ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48248

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 8, 15, 10, 18, 24, 25, 21, 10, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.016, 0.023, 0.030, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.019, 0.031, 0.042, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.031 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.023, 0.036, 0.049, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.036 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.027, 0.040, 0.054, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.040 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.031, 0.045, 0.059, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.045 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.037, 0.055, 0.073, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.055 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.046, 0.068, 0.091, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.068 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.059, 0.084, 0.110, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.084 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.072, 0.103, 0.133, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.103 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.090, 0.130, 0.169, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.130 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.096, 0.283, 0.469, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.283 std_dev=0.186
C2' A 0, 0.179, 0.395, 0.612, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.395 std_dev=0.216
C1' B 0, 0.433, 0.652, 0.870, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.652 std_dev=0.218
C2' B 0, 0.407, 0.635, 0.864, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.635 std_dev=0.228
O2' A 0, 0.310, 0.574, 0.838, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.574 std_dev=0.264
O2' B 0, 0.340, 0.610, 0.880, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.610 std_dev=0.270
C4' A 0, 0.158, 0.429, 0.699, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.429 std_dev=0.271
O4' B 0, 0.460, 0.760, 1.060, 1.876 max_d=1.876 avg_d=0.760 std_dev=0.300
C3' B 0, 0.489, 0.795, 1.102, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.795 std_dev=0.306
C3' A 0, 0.235, 0.550, 0.865, 1.842 max_d=1.842 avg_d=0.550 std_dev=0.315
N9 B 0, 0.445, 0.763, 1.080, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.763 std_dev=0.318
C4' B 0, 0.438, 0.815, 1.193, 2.006 max_d=2.006 avg_d=0.815 std_dev=0.377
N3 B 0, 0.656, 1.041, 1.426, 2.109 max_d=2.109 avg_d=1.041 std_dev=0.385
C8 B 0, 0.439, 0.830, 1.220, 2.118 max_d=2.118 avg_d=0.830 std_dev=0.390
C4 B 0, 0.508, 0.919, 1.329, 2.015 max_d=2.015 avg_d=0.919 std_dev=0.411
O3' B 0, 0.673, 1.117, 1.562, 2.144 max_d=2.144 avg_d=1.117 std_dev=0.445
O3' A 0, 0.329, 0.800, 1.270, 2.796 max_d=2.796 avg_d=0.800 std_dev=0.471
C2 B 0, 0.759, 1.245, 1.730, 2.607 max_d=2.607 avg_d=1.245 std_dev=0.486
C5' A 0, 0.334, 0.825, 1.315, 2.672 max_d=2.672 avg_d=0.825 std_dev=0.491
N2 B 0, 0.954, 1.453, 1.951, 2.828 max_d=2.828 avg_d=1.453 std_dev=0.499
N7 B 0, 0.457, 0.965, 1.473, 2.633 max_d=2.633 avg_d=0.965 std_dev=0.508
C5 B 0, 0.476, 1.007, 1.537, 2.508 max_d=2.508 avg_d=1.007 std_dev=0.531
O5' B 0, 0.936, 1.499, 2.062, 3.553 max_d=3.553 avg_d=1.499 std_dev=0.563
O5' A 0, 0.497, 1.067, 1.638, 2.969 max_d=2.969 avg_d=1.067 std_dev=0.571
C5' B 0, 0.645, 1.246, 1.847, 3.207 max_d=3.207 avg_d=1.246 std_dev=0.601
OP1 B 0, 0.710, 1.318, 1.926, 4.066 max_d=4.066 avg_d=1.318 std_dev=0.608
N1 B 0, 0.700, 1.310, 1.919, 2.957 max_d=2.957 avg_d=1.310 std_dev=0.609
C6 B 0, 0.556, 1.202, 1.848, 2.912 max_d=2.912 avg_d=1.202 std_dev=0.646
P B 0, 0.730, 1.377, 2.024, 3.893 max_d=3.893 avg_d=1.377 std_dev=0.647
OP2 B 0, 0.765, 1.475, 2.185, 3.986 max_d=3.986 avg_d=1.475 std_dev=0.710
O6 B 0, 0.583, 1.335, 2.086, 3.491 max_d=3.491 avg_d=1.335 std_dev=0.751
P A 0, 0.542, 1.415, 2.289, 4.842 max_d=4.842 avg_d=1.415 std_dev=0.873
OP2 A 0, 0.556, 1.617, 2.678, 6.425 max_d=6.425 avg_d=1.617 std_dev=1.061
OP1 A 0, 0.665, 1.799, 2.933, 5.835 max_d=5.835 avg_d=1.799 std_dev=1.134

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.19 0.25 0.24 0.18
C2 0.03 0.00 0.17 0.16 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.21 0.21 0.05 0.32 0.35 0.52 0.33
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.08 0.01 0.05 0.02 0.08 0.09 0.13 0.17 0.06 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.15 0.21 0.20 0.13
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.09 0.01 0.11 0.02 0.12 0.17 0.14 0.15 0.13 0.16 0.08 0.02 0.01 0.02 0.18 0.26 0.21 0.16
C4 0.02 0.01 0.08 0.09 0.00 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.10 0.03 0.34 0.35 0.51 0.33
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.08 0.13 0.07 0.06 0.10 0.13 0.06 0.05 0.02 0.00 0.02 0.16 0.18 0.08
C5 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.09 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.02 0.41 0.44 0.67 0.43
C5' 0.04 0.13 0.02 0.02 0.15 0.01 0.21 0.00 0.21 0.24 0.17 0.11 0.25 0.26 0.14 0.05 0.04 0.02 0.01 0.20 0.22 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.08 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.13 0.03 0.41 0.46 0.71 0.45
C8 0.01 0.02 0.09 0.17 0.01 0.13 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.19 0.04 0.42 0.43 0.61 0.41
N1 0.03 0.01 0.13 0.14 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.17 0.04 0.37 0.41 0.63 0.40
N3 0.03 0.01 0.17 0.15 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.20 0.05 0.29 0.32 0.44 0.28
N6 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.10 0.01 0.25 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.09 0.15 0.03 0.45 0.52 0.81 0.51
N7 0.01 0.02 0.07 0.16 0.01 0.13 0.01 0.26 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.18 0.03 0.46 0.50 0.75 0.49
N9 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.32 0.33 0.44 0.30
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.11 0.05 0.07 0.05 0.11 0.06 0.17 0.20 0.09 0.04 0.03 0.00 0.05 0.06 0.06 0.24 0.20 0.13
O3' 0.02 0.21 0.02 0.01 0.10 0.02 0.11 0.04 0.13 0.19 0.17 0.20 0.15 0.18 0.07 0.05 0.00 0.02 0.21 0.38 0.30 0.23
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.18 0.29 0.23 0.21
O5' 0.19 0.32 0.15 0.18 0.34 0.02 0.41 0.01 0.41 0.42 0.37 0.29 0.45 0.46 0.32 0.06 0.21 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.25 0.35 0.21 0.26 0.35 0.16 0.44 0.20 0.46 0.43 0.41 0.32 0.52 0.50 0.33 0.24 0.38 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.52 0.20 0.21 0.51 0.18 0.67 0.22 0.71 0.61 0.63 0.44 0.81 0.75 0.44 0.20 0.30 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.33 0.13 0.16 0.33 0.08 0.43 0.02 0.45 0.41 0.40 0.28 0.51 0.49 0.30 0.13 0.23 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.18 0.18 0.22 0.16 0.16 0.16 0.16 0.19 0.15 0.20 0.19 0.16 0.16 0.16 0.16 0.32 0.23 0.21 0.21 0.22 0.21 0.18
C2 0.19 0.15 0.15 0.18 0.14 0.19 0.13 0.20 0.14 0.16 0.15 0.18 0.14 0.14 0.16 0.16 0.28 0.25 0.17 0.14 0.23 0.19 0.17
C2' 0.19 0.17 0.18 0.20 0.15 0.19 0.16 0.20 0.18 0.16 0.19 0.19 0.15 0.16 0.17 0.18 0.30 0.26 0.21 0.20 0.24 0.21 0.20
C3' 0.21 0.24 0.20 0.21 0.21 0.21 0.23 0.23 0.26 0.21 0.27 0.26 0.21 0.22 0.21 0.19 0.30 0.28 0.26 0.29 0.27 0.27 0.25
C4 0.18 0.15 0.17 0.19 0.14 0.16 0.14 0.16 0.15 0.15 0.16 0.18 0.14 0.14 0.15 0.16 0.29 0.22 0.19 0.16 0.22 0.19 0.16
C4' 0.19 0.20 0.19 0.23 0.18 0.17 0.19 0.18 0.22 0.18 0.23 0.21 0.18 0.19 0.18 0.17 0.33 0.24 0.25 0.25 0.25 0.25 0.23
C5 0.18 0.15 0.17 0.19 0.14 0.15 0.14 0.16 0.14 0.15 0.15 0.18 0.14 0.14 0.15 0.16 0.28 0.22 0.20 0.15 0.22 0.20 0.17
C5' 0.29 0.32 0.30 0.33 0.30 0.28 0.32 0.29 0.34 0.30 0.34 0.32 0.30 0.32 0.29 0.27 0.40 0.32 0.36 0.37 0.35 0.37 0.35
C6 0.18 0.15 0.16 0.17 0.14 0.16 0.13 0.16 0.13 0.15 0.14 0.18 0.14 0.14 0.15 0.16 0.25 0.22 0.18 0.14 0.22 0.19 0.16
C8 0.18 0.17 0.20 0.23 0.16 0.16 0.17 0.16 0.18 0.16 0.19 0.19 0.17 0.16 0.17 0.17 0.32 0.22 0.24 0.20 0.24 0.23 0.21
N1 0.19 0.15 0.15 0.17 0.14 0.18 0.14 0.19 0.14 0.16 0.15 0.18 0.14 0.14 0.16 0.16 0.26 0.24 0.17 0.14 0.23 0.19 0.16
N3 0.18 0.15 0.15 0.18 0.13 0.18 0.13 0.18 0.14 0.15 0.16 0.18 0.14 0.13 0.15 0.16 0.29 0.24 0.17 0.15 0.22 0.19 0.16
N6 0.18 0.16 0.16 0.17 0.14 0.16 0.14 0.16 0.14 0.15 0.15 0.19 0.15 0.14 0.16 0.16 0.23 0.21 0.20 0.14 0.22 0.19 0.17
N7 0.18 0.16 0.20 0.22 0.16 0.16 0.15 0.16 0.16 0.16 0.17 0.18 0.16 0.16 0.16 0.17 0.31 0.22 0.25 0.17 0.24 0.23 0.21
N9 0.18 0.17 0.18 0.21 0.15 0.16 0.16 0.16 0.17 0.15 0.18 0.19 0.16 0.15 0.16 0.16 0.32 0.22 0.21 0.19 0.22 0.21 0.18
O2' 0.21 0.17 0.21 0.23 0.16 0.21 0.16 0.22 0.17 0.17 0.18 0.18 0.16 0.16 0.18 0.22 0.34 0.28 0.22 0.19 0.26 0.21 0.20
O3' 0.24 0.29 0.21 0.22 0.25 0.24 0.28 0.27 0.32 0.26 0.33 0.31 0.25 0.28 0.24 0.20 0.30 0.32 0.29 0.36 0.30 0.30 0.28
O4' 0.17 0.19 0.19 0.24 0.17 0.16 0.18 0.16 0.22 0.16 0.22 0.21 0.17 0.18 0.16 0.17 0.35 0.21 0.23 0.24 0.23 0.23 0.20
O5' 0.51 0.53 0.46 0.46 0.53 0.49 0.53 0.50 0.54 0.52 0.54 0.54 0.53 0.53 0.52 0.45 0.48 0.55 0.59 0.54 0.57 0.57 0.57
OP1 0.61 0.69 0.58 0.59 0.67 0.59 0.71 0.62 0.74 0.68 0.73 0.68 0.66 0.70 0.65 0.55 0.61 0.64 0.70 0.76 0.69 0.73 0.71
OP2 0.96 1.03 0.87 0.86 1.02 0.92 1.04 0.95 1.05 1.02 1.06 1.03 1.00 1.04 1.00 0.82 0.81 0.99 1.07 1.05 1.06 1.09 1.08
P 0.61 0.66 0.54 0.54 0.65 0.57 0.67 0.59 0.69 0.65 0.69 0.66 0.64 0.67 0.64 0.52 0.53 0.64 0.71 0.70 0.69 0.71 0.70

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.15 0.03 0.14 0.20 0.09
C2 0.04 0.00 0.16 0.19 0.01 0.07 0.02 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.14 0.24 0.05 0.32 0.02 0.27 0.26 0.25
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.09 0.02 0.07 0.02 0.10 0.07 0.13 0.19 0.16 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.19 0.09 0.24 0.14 0.13
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.12 0.01 0.13 0.02 0.15 0.13 0.17 0.21 0.17 0.13 0.07 0.02 0.01 0.01 0.25 0.16 0.31 0.15 0.20
C4 0.02 0.01 0.09 0.12 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.14 0.03 0.33 0.02 0.27 0.24 0.25
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.08 0.13 0.22 0.03
C5 0.02 0.02 0.07 0.13 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.16 0.02 0.42 0.01 0.34 0.32 0.34
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.12 0.12 0.10 0.09 0.07 0.14 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.14 0.15 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.15 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.19 0.03 0.43 0.01 0.36 0.36 0.36
C8 0.01 0.02 0.07 0.13 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.15 0.04 0.42 0.03 0.31 0.25 0.30
N1 0.03 0.01 0.13 0.17 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.22 0.04 0.38 0.01 0.32 0.32 0.32
N2 0.05 0.01 0.19 0.21 0.02 0.08 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.18 0.28 0.07 0.28 0.02 0.25 0.25 0.23
N3 0.03 0.01 0.16 0.17 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.13 0.21 0.05 0.28 0.01 0.23 0.23 0.21
N7 0.01 0.02 0.06 0.13 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.16 0.03 0.47 0.03 0.37 0.34 0.38
N9 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.30 0.02 0.23 0.21 0.20
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.05 0.12 0.18 0.13 0.04 0.02 0.00 0.06 0.05 0.07 0.08 0.17 0.17 0.06
O3' 0.02 0.24 0.02 0.01 0.14 0.02 0.16 0.03 0.19 0.15 0.22 0.28 0.21 0.16 0.07 0.06 0.00 0.02 0.22 0.21 0.37 0.23 0.24
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.07 0.05 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.08 0.04 0.09 0.30 0.13
O5' 0.15 0.32 0.19 0.25 0.33 0.01 0.42 0.01 0.43 0.42 0.38 0.28 0.28 0.47 0.30 0.07 0.22 0.08 0.00 0.47 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.09 0.16 0.02 0.08 0.01 0.14 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.08 0.21 0.04 0.47 0.00 0.41 0.41 0.41
OP1 0.14 0.27 0.24 0.31 0.27 0.13 0.34 0.15 0.36 0.31 0.32 0.25 0.23 0.37 0.23 0.17 0.37 0.09 0.02 0.41 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.26 0.14 0.15 0.24 0.22 0.32 0.25 0.36 0.25 0.32 0.25 0.23 0.34 0.21 0.17 0.23 0.30 0.02 0.41 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.25 0.13 0.20 0.25 0.03 0.34 0.02 0.36 0.30 0.32 0.23 0.21 0.38 0.20 0.06 0.24 0.13 0.01 0.41 0.01 0.01 0.00