ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48213

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 4, 7, 15, 10, 3, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.006, 0.010, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.010 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.028 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.001, 0.028, 0.056, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.028 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.037, 0.126, 0.215, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.126 std_dev=0.089
C2' A 0, 0.040, 0.132, 0.224, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.132 std_dev=0.092
C4' A 0, 0.031, 0.170, 0.310, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.170 std_dev=0.140
C3' A 0, 0.042, 0.208, 0.374, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.208 std_dev=0.166
O2' A 0, 0.029, 0.198, 0.367, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.198 std_dev=0.169
O2' B 0, 0.253, 0.443, 0.634, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.443 std_dev=0.191
C2' B 0, 0.306, 0.511, 0.715, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.511 std_dev=0.204
C5' A 0, 0.060, 0.306, 0.552, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.306 std_dev=0.246
O3' A 0, 0.017, 0.304, 0.590, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.304 std_dev=0.287
C3' B 0, 0.191, 0.584, 0.976, 2.269 max_d=2.269 avg_d=0.584 std_dev=0.393
O5' A 0, -0.015, 0.380, 0.774, 2.015 max_d=2.015 avg_d=0.380 std_dev=0.395
P A 0, 0.162, 0.573, 0.984, 2.030 max_d=2.030 avg_d=0.573 std_dev=0.411
C1' B 0, -0.003, 0.567, 1.136, 3.182 max_d=3.182 avg_d=0.567 std_dev=0.570
OP1 A 0, 0.093, 0.696, 1.298, 3.173 max_d=3.173 avg_d=0.696 std_dev=0.602
O3' B 0, 0.083, 0.687, 1.291, 3.451 max_d=3.451 avg_d=0.687 std_dev=0.604
N9 B 0, -0.055, 0.653, 1.360, 3.917 max_d=3.917 avg_d=0.653 std_dev=0.707
OP2 A 0, 0.083, 0.801, 1.519, 3.875 max_d=3.875 avg_d=0.801 std_dev=0.718
C4' B 0, -0.185, 0.539, 1.263, 3.943 max_d=3.943 avg_d=0.539 std_dev=0.724
O4' B 0, -0.264, 0.542, 1.349, 4.351 max_d=4.351 avg_d=0.542 std_dev=0.806
C8 B 0, -0.158, 0.673, 1.505, 4.547 max_d=4.547 avg_d=0.673 std_dev=0.831
C4 B 0, -0.099, 0.771, 1.641, 4.797 max_d=4.797 avg_d=0.771 std_dev=0.870
N7 B 0, -0.159, 0.761, 1.681, 5.033 max_d=5.033 avg_d=0.761 std_dev=0.920
C5 B 0, -0.135, 0.830, 1.795, 5.297 max_d=5.297 avg_d=0.830 std_dev=0.965
N3 B 0, -0.193, 0.845, 1.884, 5.671 max_d=5.671 avg_d=0.845 std_dev=1.038
C5' B 0, -0.511, 0.643, 1.796, 6.134 max_d=6.134 avg_d=0.643 std_dev=1.154
O5' B 0, -0.462, 0.695, 1.851, 6.190 max_d=6.190 avg_d=0.695 std_dev=1.157
C6 B 0, -0.222, 0.981, 2.184, 6.566 max_d=6.566 avg_d=0.981 std_dev=1.203
O6 B 0, -0.241, 1.068, 2.376, 7.130 max_d=7.130 avg_d=1.068 std_dev=1.309
C2 B 0, -0.342, 0.990, 2.322, 7.211 max_d=7.211 avg_d=0.990 std_dev=1.332
N1 B 0, -0.337, 1.055, 2.448, 7.550 max_d=7.550 avg_d=1.055 std_dev=1.393
OP2 B 0, -0.561, 0.840, 2.241, 7.495 max_d=7.495 avg_d=0.840 std_dev=1.401
P B 0, -0.754, 0.798, 2.351, 8.200 max_d=8.200 avg_d=0.798 std_dev=1.552
N2 B 0, -0.540, 1.088, 2.716, 8.716 max_d=8.716 avg_d=1.088 std_dev=1.628
OP1 B 0, -0.881, 0.924, 2.729, 9.541 max_d=9.541 avg_d=0.924 std_dev=1.805

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.11 0.16 0.13
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.04 0.02 0.19 0.16 0.34 0.21
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.00 0.02 0.01 0.10 0.14 0.05 0.06
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.09 0.00 0.11 0.02 0.11 0.06 0.07 0.10 0.04 0.01 0.00 0.01 0.13 0.19 0.08 0.06
C4 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.11 0.02 0.26 0.23 0.54 0.30
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.04 0.07 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.08 0.12 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.14 0.02 0.27 0.24 0.57 0.32
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.13 0.08 0.09 0.14 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.13 0.11 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.11 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.13 0.02 0.25 0.21 0.46 0.28
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.19 0.16 0.33 0.21
N3 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.22 0.19 0.44 0.26
N4 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.13 0.02 0.27 0.25 0.61 0.33
O2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.07 0.02 0.15 0.13 0.25 0.17
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.07 0.05 0.11 0.00 0.04 0.04 0.06 0.06 0.23 0.09
O3' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.11 0.01 0.14 0.03 0.13 0.05 0.07 0.13 0.07 0.04 0.00 0.01 0.05 0.17 0.32 0.10
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.09 0.09 0.16 0.13
O5' 0.12 0.19 0.10 0.13 0.26 0.01 0.27 0.01 0.25 0.19 0.22 0.27 0.15 0.06 0.05 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.11 0.16 0.14 0.19 0.23 0.08 0.24 0.13 0.21 0.16 0.19 0.25 0.13 0.06 0.17 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.34 0.05 0.08 0.54 0.12 0.57 0.11 0.46 0.33 0.44 0.61 0.25 0.23 0.32 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.21 0.06 0.06 0.30 0.02 0.32 0.01 0.28 0.21 0.26 0.33 0.17 0.09 0.10 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.09 0.12 0.18 0.08 0.25 0.09 0.30 0.07 0.16 0.08 0.14 0.07 0.13 0.13 0.11 0.16 0.22 0.28 0.07 0.38 0.28 0.31
C2 0.05 0.07 0.09 0.10 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.12 0.14 0.07 0.06 0.06 0.13 0.07 0.07
C2' 0.13 0.15 0.14 0.24 0.06 0.29 0.06 0.38 0.07 0.15 0.13 0.22 0.10 0.11 0.10 0.13 0.26 0.22 0.35 0.07 0.51 0.35 0.40
C3' 0.25 0.17 0.23 0.39 0.09 0.51 0.12 0.64 0.06 0.29 0.13 0.29 0.10 0.23 0.21 0.18 0.40 0.42 0.60 0.07 0.81 0.61 0.68
C4 0.12 0.16 0.08 0.14 0.14 0.06 0.13 0.07 0.14 0.11 0.15 0.17 0.16 0.11 0.12 0.11 0.27 0.13 0.07 0.13 0.18 0.08 0.08
C4' 0.31 0.10 0.23 0.36 0.16 0.52 0.20 0.65 0.12 0.37 0.08 0.23 0.07 0.32 0.29 0.16 0.30 0.49 0.61 0.14 0.77 0.61 0.68
C5 0.06 0.24 0.11 0.26 0.11 0.29 0.09 0.35 0.14 0.07 0.20 0.30 0.20 0.05 0.05 0.11 0.32 0.15 0.31 0.13 0.46 0.30 0.34
C5' 0.46 0.10 0.32 0.50 0.26 0.71 0.32 0.88 0.20 0.55 0.09 0.26 0.10 0.48 0.43 0.23 0.41 0.70 0.84 0.23 1.02 0.85 0.94
C6 0.12 0.19 0.13 0.25 0.06 0.33 0.05 0.41 0.09 0.14 0.16 0.27 0.14 0.10 0.09 0.11 0.27 0.24 0.36 0.08 0.50 0.35 0.40
N1 0.10 0.10 0.12 0.18 0.05 0.20 0.05 0.25 0.06 0.10 0.09 0.15 0.08 0.08 0.08 0.11 0.19 0.15 0.23 0.06 0.33 0.23 0.25
N3 0.11 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.10 0.12 0.09 0.12 0.09 0.09 0.09 0.11 0.11 0.12 0.17 0.17 0.10 0.10 0.09 0.08 0.10
N4 0.25 0.20 0.07 0.11 0.22 0.15 0.21 0.15 0.20 0.23 0.20 0.19 0.21 0.22 0.23 0.11 0.33 0.33 0.12 0.20 0.10 0.08 0.10
O2 0.06 0.09 0.09 0.08 0.06 0.07 0.06 0.10 0.06 0.07 0.07 0.11 0.08 0.06 0.06 0.13 0.11 0.09 0.09 0.06 0.10 0.09 0.10
O2' 0.13 0.10 0.12 0.18 0.07 0.24 0.07 0.30 0.06 0.15 0.09 0.16 0.08 0.12 0.11 0.11 0.18 0.20 0.28 0.06 0.42 0.29 0.33
O3' 0.28 0.18 0.27 0.46 0.11 0.58 0.14 0.74 0.07 0.35 0.13 0.32 0.10 0.28 0.24 0.21 0.47 0.47 0.70 0.08 0.97 0.73 0.81
O4' 0.24 0.10 0.15 0.23 0.13 0.36 0.15 0.45 0.11 0.27 0.09 0.18 0.08 0.23 0.21 0.11 0.17 0.37 0.41 0.12 0.52 0.41 0.46
O5' 0.09 0.42 0.09 0.12 0.13 0.33 0.10 0.50 0.20 0.18 0.35 0.59 0.31 0.12 0.08 0.17 0.07 0.33 0.46 0.18 0.64 0.46 0.56
OP1 0.22 0.42 0.09 0.21 0.13 0.46 0.15 0.67 0.19 0.35 0.35 0.65 0.29 0.28 0.21 0.14 0.12 0.49 0.63 0.18 0.82 0.65 0.76
OP2 0.46 1.18 0.61 0.36 0.77 0.13 0.70 0.25 0.87 0.36 1.09 1.42 1.03 0.47 0.53 0.68 0.39 0.15 0.19 0.84 0.46 0.19 0.33
P 0.07 0.63 0.19 0.09 0.26 0.33 0.20 0.55 0.34 0.16 0.54 0.86 0.49 0.10 0.09 0.29 0.09 0.33 0.50 0.31 0.73 0.52 0.64

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.06 0.03
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.02 0.06 0.01 0.08 0.10 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.09 0.07
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.09 0.12 0.09
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.07 0.00 0.10 0.12 0.09
C8 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.01 0.08 0.10 0.07
N1 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02 0.07 0.00 0.09 0.12 0.08
N2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.07 0.02 0.06 0.01 0.08 0.10 0.07
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02 0.06 0.01 0.07 0.09 0.06
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.08 0.01 0.10 0.12 0.09
N9 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.08 0.05
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.06 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.07 0.05 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.07 0.09 0.06
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.07 0.04
O5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.05 0.02 0.04 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.08 0.00 0.11 0.14 0.10
OP1 0.05 0.08 0.05 0.05 0.07 0.04 0.09 0.04 0.10 0.08 0.09 0.08 0.07 0.10 0.06 0.06 0.07 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.10 0.03 0.05 0.09 0.02 0.12 0.01 0.12 0.10 0.12 0.10 0.09 0.12 0.08 0.04 0.09 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.02 0.03 0.07 0.01 0.09 0.01 0.09 0.07 0.08 0.07 0.06 0.09 0.05 0.03 0.06 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00