ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48236

back

Distances from reference structure (by RMSD)

6, 7, 10, 17, 6, 6, 6, 0, 0, 0, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C5 A 0, -0.004, 0.011, 0.027, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.011 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.002, 0.020, 0.037, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.020 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.002, 0.022, 0.041, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.022 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.013, 0.047, 0.081, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.047 std_dev=0.034
N4 A 0, 0.006, 0.047, 0.088, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.047 std_dev=0.041
O2' B 0, 0.169, 0.350, 0.532, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.350 std_dev=0.181
O4' A 0, -0.019, 0.237, 0.494, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.237 std_dev=0.257
C2' A 0, -0.031, 0.235, 0.500, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.235 std_dev=0.266
O2 B 0, 0.117, 0.387, 0.656, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.387 std_dev=0.269
C2' B 0, 0.082, 0.408, 0.733, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.408 std_dev=0.325
O2' A 0, 0.017, 0.386, 0.755, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.386 std_dev=0.369
C2 B 0, 0.067, 0.462, 0.858, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.462 std_dev=0.396
C3' A 0, -0.106, 0.332, 0.770, 1.787 max_d=1.787 avg_d=0.332 std_dev=0.438
C4' A 0, -0.159, 0.292, 0.744, 1.932 max_d=1.932 avg_d=0.292 std_dev=0.452
C1' B 0, 0.033, 0.490, 0.947, 2.122 max_d=2.122 avg_d=0.490 std_dev=0.457
N1 B 0, -0.007, 0.525, 1.057, 2.379 max_d=2.379 avg_d=0.525 std_dev=0.532
C3' B 0, -0.062, 0.505, 1.071, 2.566 max_d=2.566 avg_d=0.505 std_dev=0.567
O3' A 0, -0.103, 0.469, 1.040, 2.389 max_d=2.389 avg_d=0.469 std_dev=0.571
N3 B 0, -0.043, 0.572, 1.187, 2.591 max_d=2.591 avg_d=0.572 std_dev=0.615
O3' B 0, -0.058, 0.574, 1.207, 2.861 max_d=2.861 avg_d=0.574 std_dev=0.633
C5' A 0, -0.238, 0.517, 1.272, 3.177 max_d=3.177 avg_d=0.517 std_dev=0.755
O4' B 0, -0.168, 0.624, 1.416, 3.621 max_d=3.621 avg_d=0.624 std_dev=0.792
O5' A 0, -0.258, 0.540, 1.338, 3.347 max_d=3.347 avg_d=0.540 std_dev=0.798
C6 B 0, -0.164, 0.686, 1.535, 3.821 max_d=3.821 avg_d=0.686 std_dev=0.849
C4' B 0, -0.246, 0.625, 1.495, 3.902 max_d=3.902 avg_d=0.625 std_dev=0.870
C4 B 0, -0.205, 0.720, 1.646, 4.045 max_d=4.045 avg_d=0.720 std_dev=0.926
O5' B 0, -0.251, 0.759, 1.769, 4.589 max_d=4.589 avg_d=0.759 std_dev=1.010
C5 B 0, -0.260, 0.775, 1.809, 4.607 max_d=4.607 avg_d=0.775 std_dev=1.035
P A 0, -0.316, 0.735, 1.786, 4.473 max_d=4.473 avg_d=0.735 std_dev=1.051
C5' B 0, -0.343, 0.751, 1.844, 4.855 max_d=4.855 avg_d=0.751 std_dev=1.093
OP2 A 0, -0.271, 0.823, 1.917, 4.716 max_d=4.716 avg_d=0.823 std_dev=1.094
O4 B 0, -0.284, 0.832, 1.948, 4.846 max_d=4.846 avg_d=0.832 std_dev=1.116
OP1 A 0, -0.304, 0.873, 2.049, 4.985 max_d=4.985 avg_d=0.873 std_dev=1.177
P B 0, -0.409, 0.806, 2.020, 5.307 max_d=5.307 avg_d=0.806 std_dev=1.215
OP1 B 0, -0.666, 0.934, 2.534, 6.994 max_d=6.994 avg_d=0.934 std_dev=1.600
OP2 B 0, -0.614, 1.001, 2.617, 7.033 max_d=7.033 avg_d=1.001 std_dev=1.615

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.09 0.01 0.10 0.12 0.16 0.10
C2 0.03 0.00 0.10 0.12 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.10 0.13 0.12 0.14 0.22 0.15
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.09 0.05 0.11 0.03 0.08 0.05 0.16 0.01 0.03 0.03 0.12 0.21 0.17 0.14
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.20 0.00 0.20 0.02 0.18 0.12 0.16 0.21 0.08 0.02 0.01 0.03 0.06 0.21 0.13 0.12
C4 0.02 0.01 0.05 0.20 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.18 0.05 0.29 0.33 0.47 0.38
C4' 0.02 0.08 0.02 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.17 0.05 0.07 0.11 0.16 0.14 0.03 0.01 0.02 0.12 0.05 0.04
C5 0.03 0.01 0.09 0.20 0.01 0.16 0.00 0.29 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.23 0.20 0.08 0.40 0.43 0.57 0.49
C5' 0.02 0.12 0.05 0.02 0.19 0.01 0.29 0.00 0.27 0.11 0.14 0.22 0.21 0.11 0.08 0.02 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.18 0.01 0.17 0.01 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.17 0.12 0.37 0.36 0.46 0.42
N1 0.01 0.01 0.03 0.12 0.02 0.05 0.02 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.09 0.02 0.18 0.17 0.26 0.21
N3 0.03 0.01 0.08 0.16 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.13 0.11 0.18 0.20 0.33 0.24
N4 0.03 0.02 0.05 0.21 0.01 0.11 0.01 0.22 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.18 0.20 0.05 0.32 0.39 0.54 0.43
O2 0.05 0.01 0.16 0.08 0.02 0.16 0.02 0.21 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.18 0.11 0.23 0.12 0.16 0.13 0.10
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.17 0.14 0.23 0.11 0.22 0.10 0.13 0.18 0.18 0.00 0.07 0.10 0.10 0.22 0.17 0.13
O3' 0.09 0.10 0.03 0.01 0.18 0.03 0.20 0.08 0.17 0.09 0.13 0.20 0.11 0.07 0.00 0.05 0.13 0.32 0.25 0.22
O4' 0.01 0.13 0.03 0.03 0.05 0.01 0.08 0.02 0.12 0.02 0.11 0.05 0.23 0.10 0.05 0.00 0.15 0.12 0.22 0.15
O5' 0.10 0.12 0.12 0.06 0.29 0.02 0.40 0.01 0.37 0.18 0.18 0.32 0.12 0.10 0.13 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.14 0.21 0.21 0.33 0.12 0.43 0.07 0.36 0.17 0.20 0.39 0.16 0.22 0.32 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.16 0.22 0.17 0.13 0.47 0.05 0.57 0.02 0.46 0.26 0.33 0.54 0.13 0.17 0.25 0.22 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.15 0.14 0.12 0.38 0.04 0.49 0.02 0.42 0.21 0.24 0.43 0.10 0.13 0.22 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.37 0.28 0.25 0.89 0.38 0.99 0.59 0.80 0.51 0.57 0.17 0.17 0.26 1.03 0.42 0.47 0.95 0.31 0.42
C2 0.27 0.36 0.24 0.19 0.81 0.25 0.85 0.41 0.68 0.44 0.56 0.19 0.14 0.31 0.93 0.31 0.30 0.67 0.34 0.23
C2' 0.35 0.41 0.28 0.26 0.94 0.41 1.02 0.60 0.82 0.53 0.62 0.20 0.18 0.24 1.10 0.46 0.51 0.96 0.34 0.45
C3' 0.66 0.71 0.54 0.53 1.29 0.74 1.41 0.97 1.19 0.86 0.93 0.43 0.28 0.33 1.46 0.81 0.87 1.38 0.63 0.83
C4 0.27 0.33 0.24 0.19 0.67 0.25 0.72 0.39 0.61 0.41 0.48 0.19 0.14 0.27 0.72 0.30 0.25 0.55 0.39 0.17
C4' 0.56 0.61 0.47 0.45 1.21 0.66 1.36 0.93 1.14 0.78 0.83 0.31 0.20 0.26 1.37 0.72 0.83 1.39 0.57 0.81
C5 0.35 0.34 0.30 0.27 0.72 0.39 0.85 0.56 0.74 0.49 0.47 0.18 0.18 0.22 0.75 0.43 0.39 0.76 0.33 0.30
C5' 0.75 0.77 0.63 0.62 1.38 0.88 1.56 1.17 1.35 0.96 0.99 0.46 0.29 0.37 1.52 0.94 1.07 1.68 0.78 1.07
C6 0.36 0.35 0.31 0.29 0.81 0.43 0.94 0.62 0.80 0.51 0.51 0.18 0.18 0.22 0.88 0.46 0.47 0.90 0.32 0.39
N1 0.32 0.36 0.28 0.24 0.85 0.35 0.94 0.54 0.77 0.49 0.56 0.17 0.16 0.26 0.96 0.40 0.41 0.84 0.31 0.34
N3 0.24 0.34 0.21 0.17 0.72 0.21 0.74 0.33 0.60 0.40 0.53 0.20 0.13 0.33 0.82 0.26 0.23 0.53 0.40 0.16
N4 0.23 0.29 0.20 0.16 0.52 0.19 0.55 0.27 0.48 0.34 0.40 0.22 0.12 0.29 0.55 0.24 0.19 0.36 0.49 0.16
O2 0.25 0.37 0.22 0.18 0.83 0.23 0.85 0.37 0.66 0.42 0.58 0.21 0.14 0.36 0.97 0.28 0.27 0.65 0.35 0.21
O2' 0.19 0.23 0.16 0.16 0.71 0.24 0.80 0.45 0.61 0.33 0.40 0.24 0.25 0.31 0.88 0.27 0.41 0.86 0.34 0.37
O3' 0.71 0.77 0.59 0.57 1.40 0.82 1.52 1.07 1.28 0.93 1.01 0.47 0.28 0.33 1.59 0.89 1.00 1.54 0.84 1.00
O4' 0.38 0.43 0.32 0.29 0.98 0.46 1.11 0.71 0.91 0.58 0.64 0.19 0.16 0.24 1.12 0.50 0.59 1.12 0.36 0.55
O5' 0.88 0.91 0.74 0.74 1.47 1.01 1.66 1.29 1.46 1.09 1.10 0.61 0.37 0.46 1.58 1.08 1.18 1.74 0.84 1.15
OP1 1.12 1.07 0.94 1.00 1.63 1.34 1.87 1.66 1.69 1.30 1.24 0.77 0.50 0.70 1.72 1.39 1.58 2.24 1.34 1.62
OP2 1.24 1.19 1.05 1.09 1.65 1.42 1.90 1.71 1.76 1.40 1.33 0.93 0.62 0.82 1.68 1.49 1.59 2.14 1.19 1.54
P 1.10 1.07 0.94 0.97 1.59 1.28 1.83 1.59 1.66 1.28 1.24 0.78 0.52 0.68 1.67 1.34 1.47 2.08 1.13 1.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.07 0.02 0.01 0.18 0.12 0.30 0.13
C2 0.03 0.00 0.08 0.05 0.01 0.04 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.10 0.02 0.05 0.19 0.17 0.24 0.12
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.08 0.08 0.02 0.06 0.13 0.01 0.02 0.04 0.01 0.30 0.13 0.66 0.36
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.04 0.10 0.02 0.01 0.04 0.02 0.20 0.13 0.64 0.28
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.07 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.07 0.01 0.03 0.18 0.25 0.23 0.09
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.05 0.04 0.01 0.03 0.08 0.01 0.02 0.10 0.26 0.06
C5 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.08 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.06 0.02 0.03 0.18 0.27 0.25 0.10
C5' 0.07 0.15 0.08 0.02 0.21 0.01 0.22 0.00 0.20 0.15 0.18 0.12 0.07 0.03 0.22 0.02 0.01 0.16 0.17 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.06 0.01 0.07 0.01 0.20 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.06 0.02 0.05 0.20 0.22 0.20 0.10
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.07 0.02 0.01 0.20 0.17 0.22 0.11
N3 0.02 0.01 0.06 0.04 0.01 0.05 0.01 0.18 0.02 0.01 0.00 0.02 0.12 0.09 0.02 0.04 0.19 0.21 0.22 0.10
O2 0.04 0.01 0.13 0.10 0.02 0.04 0.02 0.12 0.02 0.02 0.02 0.00 0.22 0.14 0.03 0.07 0.19 0.15 0.30 0.15
O2' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.07 0.01 0.09 0.07 0.10 0.04 0.12 0.22 0.00 0.04 0.08 0.02 0.32 0.17 0.80 0.44
O3' 0.07 0.10 0.02 0.01 0.07 0.03 0.06 0.03 0.06 0.07 0.09 0.14 0.04 0.00 0.07 0.08 0.14 0.14 0.60 0.23
O4 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.08 0.02 0.22 0.02 0.02 0.02 0.03 0.08 0.07 0.00 0.03 0.18 0.27 0.27 0.10
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.04 0.07 0.02 0.08 0.03 0.00 0.16 0.20 0.19 0.11
O5' 0.18 0.19 0.30 0.20 0.18 0.02 0.18 0.01 0.20 0.20 0.19 0.19 0.32 0.14 0.18 0.16 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.12 0.17 0.13 0.13 0.25 0.10 0.27 0.16 0.22 0.17 0.21 0.15 0.17 0.14 0.27 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.24 0.66 0.64 0.23 0.26 0.25 0.17 0.20 0.22 0.22 0.30 0.80 0.60 0.27 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.12 0.36 0.28 0.09 0.06 0.10 0.02 0.10 0.11 0.10 0.15 0.44 0.23 0.10 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00