ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48222

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 3, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.002, 0.020, 0.037, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.002, 0.019, 0.037, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.019 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.014, 0.040, 0.065, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.040 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.010, 0.073, 0.136, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.073 std_dev=0.063
O4' A 0, 0.006, 0.095, 0.184, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.095 std_dev=0.089
C2' A 0, 0.025, 0.131, 0.237, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.131 std_dev=0.106
C4' A 0, 0.033, 0.170, 0.308, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.170 std_dev=0.137
O2' A 0, 0.071, 0.227, 0.383, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.227 std_dev=0.156
C3' A 0, 0.057, 0.226, 0.394, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.226 std_dev=0.168
C5' A 0, 0.047, 0.290, 0.533, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.290 std_dev=0.243
O3' A 0, 0.096, 0.377, 0.657, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.377 std_dev=0.280
O5' A 0, 0.055, 0.337, 0.619, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.337 std_dev=0.282
C1' B 0, 0.113, 0.419, 0.724, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.419 std_dev=0.306
O4' B 0, 0.108, 0.424, 0.740, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.424 std_dev=0.316
C2' B 0, 0.051, 0.390, 0.730, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.390 std_dev=0.340
O2' B 0, 0.085, 0.441, 0.797, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.441 std_dev=0.356
C3' B 0, 0.217, 0.583, 0.948, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.583 std_dev=0.365
P A 0, 0.006, 0.412, 0.818, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.412 std_dev=0.406
N9 B 0, 0.187, 0.596, 1.006, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.596 std_dev=0.410
OP1 A 0, 0.153, 0.572, 0.991, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.572 std_dev=0.419
C4' B 0, 0.189, 0.633, 1.077, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.633 std_dev=0.444
OP2 A 0, 0.094, 0.586, 1.078, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.586 std_dev=0.492
N7 B 0, 0.313, 0.854, 1.395, 1.956 max_d=1.956 avg_d=0.854 std_dev=0.541
O3' B 0, 0.221, 0.774, 1.327, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.774 std_dev=0.553
C8 B 0, 0.163, 0.768, 1.372, 2.205 max_d=2.205 avg_d=0.768 std_dev=0.605
O5' B 0, 0.402, 1.012, 1.622, 1.928 max_d=1.928 avg_d=1.012 std_dev=0.610
C5' B 0, 0.145, 0.911, 1.677, 2.414 max_d=2.414 avg_d=0.911 std_dev=0.766
C5 B 0, 0.150, 1.251, 2.353, 3.300 max_d=3.300 avg_d=1.251 std_dev=1.102
P B 0, 0.226, 1.469, 2.713, 3.600 max_d=3.600 avg_d=1.469 std_dev=1.244
C4 B 0, -0.038, 1.215, 2.468, 3.619 max_d=3.619 avg_d=1.215 std_dev=1.253
OP2 B 0, 0.364, 1.709, 3.053, 3.994 max_d=3.994 avg_d=1.709 std_dev=1.345
C6 B 0, -0.055, 1.905, 3.865, 5.597 max_d=5.597 avg_d=1.905 std_dev=1.960
O6 B 0, 0.126, 2.090, 4.054, 5.743 max_d=5.743 avg_d=2.090 std_dev=1.964
OP1 B 0, 0.349, 2.413, 4.476, 6.007 max_d=6.007 avg_d=2.413 std_dev=2.064
N3 B 0, -0.303, 1.857, 4.016, 5.891 max_d=5.891 avg_d=1.857 std_dev=2.159
N1 B 0, -0.437, 2.478, 5.393, 7.915 max_d=7.915 avg_d=2.478 std_dev=2.915
C2 B 0, -0.508, 2.482, 5.473, 8.015 max_d=8.015 avg_d=2.482 std_dev=2.991
N2 B 0, -0.748, 3.224, 7.196, 10.460 max_d=10.460 avg_d=3.224 std_dev=3.972

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.16 0.08
C2 0.03 0.00 0.05 0.06 0.03 0.03 0.03 0.08 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.06 0.03 0.14 0.22 0.29 0.20
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.02 0.07 0.02 0.07 0.02 0.05 0.06 0.10 0.02 0.02 0.01 0.05 0.17 0.11 0.07
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.11 0.01 0.16 0.02 0.16 0.07 0.08 0.11 0.08 0.03 0.01 0.01 0.07 0.21 0.12 0.10
C4 0.04 0.03 0.04 0.11 0.00 0.07 0.01 0.15 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.05 0.15 0.03 0.21 0.34 0.40 0.29
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.05 0.07 0.04 0.07 0.02 0.01 0.02 0.15 0.06 0.03
C5 0.01 0.03 0.07 0.16 0.01 0.10 0.00 0.18 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.20 0.02 0.23 0.35 0.41 0.30
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.15 0.01 0.18 0.00 0.15 0.09 0.12 0.16 0.05 0.07 0.03 0.02 0.01 0.14 0.03 0.02
C6 0.00 0.02 0.07 0.16 0.02 0.09 0.01 0.15 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.18 0.02 0.21 0.27 0.32 0.24
N1 0.01 0.02 0.02 0.07 0.03 0.04 0.02 0.09 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.07 0.01 0.14 0.19 0.26 0.17
N3 0.04 0.02 0.05 0.08 0.02 0.05 0.02 0.12 0.02 0.03 0.00 0.05 0.03 0.07 0.10 0.04 0.18 0.29 0.35 0.25
N4 0.05 0.06 0.06 0.11 0.02 0.07 0.01 0.16 0.02 0.05 0.05 0.00 0.08 0.07 0.16 0.05 0.21 0.38 0.42 0.31
O2 0.04 0.01 0.10 0.08 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.02 0.03 0.08 0.00 0.13 0.11 0.04 0.10 0.17 0.25 0.16
O2' 0.01 0.07 0.02 0.03 0.05 0.07 0.04 0.07 0.05 0.01 0.07 0.07 0.13 0.00 0.06 0.06 0.06 0.22 0.09 0.08
O3' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.15 0.02 0.20 0.03 0.18 0.07 0.10 0.16 0.11 0.06 0.00 0.02 0.09 0.28 0.19 0.14
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.06 0.02 0.00 0.07 0.10 0.16 0.08
O5' 0.07 0.14 0.05 0.07 0.21 0.02 0.23 0.01 0.21 0.14 0.18 0.21 0.10 0.06 0.09 0.07 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.12 0.22 0.17 0.21 0.34 0.15 0.35 0.14 0.27 0.19 0.29 0.38 0.17 0.22 0.28 0.10 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.16 0.29 0.11 0.12 0.40 0.06 0.41 0.03 0.32 0.26 0.35 0.42 0.25 0.09 0.19 0.16 0.02 0.03 0.00 0.02
P 0.08 0.20 0.07 0.10 0.29 0.03 0.30 0.02 0.24 0.17 0.25 0.31 0.16 0.08 0.14 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 1.88 0.11 0.20 0.85 0.27 0.70 0.40 1.15 0.35 1.70 2.43 1.47 0.19 0.26 0.12 0.35 0.13 0.28 1.09 0.31 0.86 0.26
C2 0.15 1.74 0.14 0.17 0.84 0.20 0.74 0.29 1.17 0.24 1.64 2.16 1.35 0.21 0.27 0.17 0.27 0.13 0.37 1.14 0.57 1.04 0.46
C2' 0.19 2.21 0.15 0.21 0.95 0.29 0.76 0.38 1.31 0.51 1.99 2.91 1.70 0.27 0.28 0.14 0.34 0.17 0.34 1.22 0.40 0.82 0.28
C3' 0.30 2.13 0.27 0.33 0.88 0.43 0.68 0.51 1.18 0.64 1.87 2.86 1.65 0.38 0.31 0.26 0.45 0.29 0.39 1.08 0.42 0.57 0.20
C4 0.20 1.19 0.19 0.16 0.67 0.16 0.62 0.23 0.88 0.17 1.14 1.38 0.97 0.28 0.29 0.23 0.22 0.15 0.42 0.86 0.60 0.96 0.48
C4' 0.22 1.83 0.19 0.30 0.77 0.40 0.59 0.54 1.03 0.51 1.61 2.45 1.43 0.30 0.25 0.18 0.46 0.21 0.35 0.95 0.42 0.56 0.18
C5 0.17 1.13 0.15 0.17 0.61 0.21 0.52 0.34 0.75 0.20 1.03 1.34 0.95 0.21 0.25 0.20 0.25 0.13 0.30 0.71 0.32 0.74 0.25
C5' 0.31 1.55 0.29 0.40 0.64 0.52 0.49 0.66 0.83 0.58 1.33 2.10 1.23 0.39 0.30 0.28 0.56 0.31 0.46 0.75 0.65 0.33 0.35
C6 0.16 1.42 0.13 0.19 0.70 0.26 0.57 0.40 0.88 0.27 1.27 1.77 1.17 0.20 0.25 0.15 0.31 0.14 0.28 0.83 0.29 0.73 0.20
N1 0.15 1.71 0.13 0.19 0.81 0.24 0.68 0.36 1.08 0.29 1.56 2.15 1.36 0.19 0.26 0.15 0.30 0.13 0.30 1.02 0.36 0.88 0.30
N3 0.18 1.50 0.18 0.17 0.78 0.17 0.72 0.22 1.09 0.18 1.45 1.79 1.18 0.27 0.29 0.21 0.23 0.15 0.43 1.07 0.71 1.10 0.56
N4 0.28 0.84 0.25 0.20 0.58 0.19 0.60 0.19 0.76 0.26 0.87 0.89 0.70 0.40 0.35 0.29 0.23 0.24 0.56 0.76 0.82 1.03 0.64
O2 0.16 1.90 0.15 0.18 0.89 0.21 0.79 0.28 1.29 0.26 1.81 2.39 1.45 0.21 0.28 0.17 0.27 0.14 0.38 1.27 0.65 1.12 0.52
O2' 0.18 2.28 0.14 0.19 0.97 0.28 0.80 0.37 1.38 0.50 2.08 3.02 1.73 0.27 0.28 0.14 0.35 0.15 0.32 1.31 0.41 0.90 0.31
O3' 0.43 2.25 0.42 0.44 0.90 0.52 0.70 0.56 1.23 0.83 1.98 3.08 1.71 0.56 0.42 0.42 0.55 0.39 0.45 1.12 0.48 0.49 0.24
O4' 0.17 1.70 0.14 0.25 0.77 0.33 0.62 0.49 1.02 0.34 1.52 2.21 1.35 0.20 0.25 0.14 0.41 0.16 0.29 0.96 0.31 0.72 0.19
O5' 0.33 1.43 0.29 0.41 0.62 0.56 0.47 0.69 0.76 0.55 1.20 1.90 1.16 0.39 0.31 0.25 0.56 0.36 0.49 0.68 0.69 0.23 0.40
OP1 0.66 0.91 0.70 0.81 0.44 0.87 0.48 0.94 0.49 0.92 0.73 1.33 0.71 0.77 0.61 0.70 0.96 0.66 0.82 0.49 1.15 0.48 0.83
OP2 0.50 0.82 0.45 0.68 0.42 0.88 0.37 0.95 0.45 0.59 0.67 1.09 0.70 0.47 0.42 0.33 0.82 0.62 0.78 0.42 1.03 0.47 0.79
P 0.46 0.98 0.45 0.60 0.45 0.74 0.39 0.84 0.51 0.64 0.80 1.34 0.81 0.50 0.41 0.40 0.75 0.51 0.68 0.47 0.99 0.30 0.68

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.01 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.18 0.02 0.40 0.51 0.28
C2 0.05 0.00 0.49 0.97 0.03 0.61 0.02 0.84 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.14 1.03 0.21 1.20 0.02 1.41 1.72 1.49
C2' 0.01 0.49 0.00 0.01 0.28 0.02 0.20 0.06 0.29 0.13 0.42 0.57 0.47 0.05 0.07 0.01 0.10 0.01 0.27 0.25 0.59 0.47 0.34
C3' 0.01 0.97 0.01 0.00 0.45 0.01 0.24 0.03 0.43 0.40 0.74 1.21 0.92 0.23 0.07 0.04 0.02 0.03 0.32 0.32 0.80 0.43 0.41
C4 0.02 0.03 0.28 0.45 0.00 0.24 0.01 0.23 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.08 0.47 0.09 0.44 0.02 0.47 0.78 0.51
C4' 0.01 0.61 0.02 0.01 0.24 0.00 0.06 0.01 0.16 0.41 0.41 0.80 0.60 0.31 0.07 0.07 0.03 0.01 0.04 0.07 0.40 0.35 0.07
C5 0.01 0.02 0.20 0.24 0.01 0.06 0.00 0.20 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.11 0.28 0.02 0.26 0.02 0.70 0.63 0.43
C5' 0.10 0.84 0.06 0.03 0.23 0.01 0.20 0.00 0.15 0.80 0.52 1.19 0.78 0.69 0.25 0.05 0.03 0.03 0.01 0.17 0.28 0.36 0.04
C6 0.01 0.02 0.29 0.43 0.01 0.16 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.11 0.48 0.03 0.37 0.01 0.49 0.83 0.47
C8 0.02 0.03 0.13 0.40 0.01 0.41 0.01 0.80 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.12 0.34 0.16 0.86 0.04 1.46 0.90 1.09
N1 0.04 0.01 0.42 0.74 0.02 0.41 0.02 0.52 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.12 0.81 0.12 0.84 0.02 0.83 1.38 1.03
N2 0.06 0.00 0.57 1.21 0.03 0.80 0.02 1.19 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.19 1.32 0.27 1.62 0.03 2.18 2.30 2.11
N3 0.05 0.01 0.47 0.92 0.01 0.60 0.02 0.78 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.14 0.93 0.23 1.09 0.03 1.24 1.41 1.27
N7 0.01 0.03 0.05 0.23 0.01 0.31 0.01 0.69 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.13 0.20 0.14 0.73 0.04 1.52 0.83 1.03
N9 0.00 0.04 0.07 0.07 0.01 0.07 0.02 0.25 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.06 0.09 0.02 0.27 0.03 0.59 0.56 0.41
O2' 0.02 0.14 0.01 0.04 0.08 0.07 0.11 0.05 0.11 0.12 0.12 0.19 0.14 0.13 0.06 0.00 0.17 0.06 0.19 0.14 0.63 0.36 0.26
O3' 0.06 1.03 0.10 0.02 0.47 0.03 0.28 0.03 0.48 0.34 0.81 1.32 0.93 0.20 0.09 0.17 0.00 0.02 0.30 0.38 1.03 0.28 0.44
O4' 0.01 0.21 0.01 0.03 0.09 0.01 0.02 0.03 0.03 0.16 0.12 0.27 0.23 0.14 0.02 0.06 0.02 0.00 0.11 0.04 0.29 0.52 0.20
O5' 0.18 1.20 0.27 0.32 0.44 0.04 0.26 0.01 0.37 0.86 0.84 1.62 1.09 0.73 0.27 0.19 0.30 0.11 0.00 0.29 0.04 0.03 0.03
O6 0.02 0.02 0.25 0.32 0.02 0.07 0.02 0.17 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.14 0.38 0.04 0.29 0.00 0.73 0.72 0.45
OP1 0.40 1.41 0.59 0.80 0.47 0.40 0.70 0.28 0.49 1.46 0.83 2.18 1.24 1.52 0.59 0.63 1.03 0.29 0.04 0.73 0.00 0.03 0.02
OP2 0.51 1.72 0.47 0.43 0.78 0.35 0.63 0.36 0.83 0.90 1.38 2.30 1.41 0.83 0.56 0.36 0.28 0.52 0.03 0.72 0.03 0.00 0.01
P 0.28 1.49 0.34 0.41 0.51 0.07 0.43 0.04 0.47 1.09 1.03 2.11 1.27 1.03 0.41 0.26 0.44 0.20 0.03 0.45 0.02 0.01 0.00