ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48224

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 0, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.015, 0.028, 0.040, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.028 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.016, 0.029, 0.042, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.029 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.018, 0.032, 0.046, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.032 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.020, 0.034, 0.049, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.034 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.014, 0.030, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.030 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.037, 0.068, 0.098, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.068 std_dev=0.031
N4 A 0, 0.037, 0.069, 0.100, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.069 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.080, 0.153, 0.226, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.153 std_dev=0.073
C2' A 0, 0.137, 0.244, 0.351, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.244 std_dev=0.107
C4' A 0, 0.166, 0.299, 0.432, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.299 std_dev=0.133
C3' B 0, 0.136, 0.278, 0.419, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.278 std_dev=0.141
C3' A 0, 0.209, 0.380, 0.550, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.380 std_dev=0.171
N9 B 0, 0.237, 0.414, 0.590, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.414 std_dev=0.177
OP2 B 0, 0.260, 0.453, 0.645, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.453 std_dev=0.192
O2' A 0, 0.231, 0.430, 0.630, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.430 std_dev=0.200
C5' A 0, 0.257, 0.476, 0.695, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.476 std_dev=0.219
O5' A 0, 0.270, 0.500, 0.730, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.500 std_dev=0.230
C2' B 0, 0.126, 0.365, 0.603, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.365 std_dev=0.238
N3 B 0, 0.200, 0.440, 0.681, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.440 std_dev=0.240
C4 B 0, 0.250, 0.492, 0.735, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.492 std_dev=0.243
C8 B 0, 0.327, 0.578, 0.829, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.578 std_dev=0.251
O3' A 0, 0.310, 0.573, 0.837, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.573 std_dev=0.263
C1' B 0, 0.190, 0.474, 0.758, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.474 std_dev=0.284
C4' B 0, 0.330, 0.619, 0.909, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.619 std_dev=0.289
P B 0, 0.402, 0.700, 0.999, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.700 std_dev=0.299
O2' B 0, 0.088, 0.401, 0.714, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.401 std_dev=0.313
P A 0, 0.360, 0.682, 1.005, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.682 std_dev=0.322
OP2 A 0, 0.324, 0.660, 0.995, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.660 std_dev=0.336
C2 B 0, 0.365, 0.729, 1.092, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.729 std_dev=0.363
OP1 B 0, 0.500, 0.864, 1.228, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.864 std_dev=0.364
O5' B 0, 0.462, 0.830, 1.198, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.830 std_dev=0.368
N2 B 0, 0.430, 0.802, 1.173, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.802 std_dev=0.371
OP1 A 0, 0.432, 0.819, 1.206, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.819 std_dev=0.387
O3' B 0, 0.475, 0.869, 1.263, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.869 std_dev=0.394
N7 B 0, 0.416, 0.820, 1.225, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.820 std_dev=0.404
C5 B 0, 0.396, 0.801, 1.206, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.801 std_dev=0.405
O4' B 0, 0.505, 0.933, 1.361, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.933 std_dev=0.428
C5' B 0, 0.481, 0.934, 1.387, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.934 std_dev=0.453
N1 B 0, 0.539, 1.051, 1.563, 1.668 max_d=1.668 avg_d=1.051 std_dev=0.512
C6 B 0, 0.572, 1.129, 1.687, 1.809 max_d=1.809 avg_d=1.129 std_dev=0.558
O6 B 0, 0.774, 1.504, 2.233, 2.358 max_d=2.358 avg_d=1.504 std_dev=0.730

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.04 0.01 0.07 0.08 0.07 0.06
C2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.06 0.03
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.05 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03
C4 0.02 0.02 0.02 0.07 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.07 0.02 0.10 0.11 0.10 0.10
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01
C5 0.02 0.03 0.03 0.07 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.09 0.03 0.11 0.10 0.09 0.10
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.08 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.03 0.08 0.07 0.04 0.06
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.06 0.05 0.04
N3 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.09 0.10 0.10 0.09
N4 0.02 0.02 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.08 0.02 0.11 0.13 0.12 0.12
O2 0.02 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.00 0.09 0.04 0.02 0.05 0.07 0.06 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.06 0.04 0.09 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.04 0.02
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.07 0.02 0.09 0.01 0.07 0.04 0.05 0.08 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.07 0.05 0.03
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.05 0.04 0.06 0.04
O5' 0.04 0.07 0.03 0.01 0.10 0.02 0.11 0.00 0.08 0.06 0.09 0.11 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.05 0.08 0.05 0.05 0.11 0.04 0.10 0.04 0.07 0.06 0.10 0.13 0.07 0.06 0.07 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.05 0.07 0.06 0.04 0.10 0.02 0.09 0.01 0.04 0.05 0.10 0.12 0.06 0.04 0.05 0.06 0.01 0.02 0.00 0.02
P 0.03 0.06 0.03 0.03 0.10 0.01 0.10 0.01 0.06 0.04 0.09 0.12 0.05 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.09 0.05 0.10 0.09 0.17 0.13 0.26 0.14 0.11 0.12 0.06 0.08 0.14 0.08 0.03 0.11 0.13 0.14 0.16 0.29 0.25 0.18
C2 0.05 0.08 0.07 0.11 0.09 0.15 0.14 0.26 0.16 0.12 0.13 0.07 0.06 0.16 0.07 0.07 0.11 0.08 0.11 0.20 0.27 0.24 0.17
C2' 0.06 0.11 0.06 0.11 0.11 0.17 0.14 0.27 0.15 0.12 0.14 0.09 0.10 0.14 0.09 0.03 0.14 0.14 0.13 0.17 0.29 0.26 0.18
C3' 0.03 0.06 0.03 0.07 0.06 0.12 0.06 0.21 0.07 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.08 0.16 0.10 0.09 0.08 0.24 0.20 0.11
C4 0.08 0.07 0.09 0.13 0.07 0.16 0.12 0.28 0.13 0.12 0.10 0.08 0.06 0.14 0.07 0.10 0.14 0.09 0.11 0.15 0.28 0.25 0.18
C4' 0.05 0.06 0.03 0.06 0.07 0.12 0.07 0.20 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.14 0.12 0.10 0.08 0.25 0.20 0.13
C5 0.03 0.07 0.05 0.12 0.07 0.18 0.10 0.28 0.10 0.10 0.08 0.08 0.07 0.11 0.07 0.06 0.14 0.11 0.14 0.12 0.28 0.23 0.18
C5' 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.09 0.07 0.16 0.06 0.07 0.05 0.05 0.08 0.06 0.08 0.10 0.15 0.11 0.08 0.06 0.23 0.17 0.09
C6 0.05 0.08 0.05 0.10 0.09 0.17 0.11 0.26 0.11 0.10 0.09 0.07 0.08 0.11 0.08 0.03 0.12 0.13 0.14 0.12 0.28 0.23 0.17
N1 0.03 0.07 0.05 0.10 0.08 0.16 0.12 0.26 0.13 0.10 0.11 0.05 0.06 0.13 0.07 0.04 0.11 0.11 0.13 0.15 0.28 0.24 0.18
N3 0.09 0.09 0.10 0.13 0.10 0.15 0.16 0.27 0.17 0.14 0.14 0.09 0.07 0.17 0.10 0.11 0.13 0.09 0.10 0.20 0.27 0.24 0.17
N4 0.13 0.11 0.12 0.15 0.10 0.16 0.13 0.28 0.14 0.14 0.11 0.12 0.11 0.16 0.11 0.14 0.16 0.13 0.10 0.15 0.28 0.26 0.18
O2 0.06 0.11 0.07 0.11 0.11 0.14 0.17 0.26 0.20 0.14 0.17 0.08 0.07 0.18 0.09 0.08 0.11 0.08 0.11 0.24 0.27 0.24 0.17
O2' 0.06 0.13 0.06 0.10 0.12 0.17 0.16 0.28 0.19 0.13 0.17 0.11 0.11 0.17 0.10 0.04 0.13 0.14 0.15 0.22 0.31 0.28 0.21
O3' 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.11 0.04 0.20 0.04 0.04 0.04 0.07 0.07 0.04 0.05 0.11 0.18 0.09 0.09 0.05 0.23 0.19 0.10
O4' 0.06 0.08 0.06 0.10 0.10 0.16 0.12 0.25 0.13 0.11 0.11 0.06 0.08 0.13 0.09 0.03 0.12 0.14 0.15 0.14 0.29 0.24 0.18
O5' 0.06 0.07 0.05 0.05 0.08 0.09 0.07 0.15 0.07 0.07 0.06 0.06 0.09 0.06 0.08 0.10 0.17 0.11 0.06 0.06 0.23 0.16 0.08
OP1 0.10 0.07 0.11 0.10 0.11 0.07 0.11 0.10 0.10 0.12 0.08 0.06 0.09 0.11 0.12 0.15 0.21 0.12 0.09 0.10 0.19 0.13 0.05
OP2 0.09 0.04 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.10 0.06 0.10 0.04 0.07 0.05 0.09 0.10 0.13 0.21 0.11 0.11 0.07 0.20 0.12 0.04
P 0.08 0.05 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.11 0.07 0.09 0.05 0.04 0.07 0.08 0.10 0.13 0.19 0.11 0.07 0.07 0.21 0.14 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.21 0.02 0.25 0.13 0.04
C2 0.06 0.00 0.06 0.07 0.02 0.10 0.01 0.18 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.12 0.15 0.08 0.29 0.02 0.20 0.14 0.05
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.10 0.03 0.28 0.13 0.07
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.05 0.06 0.09 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.12 0.04 0.28 0.14 0.13
C4 0.03 0.02 0.03 0.04 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.05 0.31 0.01 0.21 0.15 0.05
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.05 0.10 0.11 0.09 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.19 0.10 0.04
C5 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.08 0.03 0.34 0.01 0.18 0.17 0.07
C5' 0.04 0.18 0.02 0.02 0.15 0.01 0.17 0.00 0.19 0.11 0.19 0.18 0.16 0.15 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.19 0.12 0.09 0.01
C6 0.03 0.02 0.03 0.05 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.09 0.04 0.34 0.00 0.14 0.17 0.08
C8 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.32 0.02 0.25 0.17 0.07
N1 0.05 0.01 0.05 0.06 0.02 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.11 0.13 0.07 0.32 0.01 0.16 0.16 0.07
N2 0.07 0.01 0.08 0.09 0.02 0.11 0.01 0.18 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.14 0.18 0.10 0.27 0.02 0.20 0.14 0.05
N3 0.06 0.01 0.06 0.07 0.01 0.09 0.02 0.16 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.15 0.08 0.27 0.02 0.22 0.14 0.04
N7 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.04 0.02 0.34 0.02 0.18 0.18 0.08
N9 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.29 0.02 0.25 0.15 0.05
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.08 0.02 0.08 0.01 0.10 0.05 0.11 0.14 0.11 0.06 0.04 0.00 0.03 0.03 0.07 0.10 0.27 0.13 0.08
O3' 0.08 0.15 0.03 0.01 0.10 0.01 0.08 0.02 0.09 0.03 0.13 0.18 0.15 0.04 0.06 0.03 0.00 0.04 0.20 0.08 0.29 0.14 0.15
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.07 0.10 0.08 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.19 0.03 0.18 0.14 0.07
O5' 0.21 0.29 0.10 0.12 0.31 0.02 0.34 0.01 0.34 0.32 0.32 0.27 0.27 0.34 0.29 0.07 0.20 0.19 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.10 0.08 0.03 0.35 0.00 0.10 0.18 0.10
OP1 0.25 0.20 0.28 0.28 0.21 0.19 0.18 0.12 0.14 0.25 0.16 0.20 0.22 0.18 0.25 0.27 0.29 0.18 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.14 0.13 0.14 0.15 0.10 0.17 0.09 0.17 0.17 0.16 0.14 0.14 0.18 0.15 0.13 0.14 0.14 0.01 0.18 0.02 0.00 0.01
P 0.04 0.05 0.07 0.13 0.05 0.04 0.07 0.01 0.08 0.07 0.07 0.05 0.04 0.08 0.05 0.08 0.15 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00