ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48226

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.018, 0.057, 0.096, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.057 std_dev=0.039
C4' A 0, 0.034, 0.096, 0.158, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.096 std_dev=0.062
O4' A 0, 0.011, 0.083, 0.154, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.083 std_dev=0.071
C2' A 0, 0.051, 0.152, 0.254, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.152 std_dev=0.101
O5' A 0, 0.051, 0.164, 0.276, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.164 std_dev=0.113
C3' A 0, 0.033, 0.151, 0.269, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.151 std_dev=0.118
C5' A 0, 0.077, 0.211, 0.345, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.211 std_dev=0.134
P A 0, 0.121, 0.302, 0.483, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.302 std_dev=0.181
OP2 A 0, 0.135, 0.327, 0.520, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.327 std_dev=0.192
O2' A 0, 0.133, 0.326, 0.518, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.326 std_dev=0.193
O3' B 0, 0.056, 0.255, 0.454, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.255 std_dev=0.199
C4' B 0, 0.105, 0.312, 0.519, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.312 std_dev=0.207
O3' A 0, 0.076, 0.293, 0.510, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.293 std_dev=0.217
O4' B 0, 0.149, 0.391, 0.633, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.391 std_dev=0.242
C1' B 0, 0.130, 0.384, 0.639, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.384 std_dev=0.255
C3' B 0, 0.056, 0.322, 0.588, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.322 std_dev=0.266
O2' B 0, 0.088, 0.373, 0.659, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.373 std_dev=0.286
OP1 A 0, 0.153, 0.442, 0.731, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.442 std_dev=0.289
C2' B 0, 0.065, 0.357, 0.650, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.357 std_dev=0.292
C5' B 0, 0.215, 0.513, 0.810, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.513 std_dev=0.298
N9 B 0, 0.152, 0.451, 0.750, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.451 std_dev=0.299
C8 B 0, 0.035, 0.350, 0.665, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.350 std_dev=0.315
N7 B 0, 0.052, 0.439, 0.826, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.439 std_dev=0.387
C4 B 0, 0.279, 0.679, 1.080, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.679 std_dev=0.401
O5' B 0, 0.295, 0.718, 1.140, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.718 std_dev=0.422
C5 B 0, 0.230, 0.652, 1.074, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.652 std_dev=0.422
N3 B 0, 0.365, 0.874, 1.382, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.874 std_dev=0.508
C6 B 0, 0.327, 0.847, 1.367, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.847 std_dev=0.520
O6 B 0, 0.282, 0.839, 1.397, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.839 std_dev=0.557
P B 0, 0.414, 0.984, 1.554, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.984 std_dev=0.570
N1 B 0, 0.446, 1.058, 1.670, 1.467 max_d=1.467 avg_d=1.058 std_dev=0.612
C2 B 0, 0.440, 1.054, 1.668, 1.503 max_d=1.503 avg_d=1.054 std_dev=0.614
OP2 B 0, 0.465, 1.104, 1.743, 1.528 max_d=1.528 avg_d=1.104 std_dev=0.639
OP1 B 0, 0.462, 1.109, 1.757, 1.619 max_d=1.619 avg_d=1.109 std_dev=0.647
N2 B 0, 0.495, 1.240, 1.985, 1.872 max_d=1.872 avg_d=1.240 std_dev=0.745

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.05 0.03 0.08 0.04
C2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.07 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.02
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.06 0.06 0.07 0.06
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03 0.07 0.05 0.06 0.06
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.08 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.07 0.02
N3 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.05 0.07 0.05
N4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.06 0.02 0.07 0.07 0.08 0.07
O2 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.07 0.02
O2' 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03
O3' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.03 0.06 0.02 0.02 0.06 0.04 0.04 0.00 0.00 0.07 0.04 0.06 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.10 0.04 0.11 0.06
O5' 0.05 0.03 0.03 0.04 0.06 0.03 0.07 0.01 0.04 0.03 0.04 0.07 0.03 0.04 0.07 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.03 0.04 0.03 0.03 0.06 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.07 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.07 0.05 0.04 0.07 0.03 0.06 0.01 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.05 0.06 0.11 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.03 0.02 0.03 0.06 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02 0.05 0.07 0.02 0.03 0.06 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.12 0.11 0.13 0.07 0.11 0.02 0.09 0.03 0.04 0.08 0.16 0.12 0.04 0.04 0.11 0.13 0.04 0.09 0.02 0.01 0.13 0.10
C2 0.04 0.14 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.03 0.05 0.11 0.09 0.19 0.13 0.11 0.02 0.06 0.06 0.03 0.04 0.07 0.05 0.10 0.07
C2' 0.09 0.07 0.12 0.12 0.06 0.10 0.05 0.06 0.05 0.08 0.05 0.10 0.08 0.08 0.06 0.14 0.12 0.09 0.04 0.06 0.08 0.07 0.04
C3' 0.09 0.08 0.14 0.14 0.07 0.10 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.09 0.09 0.05 0.07 0.15 0.13 0.09 0.06 0.06 0.11 0.08 0.05
C4 0.03 0.15 0.02 0.02 0.08 0.03 0.08 0.02 0.08 0.16 0.11 0.21 0.15 0.16 0.06 0.03 0.03 0.03 0.04 0.09 0.07 0.10 0.05
C4' 0.05 0.05 0.10 0.11 0.03 0.08 0.02 0.07 0.02 0.02 0.03 0.07 0.05 0.02 0.03 0.10 0.12 0.05 0.06 0.02 0.05 0.09 0.05
C5 0.03 0.13 0.03 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.11 0.08 0.18 0.13 0.11 0.04 0.04 0.05 0.02 0.06 0.05 0.04 0.11 0.07
C5' 0.01 0.02 0.06 0.09 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.07 0.10 0.05 0.05 0.00 0.07 0.06 0.03
C6 0.04 0.12 0.07 0.10 0.06 0.09 0.02 0.08 0.03 0.07 0.08 0.16 0.12 0.07 0.02 0.06 0.09 0.03 0.07 0.03 0.02 0.12 0.08
N1 0.05 0.13 0.08 0.10 0.06 0.09 0.02 0.07 0.04 0.07 0.08 0.17 0.13 0.07 0.02 0.08 0.09 0.03 0.06 0.03 0.02 0.12 0.08
N3 0.03 0.15 0.03 0.03 0.08 0.03 0.08 0.01 0.08 0.14 0.11 0.21 0.15 0.15 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.09 0.07 0.10 0.06
N4 0.06 0.18 0.04 0.03 0.10 0.02 0.12 0.04 0.11 0.21 0.13 0.24 0.17 0.21 0.10 0.06 0.05 0.05 0.05 0.13 0.09 0.09 0.05
O2 0.05 0.14 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05 0.02 0.06 0.10 0.09 0.19 0.14 0.11 0.02 0.08 0.06 0.03 0.05 0.07 0.05 0.11 0.07
O2' 0.08 0.06 0.11 0.11 0.05 0.08 0.06 0.06 0.06 0.10 0.04 0.09 0.07 0.10 0.06 0.13 0.11 0.08 0.04 0.07 0.05 0.08 0.05
O3' 0.13 0.13 0.16 0.14 0.12 0.11 0.12 0.07 0.12 0.11 0.12 0.13 0.13 0.10 0.12 0.17 0.12 0.14 0.07 0.11 0.18 0.07 0.08
O4' 0.10 0.15 0.15 0.18 0.10 0.15 0.07 0.14 0.08 0.02 0.11 0.18 0.15 0.02 0.08 0.13 0.18 0.05 0.13 0.06 0.06 0.17 0.14
O5' 0.01 0.02 0.06 0.09 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.10 0.05 0.06 0.01 0.08 0.06 0.03
OP1 0.11 0.07 0.15 0.17 0.12 0.11 0.16 0.10 0.15 0.20 0.10 0.06 0.07 0.21 0.14 0.14 0.15 0.05 0.12 0.18 0.08 0.11 0.06
OP2 0.06 0.03 0.07 0.13 0.05 0.10 0.07 0.10 0.06 0.09 0.04 0.04 0.03 0.09 0.06 0.04 0.12 0.03 0.10 0.07 0.10 0.09 0.06
P 0.05 0.03 0.09 0.13 0.05 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.04 0.03 0.03 0.09 0.06 0.07 0.12 0.02 0.08 0.08 0.08 0.07 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.23 0.03 0.07
C2 0.01 0.00 0.09 0.06 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.10 0.13 0.18 0.01 0.15 0.17 0.10
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.11 0.10 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.27 0.06 0.11
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.06 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.26 0.07 0.12
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.06 0.01 0.25 0.06 0.09
C4' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.01 0.08 0.07 0.07 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.05 0.17 0.01 0.06
C5 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.09 0.01 0.28 0.13 0.16
C5' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.06 0.13 0.04 0.19 0.13 0.14 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.09 0.06 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.08 0.00 0.26 0.13 0.15
C8 0.00 0.01 0.06 0.02 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 0.08 0.15 0.01 0.30 0.15 0.19
N1 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.08 0.07 0.01 0.20 0.07 0.08
N2 0.01 0.00 0.11 0.06 0.01 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.12 0.16 0.28 0.02 0.08 0.32 0.22
N3 0.01 0.00 0.10 0.06 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.10 0.14 0.20 0.01 0.17 0.15 0.09
N7 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.03 0.06 0.16 0.01 0.31 0.19 0.22
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.06 0.01 0.27 0.07 0.12
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.01 0.05 0.05 0.05 0.02 0.12 0.04 0.14 0.10 0.11 0.04 0.00 0.08 0.06 0.04 0.05 0.29 0.07 0.13
O3' 0.04 0.10 0.05 0.02 0.07 0.03 0.05 0.02 0.06 0.03 0.08 0.12 0.10 0.03 0.04 0.08 0.00 0.04 0.04 0.06 0.23 0.08 0.12
O4' 0.00 0.13 0.01 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.08 0.16 0.14 0.06 0.01 0.06 0.04 0.00 0.04 0.01 0.14 0.07 0.02
O5' 0.03 0.18 0.04 0.04 0.06 0.01 0.09 0.00 0.08 0.15 0.07 0.28 0.20 0.16 0.06 0.04 0.04 0.04 0.00 0.12 0.05 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.12 0.00 0.28 0.18 0.19
OP1 0.23 0.15 0.27 0.26 0.25 0.17 0.28 0.06 0.26 0.30 0.20 0.08 0.17 0.31 0.27 0.29 0.23 0.14 0.05 0.28 0.00 0.02 0.01
OP2 0.03 0.17 0.06 0.07 0.06 0.01 0.13 0.02 0.13 0.15 0.07 0.32 0.15 0.19 0.07 0.07 0.08 0.07 0.02 0.18 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.10 0.11 0.12 0.09 0.06 0.16 0.01 0.15 0.19 0.08 0.22 0.09 0.22 0.12 0.13 0.12 0.02 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00