ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48209

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 19, 14, 7, 8, 3, 3, 2, 0, 1, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.001, 0.010, 0.020, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.014 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.011, 0.033, 0.055, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.033 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.012, 0.036, 0.060, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.036 std_dev=0.024
O4' A 0, -0.044, 0.121, 0.286, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.121 std_dev=0.165
C2' A 0, -0.042, 0.141, 0.324, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.141 std_dev=0.183
C2' B 0, 0.178, 0.376, 0.573, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.376 std_dev=0.198
C4' A 0, -0.052, 0.196, 0.443, 1.903 max_d=1.903 avg_d=0.196 std_dev=0.247
C3' A 0, -0.052, 0.203, 0.458, 1.894 max_d=1.894 avg_d=0.203 std_dev=0.255
O2' A 0, -0.047, 0.227, 0.501, 2.208 max_d=2.208 avg_d=0.227 std_dev=0.274
O3' A 0, -0.051, 0.289, 0.630, 2.468 max_d=2.468 avg_d=0.289 std_dev=0.340
O2' B 0, 0.149, 0.496, 0.844, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.496 std_dev=0.347
C5' A 0, -0.034, 0.330, 0.695, 2.610 max_d=2.610 avg_d=0.330 std_dev=0.364
C3' B 0, 0.060, 0.521, 0.983, 2.931 max_d=2.931 avg_d=0.521 std_dev=0.462
O5' B 0, 0.180, 0.786, 1.391, 3.823 max_d=3.823 avg_d=0.786 std_dev=0.605
O5' A 0, -0.185, 0.539, 1.263, 3.065 max_d=3.065 avg_d=0.539 std_dev=0.724
P B 0, 0.128, 0.884, 1.641, 5.567 max_d=5.567 avg_d=0.884 std_dev=0.756
C5' B 0, 0.020, 0.853, 1.686, 5.153 max_d=5.153 avg_d=0.853 std_dev=0.833
C4' B 0, -0.165, 0.679, 1.524, 4.311 max_d=4.311 avg_d=0.679 std_dev=0.844
C1' B 0, -0.318, 0.593, 1.505, 3.505 max_d=3.505 avg_d=0.593 std_dev=0.911
OP2 B 0, 0.274, 1.286, 2.298, 4.836 max_d=4.836 avg_d=1.286 std_dev=1.012
O3' B 0, -0.280, 0.750, 1.781, 4.842 max_d=4.842 avg_d=0.750 std_dev=1.030
P A 0, -0.312, 0.743, 1.798, 4.393 max_d=4.393 avg_d=0.743 std_dev=1.055
O4' B 0, -0.433, 0.747, 1.927, 4.569 max_d=4.569 avg_d=0.747 std_dev=1.180
OP1 B 0, 0.075, 1.336, 2.597, 8.294 max_d=8.294 avg_d=1.336 std_dev=1.261
OP2 A 0, -0.498, 0.892, 2.283, 5.676 max_d=5.676 avg_d=0.892 std_dev=1.391
N9 B 0, -0.671, 0.782, 2.235, 5.493 max_d=5.493 avg_d=0.782 std_dev=1.453
OP1 A 0, -0.387, 1.110, 2.608, 6.174 max_d=6.174 avg_d=1.110 std_dev=1.498
N3 B 0, -0.883, 0.761, 2.406, 6.447 max_d=6.447 avg_d=0.761 std_dev=1.644
C4 B 0, -0.971, 0.850, 2.671, 6.716 max_d=6.716 avg_d=0.850 std_dev=1.821
C8 B 0, -0.835, 1.025, 2.885, 7.108 max_d=7.108 avg_d=1.025 std_dev=1.860
N2 B 0, -1.006, 0.969, 2.944, 8.607 max_d=8.607 avg_d=0.969 std_dev=1.975
C2 B 0, -1.149, 0.932, 3.012, 8.473 max_d=8.473 avg_d=0.932 std_dev=2.081
C5 B 0, -1.329, 1.123, 3.575, 9.070 max_d=9.070 avg_d=1.123 std_dev=2.452
N7 B 0, -1.248, 1.242, 3.731, 9.375 max_d=9.375 avg_d=1.242 std_dev=2.490
N1 B 0, -1.549, 1.161, 3.871, 10.584 max_d=10.584 avg_d=1.161 std_dev=2.710
C6 B 0, -1.689, 1.286, 4.261, 10.881 max_d=10.881 avg_d=1.286 std_dev=2.975
O6 B 0, -2.044, 1.564, 5.171, 13.221 max_d=13.221 avg_d=1.564 std_dev=3.607

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.16 0.24 0.23 0.16
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.03 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.05 0.31 0.37 0.55 0.34
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.02 0.08 0.06 0.09 0.03 0.06 0.05 0.13 0.01 0.02 0.01 0.22 0.39 0.28 0.25
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.10 0.01 0.09 0.02 0.08 0.06 0.10 0.11 0.11 0.04 0.01 0.01 0.23 0.49 0.24 0.26
C4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.11 0.08 0.03 0.43 0.50 0.80 0.49
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04 0.06 0.05 0.09 0.03 0.01 0.02 0.21 0.17 0.05
C5 0.02 0.02 0.08 0.09 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.09 0.04 0.44 0.50 0.77 0.49
C5' 0.04 0.08 0.06 0.02 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.07 0.10 0.13 0.07 0.04 0.08 0.02 0.03 0.25 0.26 0.03
C6 0.02 0.01 0.09 0.08 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.08 0.04 0.38 0.42 0.59 0.39
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02 0.29 0.34 0.46 0.30
N3 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.04 0.38 0.44 0.71 0.42
N4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.11 0.09 0.04 0.46 0.55 0.90 0.54
O2 0.03 0.01 0.13 0.11 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.09 0.10 0.08 0.26 0.33 0.47 0.29
O2' 0.01 0.05 0.01 0.04 0.11 0.09 0.13 0.04 0.12 0.06 0.07 0.11 0.09 0.00 0.07 0.06 0.13 0.30 0.20 0.16
O3' 0.07 0.06 0.02 0.01 0.08 0.03 0.09 0.08 0.08 0.04 0.07 0.09 0.10 0.07 0.00 0.06 0.23 0.63 0.25 0.28
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.08 0.06 0.06 0.00 0.13 0.19 0.13 0.12
O5' 0.16 0.31 0.22 0.23 0.43 0.02 0.44 0.03 0.38 0.29 0.38 0.46 0.26 0.13 0.23 0.13 0.00 0.05 0.03 0.01
OP1 0.24 0.37 0.39 0.49 0.50 0.21 0.50 0.25 0.42 0.34 0.44 0.55 0.33 0.30 0.63 0.19 0.05 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.55 0.28 0.24 0.80 0.17 0.77 0.26 0.59 0.46 0.71 0.90 0.47 0.20 0.25 0.13 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.34 0.25 0.26 0.49 0.05 0.49 0.03 0.39 0.30 0.42 0.54 0.29 0.16 0.28 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.39 0.84 0.14 0.22 0.67 0.28 0.77 0.30 0.89 0.59 0.93 0.89 0.68 0.71 0.54 0.24 0.44 0.39 0.25 0.96 0.51 0.43 0.31
C2 0.40 1.14 0.16 0.18 0.93 0.19 1.16 0.29 1.38 0.86 1.37 1.09 0.87 1.09 0.72 0.19 0.30 0.32 0.30 1.51 0.42 0.51 0.31
C2' 0.23 0.58 0.11 0.20 0.45 0.22 0.57 0.24 0.69 0.41 0.70 0.62 0.44 0.53 0.35 0.24 0.46 0.23 0.23 0.77 0.49 0.40 0.27
C3' 0.27 0.58 0.16 0.27 0.44 0.24 0.53 0.23 0.65 0.39 0.67 0.64 0.45 0.48 0.35 0.31 0.60 0.26 0.26 0.72 0.60 0.48 0.35
C4 0.33 0.88 0.17 0.17 0.83 0.17 1.04 0.28 1.16 0.81 1.08 0.73 0.71 1.00 0.66 0.18 0.28 0.23 0.32 1.24 0.39 0.56 0.32
C4' 0.32 0.52 0.14 0.29 0.41 0.34 0.49 0.31 0.60 0.36 0.61 0.55 0.42 0.45 0.34 0.31 0.63 0.37 0.24 0.68 0.63 0.46 0.36
C5 0.31 0.57 0.15 0.20 0.55 0.19 0.63 0.25 0.68 0.52 0.64 0.53 0.51 0.61 0.47 0.24 0.38 0.26 0.28 0.71 0.46 0.48 0.31
C5' 0.27 0.54 0.15 0.33 0.39 0.39 0.57 0.35 0.77 0.37 0.77 0.53 0.34 0.53 0.28 0.36 0.74 0.35 0.26 0.93 0.72 0.48 0.40
C6 0.34 0.62 0.15 0.23 0.53 0.24 0.60 0.27 0.66 0.48 0.67 0.61 0.54 0.56 0.45 0.26 0.46 0.33 0.26 0.70 0.51 0.45 0.32
N1 0.38 0.88 0.15 0.20 0.72 0.23 0.84 0.28 0.97 0.64 0.99 0.89 0.71 0.78 0.58 0.23 0.39 0.35 0.27 1.04 0.47 0.45 0.31
N3 0.38 1.15 0.17 0.18 1.00 0.18 1.28 0.30 1.50 0.95 1.44 1.01 0.88 1.22 0.77 0.17 0.28 0.27 0.33 1.64 0.39 0.57 0.32
N4 0.28 0.79 0.18 0.20 0.85 0.23 1.12 0.32 1.22 0.91 1.05 0.61 0.64 1.14 0.70 0.15 0.31 0.16 0.36 1.33 0.36 0.64 0.34
O2 0.42 1.26 0.17 0.18 1.02 0.20 1.30 0.30 1.58 0.95 1.57 1.23 0.94 1.23 0.79 0.18 0.29 0.35 0.31 1.77 0.41 0.52 0.32
O2' 0.26 0.68 0.14 0.23 0.51 0.29 0.64 0.32 0.80 0.46 0.82 0.73 0.50 0.59 0.39 0.25 0.46 0.29 0.26 0.91 0.50 0.38 0.29
O3' 0.25 0.63 0.16 0.28 0.47 0.23 0.57 0.22 0.71 0.40 0.75 0.70 0.48 0.52 0.35 0.32 0.63 0.23 0.25 0.80 0.62 0.49 0.35
O4' 0.41 0.68 0.15 0.26 0.55 0.35 0.59 0.33 0.67 0.47 0.71 0.74 0.59 0.54 0.47 0.26 0.53 0.46 0.25 0.72 0.59 0.44 0.35
O5' 0.54 0.38 0.42 0.66 0.29 0.70 0.42 0.64 0.63 0.30 0.62 0.36 0.29 0.38 0.33 0.74 1.06 0.63 0.54 0.81 0.98 0.71 0.67
OP1 0.56 0.71 0.54 0.65 0.57 0.70 0.81 0.64 1.09 0.55 1.03 0.66 0.52 0.77 0.47 0.81 1.00 0.62 0.49 1.35 0.98 0.57 0.59
OP2 0.79 0.67 0.83 1.10 0.51 1.05 0.71 1.01 1.03 0.54 1.04 0.65 0.45 0.65 0.54 1.22 1.52 0.87 0.93 1.29 1.45 1.16 1.12
P 0.51 0.55 0.47 0.72 0.34 0.75 0.63 0.68 0.95 0.33 0.92 0.53 0.28 0.57 0.27 0.84 1.17 0.60 0.55 1.22 1.10 0.75 0.72

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.23 0.01 0.22 0.03 0.27 0.26 0.14
C2 0.05 0.00 0.19 0.14 0.01 0.08 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.24 0.11 0.36 0.03 0.29 0.51 0.35
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.11 0.01 0.08 0.15 0.11 0.10 0.15 0.22 0.18 0.08 0.04 0.01 0.03 0.03 0.30 0.10 0.37 0.47 0.29
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.16 0.01 0.22 0.03 0.23 0.23 0.19 0.13 0.12 0.26 0.15 0.03 0.01 0.02 0.17 0.26 0.42 0.36 0.24
C4 0.02 0.01 0.11 0.16 0.00 0.05 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.17 0.13 0.06 0.41 0.03 0.32 0.61 0.41
C4' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.15 0.06 0.13 0.09 0.14 0.06 0.21 0.03 0.01 0.02 0.10 0.35 0.31 0.12
C5 0.02 0.01 0.08 0.22 0.01 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.07 0.03 0.53 0.02 0.46 0.90 0.61
C5' 0.08 0.09 0.15 0.03 0.13 0.01 0.20 0.00 0.20 0.27 0.13 0.10 0.08 0.28 0.15 0.12 0.14 0.02 0.01 0.24 0.27 0.31 0.02
C6 0.03 0.02 0.11 0.23 0.02 0.08 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.24 0.08 0.05 0.54 0.01 0.48 0.95 0.64
C8 0.02 0.02 0.10 0.23 0.01 0.15 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.24 0.11 0.06 0.57 0.03 0.52 0.90 0.64
N1 0.04 0.01 0.15 0.19 0.02 0.06 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.20 0.15 0.08 0.46 0.02 0.36 0.75 0.50
N2 0.06 0.01 0.22 0.13 0.02 0.13 0.01 0.10 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.17 0.32 0.13 0.32 0.04 0.30 0.39 0.27
N3 0.05 0.01 0.18 0.12 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.15 0.26 0.11 0.32 0.03 0.28 0.41 0.28
N7 0.02 0.01 0.08 0.26 0.01 0.14 0.01 0.28 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.28 0.13 0.04 0.62 0.03 0.61 1.09 0.76
N9 0.01 0.02 0.04 0.15 0.01 0.06 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.15 0.08 0.01 0.40 0.03 0.31 0.56 0.39
O2' 0.02 0.17 0.01 0.03 0.17 0.21 0.24 0.12 0.24 0.24 0.20 0.17 0.15 0.28 0.15 0.00 0.07 0.14 0.29 0.28 0.39 0.56 0.30
O3' 0.23 0.24 0.03 0.01 0.13 0.03 0.07 0.14 0.08 0.11 0.15 0.32 0.26 0.13 0.08 0.07 0.00 0.15 0.09 0.10 0.45 0.36 0.19
O4' 0.01 0.11 0.03 0.02 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.08 0.13 0.11 0.04 0.01 0.14 0.15 0.00 0.24 0.05 0.32 0.29 0.18
O5' 0.22 0.36 0.30 0.17 0.41 0.02 0.53 0.01 0.54 0.57 0.46 0.32 0.32 0.62 0.40 0.29 0.09 0.24 0.00 0.59 0.03 0.03 0.01
O6 0.03 0.03 0.10 0.26 0.03 0.10 0.02 0.24 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.28 0.10 0.05 0.59 0.00 0.58 1.12 0.75
OP1 0.27 0.29 0.37 0.42 0.32 0.35 0.46 0.27 0.48 0.52 0.36 0.30 0.28 0.61 0.31 0.39 0.45 0.32 0.03 0.58 0.00 0.03 0.01
OP2 0.26 0.51 0.47 0.36 0.61 0.31 0.90 0.31 0.95 0.90 0.75 0.39 0.41 1.09 0.56 0.56 0.36 0.29 0.03 1.12 0.03 0.00 0.02
P 0.14 0.35 0.29 0.24 0.41 0.12 0.61 0.02 0.64 0.64 0.50 0.27 0.28 0.76 0.39 0.30 0.19 0.18 0.01 0.75 0.01 0.02 0.00