ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48204

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.000, 0.083, 0.167, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.083 std_dev=0.083
C2' A 0, 0.000, 0.106, 0.212, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.106 std_dev=0.106
O3' B 0, 0.000, 0.125, 0.249, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.125 std_dev=0.125
C4' A 0, 0.000, 0.129, 0.258, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.129 std_dev=0.129
O2' A 0, 0.000, 0.130, 0.260, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.130 std_dev=0.130
C3' A 0, 0.000, 0.137, 0.273, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.137 std_dev=0.137
C4' B 0, 0.000, 0.160, 0.321, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.160 std_dev=0.160
C3' B 0, 0.000, 0.164, 0.329, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.164 std_dev=0.164
O2' B 0, 0.000, 0.171, 0.343, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.171 std_dev=0.171
OP1 B 0, 0.000, 0.175, 0.350, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.175 std_dev=0.175
O3' A 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
C5' B 0, 0.000, 0.205, 0.410, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.205 std_dev=0.205
C2' B 0, 0.000, 0.213, 0.425, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.213 std_dev=0.213
OP2 B 0, 0.000, 0.216, 0.431, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.216 std_dev=0.216
C5' A 0, 0.000, 0.219, 0.438, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.219 std_dev=0.219
O4' B 0, 0.000, 0.220, 0.441, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.220 std_dev=0.220
P B 0, 0.000, 0.224, 0.448, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.224 std_dev=0.224
C1' B 0, 0.000, 0.248, 0.496, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.248 std_dev=0.248
O5' B 0, 0.000, 0.273, 0.547, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.273 std_dev=0.273
C6 B 0, 0.000, 0.327, 0.654, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.327 std_dev=0.327
N1 B 0, 0.000, 0.328, 0.656, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.328 std_dev=0.328
OP2 A 0, 0.000, 0.343, 0.687, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.343 std_dev=0.343
C2 B 0, 0.000, 0.393, 0.787, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.393 std_dev=0.393
P A 0, 0.000, 0.395, 0.790, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.395 std_dev=0.395
C5 B 0, 0.000, 0.396, 0.793, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.396 std_dev=0.396
O5' A 0, 0.000, 0.421, 0.842, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.421 std_dev=0.421
O2 B 0, 0.000, 0.423, 0.846, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.423 std_dev=0.423
OP1 A 0, 0.000, 0.428, 0.856, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.428 std_dev=0.428
C4 B 0, 0.000, 0.460, 0.920, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.460 std_dev=0.460
N3 B 0, 0.000, 0.460, 0.920, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.460 std_dev=0.460
N4 B 0, 0.000, 0.579, 1.157, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.579 std_dev=0.579

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.00
C2 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.03
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01
C5 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01
C5' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02
N4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00
O2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.03 0.07 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.03 0.06
O4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.00
O5' 0.03 0.00 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.11 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.04 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.13 0.08 0.07 0.05 0.08 0.02 0.08 0.05 0.10 0.10 0.03 0.17 0.06 0.05 0.08 0.07 0.02 0.12 0.07
C2 0.12 0.17 0.10 0.09 0.11 0.10 0.08 0.10 0.09 0.14 0.16 0.10 0.21 0.07 0.06 0.12 0.09 0.01 0.13 0.08
C2' 0.07 0.10 0.05 0.05 0.02 0.06 0.01 0.06 0.02 0.08 0.07 0.01 0.14 0.04 0.04 0.06 0.04 0.03 0.10 0.04
C3' 0.09 0.12 0.08 0.08 0.04 0.08 0.02 0.08 0.05 0.10 0.09 0.00 0.16 0.06 0.06 0.09 0.06 0.01 0.13 0.07
C4 0.13 0.18 0.11 0.10 0.12 0.11 0.08 0.10 0.09 0.14 0.16 0.11 0.21 0.08 0.08 0.12 0.09 0.01 0.14 0.08
C4' 0.08 0.11 0.07 0.06 0.04 0.07 0.02 0.07 0.05 0.09 0.08 0.00 0.15 0.05 0.04 0.07 0.05 0.02 0.12 0.06
C5 0.11 0.14 0.11 0.10 0.07 0.09 0.04 0.08 0.06 0.11 0.12 0.06 0.17 0.09 0.08 0.09 0.07 0.02 0.13 0.07
C5' 0.06 0.09 0.05 0.04 0.02 0.05 0.00 0.05 0.04 0.07 0.06 0.02 0.12 0.04 0.03 0.06 0.04 0.03 0.11 0.05
C6 0.10 0.12 0.09 0.09 0.06 0.08 0.03 0.08 0.05 0.10 0.10 0.03 0.16 0.08 0.07 0.08 0.07 0.02 0.12 0.06
N1 0.11 0.14 0.09 0.08 0.08 0.09 0.05 0.09 0.07 0.12 0.12 0.06 0.18 0.07 0.06 0.10 0.08 0.01 0.12 0.07
N3 0.13 0.19 0.10 0.10 0.13 0.10 0.09 0.11 0.10 0.15 0.17 0.13 0.23 0.07 0.06 0.13 0.09 0.01 0.13 0.09
N4 0.12 0.18 0.09 0.09 0.12 0.10 0.08 0.09 0.08 0.13 0.16 0.12 0.22 0.05 0.06 0.12 0.08 0.01 0.13 0.08
O2 0.13 0.18 0.09 0.09 0.13 0.10 0.09 0.11 0.10 0.15 0.17 0.12 0.22 0.06 0.05 0.12 0.09 0.00 0.13 0.09
O2' 0.06 0.09 0.06 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.07 0.06 0.02 0.14 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.08 0.03
O3' 0.11 0.14 0.10 0.09 0.06 0.09 0.04 0.10 0.08 0.12 0.11 0.02 0.18 0.08 0.07 0.10 0.07 0.01 0.15 0.08
O4' 0.08 0.11 0.06 0.06 0.04 0.07 0.02 0.07 0.04 0.09 0.08 0.01 0.15 0.05 0.04 0.07 0.06 0.03 0.11 0.06
O5' 0.05 0.10 0.02 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.08 0.08 0.03 0.11 0.01 0.03 0.04 0.01 0.07 0.10 0.03
OP1 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.10 0.02
OP2 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.10 0.02
P 0.04 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.08 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.10 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.07 0.01
C2 0.03 0.00 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.05 0.04 0.01 0.10 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.05 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.02
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.06 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.08 0.03
C4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.07 0.02 0.02 0.06 0.16 0.08
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.01
C5 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.13 0.04
C5' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.03 0.09 0.01
N1 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.08 0.01
N3 0.03 0.01 0.05 0.07 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.07 0.05 0.01 0.07 0.15 0.09
N4 0.02 0.02 0.05 0.08 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.10 0.03 0.02 0.13 0.22 0.13
O2 0.05 0.01 0.04 0.06 0.02 0.08 0.02 0.08 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.05 0.09 0.03 0.02 0.08 0.05
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02
O3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.07 0.10 0.05 0.01 0.00 0.00 0.08 0.04 0.08 0.05
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.03 0.09 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.06 0.00
O5' 0.04 0.04 0.00 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.08 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.05 0.01 0.05 0.04 0.06 0.07 0.01 0.08 0.03 0.04 0.07 0.13 0.02 0.06 0.04 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.10 0.08 0.08 0.16 0.05 0.13 0.02 0.09 0.08 0.15 0.22 0.08 0.07 0.08 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.04 0.02 0.03 0.08 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.05 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00