=1.460 std_dev=1.497
OP1 B 0, 0.303, 1.969, 3.634, 5.288 max_d=5.288 avg_d=1.969 std_dev=1.666
N1 B 0, 0.015, 1.721, 3.428, 4.711 max_d=4.711 avg_d=1.721 std_dev=1.706
C5' B 0, 0.048, 1.757, 3.466, 4.844 max_d=4.844 avg_d=1.757 std_dev=1.709
C6 B 0, 0.072, 1.812, 3.551, 6.272 max_d=6.272 avg_d=1.812 std_dev=1.739
OP2 B 0, 0.068, 1.903, 3.738, 5.825 max_d=5.825 avg_d=1.903 std_dev=1.835
C5 B 0, -0.019, 2.485, 4.990, 8.236 max_d=8.236 avg_d=2.485 std_dev=2.505
C2 B 0, -0.276, 2.362, 5.001, 6.655 max_d=6.655 avg_d=2.362 std_dev=2.638
O2 B 0, -0.387, 2.410, 5.206, 6.890 max_d=6.890 avg_d=2.410 std_dev=2.797
C4 B 0, -0.283, 3.103, 6.490, 8.804 max_d=8.804 avg_d=3.103 std_dev=3.387
N3 B 0, -0.433, 3.047, 6.527, 8.586 max_d=8.586 avg_d=3.047 std_dev=3.480
N4 B 0, -0.457, 3.825, 8.108, 10.953 max_d=10.953 avg_d=3.825 std_dev=4.283

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.15 0.12 0.48 0.18
C2 0.01 0.00 0.07 0.10 0.01 0.05 0.02 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.11 0.02 0.38 0.30 0.56 0.33
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.02 0.05 0.04 0.14 0.00 0.01 0.01 0.27 0.29 0.34 0.19
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.11 0.00 0.13 0.03 0.14 0.09 0.10 0.11 0.14 0.02 0.01 0.01 0.38 0.43 0.23 0.29
C4 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.07 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.13 0.02 0.57 0.52 0.72 0.54
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.05 0.05 0.08 0.07 0.07 0.02 0.00 0.02 0.15 0.36 0.07
C5 0.01 0.02 0.05 0.13 0.00 0.09 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.17 0.02 0.60 0.53 0.71 0.56
C5' 0.03 0.12 0.03 0.03 0.18 0.01 0.21 0.00 0.18 0.12 0.14 0.20 0.10 0.07 0.02 0.01 0.01 0.13 0.34 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.16 0.02 0.52 0.41 0.59 0.43
N1 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.01 0.37 0.28 0.54 0.30
N3 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.11 0.02 0.49 0.42 0.66 0.45
N4 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.08 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.14 0.02 0.62 0.59 0.79 0.61
O2 0.04 0.01 0.14 0.14 0.02 0.07 0.03 0.10 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.16 0.03 0.28 0.21 0.51 0.25
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.09 0.07 0.06 0.07 0.05 0.04 0.11 0.10 0.15 0.00 0.02 0.07 0.12 0.27 0.31 0.10
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.13 0.02 0.17 0.02 0.16 0.08 0.11 0.14 0.16 0.02 0.00 0.01 0.33 0.55 0.16 0.33
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.01 0.00 0.10 0.14 0.56 0.24
O5' 0.15 0.38 0.27 0.38 0.57 0.02 0.60 0.01 0.52 0.37 0.49 0.62 0.28 0.12 0.33 0.10 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.12 0.30 0.29 0.43 0.52 0.15 0.53 0.13 0.41 0.28 0.42 0.59 0.21 0.27 0.55 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.48 0.56 0.34 0.23 0.72 0.36 0.71 0.34 0.59 0.54 0.66 0.79 0.51 0.31 0.16 0.56 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.33 0.19 0.29 0.54 0.07 0.56 0.01 0.43 0.30 0.45 0.61 0.25 0.10 0.33 0.24 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.49 1.08 0.11 0.67 1.90 1.56 1.19 1.71 0.46 0.39 1.82 2.60 0.98 0.25 0.72 1.43 1.22 1.21 0.65 0.94
C2 0.32 1.34 0.13 0.60 2.15 1.45 1.47 1.52 0.73 0.62 2.09 2.75 1.21 0.22 0.65 1.24 1.04 0.96 0.52 0.78
C2' 0.32 1.44 0.10 0.77 2.34 1.60 1.49 1.83 0.64 0.61 2.28 3.17 1.36 0.21 0.89 1.30 1.37 1.41 0.95 1.14
C3' 0.45 1.25 0.10 0.91 2.14 1.71 1.30 1.96 0.48 0.44 2.07 2.99 1.20 0.20 1.06 1.42 1.54 1.64 1.12 1.31
C4 0.34 1.22 0.13 0.57 1.88 1.39 1.34 1.36 0.72 0.60 1.83 2.24 1.04 0.21 0.59 1.23 0.89 0.78 0.31 0.62
C4' 0.62 0.85 0.12 0.80 1.61 1.64 0.96 1.84 0.38 0.24 1.54 2.33 0.83 0.26 0.89 1.54 1.42 1.51 0.83 1.13
C5 0.54 0.92 0.11 0.64 1.61 1.52 1.10 1.52 0.48 0.35 1.52 1.99 0.78 0.26 0.65 1.50 1.04 0.93 0.33 0.71
C5' 0.79 0.55 0.26 0.89 1.25 1.67 0.84 1.86 0.61 0.36 1.14 1.88 0.57 0.34 0.97 1.63 1.48 1.62 0.83 1.19
C6 0.56 0.91 0.11 0.66 1.67 1.56 1.09 1.64 0.43 0.32 1.57 2.20 0.82 0.27 0.69 1.52 1.16 1.09 0.46 0.83
N1 0.46 1.12 0.12 0.65 1.94 1.54 1.26 1.64 0.53 0.44 1.86 2.57 1.00 0.25 0.69 1.41 1.14 1.09 0.55 0.85
N3 0.26 1.40 0.14 0.55 2.12 1.36 1.51 1.38 0.83 0.71 2.09 2.60 1.26 0.19 0.59 1.12 0.92 0.82 0.42 0.68
N4 0.24 1.23 0.14 0.48 1.71 1.20 1.32 1.09 0.83 0.71 1.70 1.94 1.05 0.17 0.49 0.99 0.69 0.57 0.19 0.47
O2 0.28 1.43 0.14 0.59 2.26 1.42 1.56 1.52 0.80 0.69 2.21 2.92 1.32 0.20 0.64 1.17 1.04 0.98 0.59 0.81
O2' 0.32 1.43 0.14 0.72 2.31 1.57 1.47 1.81 0.66 0.62 2.26 3.14 1.36 0.24 0.82 1.28 1.35 1.42 0.97 1.15
O3' 0.43 1.33 0.15 1.01 2.22 1.76 1.33 2.06 0.49 0.47 2.17 3.12 1.30 0.21 1.20 1.38 1.67 1.84 1.39 1.51
O4' 0.65 0.75 0.12 0.67 1.48 1.56 0.89 1.70 0.36 0.24 1.39 2.11 0.70 0.28 0.70 1.56 1.23 1.26 0.56 0.91
O5' 1.35 0.37 0.67 1.42 0.50 2.23 0.48 2.41 0.90 0.80 0.53 1.08 0.59 0.48 1.50 2.25 2.04 2.07 1.30 1.70
OP1 1.44 0.65 0.81 1.52 0.61 2.24 1.07 2.54 1.35 1.11 0.52 0.77 0.74 0.52 1.61 2.21 2.19 2.45 1.65 2.00
OP2 1.59 0.83 0.93 1.63 0.75 2.33 1.20 2.57 1.51 1.28 0.66 0.82 0.92 0.66 1.70 2.36 2.27 2.33 1.42 1.94
P 1.51 0.69 0.78 1.49 0.54 2.25 1.04 2.48 1.37 1.16 0.47 0.66 0.78 0.49 1.54 2.31 2.15 2.29 1.40 1.86

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.14 0.03 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.29 0.00 0.21 0.35 0.37 0.17
C2 0.02 0.00 0.17 0.23 0.01 0.13 0.02 0.28 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.11 0.17 0.50 0.82 0.66 0.38
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.11 0.01 0.26 0.24 0.28 0.03 0.09 0.13 0.38 0.00 0.02 0.02 0.26 0.17 0.65 0.29
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.25 0.01 0.27 0.03 0.26 0.18 0.24 0.26 0.30 0.02 0.01 0.02 0.13 0.11 0.13 0.16
C4 0.02 0.01 0.11 0.25 0.00 0.13 0.01 0.33 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.45 0.04 0.03 0.56 1.29 0.59 0.43
C4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.13 0.00 0.26 0.01 0.28 0.09 0.09 0.13 0.31 0.29 0.02 0.01 0.01 0.12 0.16 0.03
C5 0.02 0.02 0.26 0.27 0.01 0.26 0.00 0.53 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.55 0.05 0.17 0.76 1.47 0.82 0.75
C5' 0.14 0.28 0.24 0.03 0.33 0.01 0.53 0.00 0.55 0.24 0.25 0.34 0.53 0.11 0.22 0.02 0.01 0.22 0.33 0.02
C6 0.03 0.02 0.28 0.26 0.02 0.28 0.01 0.55 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.47 0.06 0.23 0.73 1.20 0.78 0.70
N1 0.00 0.01 0.03 0.18 0.01 0.09 0.01 0.24 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.22 0.12 0.02 0.39 0.75 0.46 0.26
N3 0.01 0.01 0.09 0.24 0.01 0.09 0.02 0.25 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.27 0.06 0.12 0.51 1.03 0.66 0.35
N4 0.02 0.02 0.13 0.26 0.01 0.13 0.01 0.34 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.50 0.05 0.03 0.59 1.44 0.62 0.48
O2 0.05 0.01 0.38 0.30 0.03 0.31 0.03 0.53 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.20 0.17 0.32 0.79 0.90 1.06 0.80
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.45 0.29 0.55 0.11 0.47 0.22 0.27 0.50 0.20 0.00 0.03 0.20 0.21 0.19 0.57 0.24
O3' 0.29 0.11 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.22 0.06 0.12 0.06 0.05 0.17 0.03 0.00 0.24 0.21 0.19 0.44 0.42
O4' 0.00 0.17 0.02 0.02 0.03 0.01 0.17 0.02 0.23 0.02 0.12 0.03 0.32 0.20 0.24 0.00 0.25 0.33 0.15 0.19
O5' 0.21 0.50 0.26 0.13 0.56 0.01 0.76 0.01 0.73 0.39 0.51 0.59 0.79 0.21 0.21 0.25 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.35 0.82 0.17 0.11 1.29 0.12 1.47 0.22 1.20 0.75 1.03 1.44 0.90 0.19 0.19 0.33 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 0.66 0.65 0.13 0.59 0.16 0.82 0.33 0.78 0.46 0.66 0.62 1.06 0.57 0.44 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.38 0.29 0.16 0.43 0.03 0.75 0.02 0.70 0.26 0.35 0.48 0.80 0.24 0.42 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00