ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48229

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O2 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
P A 0, 0.000, 0.092, 0.184, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.092 std_dev=0.092
C2' A 0, 0.000, 0.161, 0.322, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.161 std_dev=0.161
O4' A 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
O2' A 0, 0.000, 0.174, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.174 std_dev=0.174
C4' A 0, 0.000, 0.261, 0.523, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.261 std_dev=0.261
C3' A 0, 0.000, 0.272, 0.544, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.272 std_dev=0.272
O2' B 0, 0.000, 0.280, 0.561, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.280 std_dev=0.280
OP1 A 0, 0.000, 0.341, 0.683, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.341 std_dev=0.341
O5' A 0, 0.000, 0.354, 0.708, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.354 std_dev=0.354
C5' A 0, 0.000, 0.386, 0.771, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.386 std_dev=0.386
O3' A 0, 0.000, 0.393, 0.786, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.393 std_dev=0.393
OP2 A 0, 0.000, 0.539, 1.078, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.539 std_dev=0.539
C3' B 0, 0.000, 0.550, 1.099, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.550 std_dev=0.550
O3' B 0, 0.000, 0.713, 1.425, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.713 std_dev=0.713
C2' B 0, 0.000, 0.779, 1.558, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.779 std_dev=0.779
C4' B 0, 0.000, 1.195, 2.389, 2.389 max_d=2.389 avg_d=1.195 std_dev=1.195
OP1 B 0, 0.000, 1.341, 2.683, 2.683 max_d=2.683 avg_d=1.341 std_dev=1.341
C5' B 0, 0.000, 1.484, 2.967, 2.967 max_d=2.967 avg_d=1.484 std_dev=1.484
C1' B 0, 0.000, 1.667, 3.333, 3.333 max_d=3.333 avg_d=1.667 std_dev=1.667
O5' B 0, 0.000, 1.840, 3.679, 3.679 max_d=3.679 avg_d=1.840 std_dev=1.840
O4' B 0, 0.000, 1.987, 3.974, 3.974 max_d=3.974 avg_d=1.987 std_dev=1.987
P B 0, 0.000, 2.328, 4.657, 4.657 max_d=4.657 avg_d=2.328 std_dev=2.328
N3 B 0, 0.000, 2.499, 4.998, 4.998 max_d=4.998 avg_d=2.499 std_dev=2.499
N9 B 0, 0.000, 2.640, 5.280, 5.280 max_d=5.280 avg_d=2.640 std_dev=2.640
N2 B 0, 0.000, 2.723, 5.447, 5.447 max_d=5.447 avg_d=2.723 std_dev=2.723
C4 B 0, 0.000, 3.049, 6.099, 6.099 max_d=6.099 avg_d=3.049 std_dev=3.049
C2 B 0, 0.000, 3.137, 6.273, 6.273 max_d=6.273 avg_d=3.137 std_dev=3.137
OP2 B 0, 0.000, 3.380, 6.760, 6.760 max_d=6.760 avg_d=3.380 std_dev=3.380
C8 B 0, 0.000, 3.466, 6.932, 6.932 max_d=6.932 avg_d=3.466 std_dev=3.466
C5 B 0, 0.000, 4.162, 8.324, 8.324 max_d=8.324 avg_d=4.162 std_dev=4.162
N1 B 0, 0.000, 4.272, 8.543, 8.543 max_d=8.543 avg_d=4.272 std_dev=4.272
N7 B 0, 0.000, 4.414, 8.829, 8.829 max_d=8.829 avg_d=4.414 std_dev=4.414
C6 B 0, 0.000, 4.880, 9.759, 9.759 max_d=9.759 avg_d=4.880 std_dev=4.880
O6 B 0, 0.000, 5.926, 11.853, 11.853 max_d=11.853 avg_d=5.926 std_dev=5.926

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.11 0.17 0.06
C2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.01 0.03 0.06 0.13 0.04
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.03 0.10 0.00 0.01 0.00 0.06 0.20 0.34 0.16
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.07 0.05 0.09 0.01 0.00 0.00 0.05 0.23 0.36 0.19
C4 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.12 0.16 0.06
C5 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03
C5' 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.05 0.07 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.07 0.13 0.05
N3 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.02 0.03 0.03 0.09 0.04
N4 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02
O2 0.02 0.00 0.10 0.09 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.11 0.01 0.02 0.07 0.15 0.04
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.09 0.00 0.02 0.02 0.04 0.22 0.33 0.14
O3' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.08 0.07 0.11 0.02 0.00 0.01 0.04 0.29 0.42 0.23
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.06 0.01
O5' 0.04 0.03 0.06 0.05 0.04 0.02 0.06 0.00 0.06 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01
OP1 0.11 0.06 0.20 0.23 0.02 0.12 0.02 0.06 0.05 0.07 0.03 0.01 0.07 0.22 0.29 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.17 0.13 0.34 0.36 0.04 0.16 0.02 0.07 0.07 0.13 0.09 0.01 0.15 0.33 0.42 0.06 0.04 0.00 0.00 0.01
P 0.06 0.04 0.16 0.19 0.03 0.06 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.02 0.04 0.14 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.24 0.35 0.26 0.22 0.35 0.15 0.42 0.13 0.46 0.36 0.43 0.30 0.30 0.42 0.32 0.17 0.15 0.17 0.11 0.53 0.10 0.10 0.10
C2 0.42 0.81 0.34 0.26 0.73 0.20 0.90 0.20 1.02 0.73 0.98 0.74 0.66 0.87 0.62 0.15 0.09 0.32 0.27 1.13 0.19 0.36 0.27
C2' 0.22 0.44 0.30 0.26 0.41 0.09 0.53 0.07 0.62 0.42 0.57 0.38 0.34 0.53 0.35 0.18 0.19 0.10 0.11 0.72 0.10 0.15 0.10
C3' 0.06 0.07 0.24 0.23 0.10 0.03 0.16 0.00 0.18 0.14 0.14 0.02 0.05 0.17 0.10 0.20 0.26 0.05 0.01 0.24 0.03 0.06 0.05
C4 0.30 0.45 0.31 0.24 0.49 0.16 0.60 0.15 0.64 0.52 0.57 0.31 0.39 0.61 0.44 0.16 0.13 0.21 0.19 0.71 0.14 0.23 0.18
C4' 0.02 0.17 0.16 0.16 0.09 0.05 0.11 0.02 0.15 0.05 0.19 0.22 0.11 0.08 0.04 0.18 0.23 0.04 0.08 0.15 0.02 0.20 0.11
C5 0.09 0.06 0.21 0.19 0.05 0.09 0.08 0.07 0.06 0.12 0.01 0.18 0.03 0.12 0.09 0.19 0.21 0.03 0.02 0.10 0.05 0.03 0.00
C5' 0.17 0.58 0.05 0.09 0.44 0.04 0.54 0.07 0.65 0.38 0.68 0.62 0.44 0.49 0.33 0.16 0.24 0.21 0.24 0.71 0.13 0.45 0.29
C6 0.10 0.03 0.20 0.19 0.06 0.09 0.09 0.08 0.07 0.12 0.01 0.12 0.01 0.12 0.10 0.19 0.20 0.04 0.01 0.10 0.04 0.05 0.01
N1 0.26 0.38 0.27 0.23 0.38 0.15 0.46 0.14 0.51 0.40 0.47 0.31 0.32 0.47 0.35 0.17 0.15 0.18 0.13 0.58 0.11 0.14 0.12
N3 0.46 0.89 0.37 0.28 0.82 0.21 1.00 0.21 1.12 0.81 1.07 0.77 0.73 0.98 0.70 0.14 0.07 0.34 0.30 1.23 0.21 0.42 0.31
N4 0.33 0.45 0.34 0.26 0.54 0.16 0.67 0.15 0.70 0.60 0.60 0.27 0.41 0.69 0.50 0.14 0.11 0.22 0.22 0.77 0.16 0.29 0.22
O2 0.51 1.08 0.38 0.28 0.94 0.24 1.16 0.24 1.35 0.92 1.32 1.02 0.85 1.12 0.78 0.13 0.04 0.40 0.35 1.51 0.24 0.50 0.37
O2' 0.32 0.65 0.34 0.28 0.58 0.15 0.74 0.14 0.86 0.59 0.82 0.61 0.51 0.72 0.49 0.19 0.16 0.21 0.20 0.99 0.16 0.26 0.19
O3' 0.06 0.12 0.27 0.25 0.13 0.02 0.20 0.02 0.25 0.16 0.20 0.07 0.08 0.22 0.12 0.21 0.29 0.07 0.01 0.31 0.03 0.04 0.05
O4' 0.10 0.07 0.16 0.15 0.01 0.11 0.01 0.09 0.05 0.05 0.09 0.13 0.01 0.02 0.06 0.17 0.17 0.07 0.02 0.05 0.01 0.12 0.04
O5' 0.28 0.75 0.01 0.06 0.59 0.10 0.69 0.14 0.82 0.52 0.85 0.79 0.60 0.64 0.46 0.14 0.27 0.33 0.31 0.87 0.18 0.54 0.37
OP1 0.35 0.91 0.05 0.13 0.76 0.10 0.92 0.14 1.08 0.70 1.08 0.92 0.72 0.88 0.60 0.23 0.42 0.41 0.35 1.19 0.16 0.66 0.44
OP2 0.30 0.82 0.11 0.18 0.67 0.06 0.80 0.09 0.93 0.60 0.94 0.83 0.66 0.75 0.52 0.29 0.47 0.37 0.27 1.00 0.07 0.54 0.34
P 0.37 0.92 0.01 0.07 0.77 0.13 0.92 0.17 1.08 0.71 1.08 0.93 0.74 0.88 0.61 0.19 0.35 0.42 0.38 1.17 0.20 0.67 0.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.17 0.03 0.19 0.21 0.17
C2 0.00 0.00 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.07 0.03 0.19 0.04 0.26 0.27 0.20
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.06 0.14 0.01 0.13 0.10 0.13 0.05 0.00 0.01 0.00 0.06 0.10 0.12 0.06 0.07
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.12 0.02 0.11 0.20 0.03 0.10 0.06 0.20 0.08 0.02 0.01 0.01 0.05 0.16 0.06 0.08 0.03
C4 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.19 0.03 0.25 0.27 0.21
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.03 0.03 0.01 0.09 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.06 0.00 0.01
C5 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.13 0.01 0.17 0.02 0.26 0.29 0.22
C5' 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00
C6 0.01 0.02 0.06 0.11 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.02 0.17 0.02 0.27 0.29 0.21
C8 0.01 0.01 0.14 0.20 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.22 0.00 0.16 0.02 0.24 0.27 0.21
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.18 0.03 0.26 0.28 0.21
N2 0.01 0.00 0.13 0.10 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.18 0.15 0.03 0.20 0.04 0.26 0.26 0.20
N3 0.01 0.00 0.10 0.06 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.14 0.09 0.03 0.19 0.03 0.25 0.26 0.20
N7 0.01 0.01 0.13 0.20 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.23 0.00 0.15 0.01 0.26 0.29 0.22
N9 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.01 0.19 0.02 0.24 0.25 0.20
O2' 0.04 0.12 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.07 0.05 0.18 0.14 0.08 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05
O3' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.13 0.00 0.12 0.22 0.03 0.15 0.09 0.23 0.08 0.01 0.00 0.01 0.16 0.19 0.07 0.21 0.14
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.18 0.03 0.17 0.18 0.15
O5' 0.17 0.19 0.06 0.05 0.19 0.01 0.17 0.01 0.17 0.16 0.18 0.20 0.19 0.15 0.19 0.05 0.16 0.18 0.00 0.14 0.03 0.00 0.00
O6 0.03 0.04 0.10 0.16 0.03 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.06 0.19 0.03 0.14 0.00 0.26 0.28 0.21
OP1 0.19 0.26 0.12 0.06 0.25 0.06 0.26 0.05 0.27 0.24 0.26 0.26 0.25 0.26 0.24 0.07 0.07 0.17 0.03 0.26 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.27 0.06 0.08 0.27 0.00 0.29 0.01 0.29 0.27 0.28 0.26 0.26 0.29 0.25 0.06 0.21 0.18 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.20 0.07 0.03 0.21 0.01 0.22 0.00 0.21 0.21 0.21 0.20 0.20 0.22 0.20 0.05 0.14 0.15 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00