ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48219

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 2, 1, 0, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.010, 0.034, 0.058, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.034 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.012, 0.036, 0.060, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.024
C6 A 0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.035 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.010, 0.035, 0.061, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.035 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.030, 0.092, 0.155, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.092 std_dev=0.062
N4 A 0, 0.033, 0.117, 0.202, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.117 std_dev=0.084
C1' B 0, 0.014, 0.261, 0.508, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.261 std_dev=0.247
O4' B 0, 0.005, 0.275, 0.545, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.275 std_dev=0.270
C2' B 0, 0.040, 0.315, 0.589, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.315 std_dev=0.275
O2' B 0, 0.079, 0.368, 0.657, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.368 std_dev=0.289
O4' A 0, -0.221, 0.215, 0.651, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.215 std_dev=0.436
C2' A 0, -0.162, 0.287, 0.735, 1.804 max_d=1.804 avg_d=0.287 std_dev=0.449
O2' A 0, -0.065, 0.425, 0.915, 2.023 max_d=2.023 avg_d=0.425 std_dev=0.490
C4' A 0, -0.358, 0.329, 1.016, 2.684 max_d=2.684 avg_d=0.329 std_dev=0.687
C3' A 0, -0.354, 0.379, 1.111, 2.879 max_d=2.879 avg_d=0.379 std_dev=0.732
N9 B 0, -0.311, 0.523, 1.358, 3.312 max_d=3.312 avg_d=0.523 std_dev=0.834
C3' B 0, -0.337, 0.535, 1.407, 3.465 max_d=3.465 avg_d=0.535 std_dev=0.872
C4' B 0, -0.417, 0.518, 1.453, 3.706 max_d=3.706 avg_d=0.518 std_dev=0.935
O3' A 0, -0.516, 0.532, 1.580, 4.108 max_d=4.108 avg_d=0.532 std_dev=1.048
C5' A 0, -0.563, 0.561, 1.685, 4.410 max_d=4.410 avg_d=0.561 std_dev=1.124
C8 B 0, -0.448, 0.682, 1.812, 4.446 max_d=4.446 avg_d=0.682 std_dev=1.130
O3' B 0, -0.484, 0.660, 1.804, 4.527 max_d=4.527 avg_d=0.660 std_dev=1.144
O5' A 0, -0.572, 0.595, 1.762, 4.599 max_d=4.599 avg_d=0.595 std_dev=1.167
N3 B 0, -0.560, 0.728, 2.017, 5.052 max_d=5.052 avg_d=0.728 std_dev=1.289
C4 B 0, -0.597, 0.744, 2.085, 5.242 max_d=5.242 avg_d=0.744 std_dev=1.341
C5' B 0, -0.696, 0.711, 2.117, 5.530 max_d=5.530 avg_d=0.711 std_dev=1.406
P A 0, -0.684, 0.736, 2.156, 5.601 max_d=5.601 avg_d=0.736 std_dev=1.420
O5' B 0, -0.651, 0.852, 2.356, 5.730 max_d=5.730 avg_d=0.852 std_dev=1.504
OP1 A 0, -0.700, 0.829, 2.359, 6.064 max_d=6.064 avg_d=0.829 std_dev=1.529
OP2 B 0, -0.859, 0.722, 2.303, 6.179 max_d=6.179 avg_d=0.722 std_dev=1.581
N7 B 0, -0.806, 0.968, 2.742, 6.890 max_d=6.890 avg_d=0.968 std_dev=1.774
P B 0, -0.940, 0.879, 2.698, 7.118 max_d=7.118 avg_d=0.879 std_dev=1.819
C2 B 0, -0.889, 0.982, 2.853, 7.273 max_d=7.273 avg_d=0.982 std_dev=1.871
N2 B 0, -0.880, 1.018, 2.915, 7.395 max_d=7.395 avg_d=1.018 std_dev=1.898
C5 B 0, -0.913, 1.005, 2.922, 7.431 max_d=7.431 avg_d=1.005 std_dev=1.917
OP2 A 0, -1.002, 0.921, 2.843, 7.527 max_d=7.527 avg_d=0.921 std_dev=1.922
OP1 B 0, -1.033, 1.130, 3.294, 8.472 max_d=8.472 avg_d=1.130 std_dev=2.164
N1 B 0, -1.228, 1.236, 3.700, 9.521 max_d=9.521 avg_d=1.236 std_dev=2.464
C6 B 0, -1.269, 1.271, 3.812, 9.798 max_d=9.798 avg_d=1.271 std_dev=2.541
O6 B 0, -1.583, 1.524, 4.630, 11.940 max_d=11.940 avg_d=1.524 std_dev=3.106

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.22 0.18 0.21 0.12
C2 0.01 0.00 0.17 0.11 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.16 0.13 0.27 0.35 0.31 0.12
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.05 0.01 0.11 0.02 0.16 0.03 0.14 0.07 0.29 0.01 0.02 0.01 0.10 0.22 0.16 0.04
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.04 0.00 0.11 0.02 0.14 0.04 0.10 0.06 0.20 0.03 0.01 0.01 0.01 0.19 0.07 0.08
C4 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03 0.39 0.42 0.57 0.24
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.05 0.04 0.09 0.05 0.02 0.01 0.02 0.06 0.07 0.02
C5 0.02 0.01 0.11 0.11 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.14 0.10 0.44 0.38 0.67 0.31
C5' 0.02 0.14 0.02 0.02 0.09 0.00 0.08 0.00 0.09 0.06 0.14 0.10 0.19 0.05 0.04 0.01 0.01 0.08 0.18 0.01
C6 0.02 0.01 0.16 0.14 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.17 0.14 0.43 0.31 0.55 0.28
N1 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.31 0.29 0.36 0.17
N3 0.01 0.01 0.14 0.10 0.00 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.14 0.10 0.32 0.41 0.42 0.16
N4 0.02 0.02 0.07 0.06 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.07 0.03 0.39 0.45 0.63 0.26
O2 0.01 0.01 0.29 0.20 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.31 0.28 0.22 0.20 0.34 0.20 0.07
O2' 0.02 0.17 0.01 0.03 0.06 0.05 0.09 0.05 0.13 0.03 0.15 0.08 0.31 0.00 0.07 0.05 0.03 0.17 0.08 0.06
O3' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.05 0.02 0.14 0.04 0.17 0.04 0.14 0.07 0.28 0.07 0.00 0.02 0.20 0.16 0.10 0.21
O4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.14 0.02 0.10 0.03 0.22 0.05 0.02 0.00 0.23 0.06 0.13 0.15
O5' 0.22 0.27 0.10 0.01 0.39 0.02 0.44 0.01 0.43 0.31 0.32 0.39 0.20 0.03 0.20 0.23 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.18 0.35 0.22 0.19 0.42 0.06 0.38 0.08 0.31 0.29 0.41 0.45 0.34 0.17 0.16 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.31 0.16 0.07 0.57 0.07 0.67 0.18 0.55 0.36 0.42 0.63 0.20 0.08 0.10 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.12 0.04 0.08 0.24 0.02 0.31 0.01 0.28 0.17 0.16 0.26 0.07 0.06 0.21 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.53 0.21 0.15 0.31 0.06 0.47 0.51 0.65 0.23 0.69 0.58 0.31 0.40 0.15 0.16 0.36 0.13 0.84 0.76 1.19 0.43 0.79
C2 0.12 0.36 0.18 0.17 0.26 0.10 0.36 0.52 0.46 0.21 0.46 0.35 0.25 0.32 0.16 0.15 0.23 0.07 0.89 0.53 1.09 0.47 0.79
C2' 0.07 0.46 0.38 0.38 0.28 0.21 0.39 0.72 0.52 0.21 0.56 0.53 0.30 0.33 0.16 0.23 0.11 0.06 0.91 0.59 1.26 0.45 0.86
C3' 0.13 0.55 0.27 0.21 0.31 0.09 0.48 0.55 0.68 0.23 0.73 0.62 0.30 0.41 0.14 0.13 0.33 0.11 0.70 0.80 1.00 0.29 0.65
C4 0.09 0.38 0.14 0.11 0.30 0.09 0.40 0.38 0.48 0.24 0.47 0.36 0.28 0.35 0.19 0.11 0.24 0.07 0.73 0.52 0.68 0.16 0.51
C4' 0.24 0.66 0.08 0.10 0.36 0.21 0.62 0.33 0.90 0.27 0.93 0.70 0.33 0.53 0.13 0.22 0.67 0.23 0.60 1.09 0.92 0.27 0.57
C5 0.11 0.69 0.18 0.06 0.46 0.12 0.57 0.32 0.73 0.29 0.78 0.70 0.50 0.46 0.24 0.12 0.38 0.14 0.62 0.77 0.68 0.08 0.43
C5' 0.33 0.75 0.11 0.32 0.41 0.39 0.76 0.15 1.12 0.33 1.14 0.77 0.35 0.66 0.13 0.38 0.95 0.33 0.39 1.38 0.68 0.17 0.37
C6 0.12 0.74 0.20 0.09 0.45 0.10 0.59 0.39 0.79 0.29 0.86 0.81 0.49 0.48 0.22 0.13 0.41 0.14 0.68 0.86 0.88 0.20 0.56
N1 0.13 0.53 0.20 0.13 0.33 0.06 0.47 0.48 0.63 0.24 0.66 0.56 0.33 0.40 0.17 0.15 0.33 0.12 0.81 0.71 1.06 0.36 0.72
N3 0.10 0.33 0.15 0.16 0.26 0.12 0.34 0.48 0.41 0.21 0.40 0.31 0.25 0.30 0.17 0.13 0.18 0.05 0.86 0.46 0.91 0.39 0.70
N4 0.07 0.28 0.11 0.11 0.27 0.11 0.34 0.29 0.37 0.22 0.35 0.24 0.23 0.31 0.18 0.09 0.17 0.05 0.63 0.40 0.39 0.05 0.33
O2 0.13 0.34 0.18 0.19 0.25 0.12 0.33 0.56 0.42 0.20 0.42 0.34 0.25 0.30 0.16 0.16 0.19 0.06 0.95 0.49 1.21 0.59 0.89
O2' 0.07 0.44 0.42 0.44 0.28 0.25 0.37 0.78 0.49 0.21 0.52 0.50 0.29 0.32 0.17 0.25 0.06 0.07 0.99 0.55 1.42 0.55 0.98
O3' 0.10 0.53 0.36 0.33 0.31 0.16 0.46 0.64 0.64 0.25 0.68 0.59 0.31 0.40 0.17 0.15 0.22 0.09 0.72 0.75 1.04 0.31 0.69
O4' 0.28 0.62 0.11 0.18 0.34 0.27 0.58 0.26 0.85 0.25 0.87 0.65 0.31 0.50 0.14 0.29 0.72 0.28 0.67 1.03 0.99 0.31 0.61
O5' 0.72 0.52 0.46 0.69 0.12 0.80 0.44 0.35 0.85 0.09 0.91 0.60 0.12 0.31 0.27 0.69 1.31 0.75 0.29 1.12 0.29 0.43 0.22
OP1 0.14 1.28 0.16 0.15 0.87 0.16 1.27 0.29 1.70 0.76 1.76 1.24 0.79 1.14 0.54 0.20 0.81 0.10 0.38 1.95 0.55 0.26 0.36
OP2 1.29 0.23 1.15 1.44 0.36 1.42 0.24 0.99 0.74 0.43 0.74 0.24 0.46 0.17 0.72 1.40 2.07 1.28 0.85 1.15 0.76 0.97 0.85
P 0.70 0.72 0.52 0.82 0.27 0.86 0.67 0.43 1.15 0.15 1.21 0.76 0.24 0.53 0.20 0.77 1.47 0.73 0.32 1.47 0.30 0.49 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.19 0.03 0.60 0.45 0.33
C2 0.04 0.00 0.32 0.36 0.01 0.23 0.01 0.43 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.09 0.07 0.28 0.01 0.28 0.44 0.24
C2' 0.00 0.32 0.00 0.01 0.16 0.02 0.06 0.09 0.12 0.20 0.23 0.39 0.32 0.13 0.03 0.01 0.02 0.01 0.49 0.08 0.65 0.55 0.44
C3' 0.02 0.36 0.01 0.00 0.16 0.00 0.06 0.01 0.13 0.18 0.27 0.47 0.34 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.09 0.36 0.37 0.16
C4 0.02 0.01 0.16 0.16 0.00 0.10 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.04 0.12 0.01 0.66 0.63 0.45
C4' 0.01 0.23 0.02 0.00 0.10 0.00 0.03 0.00 0.07 0.16 0.17 0.31 0.22 0.12 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.35 0.31 0.04
C5 0.02 0.01 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.08 0.02 0.27 0.01 0.97 0.88 0.69
C5' 0.04 0.43 0.09 0.01 0.14 0.00 0.08 0.00 0.12 0.36 0.30 0.60 0.39 0.29 0.10 0.06 0.05 0.01 0.01 0.09 0.38 0.40 0.02
C6 0.02 0.00 0.12 0.13 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.03 0.20 0.01 0.85 0.86 0.62
C8 0.01 0.01 0.20 0.18 0.00 0.16 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.14 0.06 0.58 0.02 1.36 1.00 0.97
N1 0.03 0.00 0.23 0.27 0.01 0.17 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.05 0.18 0.01 0.49 0.64 0.38
N2 0.04 0.00 0.39 0.47 0.01 0.31 0.01 0.60 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.13 0.09 0.44 0.01 0.28 0.29 0.28
N3 0.04 0.00 0.32 0.34 0.00 0.22 0.00 0.39 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.08 0.07 0.22 0.01 0.32 0.40 0.22
N7 0.01 0.01 0.13 0.11 0.00 0.12 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.12 0.05 0.52 0.02 1.39 1.10 0.99
N9 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.09 0.01 0.28 0.02 0.87 0.69 0.58
O2' 0.02 0.12 0.01 0.01 0.05 0.02 0.09 0.06 0.08 0.17 0.08 0.17 0.12 0.16 0.06 0.00 0.04 0.02 0.49 0.10 0.65 0.50 0.42
O3' 0.10 0.09 0.02 0.00 0.06 0.02 0.08 0.05 0.07 0.14 0.07 0.13 0.08 0.12 0.09 0.04 0.00 0.09 0.18 0.08 0.33 0.25 0.08
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.05 0.09 0.07 0.05 0.01 0.02 0.09 0.00 0.12 0.03 0.38 0.34 0.17
O5' 0.19 0.28 0.49 0.33 0.12 0.01 0.27 0.01 0.20 0.58 0.18 0.44 0.22 0.52 0.28 0.49 0.18 0.12 0.00 0.26 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.10 0.08 0.03 0.26 0.00 1.01 0.98 0.74
OP1 0.60 0.28 0.65 0.36 0.66 0.35 0.97 0.38 0.85 1.36 0.49 0.28 0.32 1.39 0.87 0.65 0.33 0.38 0.02 1.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.45 0.44 0.55 0.37 0.63 0.31 0.88 0.40 0.86 1.00 0.64 0.29 0.40 1.10 0.69 0.50 0.25 0.34 0.02 0.98 0.01 0.00 0.01
P 0.33 0.24 0.44 0.16 0.45 0.04 0.69 0.02 0.62 0.97 0.38 0.28 0.22 0.99 0.58 0.42 0.08 0.17 0.01 0.74 0.01 0.01 0.00