ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48238

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 4, 2, 1, 1, 3, 2, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.020, 0.030, 0.041, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.030 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.020, 0.030, 0.041, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.030 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.021, 0.035, 0.049, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.035 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.022, 0.036, 0.051, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.036 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.066, 0.097, 0.129, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.097 std_dev=0.032
O2 A 0, 0.058, 0.093, 0.128, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.093 std_dev=0.035
O2' B 0, 0.191, 0.495, 0.798, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.495 std_dev=0.303
C2' B 0, 0.230, 0.543, 0.856, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.543 std_dev=0.313
C2' A 0, 0.030, 0.377, 0.723, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.377 std_dev=0.346
O4' A 0, 0.005, 0.353, 0.700, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.353 std_dev=0.348
O4' B 0, 0.224, 0.668, 1.111, 1.928 max_d=1.928 avg_d=0.668 std_dev=0.443
C1' B 0, 0.265, 0.718, 1.170, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.718 std_dev=0.453
P A 0, 0.363, 0.871, 1.379, 2.024 max_d=2.024 avg_d=0.871 std_dev=0.508
C3' B 0, 0.319, 0.832, 1.345, 1.908 max_d=1.908 avg_d=0.832 std_dev=0.513
C4' A 0, 0.015, 0.533, 1.051, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.533 std_dev=0.518
C4' B 0, 0.369, 0.891, 1.413, 1.973 max_d=1.973 avg_d=0.891 std_dev=0.522
C5' A 0, 0.155, 0.731, 1.307, 1.969 max_d=1.969 avg_d=0.731 std_dev=0.576
C3' A 0, -0.034, 0.562, 1.158, 1.709 max_d=1.709 avg_d=0.562 std_dev=0.596
OP1 A 0, 0.314, 0.930, 1.546, 2.444 max_d=2.444 avg_d=0.930 std_dev=0.616
O2' A 0, 0.026, 0.668, 1.310, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.668 std_dev=0.642
O5' A 0, 0.322, 1.007, 1.692, 2.004 max_d=2.004 avg_d=1.007 std_dev=0.685
O3' B 0, 0.345, 1.102, 1.859, 2.509 max_d=2.509 avg_d=1.102 std_dev=0.757
OP2 A 0, 0.406, 1.219, 2.032, 2.479 max_d=2.479 avg_d=1.219 std_dev=0.813
C5' B 0, 0.357, 1.212, 2.068, 3.170 max_d=3.170 avg_d=1.212 std_dev=0.856
O3' A 0, -0.213, 0.824, 1.862, 2.685 max_d=2.685 avg_d=0.824 std_dev=1.037
O5' B 0, 0.245, 1.302, 2.358, 3.530 max_d=3.530 avg_d=1.302 std_dev=1.057
N1 B 0, 0.007, 1.102, 2.198, 3.126 max_d=3.126 avg_d=1.102 std_dev=1.095
C6 B 0, -0.145, 1.373, 2.891, 4.120 max_d=4.120 avg_d=1.373 std_dev=1.518
C2 B 0, -0.151, 1.428, 3.008, 4.363 max_d=4.363 avg_d=1.428 std_dev=1.580
O2 B 0, -0.071, 1.552, 3.176, 4.516 max_d=4.516 avg_d=1.552 std_dev=1.623
P B 0, 0.022, 1.671, 3.319, 5.294 max_d=5.294 avg_d=1.671 std_dev=1.649
OP1 B 0, 0.126, 2.007, 3.889, 6.166 max_d=6.166 avg_d=2.007 std_dev=1.882
OP2 B 0, -0.210, 1.771, 3.752, 5.973 max_d=5.973 avg_d=1.771 std_dev=1.981
C5 B 0, -0.450, 1.767, 3.984, 5.760 max_d=5.760 avg_d=1.767 std_dev=2.217
N3 B 0, -0.435, 1.791, 4.017, 5.897 max_d=5.897 avg_d=1.791 std_dev=2.226
C4 B 0, -0.626, 1.930, 4.487, 6.589 max_d=6.589 avg_d=1.930 std_dev=2.557
O4 B 0, -0.863, 2.342, 5.546, 8.183 max_d=8.183 avg_d=2.342 std_dev=3.204

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.29 0.00 0.27 0.17 0.56 0.15
C2 0.03 0.00 0.16 0.23 0.01 0.04 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.11 0.12 0.44 0.20 0.35 0.13
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.04 0.03 0.11 0.21 0.15 0.02 0.12 0.04 0.28 0.00 0.03 0.01 0.34 0.46 1.06 0.58
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.34 0.01 0.33 0.01 0.27 0.20 0.30 0.36 0.17 0.02 0.01 0.02 0.14 0.16 0.66 0.30
C4 0.02 0.01 0.04 0.34 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.32 0.14 0.03 0.63 0.31 0.18 0.27
C4' 0.01 0.04 0.03 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.12 0.05 0.05 0.09 0.07 0.32 0.02 0.00 0.01 0.20 0.44 0.08
C5 0.01 0.01 0.11 0.33 0.00 0.12 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.21 0.08 0.67 0.32 0.19 0.29
C5' 0.13 0.19 0.21 0.01 0.18 0.01 0.17 0.00 0.17 0.17 0.19 0.18 0.20 0.12 0.24 0.04 0.01 0.38 0.35 0.01
C6 0.01 0.01 0.15 0.27 0.01 0.12 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.13 0.12 0.59 0.26 0.26 0.20
N1 0.01 0.01 0.02 0.20 0.01 0.05 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.06 0.02 0.44 0.19 0.39 0.13
N3 0.02 0.00 0.12 0.30 0.00 0.05 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.05 0.10 0.54 0.25 0.23 0.20
N4 0.02 0.01 0.04 0.36 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.35 0.19 0.03 0.67 0.36 0.23 0.33
O2 0.05 0.01 0.28 0.17 0.01 0.07 0.02 0.20 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.16 0.27 0.19 0.33 0.16 0.44 0.11
O2' 0.01 0.16 0.00 0.02 0.32 0.32 0.36 0.12 0.32 0.19 0.24 0.35 0.16 0.00 0.06 0.20 0.23 0.37 1.11 0.50
O3' 0.29 0.11 0.03 0.01 0.14 0.02 0.21 0.24 0.13 0.06 0.05 0.19 0.27 0.06 0.00 0.21 0.18 0.27 0.53 0.23
O4' 0.00 0.12 0.01 0.02 0.03 0.00 0.08 0.04 0.12 0.02 0.10 0.03 0.19 0.20 0.21 0.00 0.35 0.35 0.29 0.19
O5' 0.27 0.44 0.34 0.14 0.63 0.01 0.67 0.01 0.59 0.44 0.54 0.67 0.33 0.23 0.18 0.35 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.17 0.20 0.46 0.16 0.31 0.20 0.32 0.38 0.26 0.19 0.25 0.36 0.16 0.37 0.27 0.35 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.56 0.35 1.06 0.66 0.18 0.44 0.19 0.35 0.26 0.39 0.23 0.23 0.44 1.11 0.53 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.13 0.58 0.30 0.27 0.08 0.29 0.01 0.20 0.13 0.20 0.33 0.11 0.50 0.23 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.97 0.25 0.35 2.19 0.32 1.99 0.15 1.41 0.89 1.67 0.40 0.22 0.93 2.68 0.17 0.41 0.41 0.98 0.60
C2 0.11 0.49 0.26 0.14 1.83 0.11 1.89 0.24 1.35 0.68 1.11 0.28 0.15 0.71 2.22 0.10 0.62 0.73 1.26 0.88
C2' 0.34 1.00 0.35 0.23 2.02 0.21 1.86 0.17 1.36 0.92 1.59 0.53 0.34 0.72 2.45 0.21 0.47 0.46 0.98 0.64
C3' 0.22 1.00 0.21 0.68 2.01 0.56 1.69 0.39 1.12 0.76 1.66 0.62 0.26 1.20 2.52 0.27 0.24 0.27 0.52 0.24
C4 0.10 0.27 0.26 0.09 1.22 0.09 1.43 0.27 1.11 0.51 0.67 0.45 0.12 0.56 1.37 0.12 0.58 0.69 1.08 0.79
C4' 0.43 1.45 0.27 0.53 2.48 0.42 2.08 0.30 1.48 1.13 2.17 1.05 0.25 1.07 3.00 0.30 0.37 0.32 0.74 0.44
C5 0.20 0.66 0.24 0.28 1.44 0.25 1.43 0.16 1.10 0.69 1.09 0.25 0.21 0.75 1.61 0.18 0.38 0.40 0.78 0.51
C5' 0.71 1.80 0.48 0.54 2.59 0.47 2.15 0.43 1.61 1.39 2.43 1.54 0.46 0.99 3.04 0.52 0.51 0.48 0.73 0.52
C6 0.24 0.90 0.24 0.36 1.81 0.32 1.68 0.18 1.24 0.83 1.45 0.42 0.24 0.88 2.10 0.19 0.35 0.34 0.78 0.48
N1 0.19 0.81 0.25 0.28 1.99 0.25 1.88 0.13 1.35 0.81 1.45 0.22 0.20 0.84 2.38 0.14 0.45 0.48 1.01 0.65
N3 0.08 0.24 0.27 0.05 1.44 0.07 1.68 0.35 1.24 0.53 0.71 0.57 0.11 0.56 1.69 0.12 0.70 0.86 1.32 0.97
N4 0.17 0.31 0.28 0.15 0.60 0.17 0.98 0.40 0.84 0.28 0.23 0.79 0.10 0.34 0.66 0.17 0.67 0.83 1.12 0.88
O2 0.11 0.44 0.27 0.10 1.88 0.10 1.96 0.30 1.39 0.67 1.07 0.36 0.14 0.69 2.36 0.12 0.70 0.85 1.41 1.01
O2' 0.43 0.98 0.55 0.13 2.12 0.12 2.05 0.27 1.54 1.01 1.58 0.44 0.55 0.55 2.56 0.24 0.68 0.74 1.33 0.92
O3' 0.25 1.16 0.17 0.63 2.31 0.46 1.97 0.28 1.33 0.92 1.89 0.74 0.24 1.19 2.90 0.21 0.26 0.23 0.73 0.38
O4' 0.34 1.34 0.24 0.47 2.52 0.39 2.16 0.22 1.53 1.10 2.12 0.83 0.20 1.07 3.05 0.21 0.38 0.31 0.86 0.51
O5' 0.25 1.10 0.46 1.02 1.81 0.87 1.37 0.81 0.87 0.68 1.69 0.91 0.44 1.47 2.23 0.41 0.52 0.77 0.36 0.49
OP1 0.14 1.21 0.33 0.97 1.72 0.84 1.23 0.90 0.77 0.71 1.71 1.18 0.22 1.31 2.11 0.31 0.62 1.02 0.38 0.64
OP2 0.23 0.94 0.51 1.19 1.42 1.08 0.97 1.12 0.54 0.47 1.40 0.89 0.33 1.55 1.77 0.57 0.82 1.17 0.54 0.82
P 0.13 1.18 0.32 0.98 1.71 0.86 1.25 0.88 0.78 0.70 1.68 1.11 0.20 1.36 2.08 0.34 0.58 0.93 0.32 0.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.05 0.04 0.00 0.14 0.16 0.14 0.12
C2 0.03 0.00 0.07 0.04 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.09 0.02 0.06 0.26 0.26 0.36 0.29
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.07 0.02 0.06 0.10 0.00 0.01 0.05 0.01 0.10 0.18 0.15 0.12
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.04 0.08 0.02 0.01 0.05 0.01 0.09 0.19 0.14 0.11
C4 0.03 0.01 0.04 0.05 0.00 0.08 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.06 0.01 0.05 0.37 0.44 0.56 0.47
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.03 0.05 0.07 0.02 0.02 0.09 0.00 0.02 0.15 0.05 0.03
C5 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.10 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.01 0.06 0.38 0.46 0.56 0.48
C5' 0.04 0.10 0.06 0.01 0.19 0.01 0.21 0.00 0.18 0.10 0.14 0.09 0.06 0.03 0.21 0.01 0.01 0.15 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.07 0.01 0.09 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.05 0.02 0.06 0.34 0.37 0.42 0.38
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.25 0.25 0.30 0.26
N3 0.03 0.01 0.06 0.04 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.02 0.11 0.09 0.02 0.05 0.32 0.35 0.47 0.38
O2 0.05 0.01 0.10 0.08 0.02 0.07 0.02 0.09 0.02 0.03 0.02 0.00 0.18 0.13 0.03 0.09 0.22 0.22 0.30 0.24
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.07 0.02 0.06 0.06 0.08 0.03 0.11 0.18 0.00 0.04 0.09 0.01 0.09 0.18 0.19 0.13
O3' 0.05 0.09 0.01 0.01 0.06 0.02 0.04 0.03 0.05 0.05 0.09 0.13 0.04 0.00 0.07 0.05 0.11 0.22 0.15 0.13
O4 0.04 0.02 0.05 0.05 0.01 0.09 0.01 0.21 0.02 0.03 0.02 0.03 0.09 0.07 0.00 0.06 0.40 0.50 0.63 0.52
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.09 0.01 0.05 0.06 0.00 0.11 0.14 0.10 0.09
O5' 0.14 0.26 0.10 0.09 0.37 0.02 0.38 0.01 0.34 0.25 0.32 0.22 0.09 0.11 0.40 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.26 0.18 0.19 0.44 0.15 0.46 0.15 0.37 0.25 0.35 0.22 0.18 0.22 0.50 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.36 0.15 0.14 0.56 0.05 0.56 0.04 0.42 0.30 0.47 0.30 0.19 0.15 0.63 0.10 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.29 0.12 0.11 0.47 0.03 0.48 0.01 0.38 0.26 0.38 0.24 0.13 0.13 0.52 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00