ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48214

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 7, 6, 2, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.012, 0.021, 0.031, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.014, 0.030, 0.046, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.030 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.008, 0.024, 0.041, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.015, 0.034, 0.052, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.034 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.018, 0.050, 0.082, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.050 std_dev=0.032
O2 A 0, 0.022, 0.061, 0.099, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.061 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.036, 0.147, 0.258, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.147 std_dev=0.111
C2' A 0, 0.081, 0.200, 0.320, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.200 std_dev=0.120
C4' A 0, 0.038, 0.293, 0.547, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.293 std_dev=0.255
O2' A 0, 0.006, 0.320, 0.635, 1.723 max_d=1.723 avg_d=0.320 std_dev=0.315
C3' A 0, 0.034, 0.357, 0.680, 1.827 max_d=1.827 avg_d=0.357 std_dev=0.323
O2' B 0, 0.408, 0.754, 1.101, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.754 std_dev=0.346
C5' A 0, 0.205, 0.585, 0.964, 1.879 max_d=1.879 avg_d=0.585 std_dev=0.379
C2' B 0, 0.408, 0.912, 1.416, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.912 std_dev=0.504
O3' A 0, 0.041, 0.629, 1.217, 3.286 max_d=3.286 avg_d=0.629 std_dev=0.588
O5' A 0, 0.231, 0.981, 1.731, 2.277 max_d=2.277 avg_d=0.981 std_dev=0.750
P A 0, 0.693, 1.540, 2.387, 2.871 max_d=2.871 avg_d=1.540 std_dev=0.847
C1' B 0, 0.534, 1.558, 2.582, 3.759 max_d=3.759 avg_d=1.558 std_dev=1.024
C3' B 0, 0.636, 1.826, 3.015, 3.339 max_d=3.339 avg_d=1.826 std_dev=1.189
OP1 A 0, 0.746, 2.003, 3.260, 4.039 max_d=4.039 avg_d=2.003 std_dev=1.257
O3' B 0, 0.894, 2.272, 3.651, 4.095 max_d=4.095 avg_d=2.272 std_dev=1.378
O4' B 0, 0.870, 2.260, 3.649, 4.949 max_d=4.949 avg_d=2.260 std_dev=1.390
C4' B 0, 1.056, 2.457, 3.858, 3.882 max_d=3.882 avg_d=2.457 std_dev=1.401
N9 B 0, 0.821, 2.482, 4.142, 5.781 max_d=5.781 avg_d=2.482 std_dev=1.660
OP2 A 0, 0.481, 2.165, 3.849, 5.208 max_d=5.208 avg_d=2.165 std_dev=1.684
C5' B 0, 1.293, 3.317, 5.340, 5.866 max_d=5.866 avg_d=3.317 std_dev=2.024
C8 B 0, 1.038, 3.188, 5.339, 6.928 max_d=6.928 avg_d=3.188 std_dev=2.150
C4 B 0, 0.983, 3.198, 5.412, 7.680 max_d=7.680 avg_d=3.198 std_dev=2.214
N3 B 0, 1.109, 3.334, 5.558, 7.961 max_d=7.961 avg_d=3.334 std_dev=2.225
O5' B 0, 1.219, 3.447, 5.675, 6.493 max_d=6.493 avg_d=3.447 std_dev=2.228
N7 B 0, 1.174, 4.083, 6.992, 9.345 max_d=9.345 avg_d=4.083 std_dev=2.909
C5 B 0, 1.157, 4.090, 7.022, 9.705 max_d=9.705 avg_d=4.090 std_dev=2.933
C2 B 0, 1.401, 4.335, 7.268, 10.205 max_d=10.205 avg_d=4.335 std_dev=2.933
P B 0, 1.188, 4.222, 7.255, 8.463 max_d=8.463 avg_d=4.222 std_dev=3.034
N2 B 0, 1.671, 4.843, 8.016, 10.915 max_d=10.915 avg_d=4.843 std_dev=3.172
OP2 B 0, 1.446, 4.794, 8.141, 9.228 max_d=9.228 avg_d=4.794 std_dev=3.348
OP1 B 0, 1.137, 4.557, 7.978, 9.536 max_d=9.536 avg_d=4.557 std_dev=3.420
N1 B 0, 1.470, 5.063, 8.655, 12.159 max_d=12.159 avg_d=5.063 std_dev=3.593
C6 B 0, 1.358, 5.038, 8.719, 12.174 max_d=12.174 avg_d=5.038 std_dev=3.681
O6 B 0, 1.505, 5.930, 10.355, 14.315 max_d=14.315 avg_d=5.930 std_dev=4.425

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.04 0.08 0.01 0.12 0.01 0.43 0.47 0.35 0.36
C2 0.04 0.00 0.09 0.13 0.02 0.05 0.02 0.14 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.21 0.17 0.04 0.65 0.47 0.91 0.65
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.08 0.03 0.08 0.06 0.08 0.03 0.09 0.08 0.16 0.00 0.02 0.02 0.28 0.34 0.23 0.24
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.22 0.01 0.26 0.01 0.24 0.13 0.17 0.24 0.16 0.02 0.01 0.03 0.12 0.20 0.18 0.09
C4 0.04 0.02 0.08 0.22 0.00 0.14 0.01 0.29 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.19 0.19 0.05 0.81 0.60 1.55 0.97
C4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.14 0.00 0.18 0.01 0.16 0.07 0.08 0.15 0.10 0.16 0.02 0.00 0.02 0.39 0.28 0.13
C5 0.03 0.02 0.08 0.26 0.01 0.18 0.00 0.34 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.12 0.23 0.07 0.84 0.64 1.64 1.03
C5' 0.05 0.14 0.06 0.01 0.29 0.01 0.34 0.00 0.28 0.15 0.21 0.33 0.07 0.12 0.10 0.02 0.01 0.39 0.39 0.02
C6 0.03 0.02 0.08 0.24 0.02 0.16 0.01 0.28 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.08 0.19 0.07 0.79 0.57 1.28 0.86
N1 0.02 0.01 0.03 0.13 0.02 0.07 0.02 0.15 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.10 0.09 0.02 0.65 0.48 0.87 0.64
N3 0.04 0.01 0.09 0.17 0.01 0.08 0.01 0.21 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.23 0.18 0.04 0.73 0.51 1.23 0.81
N4 0.04 0.02 0.08 0.24 0.01 0.15 0.03 0.33 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.21 0.22 0.06 0.85 0.66 1.77 1.08
O2 0.08 0.01 0.16 0.16 0.03 0.10 0.03 0.07 0.03 0.03 0.03 0.04 0.00 0.27 0.29 0.07 0.57 0.49 0.65 0.53
O2' 0.01 0.21 0.00 0.02 0.19 0.16 0.12 0.12 0.08 0.10 0.23 0.21 0.27 0.00 0.05 0.11 0.16 0.47 0.54 0.33
O3' 0.12 0.17 0.02 0.01 0.19 0.02 0.23 0.10 0.19 0.09 0.18 0.22 0.29 0.05 0.00 0.07 0.36 0.18 0.66 0.38
O4' 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.00 0.07 0.02 0.07 0.02 0.04 0.06 0.07 0.11 0.07 0.00 0.40 0.56 0.27 0.33
O5' 0.43 0.65 0.28 0.12 0.81 0.02 0.84 0.01 0.79 0.65 0.73 0.85 0.57 0.16 0.36 0.40 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.47 0.47 0.34 0.20 0.60 0.39 0.64 0.39 0.57 0.48 0.51 0.66 0.49 0.47 0.18 0.56 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.91 0.23 0.18 1.55 0.28 1.64 0.39 1.28 0.87 1.23 1.77 0.65 0.54 0.66 0.27 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.36 0.65 0.24 0.09 0.97 0.13 1.03 0.02 0.86 0.64 0.81 1.08 0.53 0.33 0.38 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.56 2.48 0.29 0.33 1.78 0.59 2.29 0.63 2.90 1.46 2.98 2.60 1.80 2.03 1.21 0.37 0.62 0.56 0.28 3.25 0.59 0.69 0.33
C2 0.62 2.37 0.29 0.29 1.68 0.73 1.97 0.85 2.44 1.24 2.62 2.56 1.83 1.68 1.14 0.31 0.55 0.65 0.49 2.62 0.80 0.59 0.55
C2' 0.64 2.84 0.32 0.36 1.97 0.66 2.48 0.77 3.20 1.54 3.38 3.07 2.05 2.16 1.32 0.39 0.69 0.67 0.43 3.57 0.68 0.76 0.45
C3' 0.67 2.96 0.42 0.43 2.14 0.51 2.77 0.64 3.55 1.79 3.64 3.12 2.13 2.49 1.47 0.45 0.77 0.59 0.48 4.03 0.60 0.86 0.45
C4 0.56 1.89 0.29 0.29 1.45 0.68 1.64 0.77 1.93 1.12 2.03 1.96 1.56 1.43 1.03 0.29 0.52 0.57 0.48 2.02 0.74 0.59 0.52
C4' 0.55 2.68 0.41 0.50 2.02 0.35 2.71 0.41 3.44 1.80 3.40 2.75 1.92 2.52 1.40 0.33 0.79 0.35 0.46 3.97 0.65 1.06 0.54
C5 0.48 1.93 0.30 0.33 1.53 0.52 1.87 0.54 2.19 1.29 2.20 1.92 1.52 1.70 1.08 0.38 0.58 0.47 0.31 2.33 0.61 0.66 0.36
C5' 0.65 2.76 0.60 0.75 2.15 0.39 2.92 0.52 3.64 2.04 3.51 2.79 2.00 2.80 1.56 0.25 0.99 0.33 0.82 4.24 0.97 1.44 0.95
C6 0.50 2.20 0.30 0.37 1.67 0.52 2.14 0.54 2.60 1.42 2.61 2.23 1.64 1.94 1.15 0.39 0.66 0.49 0.31 2.84 0.61 0.73 0.37
N1 0.56 2.35 0.28 0.31 1.70 0.61 2.11 0.67 2.63 1.36 2.73 2.46 1.75 1.86 1.15 0.36 0.57 0.57 0.33 2.88 0.63 0.63 0.37
N3 0.62 2.20 0.28 0.34 1.59 0.78 1.80 0.93 2.17 1.16 2.35 2.37 1.77 1.52 1.10 0.27 0.59 0.65 0.60 2.28 0.90 0.62 0.67
N4 0.55 1.55 0.28 0.39 1.25 0.78 1.37 0.89 1.55 1.01 1.63 1.61 1.35 1.22 0.94 0.24 0.64 0.58 0.62 1.60 0.86 0.66 0.68
O2 0.66 2.51 0.29 0.32 1.74 0.78 2.04 0.94 2.55 1.26 2.77 2.77 1.93 1.71 1.17 0.30 0.59 0.70 0.58 2.75 0.92 0.62 0.66
O2' 0.68 2.81 0.36 0.43 1.94 0.78 2.47 0.90 3.20 1.52 3.37 3.05 2.02 2.15 1.30 0.44 0.69 0.77 0.53 3.62 0.75 0.86 0.58
O3' 0.78 3.12 0.46 0.46 2.25 0.63 2.93 0.78 3.77 1.89 3.86 3.30 2.25 2.63 1.57 0.49 0.79 0.76 0.61 4.33 0.65 0.92 0.55
O4' 0.50 2.34 0.32 0.46 1.76 0.51 2.38 0.50 3.00 1.58 2.95 2.36 1.66 2.21 1.22 0.38 0.74 0.47 0.35 3.44 0.63 0.90 0.44
O5' 0.41 1.99 0.72 1.15 1.26 1.11 2.10 1.04 2.92 1.16 2.81 2.14 1.18 1.98 0.62 1.15 1.56 0.71 0.57 3.65 1.15 0.98 0.73
OP1 0.56 2.07 0.80 1.32 1.30 1.23 2.05 1.21 2.85 1.14 2.78 2.29 1.37 1.95 0.67 1.13 1.76 0.77 0.86 3.57 1.53 1.34 1.12
OP2 1.94 2.45 2.23 2.59 1.74 2.43 1.93 2.37 2.64 1.26 2.84 2.70 2.07 1.61 1.50 2.28 2.77 2.03 2.11 3.13 2.57 2.29 2.27
P 0.94 2.01 1.24 1.70 1.21 1.57 1.90 1.50 2.73 0.94 2.70 2.23 1.37 1.74 0.66 1.47 2.06 1.11 1.14 3.44 1.72 1.46 1.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.05 0.04 0.03 0.06 0.10 0.08 0.02 0.01 0.03 0.31 0.01 0.10 0.04 0.30 0.25 0.16
C2 0.08 0.00 0.47 0.33 0.02 0.25 0.02 0.48 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.39 0.35 0.37 0.50 0.03 0.75 0.95 0.71
C2' 0.01 0.47 0.00 0.01 0.24 0.01 0.12 0.19 0.20 0.24 0.36 0.57 0.45 0.13 0.03 0.01 0.02 0.02 0.41 0.16 0.72 0.62 0.53
C3' 0.01 0.33 0.01 0.00 0.31 0.01 0.43 0.02 0.44 0.46 0.38 0.35 0.29 0.50 0.29 0.03 0.01 0.02 0.19 0.49 0.54 0.24 0.28
C4 0.04 0.02 0.24 0.31 0.00 0.09 0.01 0.23 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.24 0.16 0.19 0.38 0.02 0.65 0.79 0.60
C4' 0.02 0.25 0.01 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.14 0.40 0.15 0.36 0.25 0.36 0.14 0.35 0.03 0.01 0.02 0.20 0.24 0.18 0.05
C5 0.02 0.02 0.12 0.43 0.01 0.18 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.36 0.16 0.08 0.58 0.02 0.96 1.13 0.88
C5' 0.05 0.48 0.19 0.02 0.23 0.01 0.31 0.00 0.32 0.53 0.38 0.63 0.44 0.51 0.17 0.14 0.20 0.01 0.01 0.38 0.19 0.24 0.02
C6 0.04 0.02 0.20 0.44 0.02 0.14 0.01 0.32 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.35 0.19 0.15 0.61 0.01 1.06 1.25 0.96
C8 0.03 0.02 0.24 0.46 0.01 0.40 0.01 0.53 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.55 0.25 0.26 0.72 0.03 0.89 1.06 0.93
N1 0.06 0.01 0.36 0.38 0.02 0.15 0.01 0.38 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.32 0.25 0.28 0.54 0.03 0.91 1.11 0.83
N2 0.10 0.01 0.57 0.35 0.03 0.36 0.02 0.63 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.54 0.48 0.45 0.58 0.05 0.79 1.03 0.77
N3 0.08 0.01 0.45 0.29 0.01 0.25 0.01 0.44 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.37 0.36 0.37 0.41 0.03 0.61 0.76 0.56
N7 0.02 0.02 0.13 0.50 0.01 0.36 0.01 0.51 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.54 0.28 0.16 0.78 0.03 1.15 1.35 1.11
N9 0.01 0.03 0.03 0.29 0.01 0.14 0.01 0.17 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.25 0.06 0.02 0.33 0.02 0.50 0.62 0.49
O2' 0.03 0.39 0.01 0.03 0.24 0.35 0.36 0.14 0.35 0.55 0.32 0.54 0.37 0.54 0.25 0.00 0.04 0.27 0.32 0.41 0.70 0.75 0.51
O3' 0.31 0.35 0.02 0.01 0.16 0.03 0.16 0.20 0.19 0.25 0.25 0.48 0.36 0.28 0.06 0.04 0.00 0.19 0.26 0.25 0.36 0.14 0.18
O4' 0.01 0.37 0.02 0.02 0.19 0.01 0.08 0.01 0.15 0.26 0.28 0.45 0.37 0.16 0.02 0.27 0.19 0.00 0.11 0.10 0.14 0.31 0.19
O5' 0.10 0.50 0.41 0.19 0.38 0.02 0.58 0.01 0.61 0.72 0.54 0.58 0.41 0.78 0.33 0.32 0.26 0.11 0.00 0.72 0.02 0.01 0.01
O6 0.04 0.03 0.16 0.49 0.02 0.20 0.02 0.38 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.41 0.25 0.10 0.72 0.00 1.27 1.47 1.13
OP1 0.30 0.75 0.72 0.54 0.65 0.24 0.96 0.19 1.06 0.89 0.91 0.79 0.61 1.15 0.50 0.70 0.36 0.14 0.02 1.27 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.95 0.62 0.24 0.79 0.18 1.13 0.24 1.25 1.06 1.11 1.03 0.76 1.35 0.62 0.75 0.14 0.31 0.01 1.47 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.71 0.53 0.28 0.60 0.05 0.88 0.02 0.96 0.93 0.83 0.77 0.56 1.11 0.49 0.51 0.18 0.19 0.01 1.13 0.01 0.01 0.00