ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48223

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 1, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.013, 0.034, 0.056, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.034 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.010, 0.036, 0.062, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.036 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.017, 0.138, 0.259, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.138 std_dev=0.121
O4' A 0, 0.008, 0.136, 0.264, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.136 std_dev=0.128
O2' A 0, 0.078, 0.210, 0.342, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.210 std_dev=0.132
C4' A 0, 0.051, 0.219, 0.387, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.219 std_dev=0.168
C3' A 0, 0.049, 0.233, 0.416, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.233 std_dev=0.183
C1' B 0, 0.058, 0.283, 0.507, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.283 std_dev=0.224
C2' B 0, 0.149, 0.382, 0.615, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.382 std_dev=0.233
N9 B 0, 0.093, 0.347, 0.601, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.347 std_dev=0.254
O2' B 0, 0.168, 0.422, 0.676, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.422 std_dev=0.254
O4' B 0, 0.158, 0.415, 0.672, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.415 std_dev=0.257
O3' A 0, 0.073, 0.332, 0.591, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.332 std_dev=0.259
N3 B 0, 0.173, 0.441, 0.709, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.441 std_dev=0.268
C4 B 0, 0.149, 0.424, 0.699, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.424 std_dev=0.275
C8 B 0, 0.138, 0.427, 0.716, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.427 std_dev=0.289
C3' B 0, 0.140, 0.452, 0.764, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.452 std_dev=0.312
C5' A 0, 0.084, 0.398, 0.713, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.398 std_dev=0.314
O5' A 0, 0.217, 0.536, 0.854, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.536 std_dev=0.319
C2 B 0, 0.223, 0.546, 0.869, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.546 std_dev=0.323
P A 0, 0.217, 0.543, 0.868, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.543 std_dev=0.326
C5 B 0, 0.192, 0.521, 0.851, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.521 std_dev=0.329
C4' B 0, 0.155, 0.484, 0.814, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.484 std_dev=0.330
OP2 A 0, 0.265, 0.597, 0.929, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.597 std_dev=0.332
N7 B 0, 0.189, 0.526, 0.864, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.526 std_dev=0.337
O5' B 0, 0.179, 0.531, 0.883, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.531 std_dev=0.352
N2 B 0, 0.254, 0.606, 0.958, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.606 std_dev=0.352
O3' B 0, 0.084, 0.443, 0.802, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.443 std_dev=0.359
N1 B 0, 0.259, 0.627, 0.994, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.627 std_dev=0.368
C6 B 0, 0.251, 0.629, 1.007, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.629 std_dev=0.378
OP1 A 0, 0.233, 0.667, 1.101, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.667 std_dev=0.434
O6 B 0, 0.304, 0.739, 1.174, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.739 std_dev=0.435
C5' B 0, 0.212, 0.647, 1.083, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.647 std_dev=0.435
P B 0, 0.244, 0.718, 1.191, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.718 std_dev=0.474
OP2 B 0, 0.224, 0.714, 1.205, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.714 std_dev=0.491
OP1 B 0, 0.282, 0.840, 1.397, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.840 std_dev=0.557

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.13 0.09 0.25 0.10
C2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.03 0.22 0.08 0.22 0.07
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.08 0.00 0.02 0.01 0.02 0.08 0.28 0.12
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.07 0.07 0.07 0.01 0.01 0.00 0.07 0.11 0.24 0.12
C4 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01 0.31 0.10 0.16 0.09
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.03 0.06 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.14 0.17 0.06
C5 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.03 0.33 0.10 0.17 0.09
C5' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.12 0.00 0.14 0.00 0.11 0.06 0.08 0.13 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.18 0.06 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.29 0.08 0.22 0.08
N1 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.22 0.08 0.23 0.08
N3 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.02 0.27 0.09 0.18 0.07
N4 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.01 0.33 0.11 0.15 0.11
O2 0.03 0.00 0.08 0.07 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.10 0.05 0.17 0.08 0.23 0.09
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.06 0.05 0.10 0.00 0.03 0.05 0.02 0.12 0.26 0.09
O3' 0.03 0.07 0.02 0.01 0.07 0.03 0.09 0.02 0.08 0.05 0.07 0.08 0.10 0.03 0.00 0.02 0.16 0.18 0.24 0.14
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.02 0.00 0.15 0.13 0.23 0.13
O5' 0.13 0.22 0.02 0.07 0.31 0.01 0.33 0.01 0.29 0.22 0.27 0.33 0.17 0.02 0.16 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.09 0.08 0.08 0.11 0.10 0.14 0.10 0.18 0.08 0.08 0.09 0.11 0.08 0.12 0.18 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.22 0.28 0.24 0.16 0.17 0.17 0.06 0.22 0.23 0.18 0.15 0.23 0.26 0.24 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.07 0.12 0.12 0.09 0.06 0.09 0.02 0.08 0.08 0.07 0.11 0.09 0.09 0.14 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.28 0.10 0.11 0.23 0.15 0.24 0.17 0.26 0.21 0.28 0.31 0.25 0.23 0.20 0.11 0.10 0.16 0.12 0.26 0.14 0.12 0.11
C2 0.16 0.23 0.13 0.11 0.23 0.14 0.25 0.14 0.26 0.25 0.25 0.22 0.22 0.26 0.22 0.15 0.09 0.17 0.14 0.26 0.15 0.13 0.11
C2' 0.13 0.26 0.08 0.09 0.21 0.13 0.22 0.14 0.24 0.19 0.27 0.30 0.23 0.21 0.17 0.08 0.10 0.13 0.08 0.24 0.14 0.13 0.09
C3' 0.16 0.27 0.11 0.09 0.23 0.13 0.24 0.15 0.25 0.22 0.27 0.31 0.25 0.23 0.20 0.12 0.09 0.16 0.11 0.25 0.12 0.09 0.08
C4 0.12 0.10 0.12 0.12 0.14 0.12 0.15 0.11 0.13 0.20 0.10 0.10 0.11 0.19 0.16 0.15 0.12 0.11 0.11 0.12 0.16 0.13 0.11
C4' 0.17 0.27 0.13 0.11 0.23 0.15 0.23 0.17 0.25 0.22 0.27 0.30 0.25 0.23 0.21 0.15 0.10 0.17 0.13 0.25 0.14 0.11 0.11
C5 0.10 0.11 0.09 0.13 0.11 0.15 0.11 0.16 0.10 0.15 0.10 0.14 0.11 0.14 0.12 0.10 0.16 0.09 0.08 0.10 0.17 0.14 0.12
C5' 0.20 0.29 0.17 0.15 0.25 0.18 0.25 0.21 0.27 0.24 0.29 0.31 0.27 0.25 0.23 0.21 0.14 0.19 0.17 0.26 0.18 0.14 0.15
C6 0.11 0.18 0.08 0.11 0.15 0.15 0.15 0.17 0.16 0.16 0.17 0.21 0.17 0.16 0.14 0.09 0.13 0.10 0.09 0.15 0.16 0.13 0.11
N1 0.14 0.23 0.10 0.11 0.21 0.14 0.21 0.15 0.23 0.20 0.23 0.25 0.21 0.22 0.18 0.11 0.10 0.14 0.11 0.22 0.15 0.13 0.11
N3 0.16 0.16 0.13 0.12 0.20 0.12 0.23 0.13 0.21 0.25 0.18 0.14 0.16 0.25 0.21 0.16 0.10 0.16 0.14 0.21 0.16 0.14 0.12
N4 0.12 0.07 0.13 0.13 0.10 0.11 0.11 0.10 0.07 0.19 0.05 0.08 0.08 0.16 0.15 0.18 0.12 0.11 0.13 0.07 0.18 0.14 0.12
O2 0.18 0.28 0.14 0.12 0.27 0.15 0.31 0.16 0.32 0.28 0.31 0.27 0.26 0.31 0.25 0.16 0.09 0.20 0.16 0.33 0.15 0.15 0.13
O2' 0.13 0.28 0.09 0.09 0.21 0.15 0.22 0.16 0.25 0.18 0.28 0.33 0.24 0.20 0.17 0.09 0.09 0.15 0.10 0.25 0.14 0.13 0.10
O3' 0.17 0.28 0.11 0.08 0.23 0.13 0.24 0.14 0.26 0.23 0.28 0.32 0.25 0.24 0.21 0.12 0.08 0.16 0.11 0.26 0.11 0.08 0.07
O4' 0.15 0.27 0.11 0.10 0.22 0.15 0.22 0.18 0.24 0.20 0.27 0.30 0.24 0.21 0.19 0.12 0.09 0.16 0.13 0.24 0.14 0.12 0.11
O5' 0.36 0.47 0.33 0.34 0.42 0.39 0.40 0.42 0.43 0.36 0.46 0.51 0.46 0.37 0.38 0.35 0.34 0.36 0.36 0.41 0.34 0.31 0.33
OP1 0.08 0.14 0.10 0.13 0.09 0.19 0.11 0.27 0.11 0.14 0.13 0.20 0.11 0.14 0.10 0.14 0.16 0.08 0.14 0.11 0.25 0.21 0.21
OP2 0.09 0.11 0.09 0.14 0.11 0.21 0.13 0.29 0.12 0.15 0.11 0.13 0.10 0.16 0.12 0.14 0.19 0.09 0.15 0.14 0.25 0.17 0.20
P 0.10 0.19 0.10 0.12 0.14 0.19 0.14 0.27 0.15 0.14 0.17 0.23 0.17 0.14 0.12 0.15 0.14 0.09 0.15 0.14 0.21 0.16 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.07 0.00 0.04 0.02 0.07 0.13 0.06
C2 0.04 0.00 0.03 0.08 0.00 0.14 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.12 0.14 0.13 0.01 0.09 0.04 0.11
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.03 0.08 0.11 0.06
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.06 0.10 0.07 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.08 0.09 0.05
C4 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.08 0.08 0.12 0.01 0.06 0.09 0.08
C4' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.11 0.06 0.13 0.16 0.11 0.07 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.11 0.04 0.08 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.08 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.06 0.06 0.17 0.00 0.10 0.12 0.13
C5' 0.03 0.22 0.04 0.01 0.16 0.01 0.19 0.00 0.23 0.13 0.24 0.23 0.18 0.17 0.10 0.02 0.03 0.01 0.01 0.25 0.03 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.11 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.07 0.10 0.19 0.00 0.11 0.10 0.15
C8 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03 0.16 0.01 0.14 0.19 0.15
N1 0.03 0.00 0.02 0.06 0.01 0.13 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.13 0.17 0.01 0.10 0.06 0.14
N2 0.05 0.00 0.05 0.10 0.00 0.16 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.15 0.13 0.01 0.12 0.04 0.12
N3 0.04 0.00 0.04 0.07 0.00 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.13 0.10 0.01 0.07 0.06 0.07
N7 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.07 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.02 0.19 0.01 0.14 0.18 0.16
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.10 0.01 0.07 0.13 0.07
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.07 0.02 0.08 0.02 0.10 0.06 0.10 0.11 0.09 0.08 0.04 0.00 0.04 0.01 0.11 0.11 0.09 0.11 0.07
O3' 0.07 0.12 0.02 0.01 0.08 0.03 0.06 0.03 0.07 0.05 0.10 0.15 0.12 0.05 0.06 0.04 0.00 0.10 0.05 0.06 0.10 0.10 0.06
O4' 0.00 0.14 0.01 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.10 0.03 0.13 0.15 0.13 0.02 0.02 0.01 0.10 0.00 0.07 0.09 0.09 0.18 0.10
O5' 0.04 0.13 0.09 0.05 0.12 0.01 0.17 0.01 0.19 0.16 0.17 0.13 0.10 0.19 0.10 0.11 0.05 0.07 0.00 0.21 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.11 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.06 0.09 0.21 0.00 0.13 0.13 0.18
OP1 0.07 0.09 0.08 0.08 0.06 0.04 0.10 0.03 0.11 0.14 0.10 0.12 0.07 0.14 0.07 0.09 0.10 0.09 0.02 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.04 0.11 0.09 0.09 0.08 0.12 0.02 0.10 0.19 0.06 0.04 0.06 0.18 0.13 0.11 0.10 0.18 0.02 0.13 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.11 0.06 0.05 0.08 0.02 0.13 0.01 0.15 0.15 0.14 0.12 0.07 0.16 0.07 0.07 0.06 0.10 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00