ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48237

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 17, 13, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.018 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.011, 0.024, 0.038, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.001, 0.016, 0.032, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.024, 0.052, 0.080, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.052 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.003, 0.037, 0.071, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.037 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.064, 0.117, 0.170, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.117 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.048, 0.107, 0.166, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.107 std_dev=0.059
C3' A 0, 0.060, 0.158, 0.256, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.158 std_dev=0.098
O2' A 0, 0.066, 0.166, 0.266, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.166 std_dev=0.100
O2' B 0, 0.201, 0.302, 0.403, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.302 std_dev=0.101
C4' A 0, 0.047, 0.150, 0.254, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.150 std_dev=0.104
C1' B 0, 0.168, 0.283, 0.398, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.283 std_dev=0.115
C2' B 0, 0.145, 0.271, 0.396, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.271 std_dev=0.126
C2 B 0, 0.097, 0.233, 0.369, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.233 std_dev=0.136
O2 B 0, 0.101, 0.239, 0.378, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.239 std_dev=0.139
N1 B 0, 0.124, 0.265, 0.405, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.265 std_dev=0.140
O3' B 0, 0.166, 0.307, 0.447, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.307 std_dev=0.141
P A 0, 0.103, 0.247, 0.390, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.247 std_dev=0.144
C3' B 0, 0.156, 0.301, 0.446, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.301 std_dev=0.145
O4' B 0, 0.216, 0.363, 0.510, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.363 std_dev=0.147
O3' A 0, 0.070, 0.219, 0.368, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.219 std_dev=0.149
C4' B 0, 0.166, 0.328, 0.490, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.328 std_dev=0.162
N3 B 0, 0.147, 0.311, 0.474, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.311 std_dev=0.163
C5' A 0, 0.053, 0.225, 0.397, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.225 std_dev=0.172
C6 B 0, 0.166, 0.357, 0.549, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.357 std_dev=0.192
OP2 A 0, 0.099, 0.293, 0.488, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.293 std_dev=0.194
C5' B 0, 0.144, 0.351, 0.557, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.351 std_dev=0.206
O5' A 0, 0.026, 0.238, 0.450, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.238 std_dev=0.212
C4 B 0, 0.169, 0.384, 0.598, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.384 std_dev=0.215
C5 B 0, 0.175, 0.403, 0.631, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.403 std_dev=0.228
O5' B 0, 0.199, 0.435, 0.672, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.435 std_dev=0.236
O4 B 0, 0.221, 0.480, 0.739, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.480 std_dev=0.259
OP1 A 0, 0.052, 0.322, 0.592, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.322 std_dev=0.270
P B 0, 0.223, 0.494, 0.765, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.494 std_dev=0.271
OP2 B 0, 0.245, 0.550, 0.856, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.550 std_dev=0.306
OP1 B 0, 0.190, 0.520, 0.851, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.520 std_dev=0.330

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.16 0.13 0.15 0.05
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.21 0.08 0.15 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.08 0.00 0.01 0.01 0.07 0.11 0.15 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.04 0.06 0.09 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.16 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.22 0.09 0.18 0.07
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.04 0.08 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.15 0.18 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.04 0.23 0.09 0.21 0.09
C5' 0.03 0.09 0.01 0.01 0.15 0.00 0.17 0.00 0.15 0.09 0.11 0.16 0.08 0.04 0.03 0.02 0.01 0.19 0.19 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.23 0.09 0.20 0.07
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.21 0.09 0.16 0.05
N3 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.22 0.07 0.15 0.06
N4 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.21 0.13 0.18 0.09
O2 0.04 0.00 0.08 0.09 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.10 0.04 0.20 0.11 0.14 0.08
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.09 0.00 0.03 0.05 0.03 0.12 0.16 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.02 0.08 0.03 0.07 0.03 0.05 0.06 0.10 0.03 0.00 0.02 0.15 0.11 0.15 0.08
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.00 0.16 0.17 0.15 0.07
O5' 0.16 0.21 0.07 0.04 0.22 0.01 0.23 0.01 0.23 0.21 0.22 0.21 0.20 0.03 0.15 0.16 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.13 0.08 0.11 0.11 0.09 0.15 0.09 0.19 0.09 0.09 0.07 0.13 0.11 0.12 0.11 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.15 0.15 0.16 0.18 0.18 0.21 0.19 0.20 0.16 0.15 0.18 0.14 0.16 0.15 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.06 0.04 0.04 0.07 0.03 0.09 0.01 0.07 0.05 0.06 0.09 0.08 0.04 0.08 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.11 0.08 0.10 0.07 0.07 0.10 0.13 0.08 0.11 0.08 0.06 0.08 0.07 0.05
C2 0.06 0.07 0.08 0.06 0.10 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.09 0.07 0.14 0.07 0.11 0.07 0.06 0.05 0.09 0.04
C2' 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.11 0.08 0.10 0.07 0.07 0.10 0.13 0.07 0.11 0.08 0.06 0.08 0.08 0.05
C3' 0.09 0.07 0.09 0.06 0.11 0.07 0.14 0.08 0.13 0.10 0.08 0.08 0.15 0.06 0.12 0.09 0.08 0.09 0.09 0.07
C4 0.08 0.08 0.09 0.06 0.09 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.09 0.08 0.14 0.07 0.09 0.08 0.06 0.06 0.09 0.06
C4' 0.11 0.08 0.11 0.07 0.13 0.07 0.16 0.08 0.16 0.12 0.09 0.08 0.16 0.06 0.13 0.10 0.10 0.10 0.11 0.08
C5 0.09 0.09 0.09 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07 0.10 0.10 0.09 0.10 0.13 0.08 0.10 0.10 0.07 0.07 0.08 0.07
C5' 0.19 0.15 0.18 0.13 0.20 0.13 0.24 0.13 0.24 0.20 0.16 0.12 0.22 0.11 0.19 0.17 0.16 0.14 0.17 0.14
C6 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.11 0.12 0.08 0.10 0.10 0.08 0.09 0.08 0.07
N1 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.07 0.07 0.09 0.13 0.08 0.10 0.09 0.07 0.08 0.08 0.05
N3 0.07 0.08 0.09 0.06 0.10 0.05 0.09 0.05 0.08 0.07 0.10 0.07 0.15 0.07 0.11 0.07 0.06 0.05 0.10 0.06
N4 0.10 0.10 0.11 0.08 0.11 0.07 0.10 0.07 0.10 0.10 0.11 0.11 0.15 0.09 0.11 0.10 0.09 0.08 0.11 0.09
O2 0.06 0.08 0.08 0.06 0.12 0.06 0.11 0.06 0.09 0.07 0.11 0.08 0.15 0.07 0.14 0.07 0.06 0.05 0.10 0.05
O2' 0.07 0.08 0.08 0.06 0.10 0.06 0.12 0.07 0.11 0.08 0.09 0.12 0.13 0.07 0.12 0.07 0.07 0.08 0.08 0.05
O3' 0.10 0.07 0.10 0.07 0.11 0.07 0.15 0.08 0.15 0.10 0.08 0.08 0.15 0.06 0.12 0.10 0.09 0.10 0.09 0.08
O4' 0.08 0.07 0.09 0.07 0.11 0.08 0.13 0.09 0.13 0.09 0.07 0.10 0.13 0.09 0.11 0.09 0.07 0.09 0.08 0.06
O5' 0.19 0.22 0.21 0.24 0.15 0.23 0.13 0.24 0.14 0.18 0.19 0.27 0.19 0.25 0.15 0.20 0.21 0.24 0.21 0.22
OP1 0.07 0.04 0.08 0.08 0.05 0.09 0.08 0.11 0.09 0.06 0.05 0.07 0.12 0.08 0.06 0.08 0.10 0.15 0.10 0.10
OP2 0.20 0.21 0.17 0.13 0.25 0.16 0.25 0.16 0.24 0.22 0.23 0.19 0.19 0.12 0.25 0.20 0.15 0.18 0.15 0.15
P 0.05 0.05 0.05 0.07 0.07 0.09 0.09 0.12 0.09 0.06 0.05 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.10 0.15 0.10 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.08 0.05 0.08 0.05
C2 0.03 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.07 0.02 0.03 0.13 0.08 0.17 0.10
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.07 0.10 0.00 0.02 0.07 0.01 0.06 0.06 0.09 0.06
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.08 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.05 0.05 0.04
C4 0.03 0.01 0.06 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.07 0.00 0.02 0.15 0.11 0.20 0.13
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.03 0.14 0.11 0.17 0.12
C5' 0.02 0.05 0.03 0.01 0.09 0.01 0.10 0.00 0.09 0.05 0.06 0.06 0.03 0.03 0.09 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.13 0.08 0.13 0.09
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.12 0.06 0.13 0.08
N3 0.03 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.07 0.01 0.03 0.15 0.10 0.20 0.12
O2 0.04 0.00 0.10 0.08 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.16 0.10 0.02 0.05 0.13 0.09 0.17 0.10
O2' 0.02 0.10 0.00 0.01 0.08 0.01 0.06 0.03 0.05 0.03 0.10 0.16 0.00 0.04 0.09 0.01 0.07 0.08 0.13 0.09
O3' 0.03 0.07 0.02 0.01 0.07 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.07 0.10 0.04 0.00 0.07 0.02 0.04 0.05 0.06 0.04
O4 0.03 0.02 0.07 0.06 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.03 0.01 0.02 0.09 0.07 0.00 0.03 0.16 0.13 0.22 0.14
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.08 0.06 0.08 0.06
O5' 0.08 0.13 0.06 0.04 0.15 0.01 0.14 0.01 0.13 0.12 0.15 0.13 0.07 0.04 0.16 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.08 0.06 0.05 0.11 0.04 0.11 0.04 0.08 0.06 0.10 0.09 0.08 0.05 0.13 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.17 0.09 0.05 0.20 0.02 0.17 0.01 0.13 0.13 0.20 0.17 0.13 0.06 0.22 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.10 0.06 0.04 0.13 0.02 0.12 0.01 0.09 0.08 0.12 0.10 0.09 0.04 0.14 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00