ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48244

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N4 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.002, 0.017, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.006, 0.030, 0.053, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.030 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.043, 0.250, 0.457, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.250 std_dev=0.207
C2' A 0, 0.053, 0.307, 0.561, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.307 std_dev=0.254
O2' B 0, 0.082, 0.384, 0.686, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.384 std_dev=0.302
C1' B 0, 0.066, 0.382, 0.698, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.382 std_dev=0.316
C4' A 0, 0.141, 0.490, 0.839, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.490 std_dev=0.349
C2' B 0, 0.031, 0.536, 1.040, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.536 std_dev=0.504
O2' A 0, 0.083, 0.711, 1.339, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.711 std_dev=0.628
O4' B 0, -0.025, 0.674, 1.372, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.674 std_dev=0.699
C3' A 0, -0.144, 0.615, 1.373, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.615 std_dev=0.759
O5' A 0, 0.419, 1.431, 2.444, 2.192 max_d=2.192 avg_d=1.431 std_dev=1.013
C5' A 0, 0.322, 1.356, 2.391, 2.509 max_d=2.509 avg_d=1.356 std_dev=1.034
N1 B 0, -0.175, 1.046, 2.267, 2.759 max_d=2.759 avg_d=1.046 std_dev=1.221
C3' B 0, -0.181, 1.073, 2.327, 2.833 max_d=2.833 avg_d=1.073 std_dev=1.254
O3' A 0, -0.166, 1.209, 2.583, 3.131 max_d=3.131 avg_d=1.209 std_dev=1.374
OP1 A 0, 0.622, 2.129, 3.637, 3.289 max_d=3.289 avg_d=2.129 std_dev=1.508
C4' B 0, -0.245, 1.290, 2.825, 3.446 max_d=3.446 avg_d=1.290 std_dev=1.535
O3' B 0, -0.209, 1.393, 2.994, 3.636 max_d=3.636 avg_d=1.393 std_dev=1.602
P A 0, 0.672, 2.331, 3.989, 3.727 max_d=3.727 avg_d=2.331 std_dev=1.659
C2 B 0, -0.359, 1.457, 3.273, 4.017 max_d=4.017 avg_d=1.457 std_dev=1.816
C6 B 0, -0.267, 1.612, 3.492, 4.249 max_d=4.249 avg_d=1.612 std_dev=1.880
O2 B 0, -0.310, 1.594, 3.498, 4.270 max_d=4.270 avg_d=1.594 std_dev=1.904
OP2 A 0, 0.841, 3.242, 5.643, 5.738 max_d=5.738 avg_d=3.242 std_dev=2.401
C5' B 0, -0.471, 1.958, 4.387, 5.382 max_d=5.382 avg_d=1.958 std_dev=2.429
O5' B 0, -0.463, 2.086, 4.636, 5.676 max_d=5.676 avg_d=2.086 std_dev=2.549
N3 B 0, -0.585, 2.086, 4.758, 5.858 max_d=5.858 avg_d=2.086 std_dev=2.672
C5 B 0, -0.462, 2.245, 4.951, 6.052 max_d=6.052 avg_d=2.245 std_dev=2.706
C4 B 0, -0.641, 2.443, 5.528, 6.794 max_d=6.794 avg_d=2.443 std_dev=3.084
P B 0, -0.630, 3.035, 6.700, 8.191 max_d=8.191 avg_d=3.035 std_dev=3.665
O4 B 0, -0.821, 3.066, 6.954, 8.551 max_d=8.551 avg_d=3.066 std_dev=3.888
OP2 B 0, -0.817, 3.153, 7.123, 8.752 max_d=8.752 avg_d=3.153 std_dev=3.970
OP1 B 0, -0.677, 3.622, 7.920, 9.661 max_d=9.661 avg_d=3.622 std_dev=4.299

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.13 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.28 0.00 0.26 0.56 0.25 0.09
C2 0.01 0.00 0.05 0.16 0.00 0.06 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.40 0.09 0.02 0.51 0.25 0.53 0.37
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.03 0.06 0.22 0.07 0.02 0.04 0.03 0.13 0.01 0.02 0.02 0.23 0.35 0.38 0.13
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.39 0.01 0.46 0.03 0.42 0.23 0.26 0.42 0.04 0.02 0.01 0.03 0.37 0.20 0.47 0.07
C4 0.02 0.00 0.03 0.39 0.00 0.11 0.00 0.23 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.31 0.23 0.05 0.70 0.19 1.36 0.86
C4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.11 0.00 0.14 0.01 0.13 0.07 0.08 0.12 0.07 0.33 0.04 0.00 0.02 0.48 0.79 0.39
C5 0.02 0.01 0.06 0.46 0.00 0.14 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.32 0.07 0.73 0.27 1.46 0.94
C5' 0.13 0.26 0.22 0.03 0.23 0.01 0.19 0.00 0.16 0.19 0.27 0.24 0.30 0.17 0.23 0.01 0.01 0.23 0.43 0.02
C6 0.02 0.00 0.07 0.42 0.01 0.13 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.23 0.07 0.65 0.09 0.96 0.66
N1 0.02 0.01 0.02 0.23 0.00 0.07 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.02 0.03 0.49 0.27 0.45 0.33
N3 0.01 0.00 0.04 0.26 0.00 0.08 0.00 0.27 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.42 0.05 0.03 0.62 0.08 0.96 0.63
N4 0.02 0.00 0.03 0.42 0.00 0.12 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.29 0.05 0.74 0.33 1.64 1.02
O2 0.02 0.00 0.13 0.04 0.00 0.07 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.55 0.32 0.01 0.40 0.42 0.19 0.17
O2' 0.03 0.40 0.01 0.02 0.31 0.33 0.17 0.17 0.10 0.18 0.42 0.34 0.55 0.00 0.04 0.26 0.38 0.21 0.41 0.05
O3' 0.28 0.09 0.02 0.01 0.23 0.04 0.32 0.23 0.23 0.02 0.05 0.29 0.32 0.04 0.00 0.26 0.39 0.22 0.66 0.14
O4' 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.03 0.05 0.01 0.26 0.26 0.00 0.10 0.70 0.48 0.28
O5' 0.26 0.51 0.23 0.37 0.70 0.02 0.73 0.01 0.65 0.49 0.62 0.74 0.40 0.38 0.39 0.10 0.00 0.03 0.05 0.01
OP1 0.56 0.25 0.35 0.20 0.19 0.48 0.27 0.23 0.09 0.27 0.08 0.33 0.42 0.21 0.22 0.70 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.53 0.38 0.47 1.36 0.79 1.46 0.43 0.96 0.45 0.96 1.64 0.19 0.41 0.66 0.48 0.05 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.37 0.13 0.07 0.86 0.39 0.94 0.02 0.66 0.33 0.63 1.02 0.17 0.05 0.14 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 1.15 0.10 0.59 2.60 0.53 2.29 0.18 1.57 0.99 2.01 0.53 0.04 1.33 3.23 0.08 0.48 0.41 1.38 0.83
C2 0.09 0.73 0.17 0.35 2.23 0.25 2.18 0.22 1.53 0.82 1.48 0.14 0.11 1.06 2.70 0.02 0.82 0.90 1.71 1.21
C2' 0.10 1.01 0.07 0.59 2.49 0.50 2.26 0.13 1.54 0.92 1.84 0.39 0.08 1.35 3.12 0.07 0.55 0.51 1.51 0.93
C3' 0.26 0.85 0.40 1.14 2.26 1.02 1.91 0.71 1.15 0.61 1.71 0.34 0.50 1.89 2.94 0.48 0.12 0.25 0.88 0.31
C4 0.05 0.61 0.13 0.36 1.64 0.27 1.65 0.11 1.22 0.69 1.15 0.11 0.11 0.99 1.84 0.04 0.59 0.57 1.21 0.85
C4' 0.02 1.18 0.15 0.95 2.46 0.92 2.04 0.69 1.31 0.85 2.02 0.73 0.13 1.67 3.11 0.35 0.13 0.31 0.84 0.28
C5 0.07 0.98 0.02 0.64 1.86 0.56 1.64 0.31 1.16 0.79 1.56 0.55 0.04 1.28 2.13 0.17 0.20 0.05 0.77 0.39
C5' 0.17 1.12 0.29 1.14 2.25 1.16 1.80 1.02 1.11 0.73 1.90 0.76 0.20 1.83 2.84 0.56 0.44 0.75 0.58 0.37
C6 0.09 1.14 0.02 0.69 2.21 0.63 1.90 0.36 1.31 0.89 1.85 0.66 0.04 1.37 2.63 0.18 0.21 0.07 0.89 0.44
N1 0.10 1.03 0.10 0.55 2.40 0.48 2.15 0.13 1.49 0.91 1.83 0.41 0.06 1.27 2.91 0.08 0.50 0.44 1.33 0.82
N3 0.06 0.49 0.19 0.24 1.85 0.14 1.95 0.34 1.41 0.70 1.12 0.30 0.14 0.91 2.13 0.05 0.89 0.99 1.69 1.26
N4 0.03 0.24 0.16 0.18 1.02 0.10 1.19 0.26 0.95 0.46 0.59 0.29 0.16 0.70 1.10 0.04 0.66 0.66 1.12 0.86
O2 0.09 0.60 0.20 0.27 2.24 0.16 2.27 0.37 1.58 0.79 1.36 0.28 0.13 1.00 2.78 0.08 1.00 1.19 2.02 1.49
O2' 0.40 1.25 0.41 0.26 2.89 0.16 2.74 0.30 1.97 1.24 2.11 0.53 0.20 1.08 3.57 0.26 1.02 1.08 2.14 1.49
O3' 0.06 1.21 0.21 0.95 2.69 0.74 2.30 0.43 1.50 0.95 2.12 0.69 0.38 1.72 3.43 0.15 0.25 0.12 1.17 0.59
O4' 0.13 1.30 0.05 0.73 2.60 0.73 2.19 0.47 1.48 1.00 2.16 0.81 0.07 1.44 3.21 0.20 0.18 0.07 1.02 0.46
O5' 0.67 0.65 0.87 1.72 1.62 1.70 1.10 1.62 0.44 0.17 1.39 0.41 0.71 2.34 2.18 1.07 1.07 1.47 0.49 0.95
OP1 0.38 1.50 0.64 1.57 2.44 1.46 1.75 1.48 1.04 0.86 2.30 1.36 0.47 2.16 3.08 0.70 0.93 1.58 0.31 0.86
OP2 1.80 0.29 2.21 3.15 0.86 2.99 0.29 2.97 0.67 0.88 0.67 0.39 2.07 3.76 1.54 2.20 2.43 3.00 1.76 2.34
P 1.05 0.51 1.39 2.34 1.46 2.26 0.82 2.26 0.19 0.21 1.30 0.36 1.19 2.94 2.10 1.50 1.70 2.26 1.06 1.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.07 0.02 0.01 0.04 0.06 0.07 0.07
C2 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.00 0.05 0.09 0.12 0.09 0.15
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.04 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.07 0.12 0.16 0.09
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.16 0.16 0.10
C4 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.00 0.05 0.15 0.23 0.17 0.25
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.04 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.04 0.06 0.01
C5 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.04 0.01 0.06 0.16 0.24 0.16 0.27
C5' 0.03 0.07 0.04 0.02 0.12 0.01 0.14 0.00 0.13 0.08 0.09 0.06 0.04 0.05 0.13 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.04 0.01 0.06 0.14 0.18 0.09 0.21
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.03 0.09 0.11 0.06 0.14
N3 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.04 0.12 0.17 0.14 0.21
O2 0.04 0.01 0.05 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.12 0.01 0.07 0.07 0.08 0.08 0.12
O2' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.07 0.01 0.11 0.04 0.11 0.05 0.03 0.08 0.00 0.06 0.07 0.01 0.08 0.17 0.21 0.12
O3' 0.07 0.09 0.05 0.01 0.06 0.01 0.04 0.05 0.04 0.07 0.08 0.12 0.06 0.00 0.06 0.05 0.07 0.20 0.16 0.11
O4 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.00 0.04 0.16 0.26 0.21 0.28
O4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.07 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.07 0.05 0.05
O5' 0.04 0.09 0.07 0.06 0.15 0.02 0.16 0.00 0.14 0.09 0.12 0.07 0.08 0.07 0.16 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00
OP1 0.06 0.12 0.12 0.16 0.23 0.04 0.24 0.05 0.18 0.11 0.17 0.08 0.17 0.20 0.26 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.09 0.16 0.16 0.17 0.06 0.16 0.02 0.09 0.06 0.14 0.08 0.21 0.16 0.21 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.15 0.09 0.10 0.25 0.01 0.27 0.01 0.21 0.14 0.21 0.12 0.12 0.11 0.28 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00