ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48201

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C1' A 0, -0.001, 0.008, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.009
N4 A 0, 0.002, 0.022, 0.042, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.022 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.020
O2' B 0, -0.021, 0.264, 0.549, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.264 std_dev=0.285
C2' B 0, -0.064, 0.306, 0.675, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.306 std_dev=0.369
O4' A 0, -0.120, 0.316, 0.751, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.316 std_dev=0.436
C2' A 0, -0.138, 0.350, 0.837, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.350 std_dev=0.487
C4' A 0, -0.187, 0.487, 1.162, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.487 std_dev=0.675
C3' A 0, -0.202, 0.523, 1.248, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.523 std_dev=0.725
O2' A 0, -0.225, 0.584, 1.392, 1.727 max_d=1.727 avg_d=0.584 std_dev=0.809
C1' B 0, -0.204, 0.639, 1.481, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.639 std_dev=0.842
C5' A 0, -0.243, 0.629, 1.502, 1.863 max_d=1.863 avg_d=0.629 std_dev=0.872
C3' B 0, -0.206, 0.689, 1.583, 1.952 max_d=1.952 avg_d=0.689 std_dev=0.894
C2 B 0, -0.241, 0.717, 1.676, 2.072 max_d=2.072 avg_d=0.717 std_dev=0.959
N1 B 0, -0.255, 0.762, 1.778, 2.198 max_d=2.198 avg_d=0.762 std_dev=1.016
O2 B 0, -0.284, 0.797, 1.878, 2.325 max_d=2.325 avg_d=0.797 std_dev=1.081
O3' A 0, -0.304, 0.795, 1.894, 2.350 max_d=2.350 avg_d=0.795 std_dev=1.099
N3 B 0, -0.282, 0.826, 1.934, 2.393 max_d=2.393 avg_d=0.826 std_dev=1.108
O3' B 0, -0.279, 0.868, 2.016, 2.489 max_d=2.489 avg_d=0.868 std_dev=1.147
C4' B 0, -0.305, 0.938, 2.182, 2.695 max_d=2.695 avg_d=0.938 std_dev=1.243
O4' B 0, -0.313, 0.938, 2.189, 2.707 max_d=2.707 avg_d=0.938 std_dev=1.251
C4 B 0, -0.341, 0.992, 2.326, 2.877 max_d=2.877 avg_d=0.992 std_dev=1.334
C6 B 0, -0.382, 1.093, 2.568, 3.178 max_d=3.178 avg_d=1.093 std_dev=1.475
N4 B 0, -0.380, 1.116, 2.612, 3.230 max_d=3.230 avg_d=1.116 std_dev=1.496
C5 B 0, -0.425, 1.207, 2.838, 3.513 max_d=3.513 avg_d=1.207 std_dev=1.631
O5' A 0, -0.490, 1.238, 2.967, 3.683 max_d=3.683 avg_d=1.238 std_dev=1.729
C5' B 0, -0.463, 1.374, 3.211, 3.971 max_d=3.971 avg_d=1.374 std_dev=1.837
OP1 A 0, -0.529, 1.359, 3.247, 4.029 max_d=4.029 avg_d=1.359 std_dev=1.888
P A 0, -0.613, 1.540, 3.692, 4.584 max_d=4.584 avg_d=1.540 std_dev=2.152
O5' B 0, -0.562, 1.619, 3.799, 4.701 max_d=4.701 avg_d=1.619 std_dev=2.181
OP2 A 0, -0.756, 1.946, 4.648, 5.767 max_d=5.767 avg_d=1.946 std_dev=2.702
P B 0, -0.733, 2.033, 4.799, 5.943 max_d=5.943 avg_d=2.033 std_dev=2.766
OP1 B 0, -0.713, 2.118, 4.950, 6.121 max_d=6.121 avg_d=2.118 std_dev=2.832
OP2 B 0, -0.812, 2.200, 5.211, 6.458 max_d=6.458 avg_d=2.200 std_dev=3.011

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.00 0.07 0.77 0.09 0.30
C2 0.01 0.00 0.16 0.23 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.06 0.09 0.11 0.85 0.12 0.49
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.17 0.17 0.00 0.11 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.15 0.62 0.14 0.21
C3' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.27 0.01 0.24 0.02 0.20 0.18 0.27 0.29 0.20 0.01 0.01 0.02 0.40 0.64 0.10 0.29
C4 0.01 0.00 0.01 0.27 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.09 0.01 0.23 1.06 0.59 0.81
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.05 0.03 0.06 0.01 0.26 0.01 0.00 0.01 0.40 0.33 0.02
C5 0.00 0.00 0.13 0.24 0.00 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.33 0.13 0.07 0.33 1.24 0.79 0.97
C5' 0.07 0.07 0.17 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.07 0.06 0.08 0.08 0.23 0.00 0.01 0.31 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.17 0.20 0.00 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.29 0.08 0.11 0.33 1.22 0.61 0.86
N1 0.00 0.00 0.00 0.18 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.04 0.00 0.17 0.95 0.22 0.55
N3 0.01 0.00 0.11 0.27 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.02 0.07 0.15 0.91 0.31 0.62
N4 0.01 0.01 0.01 0.29 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.29 0.12 0.01 0.23 1.04 0.70 0.86
O2 0.01 0.00 0.30 0.20 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.15 0.14 0.04 0.70 0.11 0.32
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.27 0.26 0.33 0.08 0.29 0.16 0.16 0.29 0.09 0.00 0.02 0.18 0.27 0.76 0.04 0.31
O3' 0.23 0.06 0.01 0.01 0.09 0.01 0.13 0.23 0.08 0.04 0.02 0.12 0.15 0.02 0.00 0.18 0.43 0.50 0.19 0.22
O4' 0.00 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.07 0.01 0.14 0.18 0.18 0.00 0.07 0.64 0.18 0.15
O5' 0.07 0.11 0.15 0.40 0.23 0.01 0.33 0.01 0.33 0.17 0.15 0.23 0.04 0.27 0.43 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.77 0.85 0.62 0.64 1.06 0.40 1.24 0.31 1.22 0.95 0.91 1.04 0.70 0.76 0.50 0.64 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.12 0.14 0.10 0.59 0.33 0.79 0.01 0.61 0.22 0.31 0.70 0.11 0.04 0.19 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.30 0.49 0.21 0.29 0.81 0.02 0.97 0.01 0.86 0.55 0.62 0.86 0.32 0.31 0.22 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.51 0.70 0.21 0.01 0.66 0.15 0.55 0.07 0.51 0.58 0.73 0.69 0.79 0.22 0.29 0.43 0.22 0.13 0.14 0.22
C2 0.58 0.78 0.17 0.04 0.77 0.19 0.68 0.13 0.62 0.66 0.82 0.80 0.84 0.15 0.37 0.52 0.31 0.23 0.25 0.32
C2' 0.29 0.62 0.01 0.32 0.53 0.23 0.32 0.38 0.25 0.38 0.67 0.58 0.78 0.05 0.62 0.10 0.27 0.44 0.38 0.31
C3' 0.64 0.94 0.48 0.21 0.85 0.21 0.66 0.06 0.59 0.72 0.98 0.89 1.09 0.52 0.01 0.44 0.10 0.07 0.02 0.05
C4 0.57 0.74 0.17 0.02 0.71 0.20 0.64 0.16 0.60 0.64 0.76 0.73 0.81 0.11 0.33 0.50 0.30 0.24 0.26 0.30
C4' 0.47 0.67 0.34 0.18 0.61 0.20 0.49 0.12 0.45 0.53 0.69 0.64 0.76 0.37 0.05 0.36 0.17 0.08 0.11 0.16
C5 0.48 0.63 0.21 0.01 0.57 0.15 0.49 0.09 0.46 0.53 0.64 0.58 0.72 0.20 0.25 0.39 0.19 0.14 0.15 0.19
C5' 0.29 0.47 0.26 0.15 0.41 0.09 0.29 0.01 0.25 0.34 0.50 0.44 0.57 0.29 0.11 0.16 0.01 0.06 0.03 0.01
C6 0.47 0.63 0.21 0.01 0.57 0.13 0.47 0.05 0.44 0.51 0.64 0.59 0.73 0.23 0.24 0.37 0.17 0.09 0.10 0.16
N1 0.52 0.71 0.20 0.02 0.67 0.16 0.57 0.08 0.52 0.59 0.73 0.69 0.79 0.20 0.31 0.44 0.24 0.15 0.17 0.23
N3 0.59 0.80 0.16 0.04 0.80 0.21 0.72 0.17 0.66 0.69 0.84 0.83 0.85 0.10 0.38 0.54 0.34 0.27 0.30 0.35
N4 0.59 0.77 0.14 0.01 0.74 0.23 0.69 0.21 0.65 0.69 0.77 0.75 0.82 0.03 0.32 0.53 0.34 0.30 0.33 0.35
O2 0.59 0.81 0.16 0.06 0.82 0.20 0.73 0.14 0.67 0.69 0.86 0.87 0.86 0.13 0.41 0.54 0.34 0.26 0.28 0.35
O2' 0.08 0.36 0.28 0.63 0.25 0.44 0.06 0.60 0.01 0.14 0.39 0.29 0.52 0.20 0.98 0.07 0.40 0.56 0.58 0.44
O3' 0.60 0.87 0.47 0.24 0.79 0.24 0.62 0.12 0.56 0.68 0.91 0.84 1.01 0.50 0.07 0.44 0.16 0.03 0.07 0.12
O4' 0.54 0.65 0.33 0.21 0.63 0.33 0.57 0.28 0.54 0.58 0.67 0.65 0.70 0.34 0.03 0.50 0.40 0.35 0.34 0.41
O5' 0.57 0.75 0.67 0.63 0.71 0.47 0.61 0.42 0.56 0.63 0.78 0.74 0.82 0.67 0.70 0.44 0.31 0.26 0.34 0.29
OP1 1.33 1.34 1.47 1.54 1.34 1.42 1.32 1.39 1.32 1.33 1.34 1.34 1.33 1.48 1.64 1.28 1.26 1.17 1.28 1.22
OP2 1.45 1.45 1.62 1.78 1.48 1.64 1.48 1.69 1.47 1.46 1.46 1.49 1.42 1.57 1.97 1.43 1.55 1.60 1.61 1.57
P 1.30 1.39 1.47 1.52 1.37 1.33 1.31 1.29 1.29 1.33 1.40 1.39 1.41 1.46 1.65 1.20 1.12 1.05 1.16 1.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.04 0.08
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.08 0.11 0.15
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.12 0.05 0.04 0.10 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.11 0.04 0.01
C4 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.00 0.16 0.19 0.21 0.25
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.04 0.03 0.07 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.13 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.16 0.00 0.17 0.21 0.22 0.26
C5' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.12 0.00 0.16 0.00 0.14 0.07 0.08 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.05 0.12 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.14 0.01 0.15 0.17 0.17 0.22
N1 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.10 0.10 0.11 0.15
N3 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.12 0.13 0.16 0.20
N4 0.01 0.01 0.02 0.10 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.00 0.17 0.22 0.24 0.27
O2 0.02 0.01 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.07 0.01 0.05 0.03 0.07 0.11
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.09 0.00 0.04 0.00 0.02 0.08 0.02 0.02
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.00 0.16 0.01 0.14 0.06 0.05 0.13 0.07 0.04 0.00 0.00 0.03 0.18 0.04 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.07
O5' 0.05 0.09 0.02 0.01 0.16 0.01 0.17 0.00 0.15 0.10 0.12 0.17 0.05 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.08 0.05 0.11 0.19 0.05 0.21 0.08 0.17 0.10 0.13 0.22 0.03 0.08 0.18 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.11 0.04 0.04 0.21 0.02 0.22 0.02 0.17 0.11 0.16 0.24 0.07 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.15 0.04 0.01 0.25 0.01 0.26 0.01 0.22 0.15 0.20 0.27 0.11 0.02 0.04 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00