ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48230

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N9 B 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C4 B 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N7 B 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C8 B 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C1' B 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.034
N4 A 0, 0.000, 0.036, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O4' B 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
N3 B 0, 0.000, 0.043, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.043 std_dev=0.043
C4' A 0, 0.000, 0.043, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.043 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.000, 0.046, 0.091, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C5 B 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C3' A 0, 0.000, 0.056, 0.111, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.056 std_dev=0.056
C2' B 0, 0.000, 0.060, 0.119, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.060 std_dev=0.060
O2' A 0, 0.000, 0.063, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.063 std_dev=0.063
OP1 B 0, 0.000, 0.070, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.070 std_dev=0.070
C4' B 0, 0.000, 0.071, 0.142, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.071 std_dev=0.071
O5' B 0, 0.000, 0.073, 0.145, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.073 std_dev=0.073
C3' B 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
O5' A 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
O2' B 0, 0.000, 0.081, 0.161, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.081 std_dev=0.081
OP2 B 0, 0.000, 0.082, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.082 std_dev=0.082
C2 B 0, 0.000, 0.083, 0.167, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.083 std_dev=0.083
P B 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
C5' B 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
C5' A 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
O3' A 0, 0.000, 0.085, 0.171, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.085 std_dev=0.085
P A 0, 0.000, 0.094, 0.188, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.094 std_dev=0.094
OP2 A 0, 0.000, 0.094, 0.188, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.094 std_dev=0.094
C6 B 0, 0.000, 0.100, 0.199, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.100 std_dev=0.100
N2 B 0, 0.000, 0.104, 0.207, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.104 std_dev=0.104
OP1 A 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
O3' B 0, 0.000, 0.107, 0.213, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.107 std_dev=0.107
N1 B 0, 0.000, 0.115, 0.231, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.115 std_dev=0.115
O6 B 0, 0.000, 0.131, 0.261, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.131 std_dev=0.131

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
N4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02
O2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01
O5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
C2 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00
C2' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00
C3' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C4 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
N1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
N3 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00
N4 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
O2 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
O2' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00
O3' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
O5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00
OP2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
P 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C4 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02
C8 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
N1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02
N2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
N7 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
O5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02
OP1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00