ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48228

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C6 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C2 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C1' A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C4 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O2 A 0, 0.000, 0.086, 0.172, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.086 std_dev=0.086
N4 A 0, 0.000, 0.103, 0.207, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.103 std_dev=0.103
O2' B 0, 0.000, 0.105, 0.211, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.105 std_dev=0.105
O4' A 0, 0.000, 0.193, 0.386, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.193 std_dev=0.193
C2' A 0, 0.000, 0.223, 0.446, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.223 std_dev=0.223
O2' A 0, 0.000, 0.269, 0.538, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.269 std_dev=0.269
C2' B 0, 0.000, 0.321, 0.642, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.321 std_dev=0.321
C3' A 0, 0.000, 0.362, 0.724, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.362 std_dev=0.362
O3' A 0, 0.000, 0.376, 0.753, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.376 std_dev=0.376
C4' A 0, 0.000, 0.387, 0.773, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.387 std_dev=0.387
C3' B 0, 0.000, 0.410, 0.821, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.410 std_dev=0.410
O3' B 0, 0.000, 0.458, 0.915, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.458 std_dev=0.458
C1' B 0, 0.000, 0.534, 1.068, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.534 std_dev=0.534
C5' A 0, 0.000, 0.536, 1.071, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.536 std_dev=0.536
OP1 B 0, 0.000, 0.564, 1.128, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.564 std_dev=0.564
N3 B 0, 0.000, 0.570, 1.140, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.570 std_dev=0.570
C2 B 0, 0.000, 0.587, 1.174, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.587 std_dev=0.587
N2 B 0, 0.000, 0.589, 1.179, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.589 std_dev=0.589
N9 B 0, 0.000, 0.618, 1.236, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.618 std_dev=0.618
C4 B 0, 0.000, 0.623, 1.246, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.623 std_dev=0.623
C4' B 0, 0.000, 0.662, 1.324, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.662 std_dev=0.662
N1 B 0, 0.000, 0.691, 1.381, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.691 std_dev=0.691
P B 0, 0.000, 0.706, 1.411, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.706 std_dev=0.706
O4' B 0, 0.000, 0.735, 1.469, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.735 std_dev=0.735
O5' A 0, 0.000, 0.746, 1.492, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.746 std_dev=0.746
C5' B 0, 0.000, 0.749, 1.498, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.749 std_dev=0.749
OP2 B 0, 0.000, 0.758, 1.515, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.758 std_dev=0.758
P A 0, 0.000, 0.765, 1.529, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.765 std_dev=0.765
C5 B 0, 0.000, 0.777, 1.555, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.777 std_dev=0.777
C8 B 0, 0.000, 0.779, 1.559, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.779 std_dev=0.779
O5' B 0, 0.000, 0.822, 1.645, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.822 std_dev=0.822
OP2 A 0, 0.000, 0.831, 1.663, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.831 std_dev=0.831
C6 B 0, 0.000, 0.834, 1.668, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.834 std_dev=0.834
OP1 A 0, 0.000, 0.845, 1.691, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.845 std_dev=0.845
N7 B 0, 0.000, 0.904, 1.808, 1.808 max_d=1.808 avg_d=0.904 std_dev=0.904
O6 B 0, 0.000, 1.017, 2.034, 2.034 max_d=2.034 avg_d=1.017 std_dev=1.017

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.38 0.12
C2 0.00 0.00 0.08 0.05 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.09 0.02 0.08 0.03 0.38 0.13
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.13 0.01 0.09 0.02 0.05 0.05 0.12 0.15 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.33 0.10
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.13 0.00 0.12 0.02 0.08 0.05 0.10 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.33 0.11
C4 0.02 0.00 0.13 0.13 0.00 0.09 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.15 0.01 0.23 0.12 0.41 0.20
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.09 0.04 0.05 0.11 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.37 0.13
C5 0.02 0.00 0.09 0.12 0.00 0.11 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.13 0.03 0.25 0.15 0.39 0.21
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.19 0.00 0.21 0.00 0.18 0.10 0.13 0.21 0.02 0.01 0.06 0.03 0.00 0.03 0.15 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.04 0.19 0.13 0.38 0.18
N1 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.10 0.06 0.38 0.14
N3 0.01 0.00 0.12 0.10 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.13 0.01 0.15 0.06 0.40 0.17
N4 0.03 0.00 0.15 0.16 0.00 0.11 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.16 0.18 0.01 0.27 0.14 0.43 0.23
O2 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.05 0.05 0.01 0.02 0.36 0.09
O2' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.13 0.00 0.07 0.01 0.02 0.05 0.15 0.16 0.10 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.33 0.10
O3' 0.05 0.09 0.04 0.00 0.15 0.01 0.13 0.06 0.09 0.08 0.13 0.18 0.05 0.04 0.00 0.04 0.13 0.01 0.32 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.38 0.12
O5' 0.01 0.08 0.00 0.04 0.23 0.00 0.25 0.00 0.19 0.10 0.15 0.27 0.01 0.03 0.13 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.03 0.03 0.03 0.02 0.12 0.04 0.15 0.03 0.13 0.06 0.06 0.14 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.38 0.38 0.33 0.33 0.41 0.37 0.39 0.15 0.38 0.38 0.40 0.43 0.36 0.33 0.32 0.38 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.13 0.10 0.11 0.20 0.13 0.21 0.01 0.18 0.14 0.17 0.23 0.09 0.10 0.08 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.07 0.05 0.04 0.07 0.06 0.10 0.05 0.11 0.08 0.11 0.05 0.06 0.10 0.07 0.05 0.03 0.07 0.09 0.13 0.22 0.03 0.06
C2 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.01 0.09 0.04 0.07 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.08 0.22 0.04 0.04
C2' 0.03 0.01 0.05 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.12 0.08 0.04
C3' 0.09 0.04 0.11 0.10 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.11 0.04 0.00 0.06 0.11 0.10 0.10 0.08 0.07 0.02 0.09 0.03 0.17 0.11
C4 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.11 0.08 0.06 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.05 0.22 0.04 0.03
C4' 0.05 0.01 0.07 0.08 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.09 0.07 0.03 0.00 0.03 0.06 0.12 0.08
C5 0.10 0.08 0.09 0.07 0.13 0.09 0.16 0.08 0.16 0.16 0.12 0.04 0.08 0.17 0.13 0.07 0.05 0.11 0.09 0.17 0.26 0.09 0.10
C5' 0.12 0.00 0.18 0.17 0.07 0.12 0.04 0.13 0.03 0.10 0.06 0.02 0.06 0.07 0.10 0.21 0.17 0.09 0.07 0.09 0.05 0.22 0.16
C6 0.13 0.16 0.11 0.09 0.18 0.12 0.21 0.11 0.23 0.18 0.21 0.12 0.14 0.21 0.16 0.07 0.07 0.14 0.14 0.24 0.27 0.09 0.12
N1 0.07 0.08 0.07 0.05 0.09 0.06 0.12 0.06 0.14 0.11 0.12 0.04 0.06 0.13 0.09 0.07 0.04 0.08 0.09 0.15 0.24 0.06 0.08
N3 0.05 0.11 0.00 0.03 0.05 0.05 0.00 0.05 0.00 0.02 0.05 0.16 0.12 0.03 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.20 0.03 0.01
N4 0.12 0.16 0.04 0.08 0.12 0.11 0.06 0.10 0.05 0.03 0.10 0.19 0.18 0.01 0.09 0.00 0.09 0.12 0.11 0.01 0.18 0.01 0.02
O2 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.00 0.10 0.05 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.07 0.22 0.03 0.03
O2' 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.14 0.07 0.03
O3' 0.12 0.10 0.12 0.12 0.13 0.10 0.15 0.11 0.15 0.15 0.12 0.06 0.11 0.16 0.13 0.11 0.10 0.10 0.04 0.17 0.02 0.19 0.14
O4' 0.05 0.08 0.04 0.03 0.08 0.05 0.11 0.05 0.14 0.09 0.13 0.06 0.06 0.11 0.07 0.02 0.02 0.07 0.09 0.17 0.20 0.02 0.05
O5' 0.21 0.05 0.27 0.26 0.17 0.21 0.18 0.23 0.11 0.24 0.03 0.02 0.11 0.23 0.21 0.30 0.24 0.18 0.17 0.09 0.18 0.37 0.30
OP1 0.10 0.00 0.15 0.14 0.05 0.10 0.04 0.11 0.02 0.09 0.04 0.02 0.04 0.06 0.08 0.18 0.14 0.07 0.04 0.05 0.06 0.22 0.16
OP2 0.27 0.24 0.31 0.31 0.25 0.25 0.22 0.23 0.20 0.24 0.21 0.24 0.25 0.22 0.26 0.36 0.32 0.22 0.13 0.17 0.15 0.30 0.25
P 0.15 0.06 0.19 0.18 0.11 0.14 0.10 0.14 0.06 0.14 0.04 0.04 0.10 0.12 0.14 0.23 0.18 0.11 0.05 0.04 0.08 0.25 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.18 0.00 0.01
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.10 0.01 0.16 0.02 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.18 0.00 0.00
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 0.23 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.11 0.01 0.15 0.02 0.01
C4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.02 0.02
C5 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.13 0.01 0.12 0.04 0.00
C5' 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.13 0.00 0.12 0.04 0.00
C8 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.12 0.01 0.10 0.03 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.12 0.01 0.14 0.03 0.00
N2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.09 0.02 0.18 0.02 0.02
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.09 0.00 0.17 0.02 0.01
N7 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.14 0.01 0.09 0.04 0.01
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.01 0.15 0.02 0.01
O2' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.09 0.03 0.18 0.03 0.02
O3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.11 0.02 0.25 0.05 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.01 0.16 0.00 0.02
O5' 0.05 0.10 0.05 0.09 0.11 0.00 0.13 0.00 0.13 0.12 0.12 0.09 0.09 0.14 0.10 0.09 0.11 0.10 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.15 0.00 0.10 0.04 0.00
OP1 0.18 0.16 0.18 0.23 0.15 0.20 0.12 0.14 0.12 0.10 0.14 0.18 0.17 0.09 0.15 0.18 0.25 0.16 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00