ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48225

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.012, 0.029, 0.047, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.029 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.016, 0.034, 0.053, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.034 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.014, 0.034, 0.053, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.034 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.015, 0.035, 0.056, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.035 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.014, 0.035, 0.056, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.035 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.032, 0.079, 0.125, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.079 std_dev=0.047
N4 A 0, 0.045, 0.111, 0.178, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.111 std_dev=0.067
O4' A 0, 0.009, 0.114, 0.219, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.114 std_dev=0.105
C2' A 0, 0.052, 0.192, 0.332, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.192 std_dev=0.140
C4' A 0, -0.032, 0.178, 0.389, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.178 std_dev=0.210
C3' A 0, 0.007, 0.228, 0.449, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.228 std_dev=0.221
O2' A 0, 0.106, 0.365, 0.623, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.365 std_dev=0.259
O2' B 0, 0.208, 0.557, 0.906, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.557 std_dev=0.349
O3' A 0, -0.005, 0.352, 0.709, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.352 std_dev=0.357
C2' B 0, 0.201, 0.561, 0.921, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.561 std_dev=0.360
C5' A 0, -0.044, 0.340, 0.723, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.340 std_dev=0.383
O4' B 0, 0.204, 0.658, 1.112, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.658 std_dev=0.454
C1' B 0, 0.180, 0.671, 1.161, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.671 std_dev=0.491
C4' B 0, 0.224, 0.758, 1.293, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.758 std_dev=0.535
C3' B 0, 0.192, 0.854, 1.515, 1.874 max_d=1.874 avg_d=0.854 std_dev=0.662
O5' A 0, 0.095, 1.034, 1.972, 2.532 max_d=2.532 avg_d=1.034 std_dev=0.938
O3' B 0, 0.030, 1.042, 2.054, 2.856 max_d=2.856 avg_d=1.042 std_dev=1.012
C5' B 0, 0.100, 1.179, 2.258, 2.826 max_d=2.826 avg_d=1.179 std_dev=1.079
N9 B 0, -0.055, 1.077, 2.210, 2.967 max_d=2.967 avg_d=1.077 std_dev=1.132
O5' B 0, 0.129, 1.622, 3.115, 3.931 max_d=3.931 avg_d=1.622 std_dev=1.493
C8 B 0, -0.079, 1.440, 2.960, 3.907 max_d=3.907 avg_d=1.440 std_dev=1.519
P A 0, -0.093, 1.513, 3.120, 3.925 max_d=3.925 avg_d=1.513 std_dev=1.606
OP1 A 0, 0.020, 1.649, 3.278, 4.633 max_d=4.633 avg_d=1.649 std_dev=1.629
C4 B 0, -0.365, 1.387, 3.139, 4.244 max_d=4.244 avg_d=1.387 std_dev=1.752
N3 B 0, -0.556, 1.456, 3.469, 4.686 max_d=4.686 avg_d=1.456 std_dev=2.013
P B 0, 0.221, 2.354, 4.487, 5.556 max_d=5.556 avg_d=2.354 std_dev=2.133
N7 B 0, -0.307, 1.845, 3.997, 5.293 max_d=5.293 avg_d=1.845 std_dev=2.152
C5 B 0, -0.474, 1.788, 4.050, 5.420 max_d=5.420 avg_d=1.788 std_dev=2.262
OP1 B 0, 0.299, 2.565, 4.831, 6.131 max_d=6.131 avg_d=2.565 std_dev=2.266
C2 B 0, -0.804, 1.889, 4.581, 6.148 max_d=6.148 avg_d=1.889 std_dev=2.692
OP2 A 0, -0.265, 2.434, 5.133, 6.699 max_d=6.699 avg_d=2.434 std_dev=2.699
OP2 B 0, 0.120, 2.855, 5.589, 7.021 max_d=7.021 avg_d=2.855 std_dev=2.735
C6 B 0, -0.748, 2.196, 5.139, 6.845 max_d=6.845 avg_d=2.196 std_dev=2.944
N1 B 0, -0.885, 2.190, 5.266, 7.053 max_d=7.053 avg_d=2.190 std_dev=3.076
N2 B 0, -0.930, 2.196, 5.322, 7.185 max_d=7.185 avg_d=2.196 std_dev=3.126
O6 B 0, -0.859, 2.608, 6.075, 8.121 max_d=8.121 avg_d=2.608 std_dev=3.467

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.35 0.15 0.67 0.43
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.02 0.04 0.56 0.28 1.35 0.83
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.09 0.02 0.04 0.06 0.09 0.00 0.02 0.01 0.18 0.19 0.43 0.23
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.14 0.01 0.20 0.01 0.19 0.08 0.07 0.14 0.04 0.02 0.01 0.01 0.11 0.13 0.32 0.15
C4 0.03 0.02 0.06 0.14 0.00 0.12 0.00 0.24 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.06 0.14 0.04 0.73 0.68 2.01 1.22
C4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.12 0.00 0.15 0.01 0.14 0.07 0.08 0.13 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.38 0.26 0.11
C5 0.02 0.01 0.09 0.20 0.00 0.15 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.22 0.03 0.76 0.74 2.08 1.28
C5' 0.04 0.14 0.02 0.01 0.24 0.01 0.27 0.00 0.24 0.15 0.19 0.26 0.09 0.04 0.04 0.01 0.01 0.24 0.08 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.19 0.00 0.14 0.00 0.24 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.21 0.02 0.69 0.51 1.69 1.07
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.07 0.01 0.15 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.56 0.25 1.26 0.80
N3 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.08 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.06 0.04 0.65 0.48 1.70 1.03
N4 0.03 0.02 0.06 0.14 0.00 0.13 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.16 0.04 0.77 0.83 2.23 1.34
O2 0.03 0.01 0.09 0.04 0.02 0.02 0.02 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.15 0.09 0.06 0.46 0.14 1.06 0.64
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.06 0.04 0.06 0.04 0.07 0.02 0.09 0.07 0.15 0.00 0.04 0.07 0.05 0.52 0.51 0.26
O3' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.14 0.02 0.22 0.04 0.21 0.07 0.06 0.16 0.09 0.04 0.00 0.02 0.27 0.31 0.74 0.42
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.06 0.07 0.02 0.00 0.32 0.25 0.53 0.35
O5' 0.35 0.56 0.18 0.11 0.73 0.02 0.76 0.01 0.69 0.56 0.65 0.77 0.46 0.05 0.27 0.32 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.15 0.28 0.19 0.13 0.68 0.38 0.74 0.24 0.51 0.25 0.48 0.83 0.14 0.52 0.31 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.67 1.35 0.43 0.32 2.01 0.26 2.08 0.08 1.69 1.26 1.70 2.23 1.06 0.51 0.74 0.53 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.43 0.83 0.23 0.15 1.22 0.11 1.28 0.01 1.07 0.80 1.03 1.34 0.64 0.26 0.42 0.35 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.29 1.67 0.06 0.18 0.52 0.17 0.10 0.46 0.38 0.79 1.29 2.36 1.29 0.89 0.14 0.31 0.69 0.24 0.91 0.07 1.47 1.70 1.33
C2 0.26 0.94 0.11 0.31 0.16 0.26 0.78 0.37 0.61 1.19 0.30 1.65 0.79 1.50 0.42 0.27 0.83 0.30 0.76 1.11 1.12 1.34 1.05
C2' 0.33 1.90 0.06 0.19 0.62 0.18 0.12 0.49 0.52 0.74 1.52 2.67 1.45 0.85 0.13 0.35 0.72 0.26 0.97 0.14 1.46 1.85 1.40
C3' 0.46 2.29 0.10 0.17 1.00 0.19 0.64 0.53 1.24 0.41 2.14 2.92 1.74 0.36 0.37 0.39 0.65 0.33 1.01 0.97 1.60 1.97 1.50
C4 0.28 0.79 0.11 0.30 0.19 0.25 0.62 0.27 0.41 1.10 0.29 1.25 0.74 1.27 0.41 0.28 0.75 0.29 0.60 0.71 1.00 1.03 0.86
C4' 0.42 2.17 0.07 0.12 0.99 0.17 0.70 0.57 1.29 0.37 2.07 2.75 1.66 0.26 0.37 0.33 0.55 0.30 1.01 1.10 1.74 1.95 1.54
C5 0.31 1.41 0.05 0.13 0.61 0.14 0.27 0.33 0.50 0.70 1.09 1.77 1.21 0.68 0.23 0.30 0.54 0.25 0.71 0.26 1.30 1.26 1.06
C5' 0.50 2.29 0.17 0.20 1.21 0.26 1.08 0.65 1.72 0.25 2.33 2.75 1.77 0.30 0.57 0.35 0.46 0.37 1.05 1.70 1.90 2.01 1.63
C6 0.31 1.70 0.05 0.11 0.70 0.12 0.31 0.41 0.69 0.64 1.41 2.16 1.37 0.63 0.20 0.30 0.54 0.23 0.83 0.40 1.45 1.51 1.23
N1 0.27 1.49 0.07 0.20 0.41 0.18 0.22 0.41 0.18 0.89 1.04 2.12 1.18 1.04 0.19 0.30 0.69 0.25 0.84 0.26 1.35 1.53 1.21
N3 0.28 0.55 0.13 0.37 0.34 0.30 1.03 0.31 0.92 1.29 0.12 1.19 0.52 1.63 0.56 0.27 0.88 0.33 0.64 1.34 0.95 1.10 0.88
N4 0.33 0.28 0.17 0.39 0.37 0.32 0.82 0.23 0.67 1.12 0.20 0.65 0.33 1.25 0.57 0.26 0.81 0.33 0.44 0.87 0.77 0.71 0.62
O2 0.25 0.69 0.13 0.35 0.29 0.29 1.02 0.39 0.97 1.29 0.11 1.48 0.59 1.67 0.53 0.26 0.90 0.32 0.78 1.56 1.08 1.37 1.06
O2' 0.31 1.76 0.08 0.21 0.53 0.18 0.12 0.48 0.37 0.77 1.35 2.58 1.35 0.91 0.12 0.35 0.76 0.25 0.97 0.20 1.45 1.86 1.39
O3' 0.52 2.39 0.14 0.20 1.09 0.23 0.78 0.56 1.41 0.32 2.30 3.04 1.82 0.26 0.46 0.41 0.66 0.39 1.04 1.21 1.61 2.06 1.54
O4' 0.29 1.85 0.06 0.07 0.72 0.10 0.36 0.52 0.84 0.57 1.63 2.44 1.42 0.52 0.18 0.30 0.54 0.20 0.97 0.58 1.67 1.80 1.45
O5' 0.45 1.75 0.84 0.95 0.64 0.93 0.64 1.47 1.38 0.76 1.92 2.19 1.14 0.42 0.34 0.61 0.59 0.64 1.89 1.55 2.75 2.86 2.47
OP1 0.88 1.44 1.33 1.57 0.39 1.58 0.47 2.22 1.20 1.02 1.67 1.89 0.81 0.55 0.62 1.04 1.17 1.16 2.62 1.45 3.74 3.71 3.36
OP2 2.10 0.55 2.70 2.87 0.90 2.75 0.74 3.30 0.47 2.18 0.88 1.00 0.42 1.55 1.76 2.48 2.49 2.29 3.74 0.83 4.77 4.69 4.37
P 1.09 1.21 1.61 1.79 0.20 1.72 0.26 2.27 1.03 1.23 1.49 1.65 0.54 0.70 0.81 1.41 1.43 1.30 2.68 1.34 3.72 3.66 3.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.13 0.02 0.36 0.15 0.18
C2 0.03 0.00 0.13 0.05 0.01 0.14 0.01 0.29 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.38 0.08 0.25 0.28 0.03 0.38 0.27 0.27
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.09 0.07 0.08 0.11 0.16 0.13 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.17 0.06 0.59 0.22 0.32
C3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.07 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.03 0.50 0.16 0.25
C4 0.01 0.01 0.07 0.03 0.00 0.07 0.01 0.21 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.05 0.13 0.23 0.01 0.37 0.25 0.24
C4' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.08 0.06 0.13 0.17 0.13 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.08 0.17 0.04 0.09
C5 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.06 0.00 0.20 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.05 0.07 0.24 0.01 0.38 0.29 0.24
C5' 0.06 0.29 0.09 0.02 0.21 0.01 0.20 0.00 0.25 0.11 0.29 0.32 0.26 0.15 0.13 0.09 0.02 0.02 0.01 0.26 0.13 0.02 0.01
C6 0.02 0.02 0.07 0.03 0.01 0.08 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.19 0.05 0.12 0.27 0.01 0.38 0.32 0.26
C8 0.01 0.01 0.08 0.05 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.16 0.10 0.11 0.16 0.03 0.37 0.24 0.19
N1 0.03 0.01 0.11 0.03 0.02 0.13 0.02 0.29 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.30 0.06 0.20 0.30 0.03 0.39 0.31 0.28
N2 0.04 0.00 0.16 0.07 0.01 0.17 0.01 0.32 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.45 0.11 0.30 0.29 0.04 0.38 0.26 0.28
N3 0.03 0.00 0.13 0.05 0.01 0.13 0.01 0.26 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.35 0.07 0.24 0.25 0.02 0.37 0.23 0.25
N7 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.05 0.20 0.04 0.37 0.28 0.21
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.18 0.02 0.37 0.21 0.21
O2' 0.02 0.38 0.00 0.02 0.20 0.02 0.11 0.09 0.19 0.16 0.30 0.45 0.35 0.07 0.03 0.00 0.06 0.02 0.21 0.14 0.77 0.34 0.42
O3' 0.07 0.08 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.10 0.06 0.11 0.07 0.08 0.06 0.06 0.00 0.10 0.07 0.05 0.50 0.17 0.24
O4' 0.00 0.25 0.01 0.01 0.13 0.00 0.07 0.02 0.12 0.11 0.20 0.30 0.24 0.05 0.01 0.02 0.10 0.00 0.11 0.09 0.13 0.15 0.13
O5' 0.13 0.28 0.17 0.08 0.23 0.02 0.24 0.01 0.27 0.16 0.30 0.29 0.25 0.20 0.18 0.21 0.07 0.11 0.00 0.29 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.03 0.06 0.03 0.01 0.08 0.01 0.26 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.14 0.05 0.09 0.29 0.00 0.40 0.36 0.28
OP1 0.36 0.38 0.59 0.50 0.37 0.17 0.38 0.13 0.38 0.37 0.39 0.38 0.37 0.37 0.37 0.77 0.50 0.13 0.01 0.40 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.27 0.22 0.16 0.25 0.04 0.29 0.02 0.32 0.24 0.31 0.26 0.23 0.28 0.21 0.34 0.17 0.15 0.02 0.36 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.27 0.32 0.25 0.24 0.09 0.24 0.01 0.26 0.19 0.28 0.28 0.25 0.21 0.21 0.42 0.24 0.13 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00