ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48203

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N4 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2' A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O2 A 0, 0.000, 0.036, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C3' A 0, 0.000, 0.125, 0.250, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.125 std_dev=0.125
C4' A 0, 0.000, 0.176, 0.352, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.176 std_dev=0.176
O2' A 0, 0.000, 0.188, 0.376, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.188 std_dev=0.188
O3' A 0, 0.000, 0.216, 0.431, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.216 std_dev=0.216
C2' B 0, 0.000, 0.303, 0.606, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.303 std_dev=0.303
C5' A 0, 0.000, 0.334, 0.668, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.334 std_dev=0.334
O5' A 0, 0.000, 0.393, 0.785, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.393 std_dev=0.393
OP2 A 0, 0.000, 0.660, 1.321, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.660 std_dev=0.660
P A 0, 0.000, 0.667, 1.334, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.667 std_dev=0.667
O2' B 0, 0.000, 0.764, 1.528, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.764 std_dev=0.764
OP1 A 0, 0.000, 0.922, 1.844, 1.844 max_d=1.844 avg_d=0.922 std_dev=0.922
C1' B 0, 0.000, 1.489, 2.978, 2.978 max_d=2.978 avg_d=1.489 std_dev=1.489
C3' B 0, 0.000, 1.569, 3.138, 3.138 max_d=3.138 avg_d=1.569 std_dev=1.569
N1 B 0, 0.000, 2.281, 4.561, 4.561 max_d=4.561 avg_d=2.281 std_dev=2.281
O4' B 0, 0.000, 2.303, 4.606, 4.606 max_d=4.606 avg_d=2.303 std_dev=2.303
C4' B 0, 0.000, 2.367, 4.733, 4.733 max_d=4.733 avg_d=2.367 std_dev=2.367
O3' B 0, 0.000, 2.434, 4.867, 4.867 max_d=4.867 avg_d=2.434 std_dev=2.434
C6 B 0, 0.000, 2.718, 5.436, 5.436 max_d=5.436 avg_d=2.718 std_dev=2.718
C2 B 0, 0.000, 3.059, 6.118, 6.118 max_d=6.118 avg_d=3.059 std_dev=3.059
O2 B 0, 0.000, 3.334, 6.668, 6.668 max_d=6.668 avg_d=3.334 std_dev=3.334
C5 B 0, 0.000, 3.346, 6.692, 6.692 max_d=6.692 avg_d=3.346 std_dev=3.346
C5' B 0, 0.000, 3.758, 7.517, 7.517 max_d=7.517 avg_d=3.758 std_dev=3.758
C4 B 0, 0.000, 3.792, 7.585, 7.585 max_d=7.585 avg_d=3.792 std_dev=3.792
N3 B 0, 0.000, 3.815, 7.630, 7.630 max_d=7.630 avg_d=3.815 std_dev=3.815
O5' B 0, 0.000, 4.429, 8.858, 8.858 max_d=8.858 avg_d=4.429 std_dev=4.429
N4 B 0, 0.000, 4.551, 9.102, 9.102 max_d=9.102 avg_d=4.551 std_dev=4.551
P B 0, 0.000, 5.744, 11.488, 11.488 max_d=11.488 avg_d=5.744 std_dev=5.744
OP1 B 0, 0.000, 6.271, 12.543, 12.543 max_d=12.543 avg_d=6.271 std_dev=6.271
OP2 B 0, 0.000, 6.655, 13.311, 13.311 max_d=13.311 avg_d=6.655 std_dev=6.655

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03
C2 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.04 0.01 0.11 0.13 0.11 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.03 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.06 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.14 0.06 0.08
C4 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.09 0.01 0.18 0.21 0.20 0.17
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.04 0.08 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.01 0.17 0.18 0.15 0.15
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.16 0.00 0.17 0.00 0.14 0.08 0.12 0.18 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.12 0.10 0.06 0.07
N1 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.08 0.08 0.04 0.04
N3 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.00 0.15 0.19 0.17 0.14
N4 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.10 0.01 0.20 0.25 0.25 0.21
O2 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.12 0.00 0.02 0.07 0.11 0.09 0.06
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.07 0.04 0.12 0.00 0.01 0.04 0.04 0.10 0.03 0.04
O3' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.09 0.00 0.09 0.00 0.07 0.05 0.07 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.23 0.12 0.15
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.07 0.10 0.12 0.12
O5' 0.00 0.11 0.03 0.05 0.18 0.00 0.17 0.00 0.12 0.08 0.15 0.20 0.07 0.04 0.08 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.00 0.13 0.10 0.14 0.21 0.01 0.18 0.04 0.10 0.08 0.19 0.25 0.11 0.10 0.23 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.11 0.03 0.06 0.20 0.02 0.15 0.00 0.06 0.04 0.17 0.25 0.09 0.03 0.12 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.04 0.08 0.17 0.01 0.15 0.00 0.07 0.04 0.14 0.21 0.06 0.04 0.15 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.43 0.04 0.05 0.50 0.51 1.13 0.89 1.72 0.89 0.46 0.11 0.52 0.43 0.46 0.31 1.13 1.57 1.03 2.13 1.42
C2 0.26 0.13 0.08 0.42 0.22 0.93 0.54 1.38 0.57 0.25 0.09 0.21 0.51 0.40 0.34 0.87 1.16 0.45 1.59 0.91
C2' 0.32 0.21 0.04 0.60 0.26 1.20 0.73 1.85 0.76 0.30 0.19 0.24 0.72 0.41 0.51 1.07 1.74 1.29 2.45 1.67
C3' 0.45 0.18 0.07 0.78 0.35 1.45 0.90 2.19 0.94 0.42 0.16 0.30 0.74 0.33 0.68 1.28 2.15 1.87 2.98 2.19
C4 0.27 0.15 0.08 0.43 0.16 0.97 0.47 1.36 0.53 0.22 0.13 0.14 0.54 0.41 0.35 0.91 1.15 0.46 1.50 0.91
C4' 0.61 0.13 0.10 0.74 0.70 1.45 1.20 2.18 1.18 0.65 0.20 0.70 0.43 0.36 0.52 1.42 2.16 1.88 2.90 2.17
C5 0.47 0.01 0.03 0.53 0.42 1.20 0.79 1.71 0.84 0.46 0.06 0.39 0.45 0.45 0.33 1.23 1.57 1.00 1.97 1.40
C5' 0.80 0.30 0.24 0.90 0.93 1.65 1.47 2.44 1.44 0.86 0.38 0.93 0.28 0.25 0.63 1.65 2.49 2.37 3.29 2.59
C6 0.50 0.07 0.02 0.54 0.52 1.22 0.92 1.80 0.94 0.52 0.13 0.51 0.41 0.46 0.32 1.26 1.68 1.16 2.17 1.54
N1 0.40 0.01 0.05 0.49 0.42 1.10 0.78 1.64 0.80 0.41 0.05 0.41 0.46 0.44 0.32 1.09 1.48 0.88 1.98 1.30
N3 0.18 0.20 0.09 0.38 0.09 0.83 0.38 1.21 0.42 0.14 0.18 0.08 0.56 0.38 0.35 0.74 0.98 0.22 1.34 0.70
N4 0.14 0.27 0.10 0.37 0.02 0.82 0.24 1.08 0.31 0.06 0.25 0.04 0.59 0.37 0.36 0.70 0.88 0.17 1.15 0.61
O2 0.21 0.16 0.08 0.40 0.17 0.85 0.48 1.27 0.50 0.19 0.13 0.16 0.52 0.37 0.35 0.76 1.04 0.28 1.46 0.76
O2' 0.31 0.16 0.07 0.54 0.33 1.12 0.77 1.77 0.78 0.32 0.12 0.32 0.66 0.46 0.43 1.02 1.65 1.17 2.34 1.55
O3' 0.44 0.29 0.12 0.89 0.25 1.54 0.86 2.33 0.93 0.37 0.30 0.19 0.87 0.27 0.85 1.29 2.33 2.16 3.30 2.45
O4' 0.56 0.21 0.01 0.54 0.74 1.24 1.14 1.88 1.11 0.64 0.30 0.77 0.29 0.47 0.27 1.31 1.79 1.36 2.38 1.70
O5' 0.79 0.20 0.25 0.95 0.80 1.72 1.39 2.54 1.40 0.81 0.24 0.77 0.40 0.23 0.71 1.68 2.61 2.53 3.43 2.75
OP1 0.89 0.25 0.37 1.12 0.92 1.91 1.60 2.84 1.59 0.92 0.28 0.89 0.38 0.13 0.87 1.82 3.05 3.35 4.12 3.43
OP2 0.90 0.24 0.37 1.11 0.86 1.90 1.52 2.79 1.57 0.92 0.26 0.79 0.37 0.11 0.84 1.83 3.01 3.16 3.86 3.28
P 0.89 0.32 0.32 1.03 0.98 1.82 1.60 2.70 1.59 0.95 0.38 0.96 0.30 0.19 0.74 1.80 2.87 3.00 3.75 3.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.31 0.10 0.28 0.17
C2 0.02 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.49 0.60 0.41 0.46
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.16 0.14 0.24 0.10
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.11 0.00 0.11 0.01 0.10 0.06 0.09 0.11 0.07 0.02 0.00 0.00 0.06 0.18 0.25 0.10
C4 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.02 0.67 1.21 0.60 0.82
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.31 0.14 0.11
C5 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.15 0.01 0.70 1.30 0.62 0.87
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.22 0.01
C6 0.00 0.01 0.03 0.10 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.11 0.01 0.63 0.96 0.53 0.69
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.49 0.57 0.41 0.45
N3 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.01 0.59 0.92 0.51 0.64
N4 0.00 0.00 0.04 0.11 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.02 0.71 1.41 0.65 0.92
O2 0.05 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.37 0.32 0.30 0.28
O2' 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.59 0.07 0.19
O3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.13 0.01 0.15 0.00 0.11 0.06 0.10 0.15 0.05 0.04 0.00 0.01 0.25 0.66 0.09 0.16
O4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.26 0.03 0.22 0.06
O5' 0.31 0.49 0.16 0.06 0.67 0.00 0.70 0.00 0.63 0.49 0.59 0.71 0.37 0.04 0.25 0.26 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.10 0.60 0.14 0.18 1.21 0.31 1.30 0.06 0.96 0.57 0.92 1.41 0.32 0.59 0.66 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.28 0.41 0.24 0.25 0.60 0.14 0.62 0.22 0.53 0.41 0.51 0.65 0.30 0.07 0.09 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.46 0.10 0.10 0.82 0.11 0.87 0.01 0.69 0.45 0.64 0.92 0.28 0.19 0.16 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00