Doublet Group distance statistics: 48210

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 6, 10, 8, 12, 3, 6, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.011, 0.016, 0.021, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.005
N3	A	0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1	A	0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C1'	A	0, 0.019, 0.033, 0.048, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.033 std_dev=0.015
C6	A	0, 0.015, 0.030, 0.044, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.030 std_dev=0.015
C4	A	0, 0.015, 0.031, 0.046, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.031 std_dev=0.015
C2	A	0, 0.016, 0.033, 0.049, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.033 std_dev=0.016
O2	A	0, 0.046, 0.090, 0.134, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.090 std_dev=0.044
N4	A	0, 0.045, 0.091, 0.137, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.091 std_dev=0.046
O4'	A	0, 0.092, 0.195, 0.297, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.195 std_dev=0.102
C2'	A	0, 0.103, 0.210, 0.317, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.210 std_dev=0.107
O2'	A	0, 0.158, 0.302, 0.445, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.302 std_dev=0.143
C4'	A	0, 0.154, 0.303, 0.452, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.303 std_dev=0.149
C1'	B	0, 0.104, 0.263, 0.421, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.263 std_dev=0.159
N9	B	0, 0.173, 0.336, 0.498, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.336 std_dev=0.162
C2'	B	0, 0.161, 0.329, 0.497, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.329 std_dev=0.168
C3'	B	0, 0.165, 0.334, 0.503, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.334 std_dev=0.169
C3'	A	0, 0.169, 0.341, 0.512, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.341 std_dev=0.172
O4'	B	0, 0.028, 0.203, 0.377, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.203 std_dev=0.174
C4'	B	0, 0.123, 0.303, 0.483, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.303 std_dev=0.180
O5'	A	0, 0.188, 0.376, 0.564, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.376 std_dev=0.188
O3'	B	0, 0.147, 0.359, 0.571, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.359 std_dev=0.212
O2'	B	0, 0.196, 0.408, 0.621, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.408 std_dev=0.213
C5	B	0, 0.244, 0.457, 0.670, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.457 std_dev=0.213
O3'	A	0, 0.244, 0.484, 0.724, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.484 std_dev=0.240
P	A	0, 0.220, 0.464, 0.709, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.464 std_dev=0.244
C5'	A	0, 0.207, 0.464, 0.722, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.464 std_dev=0.257
C5'	B	0, 0.165, 0.423, 0.681, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.423 std_dev=0.258
OP1	A	0, 0.233, 0.503, 0.773, 1.800 max_d=1.800 avg_d=0.503 std_dev=0.270
OP2	A	0, 0.282, 0.570, 0.859, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.570 std_dev=0.289
O6	B	0, 0.264, 0.612, 0.959, 1.967 max_d=1.967 avg_d=0.612 std_dev=0.347
C4	B	0, 0.077, 0.432, 0.787, 2.142 max_d=2.142 avg_d=0.432 std_dev=0.355
N7	B	0, 0.156, 0.523, 0.889, 2.169 max_d=2.169 avg_d=0.523 std_dev=0.366
C6	B	0, 0.118, 0.559, 1.001, 2.594 max_d=2.594 avg_d=0.559 std_dev=0.442
C8	B	0, 0.031, 0.477, 0.922, 2.616 max_d=2.616 avg_d=0.477 std_dev=0.446
P	B	0, 0.174, 0.625, 1.075, 2.731 max_d=2.731 avg_d=0.625 std_dev=0.451
O5'	B	0, 0.152, 0.620, 1.088, 2.056 max_d=2.056 avg_d=0.620 std_dev=0.468
OP2	B	0, 0.192, 0.858, 1.524, 3.110 max_d=3.110 avg_d=0.858 std_dev=0.666
OP1	B	0, 0.072, 0.755, 1.438, 4.196 max_d=4.196 avg_d=0.755 std_dev=0.683
N3	B	0, -0.313, 0.519, 1.350, 4.645 max_d=4.645 avg_d=0.519 std_dev=0.832
N1	B	0, -0.306, 0.625, 1.556, 5.212 max_d=5.212 avg_d=0.625 std_dev=0.931
C2	B	0, -0.509, 0.611, 1.731, 6.168 max_d=6.168 avg_d=0.611 std_dev=1.120
N2	B	0, -0.915, 0.718, 2.351, 8.831 max_d=8.831 avg_d=0.718 std_dev=1.633

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.02	0.02	0.01	0.05	0.06	0.09	0.05
C2	0.02	0.00	0.06	0.06	0.01	0.04	0.01	0.05	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.06	0.07	0.02	0.07	0.08	0.13	0.08
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.04	0.01	0.03	0.01	0.04	0.02	0.05	0.05	0.09	0.00	0.02	0.01	0.04	0.07	0.08	0.04
C3'	0.01	0.06	0.00	0.00	0.05	0.00	0.07	0.01	0.07	0.04	0.06	0.06	0.09	0.02	0.01	0.01	0.07	0.09	0.07	0.06
C4	0.02	0.01	0.04	0.05	0.00	0.04	0.01	0.06	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.07	0.03	0.08	0.09	0.14	0.09
C4'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.04	0.02	0.04	0.05	0.05	0.05	0.02	0.00	0.01	0.06	0.04	0.01
C5	0.02	0.01	0.03	0.07	0.01	0.05	0.00	0.06	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.08	0.04	0.08	0.09	0.14	0.09
C5'	0.02	0.05	0.01	0.01	0.06	0.01	0.06	0.00	0.05	0.04	0.05	0.06	0.06	0.05	0.03	0.01	0.01	0.07	0.03	0.01
C6	0.02	0.01	0.04	0.07	0.01	0.04	0.00	0.05	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.08	0.03	0.07	0.08	0.13	0.08
N1	0.01	0.01	0.02	0.04	0.01	0.02	0.01	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.04	0.01	0.06	0.07	0.12	0.07
N3	0.02	0.00	0.05	0.06	0.00	0.04	0.01	0.05	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.07	0.02	0.07	0.09	0.14	0.09
N4	0.02	0.01	0.05	0.06	0.01	0.05	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.07	0.04	0.08	0.10	0.14	0.09
O2	0.03	0.00	0.09	0.09	0.01	0.05	0.01	0.06	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.09	0.10	0.04	0.08	0.09	0.13	0.09
O2'	0.02	0.06	0.00	0.02	0.04	0.05	0.02	0.05	0.02	0.02	0.06	0.05	0.09	0.00	0.05	0.04	0.04	0.07	0.06	0.03
O3'	0.02	0.07	0.02	0.01	0.07	0.02	0.08	0.03	0.08	0.04	0.07	0.07	0.10	0.05	0.00	0.02	0.10	0.12	0.08	0.08
O4'	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.00	0.04	0.01	0.03	0.01	0.02	0.04	0.04	0.04	0.02	0.00	0.08	0.09	0.08	0.07
O5'	0.05	0.07	0.04	0.07	0.08	0.01	0.08	0.01	0.07	0.06	0.07	0.08	0.08	0.04	0.10	0.08	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.06	0.08	0.07	0.09	0.09	0.06	0.09	0.07	0.08	0.07	0.09	0.10	0.09	0.07	0.12	0.09	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.09	0.13	0.08	0.07	0.14	0.04	0.14	0.03	0.13	0.12	0.14	0.14	0.13	0.06	0.08	0.08	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.05	0.08	0.04	0.06	0.09	0.01	0.09	0.01	0.08	0.07	0.09	0.09	0.09	0.03	0.08	0.07	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.12	0.76	0.11	0.09	0.24	0.13	0.14	0.24	0.29	0.44	0.61	1.08	0.60	0.34	0.15	0.16	0.20	0.10	0.23	0.22	0.19	0.69	0.23
C2	0.15	0.67	0.13	0.08	0.22	0.12	0.17	0.23	0.28	0.46	0.54	0.93	0.52	0.37	0.19	0.17	0.18	0.09	0.30	0.23	0.28	0.71	0.28
C2'	0.11	0.90	0.12	0.09	0.29	0.14	0.15	0.24	0.35	0.46	0.73	1.28	0.70	0.36	0.13	0.18	0.20	0.12	0.25	0.27	0.25	0.73	0.27
C3'	0.11	0.93	0.13	0.11	0.30	0.14	0.15	0.21	0.36	0.45	0.75	1.32	0.73	0.34	0.12	0.19	0.23	0.13	0.24	0.27	0.22	0.69	0.24
C4	0.16	0.49	0.13	0.09	0.19	0.11	0.16	0.22	0.22	0.39	0.40	0.65	0.39	0.31	0.19	0.16	0.18	0.10	0.30	0.19	0.30	0.71	0.29
C4'	0.10	0.84	0.11	0.10	0.29	0.14	0.15	0.22	0.34	0.40	0.67	1.19	0.67	0.31	0.11	0.16	0.21	0.12	0.20	0.25	0.16	0.67	0.20
C5	0.14	0.51	0.12	0.08	0.18	0.13	0.12	0.23	0.21	0.36	0.40	0.68	0.42	0.27	0.15	0.15	0.19	0.10	0.24	0.16	0.22	0.70	0.25
C5'	0.09	0.82	0.11	0.10	0.31	0.15	0.18	0.21	0.35	0.35	0.66	1.14	0.67	0.26	0.11	0.15	0.21	0.14	0.19	0.27	0.17	0.64	0.18
C6	0.12	0.61	0.11	0.08	0.21	0.14	0.12	0.24	0.23	0.39	0.48	0.85	0.50	0.29	0.14	0.15	0.19	0.10	0.22	0.18	0.19	0.70	0.24
N1	0.13	0.69	0.12	0.08	0.23	0.13	0.14	0.24	0.27	0.43	0.55	0.97	0.55	0.34	0.16	0.16	0.19	0.10	0.25	0.21	0.22	0.70	0.25
N3	0.16	0.57	0.14	0.09	0.21	0.11	0.18	0.23	0.26	0.44	0.48	0.78	0.44	0.36	0.20	0.17	0.18	0.10	0.33	0.23	0.33	0.71	0.30
N4	0.18	0.34	0.14	0.10	0.18	0.10	0.19	0.21	0.21	0.34	0.30	0.42	0.27	0.28	0.21	0.16	0.17	0.11	0.34	0.20	0.36	0.71	0.32
O2	0.16	0.71	0.14	0.08	0.23	0.12	0.18	0.24	0.29	0.48	0.58	1.00	0.53	0.41	0.20	0.17	0.18	0.09	0.31	0.25	0.31	0.70	0.29
O2'	0.11	0.92	0.12	0.09	0.29	0.14	0.15	0.25	0.37	0.46	0.75	1.31	0.70	0.36	0.13	0.18	0.21	0.11	0.24	0.28	0.24	0.73	0.26
O3'	0.11	1.00	0.14	0.12	0.33	0.14	0.16	0.19	0.40	0.47	0.81	1.43	0.77	0.36	0.12	0.20	0.25	0.14	0.25	0.30	0.24	0.70	0.25
O4'	0.12	0.73	0.12	0.10	0.25	0.13	0.14	0.23	0.29	0.40	0.58	1.04	0.58	0.31	0.14	0.16	0.21	0.11	0.19	0.22	0.14	0.67	0.21
O5'	0.09	0.76	0.10	0.10	0.29	0.16	0.16	0.22	0.32	0.31	0.60	1.05	0.63	0.22	0.09	0.14	0.21	0.15	0.20	0.24	0.17	0.67	0.21
OP1	0.11	0.76	0.09	0.10	0.33	0.13	0.20	0.16	0.35	0.24	0.62	1.04	0.64	0.16	0.11	0.12	0.21	0.16	0.16	0.28	0.23	0.57	0.14
OP2	0.11	0.68	0.09	0.11	0.32	0.12	0.22	0.13	0.34	0.19	0.55	0.88	0.59	0.13	0.12	0.13	0.26	0.16	0.15	0.28	0.25	0.52	0.13
P	0.10	0.71	0.09	0.09	0.31	0.14	0.20	0.18	0.33	0.22	0.57	0.95	0.61	0.15	0.10	0.13	0.20	0.16	0.16	0.27	0.20	0.58	0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.02	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.00	0.02	0.11	0.00	0.18	0.02	0.29	0.50	0.23
C2	0.02	0.00	0.27	0.28	0.01	0.25	0.01	0.54	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.20	0.20	0.08	0.42	0.01	0.39	0.32	0.34
C2'	0.00	0.27	0.00	0.00	0.14	0.01	0.07	0.09	0.12	0.13	0.21	0.32	0.27	0.07	0.02	0.00	0.03	0.01	0.18	0.09	0.27	0.39	0.21
C3'	0.01	0.28	0.00	0.00	0.12	0.01	0.05	0.02	0.10	0.15	0.21	0.37	0.27	0.10	0.02	0.02	0.01	0.01	0.17	0.07	0.21	0.35	0.13
C4	0.01	0.01	0.14	0.12	0.00	0.11	0.00	0.25	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.12	0.13	0.04	0.25	0.02	0.31	0.36	0.20
C4'	0.01	0.25	0.01	0.01	0.11	0.00	0.05	0.01	0.09	0.14	0.18	0.32	0.25	0.10	0.02	0.02	0.02	0.00	0.02	0.06	0.16	0.38	0.08
C5	0.01	0.01	0.07	0.05	0.00	0.05	0.00	0.16	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.11	0.09	0.03	0.32	0.02	0.56	0.47	0.37
C5'	0.05	0.54	0.09	0.02	0.25	0.01	0.16	0.00	0.23	0.25	0.41	0.68	0.50	0.20	0.10	0.07	0.05	0.02	0.01	0.18	0.21	0.21	0.02
C6	0.02	0.01	0.12	0.10	0.01	0.09	0.01	0.23	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.14	0.12	0.04	0.31	0.00	0.47	0.36	0.28
C8	0.01	0.01	0.13	0.15	0.01	0.14	0.01	0.25	0.02	0.00	0.02	0.02	0.01	0.00	0.00	0.05	0.06	0.06	0.51	0.02	0.90	0.76	0.67
N1	0.02	0.00	0.21	0.21	0.01	0.18	0.01	0.41	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.18	0.17	0.06	0.35	0.01	0.33	0.26	0.22
N2	0.03	0.00	0.32	0.37	0.01	0.32	0.01	0.68	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.22	0.24	0.10	0.55	0.01	0.64	0.51	0.56
N3	0.02	0.01	0.27	0.27	0.00	0.25	0.00	0.50	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.18	0.19	0.08	0.37	0.01	0.29	0.30	0.28
N7	0.01	0.01	0.07	0.10	0.01	0.10	0.01	0.20	0.02	0.00	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.06	0.06	0.05	0.48	0.03	0.91	0.73	0.66
N9	0.00	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.01	0.10	0.02	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.05	0.09	0.01	0.28	0.02	0.49	0.53	0.35
O2'	0.02	0.20	0.00	0.02	0.12	0.02	0.11	0.07	0.14	0.05	0.18	0.22	0.18	0.06	0.05	0.00	0.05	0.02	0.17	0.14	0.29	0.40	0.21
O3'	0.11	0.20	0.03	0.01	0.13	0.02	0.09	0.05	0.12	0.06	0.17	0.24	0.19	0.06	0.09	0.05	0.00	0.08	0.15	0.10	0.23	0.40	0.10
O4'	0.00	0.08	0.01	0.01	0.04	0.00	0.03	0.02	0.04	0.06	0.06	0.10	0.08	0.05	0.01	0.02	0.08	0.00	0.15	0.04	0.17	0.51	0.17
O5'	0.18	0.42	0.18	0.17	0.25	0.02	0.32	0.01	0.31	0.51	0.35	0.55	0.37	0.48	0.28	0.17	0.15	0.15	0.00	0.34	0.02	0.02	0.01
O6	0.02	0.01	0.09	0.07	0.02	0.06	0.02	0.18	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.03	0.02	0.14	0.10	0.04	0.34	0.00	0.60	0.43	0.37
OP1	0.29	0.39	0.27	0.21	0.31	0.16	0.56	0.21	0.47	0.90	0.33	0.64	0.29	0.91	0.49	0.29	0.23	0.17	0.02	0.60	0.00	0.02	0.01
OP2	0.50	0.32	0.39	0.35	0.36	0.38	0.47	0.21	0.36	0.76	0.26	0.51	0.30	0.73	0.53	0.40	0.40	0.51	0.02	0.43	0.02	0.00	0.01
P	0.23	0.34	0.21	0.13	0.20	0.08	0.37	0.02	0.28	0.67	0.22	0.56	0.28	0.66	0.35	0.21	0.10	0.17	0.01	0.37	0.01	0.01	0.00