ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48199

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N4 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.008, 0.024, 0.041, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.024 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.003, 0.029, 0.054, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.029 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.018, 0.086, 0.155, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.086 std_dev=0.069
C3' A 0, 0.028, 0.112, 0.197, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.112 std_dev=0.084
O4' A 0, 0.031, 0.126, 0.221, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.126 std_dev=0.095
C4' A 0, 0.046, 0.176, 0.306, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.176 std_dev=0.130
O3' A 0, 0.020, 0.160, 0.299, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.160 std_dev=0.140
O2' A 0, 0.044, 0.205, 0.365, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.205 std_dev=0.161
C5' A 0, 0.099, 0.285, 0.471, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.285 std_dev=0.186
O4' B 0, 0.122, 0.329, 0.537, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.329 std_dev=0.208
C1' B 0, 0.159, 0.450, 0.740, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.450 std_dev=0.291
C2' B 0, 0.229, 0.610, 0.992, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.610 std_dev=0.382
P A 0, 0.149, 0.592, 1.034, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.592 std_dev=0.443
N1 B 0, 0.378, 0.941, 1.503, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.941 std_dev=0.562
O2' B 0, 0.413, 1.012, 1.611, 1.464 max_d=1.464 avg_d=1.012 std_dev=0.599
O5' A 0, 0.383, 1.014, 1.644, 1.544 max_d=1.544 avg_d=1.014 std_dev=0.631
C4' B 0, 0.450, 1.178, 1.905, 1.795 max_d=1.795 avg_d=1.178 std_dev=0.727
OP2 A 0, 0.553, 1.317, 2.081, 1.837 max_d=1.837 avg_d=1.317 std_dev=0.764
C6 B 0, 0.557, 1.325, 2.093, 1.872 max_d=1.872 avg_d=1.325 std_dev=0.768
C3' B 0, 0.567, 1.415, 2.264, 2.084 max_d=2.084 avg_d=1.415 std_dev=0.849
OP1 A 0, 0.399, 1.299, 2.200, 2.147 max_d=2.147 avg_d=1.299 std_dev=0.901
C2 B 0, 0.687, 1.646, 2.604, 2.401 max_d=2.401 avg_d=1.646 std_dev=0.959
O5' B 0, 0.627, 1.600, 2.572, 2.403 max_d=2.403 avg_d=1.600 std_dev=0.973
O2 B 0, 0.814, 1.939, 3.065, 2.777 max_d=2.777 avg_d=1.939 std_dev=1.126
C5' B 0, 0.822, 1.980, 3.138, 2.793 max_d=2.793 avg_d=1.980 std_dev=1.158
O3' B 0, 0.828, 2.009, 3.189, 2.873 max_d=2.873 avg_d=2.009 std_dev=1.181
C5 B 0, 0.872, 2.065, 3.258, 2.841 max_d=2.841 avg_d=2.065 std_dev=1.193
P B 0, 0.883, 2.097, 3.310, 2.867 max_d=2.867 avg_d=2.097 std_dev=1.213
N3 B 0, 0.959, 2.277, 3.595, 3.186 max_d=3.186 avg_d=2.277 std_dev=1.318
C4 B 0, 1.024, 2.428, 3.831, 3.354 max_d=3.354 avg_d=2.428 std_dev=1.404
OP1 B 0, 1.060, 2.507, 3.954, 3.357 max_d=3.357 avg_d=2.507 std_dev=1.447
OP2 B 0, 1.074, 2.542, 4.010, 3.408 max_d=3.408 avg_d=2.542 std_dev=1.468
N4 B 0, 1.335, 3.160, 4.985, 4.298 max_d=4.298 avg_d=3.160 std_dev=1.825

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.13 0.04 0.25 0.05
C2 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.03 0.20 0.18 0.27 0.11
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.36 0.12
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.04 0.15 0.27 0.13
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.30 0.36 0.30 0.22
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.13 0.04
C5 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.33 0.39 0.31 0.24
C5' 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.03 0.29 0.29 0.30 0.18
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.22 0.17 0.27 0.11
N3 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.02 0.25 0.27 0.28 0.17
N4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.32 0.42 0.31 0.26
O2 0.03 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.12 0.06 0.14 0.09 0.26 0.06
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.04 0.06 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.17 0.42 0.18
O3' 0.05 0.08 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.08 0.05 0.12 0.02 0.00 0.03 0.07 0.19 0.24 0.12
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.06 0.01 0.03 0.00 0.13 0.08 0.16 0.07
O5' 0.13 0.20 0.07 0.04 0.30 0.00 0.33 0.00 0.29 0.22 0.25 0.32 0.14 0.04 0.07 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.04 0.18 0.08 0.15 0.36 0.05 0.39 0.01 0.29 0.17 0.27 0.42 0.09 0.17 0.19 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.25 0.27 0.36 0.27 0.30 0.13 0.31 0.04 0.30 0.27 0.28 0.31 0.26 0.42 0.24 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.11 0.12 0.13 0.22 0.04 0.24 0.01 0.18 0.11 0.17 0.26 0.06 0.18 0.12 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.14 0.14 0.14 0.28 0.14 0.37 0.36 0.25 0.11 0.06 0.43 0.33 0.27 0.26 0.13 0.13 0.51 0.58 0.40
C2 0.14 0.23 0.11 0.12 0.06 0.15 0.21 0.38 0.17 0.12 0.22 0.05 0.36 0.20 0.14 0.11 0.13 0.57 0.57 0.42
C2' 0.20 0.13 0.20 0.21 0.32 0.19 0.38 0.34 0.26 0.15 0.12 0.46 0.28 0.31 0.34 0.18 0.16 0.50 0.54 0.38
C3' 0.17 0.10 0.16 0.17 0.38 0.15 0.42 0.34 0.28 0.13 0.15 0.55 0.27 0.29 0.32 0.15 0.13 0.48 0.57 0.38
C4 0.19 0.18 0.17 0.17 0.12 0.19 0.21 0.31 0.21 0.18 0.13 0.09 0.22 0.21 0.18 0.19 0.19 0.49 0.44 0.34
C4' 0.14 0.09 0.13 0.14 0.44 0.12 0.47 0.33 0.30 0.12 0.18 0.66 0.28 0.26 0.31 0.12 0.11 0.45 0.57 0.36
C5 0.23 0.16 0.22 0.23 0.29 0.22 0.32 0.30 0.27 0.21 0.18 0.33 0.17 0.30 0.29 0.23 0.22 0.42 0.41 0.30
C5' 0.15 0.12 0.14 0.19 0.54 0.14 0.51 0.29 0.33 0.15 0.32 0.77 0.21 0.27 0.37 0.15 0.13 0.38 0.52 0.31
C6 0.21 0.14 0.20 0.21 0.36 0.19 0.39 0.31 0.28 0.18 0.19 0.46 0.22 0.30 0.31 0.20 0.18 0.44 0.48 0.32
N1 0.17 0.16 0.15 0.15 0.24 0.16 0.34 0.35 0.24 0.13 0.07 0.34 0.31 0.26 0.24 0.15 0.14 0.51 0.55 0.38
N3 0.14 0.24 0.12 0.13 0.14 0.16 0.14 0.36 0.15 0.15 0.25 0.12 0.31 0.16 0.11 0.13 0.13 0.57 0.53 0.40
N4 0.19 0.16 0.18 0.18 0.15 0.20 0.19 0.29 0.23 0.20 0.15 0.12 0.14 0.15 0.14 0.20 0.23 0.47 0.34 0.30
O2 0.11 0.28 0.08 0.10 0.10 0.15 0.14 0.41 0.12 0.11 0.30 0.10 0.41 0.17 0.10 0.07 0.14 0.61 0.62 0.47
O2' 0.23 0.15 0.24 0.25 0.22 0.22 0.31 0.36 0.23 0.16 0.06 0.33 0.29 0.35 0.36 0.20 0.18 0.54 0.54 0.40
O3' 0.19 0.15 0.18 0.18 0.29 0.16 0.38 0.37 0.26 0.14 0.10 0.44 0.33 0.30 0.31 0.16 0.16 0.51 0.59 0.41
O4' 0.14 0.11 0.11 0.12 0.40 0.11 0.46 0.35 0.29 0.10 0.12 0.62 0.33 0.25 0.27 0.11 0.11 0.46 0.58 0.37
O5' 0.19 0.36 0.17 0.09 0.75 0.20 0.71 0.46 0.54 0.37 0.58 0.93 0.14 0.03 0.12 0.22 0.20 0.62 0.72 0.51
OP1 0.29 0.51 0.25 0.18 0.77 0.24 0.70 0.43 0.56 0.46 0.69 0.89 0.38 0.19 0.19 0.29 0.22 0.63 0.66 0.49
OP2 0.11 0.30 0.21 0.27 0.60 0.13 0.48 0.17 0.31 0.21 0.53 0.76 0.19 0.37 0.44 0.09 0.19 0.26 0.33 0.17
P 0.10 0.34 0.10 0.13 0.68 0.07 0.59 0.27 0.42 0.29 0.57 0.85 0.18 0.20 0.32 0.11 0.08 0.43 0.51 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.18 0.16 0.14 0.02
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.21 0.13 0.13 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.27 0.17 0.10
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.19 0.15
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.22 0.07 0.10 0.08
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.18 0.07
C5 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.22 0.05 0.10 0.09
C5' 0.06 0.13 0.06 0.01 0.18 0.00 0.20 0.00 0.18 0.13 0.15 0.19 0.10 0.05 0.02 0.01 0.00 0.10 0.20 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.22 0.07 0.12 0.06
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.21 0.12 0.13 0.04
N3 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.22 0.11 0.12 0.06
N4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.21 0.06 0.09 0.08
O2 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.19 0.17 0.15 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.03 0.04 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.35 0.16 0.13
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.05 0.04 0.30 0.19 0.17
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.00 0.17 0.04 0.09 0.06
O5' 0.18 0.21 0.14 0.01 0.22 0.00 0.22 0.00 0.22 0.21 0.22 0.21 0.19 0.12 0.04 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.16 0.13 0.27 0.26 0.07 0.09 0.05 0.10 0.07 0.12 0.11 0.06 0.17 0.35 0.30 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.13 0.17 0.19 0.10 0.18 0.10 0.20 0.12 0.13 0.12 0.09 0.15 0.16 0.19 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.10 0.15 0.08 0.07 0.09 0.00 0.06 0.04 0.06 0.08 0.04 0.13 0.17 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00