ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48197

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.004, 0.017, 0.031, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.003, 0.017, 0.032, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.004, 0.036, 0.068, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.036 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.006, 0.049, 0.092, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.049 std_dev=0.043
C2' B 0, 0.300, 0.629, 0.958, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.629 std_dev=0.329
O4' A 0, 0.183, 0.626, 1.070, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.626 std_dev=0.443
C3' A 0, 0.395, 0.846, 1.298, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.846 std_dev=0.452
C2' A 0, 0.240, 0.696, 1.153, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.696 std_dev=0.456
C4' B 0, 0.375, 0.865, 1.356, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.865 std_dev=0.491
O2' B 0, 0.558, 1.064, 1.570, 1.469 max_d=1.469 avg_d=1.064 std_dev=0.506
C3' B 0, 0.602, 1.214, 1.826, 2.061 max_d=2.061 avg_d=1.214 std_dev=0.612
C5' B 0, 0.280, 0.949, 1.617, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.949 std_dev=0.668
C4' A 0, 0.457, 1.140, 1.824, 1.991 max_d=1.991 avg_d=1.140 std_dev=0.684
O3' A 0, 0.889, 1.630, 2.371, 2.234 max_d=2.234 avg_d=1.630 std_dev=0.741
O2' A 0, 0.358, 1.117, 1.876, 2.116 max_d=2.116 avg_d=1.117 std_dev=0.759
O5' A 0, 0.555, 1.366, 2.177, 2.343 max_d=2.343 avg_d=1.366 std_dev=0.811
O5' B 0, 0.731, 1.605, 2.479, 2.856 max_d=2.856 avg_d=1.605 std_dev=0.874
P A 0, 1.172, 2.195, 3.219, 3.053 max_d=3.053 avg_d=2.195 std_dev=1.023
O4' B 0, 1.273, 2.417, 3.562, 3.315 max_d=3.315 avg_d=2.417 std_dev=1.144
C5' A 0, 0.709, 1.867, 3.025, 3.346 max_d=3.346 avg_d=1.867 std_dev=1.158
C1' B 0, 1.390, 2.578, 3.767, 3.342 max_d=3.342 avg_d=2.578 std_dev=1.189
P B 0, 0.423, 1.659, 2.895, 4.074 max_d=4.074 avg_d=1.659 std_dev=1.236
OP1 B 0, 0.023, 1.387, 2.751, 4.260 max_d=4.260 avg_d=1.387 std_dev=1.364
OP2 B 0, 0.895, 2.337, 3.778, 4.770 max_d=4.770 avg_d=2.337 std_dev=1.442
O3' B 0, 1.854, 3.391, 4.928, 4.612 max_d=4.612 avg_d=3.391 std_dev=1.537
OP1 A 0, 1.836, 3.406, 4.975, 4.678 max_d=4.678 avg_d=3.406 std_dev=1.569
OP2 A 0, 2.349, 4.285, 6.221, 5.536 max_d=5.536 avg_d=4.285 std_dev=1.936
N1 B 0, 2.467, 4.492, 6.516, 5.729 max_d=5.729 avg_d=4.492 std_dev=2.025
C6 B 0, 2.965, 5.401, 7.837, 6.909 max_d=6.909 avg_d=5.401 std_dev=2.436
O2 B 0, 3.066, 5.551, 8.037, 6.828 max_d=6.828 avg_d=5.551 std_dev=2.485
C2 B 0, 3.242, 5.875, 8.507, 7.307 max_d=7.307 avg_d=5.875 std_dev=2.633
C5 B 0, 4.175, 7.577, 10.979, 9.517 max_d=9.517 avg_d=7.577 std_dev=3.402
N3 B 0, 4.334, 7.848, 11.361, 9.687 max_d=9.687 avg_d=7.848 std_dev=3.514
C4 B 0, 4.806, 8.705, 12.605, 10.792 max_d=10.792 avg_d=8.705 std_dev=3.899
N4 B 0, 5.995, 10.853, 15.711, 13.364 max_d=13.364 avg_d=10.853 std_dev=4.858

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.00 0.24 0.43 0.29 0.18
C2 0.00 0.00 0.11 0.03 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.11 0.13 0.25 0.71 0.30 0.34
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.09 0.02 0.09 0.04 0.18 0.00 0.04 0.01 0.53 0.57 0.48 0.42
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.06 0.03 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.35 0.25 0.54 0.21
C4 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.27 0.86 0.40 0.38
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.16 0.03 0.05 0.06 0.18 0.01 0.03 0.00 0.01 0.17 0.45 0.10
C5 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.14 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.03 0.12 0.31 0.84 0.39 0.34
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.15 0.00 0.27 0.00 0.28 0.10 0.08 0.17 0.19 0.02 0.04 0.01 0.01 0.22 0.43 0.01
C6 0.00 0.00 0.09 0.06 0.00 0.16 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.03 0.15 0.32 0.73 0.32 0.29
N1 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.27 0.65 0.27 0.28
N3 0.00 0.00 0.09 0.04 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.09 0.09 0.24 0.81 0.36 0.38
N4 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.06 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.26 0.89 0.46 0.39
O2 0.00 0.00 0.18 0.04 0.00 0.18 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.36 0.17 0.24 0.24 0.64 0.31 0.33
O2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.04 0.01 0.18 0.02 0.21 0.03 0.13 0.05 0.36 0.00 0.05 0.01 0.55 0.59 0.51 0.45
O3' 0.12 0.11 0.04 0.01 0.05 0.03 0.03 0.04 0.03 0.08 0.09 0.04 0.17 0.05 0.00 0.08 0.16 0.12 0.64 0.16
O4' 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.01 0.15 0.01 0.09 0.03 0.24 0.01 0.08 0.00 0.07 0.29 0.24 0.08
O5' 0.24 0.25 0.53 0.35 0.27 0.01 0.31 0.01 0.32 0.27 0.24 0.26 0.24 0.55 0.16 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.43 0.71 0.57 0.25 0.86 0.17 0.84 0.22 0.73 0.65 0.81 0.89 0.64 0.59 0.12 0.29 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.30 0.48 0.54 0.40 0.45 0.39 0.43 0.32 0.27 0.36 0.46 0.31 0.51 0.64 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.34 0.42 0.21 0.38 0.10 0.34 0.01 0.29 0.28 0.38 0.39 0.33 0.45 0.16 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.75 0.12 0.13 1.21 0.24 1.06 0.29 0.77 0.61 1.07 1.48 0.57 0.16 0.38 0.24 0.15 0.33 0.14 0.15
C2 0.22 0.57 0.11 0.09 0.90 0.16 0.80 0.17 0.59 0.47 0.80 1.07 0.45 0.12 0.29 0.16 0.11 0.29 0.10 0.13
C2' 0.32 0.87 0.13 0.15 1.33 0.21 1.11 0.25 0.81 0.67 1.21 1.61 0.72 0.17 0.45 0.24 0.22 0.31 0.21 0.17
C3' 0.42 0.97 0.18 0.13 1.51 0.26 1.30 0.38 0.97 0.79 1.35 1.85 0.79 0.13 0.38 0.35 0.14 0.39 0.13 0.20
C4 0.19 0.45 0.13 0.09 0.70 0.13 0.65 0.10 0.50 0.39 0.61 0.80 0.34 0.12 0.24 0.14 0.11 0.26 0.14 0.15
C4' 0.44 0.92 0.24 0.25 1.51 0.41 1.36 0.57 1.02 0.80 1.29 1.85 0.70 0.16 0.38 0.45 0.20 0.54 0.23 0.34
C5 0.24 0.59 0.13 0.10 0.93 0.19 0.86 0.19 0.66 0.51 0.81 1.05 0.41 0.17 0.30 0.19 0.14 0.27 0.15 0.15
C5' 0.61 1.06 0.43 0.48 1.69 0.62 1.56 0.82 1.21 0.96 1.43 2.04 0.81 0.28 0.50 0.64 0.39 0.74 0.45 0.54
C6 0.27 0.69 0.13 0.12 1.13 0.23 1.01 0.25 0.75 0.58 0.98 1.31 0.50 0.18 0.35 0.22 0.15 0.29 0.15 0.15
N1 0.26 0.68 0.12 0.11 1.09 0.21 0.96 0.24 0.71 0.55 0.96 1.29 0.51 0.15 0.34 0.21 0.13 0.30 0.12 0.14
N3 0.20 0.47 0.12 0.09 0.72 0.13 0.65 0.10 0.50 0.39 0.64 0.84 0.38 0.10 0.24 0.14 0.10 0.27 0.11 0.14
N4 0.18 0.32 0.16 0.14 0.46 0.12 0.45 0.08 0.37 0.29 0.40 0.52 0.28 0.11 0.18 0.14 0.12 0.26 0.18 0.19
O2 0.22 0.57 0.11 0.09 0.89 0.16 0.78 0.17 0.58 0.46 0.79 1.07 0.46 0.11 0.30 0.16 0.10 0.30 0.08 0.13
O2' 0.30 0.79 0.24 0.33 1.18 0.31 0.97 0.27 0.70 0.59 1.10 1.45 0.67 0.28 0.61 0.24 0.41 0.37 0.43 0.33
O3' 0.42 0.98 0.17 0.09 1.52 0.21 1.32 0.32 0.97 0.80 1.36 1.88 0.79 0.15 0.39 0.36 0.16 0.38 0.15 0.19
O4' 0.33 0.76 0.15 0.19 1.30 0.36 1.17 0.47 0.86 0.65 1.09 1.59 0.54 0.16 0.36 0.35 0.15 0.46 0.14 0.26
O5' 0.62 0.95 0.50 0.54 1.56 0.67 1.50 0.84 1.17 0.91 1.28 1.88 0.70 0.42 0.54 0.67 0.51 0.63 0.52 0.51
OP1 0.75 0.90 0.89 0.84 1.35 0.71 1.29 0.54 0.99 0.84 1.12 1.64 0.82 1.04 0.98 0.66 1.06 0.94 1.02 0.97
OP2 0.77 1.23 0.68 0.54 1.86 0.50 1.83 0.72 1.45 1.16 1.56 2.15 1.00 0.50 0.34 0.66 0.75 0.85 0.78 0.79
P 0.46 0.88 0.45 0.35 1.50 0.30 1.45 0.45 1.09 0.81 1.21 1.81 0.67 0.45 0.38 0.36 0.60 0.61 0.59 0.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.21 0.20 0.16
C2 0.01 0.00 0.07 0.11 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.11 0.04 0.39 0.25 0.36 0.23
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.05 0.01 0.06 0.05 0.12 0.00 0.04 0.01 0.23 0.28 0.11 0.15
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.13 0.00 0.12 0.03 0.10 0.08 0.12 0.14 0.10 0.01 0.01 0.01 0.29 0.39 0.13 0.21
C4 0.01 0.00 0.04 0.13 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.15 0.02 0.55 0.34 0.59 0.38
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04 0.06 0.03 0.10 0.03 0.00 0.02 0.18 0.22 0.12
C5 0.00 0.00 0.05 0.12 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.13 0.04 0.58 0.36 0.61 0.41
C5' 0.04 0.08 0.07 0.03 0.11 0.01 0.12 0.00 0.10 0.07 0.09 0.12 0.07 0.04 0.04 0.00 0.01 0.36 0.32 0.02
C6 0.00 0.00 0.05 0.10 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.11 0.05 0.52 0.31 0.47 0.33
N1 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.01 0.38 0.25 0.34 0.23
N3 0.01 0.00 0.06 0.12 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.14 0.03 0.47 0.29 0.48 0.31
N4 0.01 0.01 0.05 0.14 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.17 0.02 0.59 0.37 0.67 0.43
O2 0.01 0.00 0.12 0.10 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.11 0.06 0.30 0.24 0.28 0.18
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.10 0.10 0.11 0.04 0.09 0.05 0.08 0.12 0.06 0.00 0.05 0.07 0.05 0.17 0.12 0.13
O3' 0.01 0.11 0.04 0.01 0.15 0.03 0.13 0.04 0.11 0.08 0.14 0.17 0.11 0.05 0.00 0.02 0.24 0.41 0.19 0.24
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.06 0.07 0.02 0.00 0.14 0.19 0.30 0.24
O5' 0.20 0.39 0.23 0.29 0.55 0.02 0.58 0.01 0.52 0.38 0.47 0.59 0.30 0.05 0.24 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.21 0.25 0.28 0.39 0.34 0.18 0.36 0.36 0.31 0.25 0.29 0.37 0.24 0.17 0.41 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.36 0.11 0.13 0.59 0.22 0.61 0.32 0.47 0.34 0.48 0.67 0.28 0.12 0.19 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.23 0.15 0.21 0.38 0.12 0.41 0.02 0.33 0.23 0.31 0.43 0.18 0.13 0.24 0.24 0.01 0.00 0.00 0.00