ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48241

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N4 A 0, 0.011, 0.022, 0.034, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.017, 0.044, 0.071, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.044 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.006, 0.061, 0.117, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.061 std_dev=0.056
C2' A 0, 0.018, 0.090, 0.163, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.090 std_dev=0.072
C4' A 0, 0.000, 0.096, 0.192, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.096 std_dev=0.096
C3' A 0, 0.010, 0.121, 0.232, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.121 std_dev=0.111
O2' A 0, 0.023, 0.135, 0.248, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.135 std_dev=0.112
OP2 B 0, 0.076, 0.212, 0.348, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.212 std_dev=0.136
C5 B 0, 0.106, 0.246, 0.386, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.246 std_dev=0.140
C6 B 0, 0.107, 0.248, 0.390, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.248 std_dev=0.142
C5' A 0, 0.004, 0.156, 0.309, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.156 std_dev=0.152
O2' B 0, 0.061, 0.221, 0.380, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.221 std_dev=0.160
O3' A 0, 0.045, 0.211, 0.378, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.211 std_dev=0.166
O5' A 0, 0.052, 0.219, 0.386, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.219 std_dev=0.167
P B 0, 0.075, 0.243, 0.410, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.243 std_dev=0.168
N1 B 0, 0.091, 0.259, 0.428, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.259 std_dev=0.169
OP1 B 0, 0.093, 0.272, 0.451, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.272 std_dev=0.179
C2' B 0, 0.091, 0.276, 0.461, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.276 std_dev=0.185
C4 B 0, 0.054, 0.251, 0.448, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.251 std_dev=0.197
C1' B 0, 0.095, 0.292, 0.489, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.292 std_dev=0.197
O4 B 0, 0.092, 0.293, 0.495, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.293 std_dev=0.201
C2 B 0, 0.053, 0.258, 0.463, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.258 std_dev=0.205
OP1 A 0, 0.057, 0.272, 0.488, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.272 std_dev=0.216
C3' B 0, 0.097, 0.313, 0.529, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.313 std_dev=0.216
O2 B 0, 0.052, 0.271, 0.491, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.271 std_dev=0.219
P A 0, 0.005, 0.227, 0.449, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.227 std_dev=0.222
O3' B 0, 0.108, 0.330, 0.552, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.330 std_dev=0.222
O5' B 0, 0.098, 0.320, 0.542, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.320 std_dev=0.222
O4' B 0, 0.103, 0.329, 0.555, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.329 std_dev=0.226
C5' B 0, 0.079, 0.313, 0.547, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.313 std_dev=0.234
N3 B 0, 0.021, 0.255, 0.489, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.255 std_dev=0.234
C4' B 0, 0.089, 0.324, 0.558, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.324 std_dev=0.235
OP2 A 0, 0.045, 0.305, 0.564, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.305 std_dev=0.259

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.05 0.02
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.05 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.07 0.02 0.00 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.10 0.07 0.04 0.06
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.13 0.10 0.07 0.08
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.03 0.02
C6 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.13 0.09 0.06 0.07
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.04 0.02
N3 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.07 0.05 0.02 0.03
N4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.10 0.07 0.05 0.07
O2 0.03 0.01 0.07 0.07 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.08 0.09 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.08 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.06 0.05
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.04 0.03 0.09 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.05 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.06 0.02
O5' 0.04 0.05 0.02 0.05 0.10 0.01 0.13 0.01 0.13 0.07 0.07 0.10 0.02 0.04 0.09 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.06 0.04 0.06 0.05 0.07 0.06 0.10 0.07 0.09 0.06 0.05 0.07 0.03 0.06 0.06 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.07 0.03 0.06 0.04 0.02 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.08 0.02 0.07 0.02 0.03 0.07 0.02 0.05 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.11 0.08 0.07 0.11 0.06 0.11 0.06 0.11 0.11 0.11 0.10 0.07 0.07 0.12 0.10 0.10 0.12 0.14 0.11
C2 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.04 0.07 0.05 0.07 0.07 0.06 0.05 0.09 0.04 0.09 0.05 0.08 0.10 0.12 0.09
C2' 0.09 0.10 0.08 0.08 0.10 0.05 0.11 0.06 0.11 0.11 0.10 0.10 0.08 0.06 0.12 0.09 0.10 0.13 0.14 0.11
C3' 0.09 0.10 0.08 0.07 0.10 0.05 0.11 0.05 0.11 0.10 0.10 0.09 0.07 0.06 0.11 0.08 0.09 0.13 0.13 0.11
C4 0.05 0.06 0.07 0.06 0.09 0.03 0.09 0.04 0.08 0.07 0.08 0.04 0.09 0.04 0.11 0.03 0.07 0.10 0.12 0.09
C4' 0.09 0.10 0.08 0.07 0.10 0.05 0.10 0.04 0.11 0.10 0.10 0.10 0.06 0.06 0.11 0.08 0.08 0.11 0.12 0.09
C5 0.09 0.13 0.07 0.06 0.13 0.04 0.13 0.05 0.13 0.12 0.13 0.12 0.07 0.03 0.14 0.08 0.10 0.12 0.14 0.11
C5' 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.03 0.09 0.03 0.09 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.08 0.07 0.06 0.09 0.09 0.07
C6 0.11 0.14 0.08 0.07 0.14 0.07 0.14 0.07 0.14 0.13 0.14 0.13 0.07 0.06 0.15 0.11 0.11 0.13 0.15 0.12
N1 0.09 0.10 0.08 0.07 0.11 0.05 0.11 0.06 0.11 0.11 0.11 0.10 0.07 0.05 0.12 0.09 0.10 0.12 0.14 0.11
N3 0.06 0.04 0.08 0.07 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04 0.10 0.05 0.08 0.05 0.07 0.10 0.11 0.08
N4 0.04 0.03 0.08 0.08 0.07 0.06 0.07 0.04 0.05 0.03 0.06 0.03 0.11 0.07 0.10 0.03 0.06 0.09 0.11 0.07
O2 0.07 0.04 0.08 0.07 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.03 0.04 0.09 0.04 0.07 0.05 0.07 0.09 0.10 0.07
O2' 0.09 0.11 0.08 0.07 0.12 0.05 0.11 0.06 0.11 0.11 0.12 0.11 0.07 0.06 0.14 0.09 0.10 0.12 0.14 0.11
O3' 0.09 0.10 0.09 0.08 0.10 0.05 0.11 0.06 0.11 0.10 0.10 0.09 0.08 0.07 0.11 0.08 0.09 0.14 0.13 0.11
O4' 0.10 0.10 0.09 0.08 0.10 0.06 0.11 0.06 0.12 0.11 0.10 0.10 0.07 0.08 0.11 0.10 0.09 0.12 0.13 0.10
O5' 0.03 0.05 0.07 0.07 0.05 0.08 0.01 0.08 0.01 0.02 0.06 0.06 0.08 0.07 0.09 0.05 0.04 0.03 0.01 0.03
OP1 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04 0.01 0.07 0.03 0.08 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.10 0.08 0.07
OP2 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.04 0.09 0.04 0.10 0.08 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.10 0.08 0.08
P 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.02 0.02 0.05 0.04 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.05 0.07 0.04
C2 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.05 0.05 0.06 0.04
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.10 0.09 0.07
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.05 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.10 0.09 0.10 0.09
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.01 0.04 0.12 0.10 0.09 0.09
C5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.08 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.01 0.03 0.09 0.07 0.06 0.06
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.05 0.05 0.06 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.07 0.06 0.08 0.06
O2 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.04 0.06 0.00 0.05 0.02 0.01 0.07 0.13 0.12 0.10
O3' 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03
O4 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.12 0.11 0.12 0.11
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.04 0.05 0.04
O5' 0.04 0.05 0.06 0.03 0.10 0.01 0.12 0.00 0.09 0.05 0.07 0.04 0.07 0.03 0.12 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.05 0.10 0.06 0.09 0.02 0.10 0.02 0.07 0.05 0.06 0.04 0.13 0.04 0.11 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.06 0.09 0.05 0.10 0.02 0.09 0.01 0.06 0.06 0.08 0.06 0.12 0.05 0.12 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.07 0.03 0.09 0.01 0.09 0.01 0.06 0.04 0.06 0.04 0.10 0.03 0.11 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00