ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48196

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N4 A 0, 0.007, 0.037, 0.067, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.037 std_dev=0.030
O2 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.130, 0.400, 0.671, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.400 std_dev=0.270
C2' A 0, 0.143, 0.416, 0.688, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.416 std_dev=0.273
O2' A 0, 0.150, 0.471, 0.792, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.471 std_dev=0.321
C2' B 0, 0.134, 0.472, 0.811, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.472 std_dev=0.338
O2' B 0, 0.165, 0.534, 0.904, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.534 std_dev=0.369
C4' A 0, 0.194, 0.606, 1.018, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.606 std_dev=0.412
C3' A 0, 0.231, 0.679, 1.126, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.679 std_dev=0.448
C1' B 0, 0.203, 0.831, 1.459, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.831 std_dev=0.628
C5' A 0, 0.327, 1.020, 1.713, 1.884 max_d=1.884 avg_d=1.020 std_dev=0.693
O3' A 0, 0.397, 1.091, 1.785, 1.823 max_d=1.823 avg_d=1.091 std_dev=0.694
N1 B 0, 0.187, 1.009, 1.832, 2.115 max_d=2.115 avg_d=1.009 std_dev=0.822
C3' B 0, 0.199, 1.069, 1.940, 2.753 max_d=2.753 avg_d=1.069 std_dev=0.870
OP2 A 0, 0.082, 1.027, 1.972, 2.397 max_d=2.397 avg_d=1.027 std_dev=0.945
O5' A 0, 0.214, 1.233, 2.252, 3.130 max_d=3.130 avg_d=1.233 std_dev=1.019
O2 B 0, 0.269, 1.356, 2.443, 3.112 max_d=3.112 avg_d=1.356 std_dev=1.087
C2 B 0, 0.041, 1.131, 2.221, 3.023 max_d=3.023 avg_d=1.131 std_dev=1.090
O5' B 0, 0.088, 1.187, 2.286, 3.172 max_d=3.172 avg_d=1.187 std_dev=1.099
O4' B 0, 0.067, 1.237, 2.406, 3.173 max_d=3.173 avg_d=1.237 std_dev=1.170
C4' B 0, -0.112, 1.113, 2.339, 2.904 max_d=2.904 avg_d=1.113 std_dev=1.225
C6 B 0, 0.259, 1.498, 2.737, 3.083 max_d=3.083 avg_d=1.498 std_dev=1.239
P A 0, 0.026, 1.298, 2.570, 3.901 max_d=3.901 avg_d=1.298 std_dev=1.272
O3' B 0, 0.267, 1.582, 2.898, 3.917 max_d=3.917 avg_d=1.582 std_dev=1.316
P B 0, -0.027, 1.426, 2.879, 3.647 max_d=3.647 avg_d=1.426 std_dev=1.453
OP1 B 0, 0.131, 1.622, 3.112, 3.738 max_d=3.738 avg_d=1.622 std_dev=1.491
N3 B 0, 0.076, 1.569, 3.061, 4.214 max_d=4.214 avg_d=1.569 std_dev=1.492
C5' B 0, -0.118, 1.490, 3.099, 4.203 max_d=4.203 avg_d=1.490 std_dev=1.609
C5 B 0, 0.320, 1.958, 3.596, 3.902 max_d=3.902 avg_d=1.958 std_dev=1.638
C4 B 0, 0.191, 1.907, 3.623, 4.511 max_d=4.511 avg_d=1.907 std_dev=1.716
OP2 B 0, 0.185, 1.969, 3.752, 5.024 max_d=5.024 avg_d=1.969 std_dev=1.783
OP1 A 0, -0.120, 1.712, 3.545, 5.525 max_d=5.525 avg_d=1.712 std_dev=1.833
N4 B 0, 0.204, 2.421, 4.639, 5.930 max_d=5.930 avg_d=2.421 std_dev=2.218

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.32 0.24 0.23 0.23
C2 0.01 0.00 0.08 0.13 0.00 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.12 0.04 0.44 0.15 0.39 0.28
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.02 0.08 0.01 0.06 0.02 0.14 0.00 0.05 0.01 0.12 0.09 0.28 0.06
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.14 0.00 0.16 0.03 0.16 0.10 0.14 0.15 0.16 0.02 0.01 0.01 0.12 0.20 0.40 0.19
C4 0.01 0.00 0.02 0.14 0.00 0.11 0.00 0.26 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.15 0.02 0.59 0.26 0.53 0.43
C4' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.11 0.00 0.14 0.00 0.12 0.06 0.08 0.12 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.14 0.31 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.16 0.00 0.14 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.18 0.02 0.65 0.36 0.54 0.50
C5' 0.03 0.15 0.02 0.03 0.26 0.00 0.28 0.00 0.24 0.15 0.20 0.28 0.10 0.04 0.07 0.01 0.00 0.35 0.36 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.16 0.00 0.12 0.00 0.24 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.17 0.03 0.62 0.36 0.43 0.45
N1 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.47 0.24 0.35 0.31
N3 0.01 0.00 0.06 0.14 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.14 0.03 0.51 0.17 0.47 0.34
N4 0.01 0.01 0.02 0.15 0.00 0.12 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.16 0.02 0.61 0.27 0.58 0.45
O2 0.02 0.00 0.14 0.16 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.17 0.05 0.36 0.09 0.36 0.21
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.07 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.10 0.08 0.15 0.00 0.12 0.08 0.08 0.18 0.33 0.13
O3' 0.03 0.12 0.05 0.01 0.15 0.04 0.18 0.07 0.17 0.07 0.14 0.16 0.17 0.12 0.00 0.02 0.35 0.60 0.62 0.49
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.08 0.02 0.00 0.34 0.43 0.24 0.32
O5' 0.32 0.44 0.12 0.12 0.59 0.01 0.65 0.00 0.62 0.47 0.51 0.61 0.36 0.08 0.35 0.34 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.24 0.15 0.09 0.20 0.26 0.14 0.36 0.35 0.36 0.24 0.17 0.27 0.09 0.18 0.60 0.43 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.39 0.28 0.40 0.53 0.31 0.54 0.36 0.43 0.35 0.47 0.58 0.36 0.33 0.62 0.24 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.28 0.06 0.19 0.43 0.03 0.50 0.01 0.45 0.31 0.34 0.45 0.21 0.13 0.49 0.32 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 1.01 0.23 0.61 1.74 0.32 1.61 0.42 1.18 0.79 1.49 2.14 0.96 0.23 0.83 0.18 0.52 0.70 1.51 0.84
C2 0.32 0.92 0.21 0.40 1.36 0.15 1.23 0.18 0.92 0.68 1.26 1.61 0.95 0.18 0.50 0.26 0.53 0.56 1.36 0.73
C2' 0.33 1.06 0.31 0.70 1.83 0.37 1.71 0.56 1.29 0.85 1.56 2.28 1.01 0.15 0.87 0.30 0.51 0.82 1.48 0.88
C3' 0.42 1.12 0.45 0.94 2.03 0.64 1.91 0.88 1.45 0.95 1.69 2.56 0.98 0.19 1.14 0.51 0.67 1.04 1.61 1.06
C4 0.31 0.76 0.21 0.32 0.97 0.15 0.89 0.16 0.71 0.56 0.94 1.07 0.83 0.16 0.43 0.28 0.54 0.50 1.25 0.67
C4' 0.33 1.09 0.38 0.93 2.03 0.65 1.91 0.85 1.40 0.90 1.66 2.56 0.95 0.24 1.25 0.41 0.66 1.00 1.69 1.07
C5 0.24 0.82 0.22 0.48 1.22 0.24 1.17 0.27 0.92 0.65 1.09 1.35 0.79 0.19 0.63 0.14 0.52 0.59 1.33 0.73
C5' 0.47 1.12 0.51 1.12 2.13 0.89 2.04 1.13 1.51 0.98 1.69 2.67 0.91 0.34 1.50 0.65 0.87 1.22 1.88 1.29
C6 0.24 0.92 0.23 0.59 1.53 0.32 1.44 0.38 1.09 0.73 1.31 1.78 0.86 0.23 0.80 0.14 0.52 0.66 1.43 0.79
N1 0.28 0.97 0.22 0.52 1.57 0.25 1.44 0.32 1.08 0.75 1.38 1.87 0.94 0.21 0.70 0.18 0.52 0.64 1.44 0.79
N3 0.33 0.82 0.21 0.31 1.08 0.16 0.97 0.15 0.74 0.59 1.05 1.24 0.90 0.17 0.43 0.33 0.55 0.49 1.27 0.68
N4 0.34 0.58 0.22 0.29 0.60 0.23 0.53 0.25 0.43 0.41 0.63 0.65 0.72 0.20 0.52 0.38 0.57 0.43 1.13 0.61
O2 0.33 0.93 0.21 0.38 1.39 0.14 1.24 0.16 0.93 0.68 1.28 1.67 0.97 0.18 0.49 0.29 0.54 0.55 1.38 0.74
O2' 0.31 1.04 0.28 0.68 1.81 0.35 1.70 0.53 1.27 0.83 1.54 2.28 1.02 0.18 0.87 0.26 0.50 0.79 1.50 0.87
O3' 0.48 1.12 0.53 1.06 2.07 0.76 1.99 1.06 1.53 0.99 1.70 2.65 0.99 0.22 1.24 0.64 0.78 1.18 1.69 1.19
O4' 0.25 1.04 0.23 0.71 1.86 0.45 1.73 0.54 1.25 0.81 1.54 2.30 0.95 0.27 1.04 0.17 0.54 0.76 1.59 0.89
O5' 0.90 1.34 0.75 1.07 2.26 0.90 2.29 1.15 1.87 1.34 1.82 2.66 1.01 0.54 1.21 0.94 1.00 1.47 1.77 1.35
OP1 0.72 1.11 0.58 1.07 2.05 0.91 2.12 1.23 1.66 1.12 1.59 2.48 0.81 0.47 1.35 0.87 1.05 1.66 1.87 1.47
OP2 0.99 0.99 0.83 1.28 1.75 1.29 2.03 1.63 1.78 1.22 1.31 1.95 0.62 0.58 1.39 1.26 1.36 1.78 2.01 1.68
P 0.82 1.08 0.73 1.18 1.93 1.03 2.05 1.30 1.67 1.14 1.50 2.28 0.78 0.54 1.39 0.96 1.02 1.57 1.73 1.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.28 0.01 0.24 0.30 0.70 0.38
C2 0.02 0.00 0.15 0.16 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.20 0.32 0.09 0.35 0.34 1.06 0.59
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.02 0.13 0.15 0.16 0.04 0.12 0.08 0.27 0.00 0.04 0.03 0.58 0.50 0.93 0.60
C3' 0.03 0.16 0.01 0.00 0.24 0.01 0.27 0.02 0.25 0.15 0.21 0.26 0.18 0.02 0.01 0.02 0.42 0.55 0.47 0.28
C4 0.01 0.00 0.07 0.24 0.00 0.10 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.34 0.22 0.06 0.60 0.70 1.62 1.02
C4' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.10 0.00 0.16 0.01 0.16 0.06 0.04 0.11 0.08 0.18 0.02 0.01 0.01 0.49 0.21 0.13
C5 0.01 0.01 0.13 0.27 0.00 0.16 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.38 0.22 0.06 0.74 0.87 1.80 1.20
C5' 0.05 0.06 0.15 0.02 0.17 0.01 0.23 0.00 0.21 0.09 0.10 0.19 0.08 0.08 0.19 0.03 0.01 0.35 0.31 0.01
C6 0.01 0.01 0.16 0.25 0.00 0.16 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.33 0.18 0.08 0.69 0.69 1.55 1.04
N1 0.01 0.01 0.04 0.15 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.19 0.03 0.42 0.35 1.11 0.66
N3 0.01 0.00 0.12 0.21 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.28 0.09 0.45 0.47 1.32 0.76
N4 0.01 0.01 0.08 0.26 0.00 0.11 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.37 0.24 0.07 0.64 0.82 1.76 1.11
O2 0.03 0.00 0.27 0.18 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.46 0.13 0.24 0.40 0.78 0.43
O2' 0.01 0.20 0.00 0.02 0.34 0.18 0.38 0.08 0.33 0.20 0.26 0.37 0.23 0.00 0.09 0.12 0.39 0.50 0.81 0.39
O3' 0.28 0.32 0.04 0.01 0.22 0.02 0.22 0.19 0.18 0.19 0.28 0.24 0.46 0.09 0.00 0.15 0.28 0.91 0.42 0.29
O4' 0.01 0.09 0.03 0.02 0.06 0.01 0.06 0.03 0.08 0.03 0.09 0.07 0.13 0.12 0.15 0.00 0.05 0.25 0.38 0.21
O5' 0.24 0.35 0.58 0.42 0.60 0.01 0.74 0.01 0.69 0.42 0.45 0.64 0.24 0.39 0.28 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.30 0.34 0.50 0.55 0.70 0.49 0.87 0.35 0.69 0.35 0.47 0.82 0.40 0.50 0.91 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.70 1.06 0.93 0.47 1.62 0.21 1.80 0.31 1.55 1.11 1.32 1.76 0.78 0.81 0.42 0.38 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.38 0.59 0.60 0.28 1.02 0.13 1.20 0.01 1.04 0.66 0.76 1.11 0.43 0.39 0.29 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00