ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48240

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.001, 0.009, 0.016, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.001, 0.009, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N4 A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.001, 0.013, 0.024, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C5 A 0, -0.004, 0.008, 0.019, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.008 std_dev=0.011
O2 A 0, -0.002, 0.036, 0.074, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.036 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.031, 0.099, 0.167, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.099 std_dev=0.068
O4' A 0, 0.028, 0.099, 0.169, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.099 std_dev=0.070
C4' A 0, 0.077, 0.169, 0.262, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.169 std_dev=0.092
O2' A 0, 0.047, 0.141, 0.235, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.141 std_dev=0.094
C3' A 0, 0.096, 0.201, 0.306, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.201 std_dev=0.105
C5' A 0, 0.096, 0.262, 0.428, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.262 std_dev=0.166
O3' A 0, 0.140, 0.326, 0.512, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.326 std_dev=0.186
O5' A 0, 0.099, 0.312, 0.525, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.312 std_dev=0.213
OP1 A 0, 0.071, 0.293, 0.514, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.293 std_dev=0.222
OP2 A 0, 0.107, 0.340, 0.574, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.340 std_dev=0.234
P A 0, 0.038, 0.281, 0.525, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.281 std_dev=0.243
C2' B 0, 0.144, 0.459, 0.774, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.459 std_dev=0.315
O2' B 0, 0.116, 0.484, 0.852, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.484 std_dev=0.368
C3' B 0, 0.046, 0.766, 1.485, 2.223 max_d=2.223 avg_d=0.766 std_dev=0.719
O3' B 0, -0.072, 0.839, 1.750, 2.704 max_d=2.704 avg_d=0.839 std_dev=0.911
C6 B 0, 0.052, 1.050, 2.047, 3.037 max_d=3.037 avg_d=1.050 std_dev=0.997
C1' B 0, -0.127, 0.993, 2.114, 3.085 max_d=3.085 avg_d=0.993 std_dev=1.120
C5 B 0, -0.034, 1.318, 2.671, 4.033 max_d=4.033 avg_d=1.318 std_dev=1.353
C4' B 0, -0.180, 1.219, 2.619, 3.913 max_d=3.913 avg_d=1.219 std_dev=1.399
N1 B 0, -0.237, 1.198, 2.634, 3.905 max_d=3.905 avg_d=1.198 std_dev=1.436
O4' B 0, -0.242, 1.284, 2.811, 4.181 max_d=4.181 avg_d=1.284 std_dev=1.527
O5' B 0, -0.065, 1.463, 2.990, 4.355 max_d=4.355 avg_d=1.463 std_dev=1.527
OP2 B 0, -0.003, 1.886, 3.775, 5.475 max_d=5.475 avg_d=1.886 std_dev=1.889
C5' B 0, -0.342, 1.580, 3.501, 5.217 max_d=5.217 avg_d=1.580 std_dev=1.922
P B 0, -0.230, 1.916, 4.063, 5.902 max_d=5.902 avg_d=1.916 std_dev=2.146
C2 B 0, -0.366, 1.876, 4.118, 5.936 max_d=5.936 avg_d=1.876 std_dev=2.242
C4 B 0, -0.550, 1.802, 4.155, 6.309 max_d=6.309 avg_d=1.802 std_dev=2.352
OP1 B 0, -0.382, 2.048, 4.478, 6.420 max_d=6.420 avg_d=2.048 std_dev=2.430
O2 B 0, -0.258, 2.305, 4.867, 6.748 max_d=6.748 avg_d=2.305 std_dev=2.562
N3 B 0, -0.556, 2.134, 4.825, 7.108 max_d=7.108 avg_d=2.134 std_dev=2.691
O4 B 0, -0.717, 2.139, 4.994, 7.607 max_d=7.607 avg_d=2.139 std_dev=2.855

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.09 0.12 0.06 0.06
C2 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.12 0.14 0.11 0.11
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.07 0.00 0.01 0.00 0.07 0.16 0.14 0.09
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.05 0.04 0.07 0.06 0.08 0.01 0.01 0.01 0.07 0.17 0.14 0.09
C4 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.08 0.02 0.16 0.16 0.15 0.17
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.11 0.03 0.01
C5 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.18 0.17 0.13 0.17
C5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.11 0.07 0.08 0.10 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.10 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.18 0.17 0.10 0.14
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.13 0.14 0.09 0.10
N3 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.09 0.03 0.14 0.15 0.14 0.14
N4 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.09 0.02 0.16 0.16 0.16 0.18
O2 0.03 0.01 0.07 0.08 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.06 0.09 0.04 0.10 0.13 0.11 0.10
O2' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.00 0.03 0.03 0.02 0.12 0.10 0.04
O3' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.08 0.02 0.07 0.03 0.06 0.04 0.09 0.09 0.09 0.03 0.00 0.01 0.10 0.17 0.15 0.10
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.09 0.10 0.08 0.07
O5' 0.09 0.12 0.07 0.07 0.16 0.02 0.18 0.00 0.18 0.13 0.14 0.16 0.10 0.02 0.10 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.14 0.16 0.17 0.16 0.11 0.17 0.10 0.17 0.14 0.15 0.16 0.13 0.12 0.17 0.10 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.11 0.14 0.14 0.15 0.03 0.13 0.02 0.10 0.09 0.14 0.16 0.11 0.10 0.15 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.11 0.09 0.09 0.17 0.01 0.17 0.01 0.14 0.10 0.14 0.18 0.10 0.04 0.10 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.19 0.20 0.08 0.27 0.59 0.14 0.72 0.17 0.14 0.32 0.24 0.22 0.49 0.38 0.60 0.36 0.34 0.40 0.48
C2 0.43 0.28 0.23 0.22 0.38 0.92 0.17 1.08 0.21 0.17 0.47 0.37 0.13 0.30 0.54 0.90 0.66 0.57 0.73 0.81
C2' 0.45 0.21 0.22 0.07 0.14 0.60 0.21 0.68 0.30 0.30 0.15 0.25 0.19 0.56 0.17 0.72 0.32 0.20 0.43 0.42
C3' 0.43 0.35 0.23 0.18 0.25 0.40 0.28 0.41 0.33 0.36 0.29 0.43 0.24 0.68 0.20 0.59 0.10 0.15 0.20 0.14
C4 0.40 0.36 0.21 0.26 0.41 0.93 0.18 1.03 0.19 0.15 0.52 0.50 0.10 0.24 0.54 0.88 0.61 0.46 0.64 0.71
C4' 0.23 0.14 0.16 0.26 0.12 0.25 0.13 0.30 0.17 0.17 0.12 0.16 0.26 0.72 0.14 0.36 0.08 0.10 0.10 0.09
C5 0.27 0.27 0.19 0.09 0.29 0.61 0.15 0.67 0.15 0.13 0.37 0.36 0.21 0.42 0.37 0.57 0.31 0.23 0.32 0.39
C5' 0.12 0.15 0.08 0.44 0.12 0.08 0.11 0.10 0.11 0.12 0.14 0.19 0.23 0.88 0.12 0.14 0.30 0.34 0.29 0.28
C6 0.25 0.21 0.19 0.09 0.25 0.52 0.14 0.60 0.15 0.13 0.31 0.28 0.24 0.50 0.34 0.51 0.27 0.22 0.28 0.34
N1 0.33 0.23 0.20 0.09 0.30 0.68 0.15 0.80 0.18 0.14 0.36 0.30 0.19 0.43 0.42 0.67 0.43 0.37 0.47 0.54
N3 0.47 0.35 0.22 0.31 0.45 1.04 0.20 1.19 0.22 0.17 0.56 0.48 0.08 0.22 0.62 1.00 0.75 0.62 0.82 0.90
N4 0.47 0.48 0.22 0.41 0.50 1.11 0.22 1.19 0.20 0.17 0.64 0.67 0.09 0.17 0.63 1.06 0.74 0.52 0.76 0.83
O2 0.48 0.26 0.25 0.27 0.39 1.01 0.18 1.20 0.25 0.20 0.47 0.35 0.12 0.26 0.57 0.99 0.77 0.70 0.88 0.97
O2' 0.43 0.16 0.22 0.07 0.17 0.64 0.18 0.76 0.27 0.26 0.17 0.19 0.18 0.53 0.25 0.73 0.39 0.30 0.49 0.51
O3' 0.53 0.55 0.28 0.18 0.43 0.40 0.42 0.39 0.45 0.50 0.50 0.65 0.28 0.70 0.40 0.65 0.09 0.22 0.21 0.12
O4' 0.19 0.19 0.18 0.17 0.24 0.38 0.14 0.48 0.13 0.11 0.28 0.23 0.28 0.59 0.33 0.38 0.19 0.21 0.20 0.27
O5' 0.11 0.19 0.05 0.48 0.13 0.13 0.10 0.17 0.09 0.13 0.18 0.26 0.20 0.92 0.13 0.11 0.38 0.48 0.36 0.38
OP1 0.09 0.37 0.08 0.68 0.34 0.46 0.19 0.60 0.10 0.17 0.43 0.48 0.23 1.05 0.40 0.22 0.74 0.87 0.73 0.83
OP2 0.12 0.34 0.10 0.61 0.28 0.36 0.16 0.49 0.11 0.17 0.37 0.47 0.24 0.97 0.32 0.18 0.67 0.84 0.63 0.75
P 0.12 0.20 0.07 0.66 0.15 0.41 0.06 0.50 0.05 0.09 0.22 0.29 0.19 1.04 0.18 0.23 0.66 0.75 0.66 0.72

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.02 0.00 0.16 0.40 0.13 0.14
C2 0.01 0.00 0.14 0.15 0.02 0.03 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.25 0.02 0.07 0.18 0.60 0.17 0.16
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.03 0.02 0.09 0.17 0.13 0.02 0.11 0.25 0.00 0.05 0.04 0.02 0.40 0.70 0.31 0.44
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.33 0.01 0.41 0.01 0.38 0.19 0.22 0.15 0.01 0.01 0.35 0.03 0.05 0.11 0.05 0.06
C4 0.02 0.02 0.03 0.33 0.00 0.13 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.19 0.00 0.04 0.24 0.64 0.44 0.24
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.13 0.00 0.18 0.01 0.17 0.07 0.07 0.03 0.27 0.05 0.14 0.01 0.01 0.12 0.21 0.02
C5 0.02 0.02 0.09 0.41 0.01 0.18 0.00 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.25 0.31 0.02 0.09 0.30 0.64 0.44 0.29
C5' 0.07 0.08 0.17 0.01 0.13 0.01 0.16 0.00 0.13 0.08 0.10 0.08 0.10 0.20 0.15 0.01 0.01 0.30 0.34 0.01
C6 0.02 0.01 0.13 0.38 0.01 0.17 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.25 0.02 0.11 0.26 0.59 0.27 0.25
N1 0.01 0.01 0.02 0.19 0.01 0.07 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.12 0.01 0.02 0.16 0.53 0.14 0.14
N3 0.01 0.01 0.11 0.22 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.33 0.17 0.02 0.05 0.20 0.65 0.31 0.19
O2 0.02 0.01 0.25 0.15 0.02 0.03 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.00 0.42 0.46 0.03 0.12 0.21 0.62 0.13 0.20
O2' 0.02 0.31 0.00 0.01 0.29 0.27 0.25 0.10 0.21 0.17 0.33 0.42 0.00 0.07 0.32 0.17 0.28 0.62 0.24 0.34
O3' 0.28 0.25 0.05 0.01 0.19 0.05 0.31 0.20 0.25 0.12 0.17 0.46 0.07 0.00 0.22 0.19 0.19 0.35 0.19 0.20
O4 0.02 0.02 0.04 0.35 0.00 0.14 0.02 0.15 0.02 0.01 0.02 0.03 0.32 0.22 0.00 0.04 0.27 0.65 0.54 0.28
O4' 0.00 0.07 0.02 0.03 0.04 0.01 0.09 0.01 0.11 0.02 0.05 0.12 0.17 0.19 0.04 0.00 0.05 0.05 0.15 0.10
O5' 0.16 0.18 0.40 0.05 0.24 0.01 0.30 0.01 0.26 0.16 0.20 0.21 0.28 0.19 0.27 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.40 0.60 0.70 0.11 0.64 0.12 0.64 0.30 0.59 0.53 0.65 0.62 0.62 0.35 0.65 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.17 0.31 0.05 0.44 0.21 0.44 0.34 0.27 0.14 0.31 0.13 0.24 0.19 0.54 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.16 0.44 0.06 0.24 0.02 0.29 0.01 0.25 0.14 0.19 0.20 0.34 0.20 0.28 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00