ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48245

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C4 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N4 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4' A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2' A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C3' A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O3' A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O2' A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C5' A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O5' A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
O3' B 0, 0.000, 0.063, 0.126, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.063 std_dev=0.063
C1' B 0, 0.000, 0.065, 0.129, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.065 std_dev=0.065
N1 B 0, 0.000, 0.067, 0.134, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.067 std_dev=0.067
P A 0, 0.000, 0.068, 0.137, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.068 std_dev=0.068
OP1 A 0, 0.000, 0.074, 0.148, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.074 std_dev=0.074
C2' B 0, 0.000, 0.080, 0.160, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.080 std_dev=0.080
OP2 A 0, 0.000, 0.083, 0.167, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.083 std_dev=0.083
C4 B 0, 0.000, 0.104, 0.208, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.104 std_dev=0.104
O5' B 0, 0.000, 0.106, 0.211, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.106 std_dev=0.106
C3' B 0, 0.000, 0.106, 0.211, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.106 std_dev=0.106
O2' B 0, 0.000, 0.110, 0.221, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.110 std_dev=0.110
P B 0, 0.000, 0.115, 0.229, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.115 std_dev=0.115
OP1 B 0, 0.000, 0.116, 0.231, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.116 std_dev=0.116
C5 B 0, 0.000, 0.124, 0.249, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.124 std_dev=0.124
O4' B 0, 0.000, 0.126, 0.253, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.126 std_dev=0.126
C4' B 0, 0.000, 0.140, 0.279, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.140 std_dev=0.140
C6 B 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
O4 B 0, 0.000, 0.149, 0.297, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.149 std_dev=0.149
C5' B 0, 0.000, 0.189, 0.379, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.189 std_dev=0.189
OP2 B 0, 0.000, 0.204, 0.408, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.204 std_dev=0.204
C2 B 0, 0.000, 0.211, 0.423, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.211 std_dev=0.211
N3 B 0, 0.000, 0.231, 0.463, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.231 std_dev=0.231
O2 B 0, 0.000, 0.336, 0.672, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.336 std_dev=0.336

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
N4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
O5' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01
C2 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.03
C2' 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01
C3' 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01
C4 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.01 0.03 0.08 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.04
C4' 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.06 0.06 0.02 0.02 0.07 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.03
C5' 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.08 0.03 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02 0.00
C6 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.06 0.02 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02
N1 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02
N3 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.01 0.02 0.07 0.04 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.03
N4 0.01 0.05 0.02 0.05 0.00 0.07 0.05 0.08 0.05 0.00 0.04 0.12 0.03 0.03 0.00 0.07 0.05 0.02 0.09 0.04
O2 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.03
O2' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01
O3' 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01
O4' 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.02 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01
O5' 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.08 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00
OP1 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.09 0.04 0.11 0.06 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.02
OP2 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.09 0.03 0.10 0.05 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01 0.09 0.02 0.03
P 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.08 0.03 0.09 0.05 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01
C2 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.04 0.00 0.06 0.00 0.02 0.06 0.02
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.09 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.06 0.06 0.05
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00
C5 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.07 0.00
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.02 0.02 0.07 0.00
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01
N3 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.00 0.05 0.00 0.03 0.07 0.03
O2 0.00 0.00 0.09 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.06 0.00 0.10 0.01 0.02 0.06 0.03
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.09 0.19 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.09 0.08 0.07
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03
O4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.02
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.10 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02
O5' 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.01 0.02 0.06 0.03 0.03 0.03 0.03 0.06 0.02 0.02 0.03 0.02 0.09 0.02 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.06 0.06 0.04 0.07 0.03 0.07 0.03 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.04 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.07 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00