ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48239

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 3, 2, 1, 1, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.012, 0.024, 0.037, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.015, 0.029, 0.043, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.015, 0.029, 0.044, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.031, 0.062, 0.093, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.062 std_dev=0.031
N4 A 0, 0.039, 0.083, 0.127, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.083 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.250, 0.376, 0.502, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.376 std_dev=0.126
C2' A 0, 0.236, 0.373, 0.511, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.373 std_dev=0.137
C2' B 0, 0.299, 0.611, 0.923, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.611 std_dev=0.312
O2' B 0, 0.230, 0.562, 0.894, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.562 std_dev=0.332
O2' A 0, 0.327, 0.660, 0.994, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.660 std_dev=0.333
C4' A 0, 0.348, 0.686, 1.025, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.686 std_dev=0.338
C3' A 0, 0.399, 0.818, 1.238, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.818 std_dev=0.420
C5' A 0, 0.628, 1.056, 1.483, 1.753 max_d=1.753 avg_d=1.056 std_dev=0.428
P A 0, 1.093, 1.666, 2.239, 2.223 max_d=2.223 avg_d=1.666 std_dev=0.573
O5' A 0, 0.855, 1.455, 2.054, 2.717 max_d=2.717 avg_d=1.455 std_dev=0.600
OP1 A 0, 0.934, 1.575, 2.216, 2.284 max_d=2.284 avg_d=1.575 std_dev=0.641
C3' B 0, 0.418, 1.223, 2.028, 2.917 max_d=2.917 avg_d=1.223 std_dev=0.805
O3' A 0, 0.525, 1.332, 2.139, 2.717 max_d=2.717 avg_d=1.332 std_dev=0.807
C1' B 0, 0.179, 1.444, 2.710, 4.128 max_d=4.128 avg_d=1.444 std_dev=1.265
O5' B 0, 1.057, 2.360, 3.663, 4.528 max_d=4.528 avg_d=2.360 std_dev=1.303
OP2 B 0, 1.895, 3.203, 4.511, 4.884 max_d=4.884 avg_d=3.203 std_dev=1.308
OP1 B 0, 2.269, 3.645, 5.022, 5.281 max_d=5.281 avg_d=3.645 std_dev=1.376
O3' B 0, 0.704, 2.143, 3.582, 4.990 max_d=4.990 avg_d=2.143 std_dev=1.439
P B 0, 1.709, 3.192, 4.675, 5.313 max_d=5.313 avg_d=3.192 std_dev=1.483
OP2 A 0, 1.721, 3.221, 4.721, 4.858 max_d=4.858 avg_d=3.221 std_dev=1.500
C4' B 0, 0.349, 1.937, 3.525, 4.983 max_d=4.983 avg_d=1.937 std_dev=1.588
O4' B 0, 0.382, 2.034, 3.685, 5.110 max_d=5.110 avg_d=2.034 std_dev=1.651
N1 B 0, -0.098, 1.711, 3.519, 5.568 max_d=5.568 avg_d=1.711 std_dev=1.809
C6 B 0, -0.076, 1.744, 3.565, 6.321 max_d=6.321 avg_d=1.744 std_dev=1.820
C5' B 0, 0.829, 2.822, 4.816, 6.416 max_d=6.416 avg_d=2.822 std_dev=1.994
C5 B 0, -0.364, 2.143, 4.650, 8.295 max_d=8.295 avg_d=2.143 std_dev=2.507
C2 B 0, -0.490, 2.157, 4.804, 7.203 max_d=7.203 avg_d=2.157 std_dev=2.647
O2 B 0, -0.553, 2.325, 5.203, 7.749 max_d=7.749 avg_d=2.325 std_dev=2.878
C4 B 0, -0.733, 2.597, 5.927, 9.553 max_d=9.553 avg_d=2.597 std_dev=3.330
N3 B 0, -0.784, 2.574, 5.933, 8.943 max_d=8.943 avg_d=2.574 std_dev=3.358
O4 B 0, -1.009, 3.082, 7.172, 11.522 max_d=11.522 avg_d=3.082 std_dev=4.090

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.07 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.18 0.01 0.21 0.45 0.58 0.34
C2 0.03 0.00 0.14 0.27 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.16 0.05 0.28 0.50 0.99 0.45
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.07 0.03 0.09 0.14 0.11 0.04 0.11 0.09 0.24 0.00 0.04 0.02 0.27 0.78 0.45 0.41
C3' 0.03 0.27 0.01 0.00 0.32 0.00 0.28 0.03 0.21 0.19 0.32 0.36 0.25 0.03 0.01 0.02 0.28 0.75 0.20 0.29
C4 0.02 0.01 0.07 0.32 0.00 0.15 0.00 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.27 0.23 0.06 0.30 0.51 1.37 0.52
C4' 0.03 0.08 0.03 0.00 0.15 0.00 0.18 0.01 0.16 0.08 0.11 0.17 0.08 0.22 0.05 0.01 0.03 0.35 0.21 0.07
C5 0.03 0.01 0.09 0.28 0.00 0.18 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.22 0.09 0.30 0.51 1.42 0.52
C5' 0.07 0.15 0.14 0.03 0.29 0.01 0.32 0.00 0.26 0.15 0.22 0.33 0.09 0.13 0.11 0.04 0.02 0.46 0.33 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.21 0.01 0.16 0.01 0.26 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.19 0.15 0.09 0.28 0.50 1.21 0.49
N1 0.01 0.01 0.04 0.19 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.10 0.04 0.27 0.49 0.95 0.44
N3 0.03 0.01 0.11 0.32 0.00 0.11 0.01 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.27 0.21 0.06 0.30 0.51 1.20 0.49
N4 0.02 0.01 0.09 0.36 0.01 0.17 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.29 0.28 0.07 0.30 0.51 1.48 0.53
O2 0.04 0.01 0.24 0.25 0.02 0.08 0.02 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.23 0.19 0.08 0.27 0.49 0.82 0.41
O2' 0.02 0.23 0.00 0.03 0.27 0.22 0.24 0.13 0.19 0.17 0.27 0.29 0.23 0.00 0.08 0.17 0.16 0.50 0.21 0.16
O3' 0.18 0.16 0.04 0.01 0.23 0.05 0.22 0.11 0.15 0.10 0.21 0.28 0.19 0.08 0.00 0.13 0.23 0.67 0.48 0.23
O4' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.06 0.01 0.09 0.04 0.09 0.04 0.06 0.07 0.08 0.17 0.13 0.00 0.17 0.29 0.44 0.25
O5' 0.21 0.28 0.27 0.28 0.30 0.03 0.30 0.02 0.28 0.27 0.30 0.30 0.27 0.16 0.23 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.45 0.50 0.78 0.75 0.51 0.35 0.51 0.46 0.50 0.49 0.51 0.51 0.49 0.50 0.67 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.58 0.99 0.45 0.20 1.37 0.21 1.42 0.33 1.21 0.95 1.20 1.48 0.82 0.21 0.48 0.44 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.34 0.45 0.41 0.29 0.52 0.07 0.52 0.02 0.49 0.44 0.49 0.53 0.41 0.16 0.23 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.42 0.91 0.24 0.34 0.87 0.57 0.60 0.47 0.49 0.48 1.07 1.21 0.21 0.54 1.04 0.66 0.37 0.89 0.31 0.36
C2 0.37 1.29 0.22 0.22 1.39 0.82 0.87 0.78 0.56 0.68 1.59 1.54 0.21 0.34 1.65 0.69 0.41 1.03 0.24 0.35
C2' 0.49 0.71 0.21 0.26 0.78 0.67 0.62 0.56 0.56 0.42 0.90 0.96 0.21 0.48 0.96 0.82 0.33 0.98 0.22 0.34
C3' 0.31 0.71 0.45 0.67 0.73 0.29 0.62 0.36 0.51 0.38 0.83 0.99 0.41 0.88 0.87 0.48 0.61 1.31 0.61 0.78
C4 0.33 1.26 0.21 0.27 1.32 0.86 0.85 0.79 0.55 0.67 1.52 1.48 0.22 0.40 1.53 0.66 0.42 1.05 0.23 0.37
C4' 0.33 0.59 0.34 0.66 0.55 0.30 0.61 0.37 0.57 0.34 0.65 0.92 0.28 0.91 0.64 0.46 0.58 1.14 0.53 0.70
C5 0.38 0.86 0.23 0.25 0.81 0.58 0.53 0.47 0.41 0.46 0.99 1.11 0.21 0.37 0.93 0.62 0.36 0.94 0.31 0.37
C5' 0.31 0.31 0.45 0.89 0.48 0.37 0.78 0.61 0.73 0.33 0.32 0.65 0.36 1.18 0.52 0.35 0.81 1.35 0.70 0.95
C6 0.41 0.79 0.25 0.35 0.71 0.51 0.51 0.41 0.45 0.43 0.89 1.07 0.21 0.55 0.83 0.63 0.37 0.89 0.34 0.39
N1 0.40 1.00 0.23 0.26 0.99 0.63 0.63 0.54 0.47 0.52 1.19 1.28 0.21 0.41 1.17 0.66 0.36 0.93 0.29 0.34
N3 0.34 1.43 0.21 0.32 1.58 0.94 1.01 0.92 0.64 0.77 1.78 1.66 0.22 0.48 1.85 0.69 0.47 1.10 0.22 0.40
N4 0.28 1.43 0.21 0.50 1.56 1.05 1.05 0.99 0.68 0.79 1.74 1.58 0.24 0.74 1.76 0.66 0.52 1.16 0.22 0.44
O2 0.38 1.40 0.22 0.25 1.56 0.87 0.98 0.86 0.62 0.74 1.76 1.64 0.22 0.38 1.87 0.70 0.45 1.06 0.23 0.37
O2' 0.62 0.72 0.23 0.22 0.82 0.93 0.65 0.87 0.63 0.49 0.93 0.94 0.19 0.37 1.02 1.03 0.48 0.88 0.24 0.33
O3' 0.31 0.72 0.43 0.64 0.77 0.30 0.63 0.38 0.51 0.38 0.87 0.97 0.37 0.81 0.94 0.49 0.63 1.36 0.62 0.82
O4' 0.41 0.75 0.28 0.52 0.62 0.41 0.54 0.34 0.50 0.42 0.81 1.08 0.22 0.77 0.72 0.56 0.46 0.90 0.42 0.49
O5' 0.53 0.58 0.34 0.74 0.63 0.43 0.89 0.51 0.83 0.54 0.54 0.87 0.31 1.12 0.64 0.54 0.61 0.88 0.54 0.64
OP1 0.78 0.96 0.39 0.71 1.34 0.33 1.54 0.41 1.38 1.00 1.10 1.00 0.41 1.26 1.43 0.67 0.49 0.75 0.37 0.51
OP2 2.10 2.18 1.72 1.29 2.30 1.57 2.43 1.34 2.37 2.20 2.21 2.20 1.78 1.34 2.31 1.99 1.26 0.86 1.41 1.11
P 0.91 1.05 0.52 0.59 1.27 0.47 1.45 0.46 1.34 1.05 1.12 1.18 0.58 1.05 1.32 0.81 0.45 0.58 0.40 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.02 0.02 0.03 0.06 0.03 0.29 0.02 0.01 0.17 0.69 0.40 0.33
C2 0.04 0.00 0.13 0.19 0.01 0.22 0.02 0.33 0.01 0.01 0.00 0.01 0.50 0.24 0.02 0.22 0.43 1.03 0.30 0.33
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.08 0.02 0.13 0.22 0.15 0.04 0.10 0.24 0.00 0.03 0.10 0.02 0.44 0.76 0.35 0.42
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.33 0.01 0.40 0.04 0.38 0.19 0.24 0.26 0.02 0.01 0.35 0.02 0.32 0.34 0.41 0.25
C4 0.02 0.01 0.08 0.33 0.00 0.14 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.20 0.01 0.07 0.42 1.42 0.55 0.55
C4' 0.02 0.22 0.02 0.01 0.14 0.00 0.28 0.01 0.30 0.08 0.16 0.42 0.25 0.04 0.15 0.01 0.03 0.26 0.33 0.09
C5 0.02 0.02 0.13 0.40 0.01 0.28 0.00 0.56 0.00 0.01 0.01 0.02 0.26 0.33 0.01 0.22 0.70 1.60 1.00 0.97
C5' 0.09 0.33 0.22 0.04 0.33 0.01 0.56 0.00 0.56 0.20 0.29 0.65 0.12 0.22 0.35 0.03 0.01 0.41 0.40 0.04
C6 0.02 0.01 0.15 0.38 0.01 0.30 0.00 0.56 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.28 0.01 0.27 0.70 1.41 0.95 0.92
N1 0.02 0.01 0.04 0.19 0.01 0.08 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.13 0.01 0.04 0.25 1.02 0.39 0.39
N3 0.03 0.00 0.10 0.24 0.01 0.16 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01 0.48 0.14 0.02 0.14 0.39 1.20 0.29 0.31
O2 0.06 0.01 0.24 0.26 0.02 0.42 0.02 0.65 0.01 0.01 0.01 0.00 0.71 0.47 0.03 0.41 0.83 1.06 0.75 0.76
O2' 0.03 0.50 0.00 0.02 0.36 0.25 0.26 0.12 0.23 0.21 0.48 0.71 0.00 0.07 0.38 0.17 0.42 0.78 0.34 0.39
O3' 0.29 0.24 0.03 0.01 0.20 0.04 0.33 0.22 0.28 0.13 0.14 0.47 0.07 0.00 0.24 0.22 0.36 0.74 0.57 0.50
O4 0.02 0.02 0.10 0.35 0.01 0.15 0.01 0.35 0.01 0.01 0.02 0.03 0.38 0.24 0.00 0.07 0.44 1.48 0.59 0.57
O4' 0.01 0.22 0.02 0.02 0.07 0.01 0.22 0.03 0.27 0.04 0.14 0.41 0.17 0.22 0.07 0.00 0.12 0.41 0.52 0.32
O5' 0.17 0.43 0.44 0.32 0.42 0.03 0.70 0.01 0.70 0.25 0.39 0.83 0.42 0.36 0.44 0.12 0.00 0.01 0.04 0.01
OP1 0.69 1.03 0.76 0.34 1.42 0.26 1.60 0.41 1.41 1.02 1.20 1.06 0.78 0.74 1.48 0.41 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.40 0.30 0.35 0.41 0.55 0.33 1.00 0.40 0.95 0.39 0.29 0.75 0.34 0.57 0.59 0.52 0.04 0.02 0.00 0.01
P 0.33 0.33 0.42 0.25 0.55 0.09 0.97 0.04 0.92 0.39 0.31 0.76 0.39 0.50 0.57 0.32 0.01 0.00 0.01 0.00