ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48215

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 3, 4, 2, 3, 3, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.002, 0.019, 0.035, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.019 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.017, 0.037, 0.058, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.037 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.009, 0.035, 0.062, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.035 std_dev=0.027
O2 A 0, 0.001, 0.037, 0.074, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.037 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.496, 0.754, 1.013, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.754 std_dev=0.259
O2' B 0, 0.207, 0.475, 0.744, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.475 std_dev=0.268
C2' B 0, 0.345, 0.630, 0.915, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.630 std_dev=0.285
C2' A 0, 0.214, 0.536, 0.859, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.536 std_dev=0.323
O2' A 0, 0.896, 1.336, 1.777, 1.861 max_d=1.861 avg_d=1.336 std_dev=0.440
C4' A 0, 0.908, 1.369, 1.831, 1.777 max_d=1.777 avg_d=1.369 std_dev=0.461
O5' A 0, 1.243, 1.745, 2.246, 2.443 max_d=2.443 avg_d=1.745 std_dev=0.501
C3' A 0, 0.969, 1.511, 2.053, 1.961 max_d=1.961 avg_d=1.511 std_dev=0.542
C5' A 0, 1.157, 1.700, 2.243, 2.157 max_d=2.157 avg_d=1.700 std_dev=0.543
P A 0, 1.480, 2.180, 2.880, 3.025 max_d=3.025 avg_d=2.180 std_dev=0.700
C3' B 0, 1.103, 1.878, 2.652, 2.968 max_d=2.968 avg_d=1.878 std_dev=0.774
OP1 A 0, 1.077, 2.029, 2.981, 4.595 max_d=4.595 avg_d=2.029 std_dev=0.952
OP2 A 0, 1.811, 2.829, 3.846, 4.121 max_d=4.121 avg_d=2.829 std_dev=1.018
O3' A 0, 1.453, 2.482, 3.512, 3.458 max_d=3.458 avg_d=2.482 std_dev=1.030
C1' B 0, 1.609, 2.725, 3.841, 4.027 max_d=4.027 avg_d=2.725 std_dev=1.116
C8 B 0, 2.030, 3.307, 4.585, 5.280 max_d=5.280 avg_d=3.307 std_dev=1.277
OP2 B 0, 2.128, 3.455, 4.783, 5.615 max_d=5.615 avg_d=3.455 std_dev=1.328
N9 B 0, 2.257, 3.655, 5.052, 5.493 max_d=5.493 avg_d=3.655 std_dev=1.398
O3' B 0, 2.161, 3.616, 5.072, 4.848 max_d=4.848 avg_d=3.616 std_dev=1.455
C4' B 0, 2.028, 3.497, 4.966, 4.996 max_d=4.996 avg_d=3.497 std_dev=1.469
O4' B 0, 2.035, 3.694, 5.353, 5.479 max_d=5.479 avg_d=3.694 std_dev=1.659
O5' B 0, 2.676, 4.372, 6.069, 5.890 max_d=5.890 avg_d=4.372 std_dev=1.697
P B 0, 3.074, 4.964, 6.855, 6.933 max_d=6.933 avg_d=4.964 std_dev=1.890
N7 B 0, 2.846, 4.753, 6.660, 7.663 max_d=7.663 avg_d=4.753 std_dev=1.907
C4 B 0, 3.571, 5.552, 7.534, 8.042 max_d=8.042 avg_d=5.552 std_dev=1.981
C5' B 0, 2.965, 4.992, 7.019, 6.750 max_d=6.750 avg_d=4.992 std_dev=2.027
C5 B 0, 3.876, 6.140, 8.404, 9.256 max_d=9.256 avg_d=6.140 std_dev=2.264
N3 B 0, 4.475, 6.752, 9.029, 9.325 max_d=9.325 avg_d=6.752 std_dev=2.277
OP1 B 0, 4.281, 6.984, 9.687, 9.594 max_d=9.594 avg_d=6.984 std_dev=2.703
C2 B 0, 5.725, 8.565, 11.405, 11.745 max_d=11.745 avg_d=8.565 std_dev=2.840
C6 B 0, 5.266, 8.159, 11.052, 12.035 max_d=12.035 avg_d=8.159 std_dev=2.893
N1 B 0, 6.112, 9.235, 12.357, 13.016 max_d=13.016 avg_d=9.235 std_dev=3.123
N2 B 0, 6.776, 10.002, 13.228, 13.343 max_d=13.343 avg_d=10.002 std_dev=3.226
O6 B 0, 5.805, 9.075, 12.344, 13.696 max_d=13.696 avg_d=9.075 std_dev=3.270

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.03 0.24 0.00 0.14 0.33 0.46 0.19
C2 0.03 0.00 0.19 0.25 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.24 0.16 0.12 0.22 0.43 0.46 0.16
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.05 0.02 0.10 0.16 0.16 0.02 0.15 0.05 0.32 0.00 0.02 0.02 0.33 0.44 0.52 0.36
C3' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.36 0.00 0.36 0.02 0.31 0.22 0.32 0.39 0.22 0.04 0.01 0.02 0.07 0.55 0.33 0.23
C4 0.01 0.01 0.05 0.36 0.00 0.16 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.20 0.04 0.38 0.56 0.54 0.28
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.16 0.00 0.23 0.01 0.22 0.10 0.09 0.17 0.12 0.27 0.02 0.00 0.02 0.36 0.28 0.09
C5 0.01 0.01 0.10 0.36 0.00 0.23 0.00 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.40 0.26 0.11 0.42 0.58 0.52 0.31
C5' 0.05 0.09 0.16 0.02 0.22 0.01 0.29 0.00 0.26 0.10 0.14 0.25 0.13 0.11 0.17 0.01 0.01 0.27 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.31 0.01 0.22 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.20 0.15 0.33 0.46 0.46 0.22
N1 0.01 0.01 0.02 0.22 0.01 0.10 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.22 0.07 0.03 0.20 0.38 0.45 0.15
N3 0.02 0.00 0.15 0.32 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.28 0.15 0.09 0.29 0.50 0.50 0.21
N4 0.02 0.02 0.05 0.39 0.01 0.17 0.01 0.25 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.37 0.25 0.05 0.42 0.62 0.59 0.34
O2 0.06 0.00 0.32 0.22 0.01 0.12 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.29 0.31 0.20 0.18 0.42 0.46 0.17
O2' 0.03 0.24 0.00 0.04 0.35 0.27 0.40 0.11 0.36 0.22 0.28 0.37 0.29 0.00 0.07 0.18 0.22 0.45 0.55 0.30
O3' 0.24 0.16 0.02 0.01 0.20 0.02 0.26 0.17 0.20 0.07 0.15 0.25 0.31 0.07 0.00 0.17 0.26 0.96 0.52 0.51
O4' 0.00 0.12 0.02 0.02 0.04 0.00 0.11 0.01 0.15 0.03 0.09 0.05 0.20 0.18 0.17 0.00 0.13 0.27 0.41 0.13
O5' 0.14 0.22 0.33 0.07 0.38 0.02 0.42 0.01 0.33 0.20 0.29 0.42 0.18 0.22 0.26 0.13 0.00 0.04 0.04 0.01
OP1 0.33 0.43 0.44 0.55 0.56 0.36 0.58 0.27 0.46 0.38 0.50 0.62 0.42 0.45 0.96 0.27 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.46 0.46 0.52 0.33 0.54 0.28 0.52 0.24 0.46 0.45 0.50 0.59 0.46 0.55 0.52 0.41 0.04 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.16 0.36 0.23 0.28 0.09 0.31 0.02 0.22 0.15 0.21 0.34 0.17 0.30 0.51 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.46 2.06 0.25 0.26 1.42 0.31 1.67 0.34 2.09 1.05 2.28 2.30 1.56 1.43 0.96 0.20 0.37 0.28 0.22 2.25 0.33 0.69 0.27
C2 0.35 1.70 0.17 0.30 1.21 0.31 1.45 0.35 1.79 0.92 1.91 1.84 1.31 1.26 0.82 0.13 0.55 0.17 0.32 1.93 0.50 0.63 0.30
C2' 0.52 2.12 0.27 0.27 1.51 0.32 1.83 0.34 2.28 1.20 2.43 2.32 1.59 1.61 1.06 0.22 0.31 0.34 0.43 2.49 0.45 0.90 0.49
C3' 0.42 1.91 0.40 0.57 1.25 0.71 1.55 0.76 2.03 0.89 2.21 2.14 1.39 1.30 0.79 0.50 0.70 0.47 0.47 2.24 0.63 0.74 0.53
C4 0.30 1.35 0.15 0.32 1.05 0.35 1.24 0.37 1.46 0.83 1.49 1.37 1.10 1.10 0.73 0.12 0.59 0.16 0.33 1.53 0.51 0.64 0.32
C4' 0.48 1.98 0.34 0.51 1.31 0.74 1.55 0.82 2.01 0.88 2.22 2.25 1.49 1.28 0.84 0.36 0.63 0.55 0.49 2.20 0.69 0.70 0.57
C5 0.41 1.59 0.23 0.23 1.22 0.31 1.37 0.29 1.61 0.92 1.69 1.61 1.32 1.19 0.86 0.18 0.33 0.24 0.20 1.67 0.30 0.68 0.25
C5' 0.54 1.93 0.43 0.70 1.25 0.98 1.49 1.10 1.96 0.80 2.16 2.20 1.46 1.20 0.79 0.44 0.89 0.72 0.71 2.15 0.97 0.76 0.79
C6 0.47 1.91 0.26 0.26 1.37 0.34 1.57 0.34 1.90 1.01 2.04 2.04 1.52 1.34 0.94 0.21 0.34 0.29 0.20 1.99 0.30 0.70 0.28
N1 0.43 1.90 0.22 0.25 1.34 0.28 1.56 0.30 1.92 0.99 2.08 2.09 1.47 1.34 0.91 0.17 0.38 0.24 0.22 2.04 0.33 0.67 0.25
N3 0.30 1.49 0.13 0.37 1.09 0.39 1.33 0.45 1.62 0.86 1.68 1.57 1.16 1.17 0.73 0.12 0.70 0.16 0.40 1.75 0.62 0.63 0.37
N4 0.24 1.10 0.11 0.44 0.88 0.48 1.07 0.53 1.23 0.75 1.21 1.17 0.93 1.00 0.61 0.14 0.82 0.20 0.45 1.30 0.67 0.65 0.42
O2 0.34 1.72 0.15 0.34 1.20 0.34 1.47 0.41 1.85 0.93 1.97 1.89 1.30 1.28 0.81 0.12 0.63 0.17 0.36 2.03 0.58 0.62 0.34
O2' 0.90 2.51 0.62 0.59 1.88 0.59 2.21 0.63 2.68 1.58 2.84 2.72 1.95 1.99 1.43 0.49 0.55 0.77 0.87 2.90 0.82 1.25 0.90
O3' 0.40 1.97 0.39 0.55 1.28 0.68 1.56 0.75 2.05 0.89 2.25 2.24 1.43 1.30 0.81 0.48 0.67 0.43 0.51 2.26 0.65 0.75 0.56
O4' 0.51 2.03 0.32 0.38 1.37 0.57 1.58 0.62 2.00 0.95 2.21 2.30 1.56 1.31 0.91 0.27 0.47 0.48 0.32 2.15 0.50 0.63 0.41
O5' 0.50 1.82 0.51 0.84 1.18 1.07 1.43 1.16 1.90 0.75 2.07 2.04 1.36 1.15 0.72 0.56 1.10 0.71 0.76 2.10 1.03 0.80 0.83
OP1 0.91 1.96 0.86 1.07 1.39 1.34 1.65 1.47 2.10 1.08 2.22 2.15 1.55 1.43 1.03 0.83 1.31 1.06 1.10 2.35 1.34 1.07 1.14
OP2 0.58 1.37 0.61 1.08 0.86 1.40 1.20 1.53 1.62 0.76 1.68 1.52 0.92 1.07 0.57 0.67 1.42 1.01 1.15 1.86 1.38 1.14 1.21
P 0.54 1.67 0.50 0.90 1.06 1.23 1.33 1.36 1.79 0.71 1.93 1.87 1.23 1.10 0.64 0.53 1.23 0.86 0.94 2.02 1.23 0.91 1.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.05 0.05 0.02 0.01 0.02 0.22 0.01 0.29 0.04 0.18 0.25 0.19
C2 0.04 0.00 0.23 0.17 0.01 0.16 0.01 0.32 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.33 0.22 0.63 0.02 0.65 0.56 0.69
C2' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.12 0.01 0.05 0.15 0.10 0.14 0.17 0.28 0.23 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.23 0.08 0.35 0.61 0.31
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.17 0.00 0.24 0.02 0.24 0.30 0.20 0.17 0.15 0.31 0.18 0.02 0.01 0.02 0.11 0.27 0.27 0.53 0.24
C4 0.02 0.01 0.12 0.17 0.00 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.15 0.12 0.60 0.02 0.53 0.49 0.59
C4' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.10 0.00 0.10 0.01 0.12 0.14 0.14 0.19 0.15 0.13 0.07 0.24 0.02 0.00 0.03 0.12 0.14 0.34 0.09
C5 0.01 0.01 0.05 0.24 0.01 0.10 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.29 0.08 0.06 0.69 0.03 0.67 0.67 0.74
C5' 0.06 0.32 0.15 0.02 0.20 0.01 0.17 0.00 0.23 0.10 0.29 0.37 0.29 0.12 0.09 0.09 0.17 0.02 0.01 0.22 0.25 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.24 0.01 0.12 0.01 0.23 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.32 0.10 0.10 0.73 0.01 0.75 0.76 0.82
C8 0.02 0.02 0.14 0.30 0.01 0.14 0.01 0.10 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.28 0.21 0.11 0.67 0.06 0.59 0.55 0.63
N1 0.03 0.01 0.17 0.20 0.01 0.14 0.01 0.29 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.32 0.22 0.17 0.70 0.02 0.72 0.68 0.79
N2 0.05 0.01 0.28 0.17 0.02 0.19 0.02 0.37 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.35 0.44 0.26 0.62 0.04 0.69 0.54 0.70
N3 0.05 0.01 0.23 0.15 0.01 0.15 0.01 0.29 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.28 0.34 0.22 0.57 0.02 0.55 0.46 0.59
N7 0.02 0.01 0.09 0.31 0.01 0.13 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.31 0.21 0.06 0.73 0.06 0.73 0.74 0.77
N9 0.01 0.02 0.02 0.18 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.17 0.06 0.02 0.52 0.04 0.40 0.36 0.46
O2' 0.02 0.31 0.01 0.02 0.24 0.24 0.29 0.09 0.32 0.28 0.32 0.35 0.28 0.31 0.17 0.00 0.03 0.17 0.17 0.35 0.34 0.69 0.29
O3' 0.22 0.33 0.02 0.01 0.15 0.02 0.08 0.17 0.10 0.21 0.22 0.44 0.34 0.21 0.06 0.03 0.00 0.14 0.22 0.12 0.34 0.55 0.29
O4' 0.01 0.22 0.02 0.02 0.12 0.00 0.06 0.02 0.10 0.11 0.17 0.26 0.22 0.06 0.02 0.17 0.14 0.00 0.27 0.09 0.23 0.17 0.23
O5' 0.29 0.63 0.23 0.11 0.60 0.03 0.69 0.01 0.73 0.67 0.70 0.62 0.57 0.73 0.52 0.17 0.22 0.27 0.00 0.77 0.04 0.04 0.01
O6 0.04 0.02 0.08 0.27 0.02 0.12 0.03 0.22 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02 0.06 0.04 0.35 0.12 0.09 0.77 0.00 0.85 0.87 0.90
OP1 0.18 0.65 0.35 0.27 0.53 0.14 0.67 0.25 0.75 0.59 0.72 0.69 0.55 0.73 0.40 0.34 0.34 0.23 0.04 0.85 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.56 0.61 0.53 0.49 0.34 0.67 0.27 0.76 0.55 0.68 0.54 0.46 0.74 0.36 0.69 0.55 0.17 0.04 0.87 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.69 0.31 0.24 0.59 0.09 0.74 0.02 0.82 0.63 0.79 0.70 0.59 0.77 0.46 0.29 0.29 0.23 0.01 0.90 0.01 0.01 0.00