ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48200

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.007, 0.035, 0.064, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.035 std_dev=0.028
N4 A 0, 0.011, 0.057, 0.103, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.057 std_dev=0.046
O4' A 0, 0.017, 0.149, 0.280, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.149 std_dev=0.132
C2' A 0, 0.039, 0.197, 0.356, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.197 std_dev=0.158
O2' A 0, 0.064, 0.244, 0.425, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.244 std_dev=0.181
C4' A 0, 0.025, 0.216, 0.408, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.216 std_dev=0.191
C3' A 0, 0.045, 0.277, 0.509, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.277 std_dev=0.232
O3' A 0, 0.038, 0.394, 0.751, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.394 std_dev=0.357
C5' A 0, 0.059, 0.428, 0.798, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.428 std_dev=0.369
O2' B 0, 0.202, 0.579, 0.955, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.579 std_dev=0.377
C2' B 0, 0.230, 0.821, 1.413, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.821 std_dev=0.591
O5' A 0, 0.102, 0.868, 1.634, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.868 std_dev=0.766
C4' B 0, 0.416, 1.337, 2.259, 2.284 max_d=2.284 avg_d=1.337 std_dev=0.922
C3' B 0, 0.195, 1.363, 2.531, 2.616 max_d=2.616 avg_d=1.363 std_dev=1.168
C1' B 0, 0.323, 1.538, 2.753, 2.758 max_d=2.758 avg_d=1.538 std_dev=1.215
O4' B 0, 0.465, 1.834, 3.204, 3.236 max_d=3.236 avg_d=1.834 std_dev=1.369
P A 0, 0.045, 1.676, 3.307, 3.325 max_d=3.325 avg_d=1.676 std_dev=1.631
O3' B 0, 0.206, 1.867, 3.527, 3.538 max_d=3.538 avg_d=1.867 std_dev=1.661
OP1 A 0, 0.065, 1.853, 3.640, 3.641 max_d=3.641 avg_d=1.853 std_dev=1.788
OP2 A 0, 0.152, 2.149, 4.146, 4.168 max_d=4.168 avg_d=2.149 std_dev=1.997
C5' B 0, 0.600, 2.681, 4.762, 4.816 max_d=4.816 avg_d=2.681 std_dev=2.081
O5' B 0, 0.824, 3.135, 5.446, 5.523 max_d=5.523 avg_d=3.135 std_dev=2.311
N1 B 0, 0.258, 2.692, 5.126, 5.139 max_d=5.139 avg_d=2.692 std_dev=2.434
P B 0, 1.047, 3.831, 6.614, 6.709 max_d=6.709 avg_d=3.831 std_dev=2.784
O2 B 0, 0.227, 3.198, 6.169, 6.209 max_d=6.209 avg_d=3.198 std_dev=2.971
OP1 B 0, 1.195, 4.216, 7.238, 7.309 max_d=7.309 avg_d=4.216 std_dev=3.022
C2 B 0, 0.211, 3.277, 6.344, 6.371 max_d=6.371 avg_d=3.277 std_dev=3.067
C6 B 0, 0.256, 3.543, 6.831, 6.882 max_d=6.882 avg_d=3.543 std_dev=3.287
OP2 B 0, 1.147, 4.627, 8.108, 8.231 max_d=8.231 avg_d=4.627 std_dev=3.480
N3 B 0, 0.169, 4.308, 8.447, 8.492 max_d=8.492 avg_d=4.308 std_dev=4.139
C5 B 0, 0.224, 4.603, 8.981, 9.000 max_d=9.000 avg_d=4.603 std_dev=4.379
C4 B 0, 0.185, 4.867, 9.548, 9.581 max_d=9.581 avg_d=4.867 std_dev=4.682
N4 B 0, 0.194, 5.973, 11.751, 11.828 max_d=11.828 avg_d=5.973 std_dev=5.778

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.23 0.32 0.10
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.34 0.11 0.77 0.47
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.07 0.01 0.03 0.04 0.12 0.01 0.02 0.01 0.27 0.29 0.44 0.14
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.02 0.08 0.00 0.04 0.04 0.12 0.02 0.00 0.00 0.39 0.19 0.46 0.22
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.51 0.52 1.17 0.85
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.38 0.05 0.15
C5 0.00 0.00 0.07 0.08 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.54 0.63 1.17 0.92
C5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03 0.06 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.14 0.01
C6 0.00 0.00 0.07 0.08 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.09 0.02 0.47 0.42 0.90 0.71
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.33 0.12 0.68 0.44
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.43 0.30 1.00 0.66
N4 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.00 0.56 0.66 1.32 0.97
O2 0.01 0.01 0.12 0.12 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.14 0.04 0.26 0.14 0.62 0.30
O2' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.12 0.00 0.06 0.03 0.11 0.58 0.16 0.15
O3' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.03 0.02 0.08 0.01 0.09 0.01 0.04 0.04 0.14 0.06 0.00 0.01 0.32 0.38 0.32 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.00 0.07 0.26 0.05 0.09
O5' 0.14 0.34 0.27 0.39 0.51 0.01 0.54 0.00 0.47 0.33 0.43 0.56 0.26 0.11 0.32 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.23 0.11 0.29 0.19 0.52 0.38 0.63 0.04 0.42 0.12 0.30 0.66 0.14 0.58 0.38 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.77 0.44 0.46 1.17 0.05 1.17 0.14 0.90 0.68 1.00 1.32 0.62 0.16 0.32 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.47 0.14 0.22 0.85 0.15 0.92 0.01 0.71 0.44 0.66 0.97 0.30 0.15 0.07 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.40 1.47 0.14 0.50 1.88 0.17 1.21 0.09 0.74 0.86 2.00 2.35 1.49 0.15 0.75 0.28 0.42 0.32 0.81 0.45
C2 0.15 0.75 0.12 0.26 1.09 0.11 0.74 0.26 0.43 0.44 1.09 1.37 0.70 0.13 0.46 0.12 0.47 0.54 0.83 0.54
C2' 0.19 1.16 0.30 0.64 1.27 0.35 0.56 0.26 0.21 0.50 1.56 1.65 1.35 0.16 0.71 0.05 0.13 0.06 0.46 0.16
C3' 0.25 1.39 0.37 0.79 1.37 0.45 0.51 0.50 0.16 0.58 1.81 1.75 1.71 0.18 0.81 0.08 0.14 0.27 0.21 0.13
C4 0.09 0.44 0.09 0.13 0.74 0.10 0.58 0.36 0.36 0.28 0.67 0.91 0.31 0.10 0.32 0.08 0.47 0.56 0.78 0.52
C4' 0.53 1.92 0.22 0.74 2.20 0.30 1.28 0.34 0.76 1.06 2.52 2.74 2.09 0.17 0.93 0.33 0.20 0.14 0.50 0.17
C5 0.29 1.09 0.11 0.34 1.34 0.12 0.97 0.19 0.65 0.70 1.40 1.52 1.01 0.11 0.57 0.21 0.43 0.35 0.72 0.43
C5' 0.70 2.26 0.17 0.79 2.49 0.30 1.46 0.46 0.92 1.28 2.90 3.01 2.48 0.20 0.99 0.44 0.16 0.35 0.37 0.12
C6 0.41 1.47 0.13 0.47 1.79 0.15 1.21 0.10 0.78 0.89 1.92 2.07 1.43 0.13 0.72 0.28 0.40 0.27 0.73 0.40
N1 0.32 1.24 0.13 0.41 1.59 0.14 1.06 0.14 0.65 0.73 1.68 1.94 1.21 0.14 0.65 0.23 0.43 0.38 0.79 0.47
N3 0.08 0.38 0.10 0.13 0.70 0.10 0.52 0.36 0.29 0.22 0.62 0.90 0.26 0.11 0.31 0.07 0.49 0.63 0.83 0.57
N4 0.19 0.12 0.08 0.12 0.24 0.11 0.28 0.50 0.17 0.09 0.07 0.35 0.32 0.07 0.10 0.12 0.50 0.67 0.76 0.56
O2 0.12 0.67 0.12 0.25 1.00 0.12 0.67 0.27 0.37 0.37 0.99 1.30 0.61 0.14 0.44 0.10 0.47 0.59 0.86 0.56
O2' 0.22 1.20 0.27 0.62 1.39 0.32 0.69 0.22 0.32 0.56 1.64 1.83 1.36 0.15 0.75 0.09 0.19 0.15 0.57 0.25
O3' 0.19 1.30 0.42 0.85 1.13 0.53 0.23 0.66 0.06 0.45 1.66 1.49 1.71 0.20 0.79 0.12 0.29 0.43 0.12 0.29
O4' 0.62 1.95 0.11 0.58 2.49 0.15 1.68 0.10 1.09 1.22 2.62 3.07 1.95 0.15 0.90 0.46 0.45 0.21 0.84 0.44
O5' 0.11 1.73 0.80 1.45 2.21 0.86 1.16 0.96 0.50 0.77 2.49 2.89 1.84 0.50 1.66 0.13 0.37 0.71 0.12 0.39
OP1 0.47 1.32 1.37 2.23 1.73 1.72 0.59 2.05 0.11 0.25 2.07 2.46 1.55 0.96 2.43 0.84 1.44 1.94 1.19 1.55
OP2 0.86 0.83 1.82 2.57 1.24 1.93 0.16 2.18 0.52 0.20 1.54 1.92 1.03 1.45 2.62 1.11 1.47 1.84 0.99 1.46
P 0.54 1.21 1.50 2.28 1.76 1.68 0.67 1.89 0.07 0.20 2.01 2.53 1.35 1.17 2.50 0.82 1.22 1.65 0.82 1.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.29 0.00 0.17 0.08 0.38 0.11
C2 0.01 0.00 0.09 0.05 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.27 0.38 0.05 0.17 0.27 0.58 0.20
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.10 0.02 0.06 0.27 0.03 0.05 0.11 0.11 0.10 0.01 0.03 0.02 0.30 0.19 0.41 0.25
C3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.15 0.06 0.16 0.04 0.02 0.07 0.15 0.01 0.01 0.03 0.07 0.23 0.07 0.06
C4 0.00 0.00 0.10 0.07 0.00 0.04 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.35 0.19 0.05 0.38 0.85 1.03 0.64
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.03 0.04 0.04 0.22 0.03 0.01 0.03 0.32 0.04 0.10
C5 0.01 0.00 0.06 0.15 0.00 0.06 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.27 0.06 0.05 0.57 1.10 1.25 0.90
C5' 0.11 0.11 0.27 0.06 0.19 0.01 0.27 0.00 0.28 0.17 0.13 0.19 0.06 0.08 0.16 0.01 0.02 0.03 0.09 0.03
C6 0.01 0.00 0.03 0.16 0.00 0.07 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.05 0.06 0.58 0.92 1.11 0.81
N1 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.22 0.02 0.32 0.43 0.71 0.39
N3 0.00 0.00 0.11 0.02 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.35 0.34 0.06 0.22 0.50 0.75 0.35
N4 0.00 0.01 0.11 0.07 0.01 0.04 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.39 0.19 0.06 0.39 0.97 1.11 0.70
O2 0.02 0.01 0.10 0.15 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.24 0.54 0.07 0.07 0.16 0.32 0.11
O2' 0.02 0.27 0.01 0.01 0.35 0.22 0.27 0.08 0.18 0.17 0.35 0.39 0.24 0.00 0.05 0.12 0.10 0.36 0.18 0.21
O3' 0.29 0.38 0.03 0.01 0.19 0.03 0.06 0.16 0.05 0.22 0.34 0.19 0.54 0.05 0.00 0.20 0.12 0.84 0.34 0.41
O4' 0.00 0.05 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.06 0.07 0.12 0.20 0.00 0.10 0.08 0.30 0.05
O5' 0.17 0.17 0.30 0.07 0.38 0.03 0.57 0.02 0.58 0.32 0.22 0.39 0.07 0.10 0.12 0.10 0.00 0.01 0.05 0.01
OP1 0.08 0.27 0.19 0.23 0.85 0.32 1.10 0.03 0.92 0.43 0.50 0.97 0.16 0.36 0.84 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 0.58 0.41 0.07 1.03 0.04 1.25 0.09 1.11 0.71 0.75 1.11 0.32 0.18 0.34 0.30 0.05 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.20 0.25 0.06 0.64 0.10 0.90 0.03 0.81 0.39 0.35 0.70 0.11 0.21 0.41 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00