ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48227

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.003, 0.018, 0.032, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.014
O2' A 0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.035 std_dev=0.025
C2' A 0, -0.001, 0.026, 0.052, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.026 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C3' A 0, 0.009, 0.057, 0.105, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.057 std_dev=0.048
C4' A 0, 0.008, 0.060, 0.111, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.060 std_dev=0.052
O3' A 0, 0.018, 0.086, 0.153, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.086 std_dev=0.067
O5' A 0, 0.018, 0.092, 0.165, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.092 std_dev=0.073
C5' A 0, -0.003, 0.076, 0.155, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.076 std_dev=0.079
O4' B 0, 0.036, 0.130, 0.224, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.130 std_dev=0.094
C1' B 0, 0.039, 0.134, 0.228, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.134 std_dev=0.094
O3' B 0, 0.031, 0.127, 0.222, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.127 std_dev=0.096
P A 0, 0.040, 0.138, 0.237, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.138 std_dev=0.099
C4' B 0, 0.037, 0.144, 0.251, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.144 std_dev=0.107
C3' B 0, 0.040, 0.152, 0.264, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.152 std_dev=0.112
N9 B 0, 0.045, 0.157, 0.270, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.157 std_dev=0.113
C2' B 0, 0.046, 0.164, 0.281, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.164 std_dev=0.117
OP2 A 0, 0.050, 0.171, 0.292, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.171 std_dev=0.121
OP1 A 0, 0.050, 0.172, 0.293, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.172 std_dev=0.121
C4 B 0, 0.042, 0.166, 0.290, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.166 std_dev=0.124
N3 B 0, 0.015, 0.140, 0.265, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.140 std_dev=0.125
O2' B 0, 0.051, 0.177, 0.302, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.177 std_dev=0.126
C5' B 0, 0.047, 0.184, 0.321, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.184 std_dev=0.137
P B 0, 0.036, 0.175, 0.313, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.175 std_dev=0.139
OP1 B 0, 0.035, 0.175, 0.315, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.175 std_dev=0.140
C8 B 0, 0.058, 0.198, 0.338, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.198 std_dev=0.140
O5' B 0, 0.034, 0.175, 0.316, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.175 std_dev=0.141
OP2 B 0, 0.045, 0.189, 0.334, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.189 std_dev=0.145
C2 B 0, 0.031, 0.176, 0.321, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.176 std_dev=0.145
N2 B 0, -0.001, 0.157, 0.315, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.157 std_dev=0.158
C5 B 0, 0.067, 0.229, 0.392, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.229 std_dev=0.162
N7 B 0, 0.071, 0.244, 0.416, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.244 std_dev=0.173
N1 B 0, 0.069, 0.243, 0.418, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.243 std_dev=0.174
C6 B 0, 0.081, 0.280, 0.478, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.280 std_dev=0.199
O6 B 0, 0.097, 0.360, 0.623, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.360 std_dev=0.263

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02
C2 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.03 0.04
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03 0.04
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.04
C5' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.07 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.03
N3 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.05
N4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.04 0.04
O2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.07 0.04 0.06
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
O3' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.06 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02
O5' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.03 0.06 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.06 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.02 0.10 0.02 0.02 0.06 0.02 0.07 0.03 0.10 0.03 0.11 0.11 0.07 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.12 0.06 0.02 0.03
C2 0.02 0.11 0.01 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.12 0.04 0.13 0.12 0.08 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.04 0.00 0.01
C2' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.06 0.02 0.07 0.03 0.11 0.02 0.12 0.12 0.07 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.13 0.05 0.02 0.02
C3' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.10 0.10 0.07 0.04 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.11 0.06 0.01 0.03
C4 0.02 0.10 0.02 0.02 0.07 0.02 0.09 0.02 0.11 0.05 0.11 0.09 0.07 0.07 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.13 0.04 0.01 0.02
C4' 0.02 0.09 0.02 0.03 0.06 0.02 0.06 0.03 0.09 0.03 0.10 0.10 0.07 0.05 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.10 0.07 0.03 0.04
C5 0.02 0.07 0.02 0.03 0.05 0.03 0.07 0.03 0.09 0.03 0.09 0.07 0.05 0.05 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.11 0.05 0.01 0.03
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.08 0.09 0.06 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.06 0.01 0.02
C6 0.01 0.08 0.02 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.09 0.02 0.09 0.08 0.06 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.11 0.05 0.02 0.03
N1 0.01 0.10 0.01 0.02 0.06 0.02 0.07 0.03 0.10 0.03 0.11 0.11 0.07 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.12 0.05 0.01 0.02
N3 0.02 0.12 0.01 0.01 0.08 0.01 0.09 0.02 0.12 0.05 0.13 0.12 0.09 0.08 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.04 0.00 0.02
N4 0.04 0.10 0.03 0.03 0.08 0.03 0.10 0.03 0.12 0.07 0.11 0.08 0.08 0.09 0.06 0.03 0.04 0.03 0.04 0.14 0.05 0.02 0.03
O2 0.02 0.12 0.01 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.12 0.04 0.13 0.14 0.09 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.03 0.01 0.00
O2' 0.03 0.11 0.03 0.03 0.07 0.03 0.09 0.04 0.13 0.04 0.13 0.13 0.08 0.07 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.15 0.08 0.04 0.05
O3' 0.02 0.09 0.02 0.03 0.05 0.02 0.07 0.03 0.10 0.03 0.10 0.10 0.07 0.05 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.12 0.07 0.02 0.04
O4' 0.03 0.10 0.03 0.03 0.07 0.02 0.07 0.03 0.10 0.04 0.11 0.12 0.08 0.05 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.11 0.07 0.03 0.04
O5' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.06 0.03 0.03
OP1 0.03 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.07 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.06 0.02 0.07 0.06 0.06
OP2 0.02 0.07 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.06 0.09 0.06 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04
P 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.08 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.09 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.09 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.10 0.07
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.03 0.00 0.06 0.10 0.06
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.09 0.08
N1 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.10 0.06
N2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.05
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.08 0.05
N7 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.11 0.08
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.07 0.06
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.04 0.04 0.04
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01
O5' 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.03 0.02 0.00 0.07 0.11 0.06
OP1 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.02 0.06 0.07 0.05 0.03 0.03 0.08 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.09 0.04 0.03 0.09 0.01 0.10 0.01 0.10 0.09 0.10 0.08 0.08 0.11 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.03 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.08 0.06 0.05 0.05 0.08 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00